峰從何處飛來？
聯語有佛家偈子的意味。左宗棠認為意思尚不完整，就另撰一聯，揮筆寫就，交與方丈。 聯雲：
在山本清，泉自源頭冷起；
入世皆幻，峰從天外飛來。）
這副聯語表述了他的本誌。他家庭寒素，自己性格耿介，現在雖然作了大官，但仍然保持素節，不落入官場惡習。他以一窮書生，二三年內就躋身督撫，確是朝廷破格，正如天外飛來。這顆飛來奇石，還將在塵世上幹一番大事業。這副聯語其實富有哲理。
9年後，他已去甘肅，恰又逢重陽節。他回憶起那年他們“高會於靈隱、韜光間，曆曆如昨事也”，懷念不已。寫了一副壽聯，寄給遠在浙江任巡撫的楊昌？。聯雲：
知公神仙中人，勉為蒼生留十稔；
憶昔湖山佳處，曾陪黃菊作重陽。）
左宗棠在杭州的時間不長，遊湖山的日子更少。不久就奉命去福建。他在離杭以前，還辦了一件事，自己花錢替魏源修墓。魏源的《海國圖誌》，左宗棠年輕時就讀過，對魏氏倡導的“學習西方，超過西方”（“師夷長技以製夷”）的思想，深為佩服。魏源是道光二十四年進士，鹹豐初，他在江蘇任地方官，曾和太平軍作戰。鹹豐六年，歿於杭州。左宗棠到墓前憑吊了一番。12年後，他又為《海國圖誌》重刊本一百卷寫了序。魏源的族孫光濤（午莊）跟隨他西征，是他的得力助手之一。
同治三年六月十六日，太平軍經曆了最不幸的日子，天京為曾國荃軍攻破。天京陷落前二月，天王洪秀全自殺身亡。陷落後，忠王李秀成雖逃出城，但不久即在城東南方山被曾軍抓獲。在寫了一份洋洋數萬言的供狀，李秀成《自述》表示願出麵號召太平軍餘眾投清後，仍然被曾國藩處決。幼主洪福調逃出天京。3個月後，在江西廣昌為清將席寶田抓獲處死。太平天國這一顆“璀璨的明星”，在立國13年之後終於滅亡。
天京淪陷之後，在天京周圍仍有太平軍餘部數十萬人。天京西北鄂豫皖邊有兩支主要部隊：一支是扶王陳得才的部隊，他因看到天京淪陷，自己部隊又屢屢戰敗，內部還出現叛變、瓦解的現象，於是在絕望之下自殺了。另一支部隊是遵王賴文光率領，他與皖北興起的撚軍頭領梁王張總愚（仲禹）合作，放棄了太平天國旗號，也摒棄了太平天國的宗教神秘色彩，成為撚軍的一部，後來分兵在山東和陝西活動，被稱為“東撚”和“西撚”。
長江以南保存了侍王李世賢和康王汪海洋的部隊。他們從杭州、餘杭突圍後進入江西，然後又南下到達福建西南部汀州（長汀）、龍岩、漳州一帶，仍擁有十餘萬之眾，勢力相當強大。一路攻城陷地，還具有一定破壞力。但是國破家亡，群龍無首，加之內部又不能團結合作，這也是太平軍領袖的痼疾、失敗的主要原因之一。因此，這一部分力量雖然貌似強大，實則已成強弩之末，東奔西竄，覆亡也指日可待了。
因為福建軍情緊急，朝廷命左宗棠速去福州履總督任。他奏請以蔣益澧護浙江巡撫，楊昌
?署布政使，然後於同治三年十月廿八日由杭州起行，途經金華、衢州赴閩。
經過建德、蘭溪、龍遊、西安各縣，他一路停下車轎，看望老百姓。看到市鎮還有起色，有些作生意的，熙熙攘攘；但鄉村裏卻聽不到雞犬聲，老百姓麵有菜色，田地也多半荒蕪。本年內已種上的水旱田地，因為人力不足，收成損失很大。老百姓聽到總督來到，都紛紛圍攏來，要求賑濟、減稅。他感到很不安，覺得沒有盡到職責，一一答應了他們的要求。他立即寫信給楊昌？，要他與蔣益澧商量，趕快定下章程，剔除對人民的各種需索弊政。
左宗棠率領劉典、黃少春、王德榜、王開琳等部隊，於十一月進入福建，收拾最後的殘局。經過一年的戰鬥，進入閩粵分別由李世賢、汪海洋、丁太洋、林正揚率領的四支太平軍部隊，陸續向清軍投降或被殲滅。同治四年五月，丁太洋在漳州附近向劉典軍投降。李世賢敗逃到山中，躲藏了兩個月，於七月出山，晝伏夜行，到鎮平投奔汪海洋，不料汪海洋不僅不接納他，反而吞並了他的部隊，將他殺死。可歎到了窮途末路，還自相殘殺。八月，林正揚在長樂向廣東守軍投降，還將來王陸順德捉獻給清軍。十二月，由汪海洋率領的最後一支太平軍部隊，在廣東嘉應州黃沙嶂被消滅了，汪海洋也中槍戰死。至此湘軍與太平軍的戰事全部結束。
太平軍覆亡以後，湘軍已經失去了重要作用，正是曆史上所謂“狡兔死，走狗烹”的時候。但是湘軍領袖並沒有受到迫害，反而進一步得到重用。曾國藩是有名的處世老練的人，難道他過去的重重憂慮都不過是虛幻之感嗎？胡林翼也是深明世故、足智多謀的人，他生前為湘軍將領安危擔擾，並將善後重任托付給左宗棠，難道也是無的放矢嗎？左宗棠受胡林翼生前重托，他是如胡林翼所說“謀人忠，用情摯，……臨危難方知其可靠”的人，難道他對曾國潘的安危，也與自己密切相關的重大問題，竟然不出一策，袖手旁觀嗎？從常理判斷，應該不是這樣。但是曆史上卻沒有留下有關他們保全自己的策略的記載。然而，恰好在太平軍覆亡、金陵淪陷之際，曾國藩和左宗棠之間發生了一件大事，當時轟動一時，至今仍為人津津樂道，卻又令人十分生疑的事，即“曾左失和”，亦稱“曾左交惡”事件。
左宗棠和曾國藩原來“情意孚洽之至”，雖然在一些用兵、用人等問題上，有過意見分歧，但是總的來說，彼此都很尊重、敬佩。這次失和很突然，正當天京陷落之際，他們二人對洪秀全兒子幼主洪福調的下落作了不同的彙報，又在皇上麵前爭執不休，並互為攻擊，曾左交惡就自此始。交惡過程是這樣的：
天京陷落後，曾國藩奏稱：“偽幼主洪福調積薪自焚而死。”一個月後，左宗棠上奏說：“福調並未死，已逃到湖州。”正好李秀成招供中也說：“曾經挾之出城，後始分散。”看來洪福調已逃出無疑。慈禧大為不悅，下諭批評曾國藩，著其查明，“並將防範不力之員弁從重參辦”。曾國藩對左宗棠這一揭發非常不滿。他素來是小心謹慎的，這次卻大膽頂撞了一下朝廷，上奏說： “杭州克複時，偽康王洋海洋、偽聽王陳炳文兩股十萬之眾，全數逸出，未聞糾參。此次逸出數百人，亦應暫緩糾參。”
杭州是左宗棠克複的，這段參奏顯然是針對左宗棠。左宗棠馬上針鋒相對地上奏說：“至雲杭城會數出竄，未聞糾參，尤不可解。金陵早已合圍，而杭餘並未能合圍也。金陵報殺賊淨盡，杭州報首逆實已竄也。臣欲糾參，亦烏得而糾參之乎！?”奏中還說，他對軍事提過多次正確的意見，“臣屢以為言，而曾國藩漠然不複介意……因意見之蔽，遂發為欺侮之詞，似有未可。”奏末他還表示：公事公辦，今後仍將與曾國藩和衷相處，共商國事。
清朝廷從曾國藩、左宗棠的奏折中，看到湘軍二主帥有矛盾，很高興。因為理在左宗棠一邊，所以表揚了他，曾國藩有大功於朝，也不再責備。批示說：“朝廷於有功諸臣，不欲苛求細故……所稱此後公事仍與曾國藩和衷商辦，尤得大臣之體，深堪嘉尚。”朝廷既不願大臣之間太親密，也不願他們互相對立。批文稍許壓一下曾國藩，揚一下左宗棠，實際又替他們增添一點矛盾，左宗棠表示今後仍將和衷共濟，是符合朝廷意旨的，因為還需要他們效力。