當清軍於同治四年底在嘉應州消滅太平軍最後一支部隊後，第二年二月左宗棠回到福州。他認為現在是該開始從事建設的時候了。當時戰後百廢待興，他立意要舉辦一些能促進民富國強的事業，先從福建搞起。這一年他在福建辦了以下幾件大事。
（一）開設正誼堂書局。左宗棠一向重視文化事業。在杭州首先作的幾件事中，其中之一就是設書局，刻印書籍。江南經過長年戰亂，民間書籍蕩然無存，不僅經史子集奇缺，就連幼兒初學識字課本如《三字經》、《千字文》等也難購到。左宗棠開設書局為全國首倡。福州原有一個“正誼堂”，康熙年間有一位大理學家張伯行（字孝先，諡清恪）任福建巡撫時，曾在此刊刻先儒書籍60餘種。左宗棠年輕時在湖南書塾中，就已見到正誼堂所刻20餘種書，對那些書和正誼堂有良好的印象。他回到福州後，立即重開正誼堂書局，局址設在福州省城東街，共彙刻了55種古籍。他還親自頒布一道諭告，招聘士子擔任校對工作，願者到總督衙門麵試，合格者錄用，還給予膏火費。他說有暇時還要來書局和大家討論學問，這是他對知識分子的尊重和民主作風。
（二）（二）修建芝山和正誼書院。設立書院培養人才，是左宗棠曆來所關心的事。年輕時他在長沙城南書院念過書，後來又當過淥江書院院長，認識到書院的重要。閩浙當戰亂之際，書院大
多已荒廢。以前漳州有一所“芝山書院”。在開元寺旁，寺為唐代所建，規模宏偉，曆代香火很盛。南宋大儒朱熹曾在寺右講學，門生中有陳淳（北溪）、黃乾（勉齋）等有名文士。後人曾在該地建寺，並建立了“芝山書院”，因為書院大門比開元寺門小，讀書人不服氣，陳淳曾建議將開元寺改為試院，但誰也不敢觸犯寺廟，建議沒有實行。太平軍戰事蔓延到福建後，開元寺於鹹豐三年被毀，但還留有部分房屋。同治三年，李世賢部攻陷漳州，太平軍是素來反對佛教的，開元寺被燒成灰燼，和尚們也紛紛逃散。同治四年左宗棠督師入閩，經過漳州，就在開元寺後山紮營居住。漳州人士正在籌議修複試院，左宗棠十分高興，就命在開元寺故址上修建，並將陳淳以前的意見告知大家說：“陳先生早在六百年前就命我在此建書院了。”同治五年春天，他從梅州班師回福州，又路過漳州，看到書院工程已完成過半，喜不自勝。當地官員請他為書院書聯，以前有一副舊聯，相傳是朱熹遺跡，聯雲：
五百年逃墨歸儒，跨開元之頂上；
十二峰送青排闥，自天寶以飛來。
左宗棠以為舊聯似乎正是為今日情況說的，500年來為釋家占領的地方，500年後終於回歸儒家所有了，他也有一份功勞，於是書聯雲：
經始問何年，果然逃墨歸儒，天使梵王納土。
籌邊曾此地，大好修文偃武，我從漳海班師。
他敢於把著名的開元古寺改為書院，敢使“梵王納土”，做前人所不敢做的事，真是敢做敢為，有革新家的味道。他不信耶、佛、道各教，著眼點在“修文偃武”，隻有振興文化，提高全民族素質，同時積極學習西方，才是中國的出路。同治五年，他在福州開設正誼堂書局後，又辦了“正誼書院”。不過書院和書局還未全部完成，就奉命西征。臨行前，同學諸子請他為書院題寫楹聯，他遂寫一聯與同學們話別：
青眼高歌，異日應多天下士；
華陰回首，當年共讀古人書。
他對年輕人寄予很大希望。當時書院還隻有古書可讀，書局也隻能刊刻些識字啟蒙書以及古籍，這是時代的局限。他於同時在福州創辦“求是堂藝局”，教學生教學、外語、製圖、機器製造等課程。及至光緒七年他到京師後，又提議科舉考試加考數學，可見他的認識是隨時代而前進的。因為他是一個實學派，素來反對空誕無用的八股文，重視經世致用之學，所以容易接受新思想。
（三）改革鹽政，裁革陋規。福建鹽政弊端極大。左宗棠到閩後，委任吳大廷（彤雲、桐雲）為鹽法道，奏請仿效湖南、浙江等省試行票運。朝廷交部議，部議提出詰難，因為福建過去已積欠課銀四百萬兩，恐怕改票鹽後，虧損會更多。批示說：“務期毫無窒礙，確有把握，再議試辦。否則將來如課額虧短，將從嚴參辦，責成分賠。”左宗棠又上疏力爭，指出：鹽務為腥膻之場，為奸弊之藪。……興利不如除弊，弊盡而利自生。”他毅然表示願與巡撫和鹽道承提責任，說：“雖部臣責臣與撫臣、鹽道以參賠。……臣與吳大廷無所愧，亦無所怯也。”朝廷降特旨，同意他進行票鹽，一年之後，不僅沒有賠，反而收入增加三倍。
清代吏治腐敗，左宗棠在湘幕和浙江巡撫任內時，都注重整飭二省吏治。到閩後，又感歎“閩省吏治廢馳已久”。福建因連年兵禍，征收錢糧的簿籍毀失，地方官責成書吏收糧稅，書吏又無憑據，就在民間浮收亂取。遇到強者，抗拒不交，弱者則受其魚肉。官吏如收不足額，又將受上級斥責，因而官民交困，為害無窮。左宗棠認為恤民必先恤吏。他命清理全省賦額，定出收稅多寡的章程，刻石公布於眾，禁止借端浮收。這樣解除了困擾人民和官吏多年的一大積弊。
州縣官吏受累更重的還有各項陋規攤捐。所謂“攤捐”，就是各項臨時、額外的用費，無處報賬，就攤派給地方州縣。例如上官過境，夫馬費、招待費、門包過山禮費。上官到任，鋪墊執事費、平時用費、生日節日送禮費等等。對下級來講，是攤派，對上官來講，就是陋規。這類陋規相沿已久，上官認為是本分應得的錢，下級也認為是本分應出之項。下級拿不出錢，就從養廉金內扣，有時把養廉金全部扣除也不夠，於是隻好巧取豪奪於人民。上官收受了陋規，遇到下級有過失，則為之包庇，下級也以陋規來挾製上級。這裏的弊端就大了。左宗棠感歎說：“上官之取於州縣也一，州縣之取於民也十。何怪民生之日蹙，仕風之日下乎！此察吏之必先恤吏，恤吏之必先裁革陋規也。”
經過一番整頓，陋規概行裁革，攤捐各項酌給公費銀兩，由關稅、茶稅等餘款貼補。對於地方小官吏，查實如養廉金太少、不夠養家者，酌給津貼。這樣使吏治有了一番振作，人民的負擔也減輕了。他又命開設蠶棉館，推廣養蠶和植棉，並命令各州縣廣積糧食備荒。人民普遍感到滿意。
（四）整飭兵治。清代正規的“製兵”即綠營兵號稱60餘萬，但素質低下，不能作戰。太平軍興後，各省都另募勇丁（團練）以備戰守。但製兵名額卻不減少，兵額越來越多，餉籌不出來，於是鮨扣軍餉，士兵隻發半餉，哪能吃飽。因此年輕人不願入伍，入伍的多是老弱和窮無所歸的人。有些隻掛個名，而以小商販、傭工等為本業，有暇時才應應操差。甚至還有以當兵支門戶，抗官府，窩藏盜匪。名為兵，而從不上操當差。餉是如此之薄，如果不準許當兵的找個“第二職業”，實在說不過去，事實上也難辦到。既然士兵別營生機，就不能集中住在兵營，而是散居市廛，不能一呼即到，軍紀也無從施行，實為一大怪事。左宗棠形容當時福建的軍隊說：“陸軍不知擊刺，不能乘騎。水師不習駕駛，不熟炮艦。將領隻知趨奉應付，辦名冊，聽差使，練操就像演戲，這樣有何實用？水師的戰船長期失修，全都腐朽了，遇到有巡邏任務時，隻好雇民船代用。勇丁沒有船炮，無從操練，名為水師，實際則住在陸上。一登上海船，就頭暈嘔吐不堪，站也站不穩。”
左宗棠認為各省綠營通病，是因軍餉太低，“餉薄不能練兵，餉薄是由於兵多。與其欠餉，不若減兵；與其欠餉而養無用之兵，不若減兵而節可惜之餉。”他奏請朝廷大量裁兵，有四種兵應亟汰：老弱疲乏之兵，吸鴉片煙這兵，掛虛名之兵，分散各地零星之兵。大概選留可練之兵五成餘，裁去四成餘之餉加給留下的兵，士兵每月可得三兩銀或稍多一點，可夠日用了。這樣隻減少無用不可練之兵，於兵製無所損害，於餉事則有所增加。兵精糧足，以後海上多事，可一戰了。
（五）經營台灣。台灣是福建省的一個道。過去清朝廷忙於內戰，對台灣無暇顧及。左宗棠到閩後，看到台灣為海灣門戶，雖遠隔重洋，實為全省安危所係，而且關係到東南沿海各省的安危。台灣不僅戰略地位重要，資源也極豐富，實是一塊寶地。因此他在閩時間雖短促，卻立即著手對台灣的經營。他對台灣的軍事、民政、物資和少數民族情況進行了調查，發現在軍事方麵，台灣幾乎無防務可言。原來台灣開始設郡時，是由內地標營調兵去防守，三年換一次，兵額為1.4萬餘，設道標，由台灣道節製。鹹豐初年，因為內地戰事緊張，自身應付還不夠，沒有力量調兵來台，現剩兵員不到三分之一，道標也已撤除。有事時就臨時招募勇丁，所募的勇丁多是遊手好閑的無業之徒，聚集起來就是兵，分散開來則為匪。兵匪不分，人民受害最大，苦不堪言。至於台灣水師，也是一樣腐敗。過去有戰船16艘，現在一艘不存，雖然沒有船，仍照樣領取修船費。武營虛冒侵占公款，文員不敢究詰。這樣的海陸軍，隻要列強派幾艘炮艦來，就能輕易占領台灣。
左宗棠采取了一些整頓措施。首先奏準恢複班兵輪換製，重新設立道標，由道台節製。修船費嚴禁中飽，一概用於造新船，在海岸巡邏。並募練新兵，增強海防。台灣物產富饒，官員趁機收取陋規，以飽私囊。左宗棠奏撤了不稱職的官員，調補劉明鐙為台灣總兵，吳大廷為台灣道員。吳大廷表示，將道署陋規全部歸公；劉明鐙也表示要裁革陋規以及節壽錢禮等，於是官場耳目一新。左宗棠仍按照省內辦法，陋規革掉了，有些文武官員養廉金不夠用，則另籌津貼，以貼補他們。