台灣人民有挾仇械鬥的習俗，鬥勝者就霸占敗者家產，稱曰“紮厝”。官員下鄉辦案時，先要索取一筆費用，又不認真辦理，往往置正凶不問，抓一兩個不相幹的人敷衍塞責。老百姓氣恨官吏貪汙昏庸，結會私鬥的風氣更盛。當地諺雲：“十年大反，五年小反。”其實都是官逼民反。左宗棠認為選任廉正明幹的官員十分重要，必須嚴操守，勤訪治，孜孜奉公，體貼人民，然後人心才能團結，也才能收到長治久安之效。新調派的道員吳大廷，他認為是“操守廉潔，有才幹，兼通方略”的人；總兵劉明鐙也是“功勳卓著，謀勇兼備”；台灣事交給他們二人，可以放心。劉明鐙還帶領了一部分楚軍去台加強防務。 當地少數民族為高山族同胞，清代稱為“生蕃”，內地人認為生蕃野蠻。左宗棠經考查之後，認為他們雖然各方麵條件落後些，但主要問題是滿漢官員不能平等對待他們，而且還敲詐剝削，使他們不滿。上奏說：“台灣生蕃，性雖野蠻，卻極馴順。地方官如清愨自持，以簡佚之道處之，最易見德。”以前高山族同胞獻了一些地給政府，要求？發，並取得內地人民同等待遇。疆臣上報朝廷，朝廷交部議，但官僚們卻莫名其妙地不準，以至使山胞失望，離心離德，民族不和，對社會秩序造成不利的影響。左宗棠認為應該聽任山胞？發，但又不要強迫，對待山胞要與內地人民一律，不應歧視，這樣對國家隻有益處。
左宗棠原準備待省內各事料理得差不多後，親自渡海到台灣視察，不料得到去西北的急詔，未能成行。離閩前，他特別將台灣軍政各事詳細奏陳朝廷。他認識到台灣地位十分重要，但因為在閩時間太短，沒有來得及料理妥當，是來福建一件最遺憾的事。離閩後，他仍然念念不忘台灣，直到20年後，中法戰爭爆發，他這才又奉命回到福州，為經營和保衛台灣盡他最後的一點力量了。
（六）在福州還遇到一件涉外事件，給英帝國主義分子碰了一個不大不小的釘子。英國駐福州領事原是有雅芝，他回國後，由賈祿接任。那年春天左宗棠準備購買輪船，便下了一道劄（公文）給賈祿詢問，本來是件好事，不想賈祿卻擺起架子，向通商局道府說：“給領事文不應該用劄，上海、廣東都是用照會。”又說：“領事來見將軍督撫時，上海、廣東都開轅門，還鳴炮示敬，何以福建獨不開門鳴炮呢？”擺出了一副帝國主義分子的架子。道員稟告了左宗棠，左宗棠叫他回答賈祿說：“福建、浙江向來都是用劄的，是按照條約辦事。領事來見，向來不鳴炮開轅門。外國領事地位大致與道員相等。上年接見前領事有雅芝就是如此，並不是對賈祿有所薄待。”賈祿無言可對，但卻又去信給北京英國公使，說左宗棠接待欠周到。英公使向總理衙門提意見，總理衙門是懼怕洋人的，趕緊來信詢問，左宗棠已和賈祿講清楚，並已了解賈祿不受劄的後台，回複總理衙門說：“賈祿已表示，不願受劄並不是他的本意，是奉英公使之命。賈祿要求清理中外交涉案件，因所請合乎情理，已妥為應付。”接著他告誡說：
“夷性貪而無饜，罔知中國禮法，所用多中國莠民，教猱升木，靡事不為。從前和約迫於時勢，不得不然。然若於條約之外更議通融，恐我愈謙，則彼愈亢；我愈俯，則彼愈仰，無所底極。”
他嚴正地提出了對待西方侵略分子、辦理外交不亢不卑的態度，也批評了上海、廣東等地官員卑屈媚外畏外的作法。
同治五年二月，左宗棠班師回駐福州，到十月離開，僅僅8個月，時間雖然非常短暫，但卻為地方和人民作了不少事。其中影響最大、意義最為深遠的一件事，是創辦福州船政局，在馬尾山下、羅星塔畔，開設造船廠，並開辦了“求是堂藝局”（即船政學堂）。
福州船政局的創辦是清末洋務運動中的一項重大事件。馬尾造船廠是中國第一個新式機器造船廠，它也是左宗棠傾注全力創辦的第一項，也是最有深遠影響的一項“洋務”。所謂“洋務”，就是當時社會所指的“現代企業”，例如“機器工業”（與手工業對比），也包含鐵路、電訊等企業，因為是由西方傳入的，所以統稱為“洋務”。辦洋務即是辦現代企業，這無疑對於國家和人民都是有好處的。
從長遠看，也是每一個國家現代化的必由之路。
中國人辦洋務是先從辦軍事工業開始的。這是由於中國人和西方接觸，首先遇到的是西方的炮艦外交。西方列強憑借他們的“船堅炮利”，打開了中國的大門。他們可以隨意將兵船開到沿海以至大沽口，甚至開進內河；可以隨便用大炮轟擊沿海沿江的炮台和城市。西方人給中國人的印象是不友善的和邪惡的，是“侵略”；即使是通商和傳教也常有強迫性。中國人害怕西方的軍艦和大炮。明代鄭和的木船隊和火藥、土炮也曾稱雄於世，現在卻敵不過人家了。因此，那時開明的人士最先想到學習西洋的當務之急，就是仿造船炮。18世紀40年代初，林則徐就提出了製造炮船抵抗外國侵略的主張。隨後魏源提出了著名的主張：“師夷長技以製夷”，即學習西方的科學技術以抵抗西方的侵略。魏源有一部重要著作《海國圖誌》，共100卷。前60卷成於道光二十二年（1842年），後40卷成於鹹豐二年（1852年）。這本巨著收集論述了海外各國曆史地理情況，也包含造船、造炮以及其它科學技術知識。
這在當時是一部比較係統完備的介紹西方的“百科全書”。魏源希望通過這部著作宣揚他的“師夷長技以製夷”的主張，達到國強民富的目的，但他隻是一位學者，不是當權派，《海國圖誌》傳播了西方知識，他的正確主張在他有生之年並沒有能實現。
自從道光十九年（1839年）英國人在沿海挑釁，左宗棠就開始發奮研究西方情況，那時中國人對海外情況了解不多，這方麵的書籍也很少。左宗棠收集了唐宋以來的史傳、別錄、小說、雜記等等，仔細閱讀；後來又讀到《海國圖誌》，很讚美這部書內容翔實，不比那些山經海誌差，他特別欣賞“師夷長技以製夷”的主張，道光二十年他就提出中國要自造船炮，同治元年（1862年）他向總理衙門建議：將來有經費時，必須仿製輪船，以鞏固海防。同治三年他在杭州仿造了一艘小輪船，在西湖上試航，外表粗具，但航行不快。從這以後，他就決心創辦一個大型的機器造船廠。
同治五年三月，左宗棠到福州剛一個月，就正式向清朝廷提出一份建造輪船的詳細計劃。他首先指明造船的目的，是鞏固國防和發展民生。說：“自從海上用兵以來，西方各國軍艦和商船直達天津，藩籬竟成虛設，京師直接受到威脅。洋船行駛快，動費低；中國商人靠木船運貨牟利，費重行遲，敵不過洋商。沿海各省居民十之六七是從事商業的，這樣下去，商業簫條，稅收減少，富人變成窮人，一般人民生活則將更為窮困。如果中國自行製造輪船，在戰爭時期，軍艦可以鞏固海防，抗禦外國侵略；和平時期，可以發展商運和漕運（糧運），促進民生發展。”
他的目的還不止於造船，他主張先從外國購買造船機器，船造多了，可以布置在沿海各省、造船廠又可購買或自製其它機器，觸類旁通，凡製造槍炮、炸彈、鑄錢幣、修水利以及一切民生日用工業，都可以逐一興辦起來。這就是以造船為基礎，發展其它軍用和民用工業。這確是一項很有遠見的計劃。
當時清朝廷也認識到輪船的重要。但朝中有些人反對造船，主張購買或雇傭外國船。左宗棠認為購、雇不如自造。反對者提出了造船的若幹難點。他對此作了周密的設想，並一一提出了解決的辦法。如：選擇廠址的困難，在馬尾山下可以解決；購買機器和聘請外國技師的問題，他已和德克碑、日意格談妥；籌款問題，浙江巡撫馬新貽和廣東巡撫蔣益澧都答應協助；船造成後的駕駛管理人員，可開辦求是堂藝局進行培訓等等。
當然，還有最大一難，新創辦的事業總是不易為人了解接受，因而各種議論、誹旁，甚至公開的反對紛紛而起。阻力既來自清廷內部，也來自外國。朝內有一部分頑固派，反對一切新事物。如大學士倭仁、監察禦史馬盛藻等，他們認為：“讀孔孟之書，學堯舜之道，明體達用，規模宏遠”，足以應付一切，外國人自會躲得遠遠的，用不著造輪船和洋炮。如果“製洋器，造洋船，即不能不學洋學，讓科甲正途人員去學天文、算學等，去了解製造洋船洋炮的道理，那是他們極端反對的。因為這樣，恐怕天下將以禮義廉恥為無用，大家都去學洋學”，人心因之解體，國家要垮台了。這些議論竟然出自大臣之口，是極端荒廖的。幸而朝廷當權派親嚐過西方列強侵略的滋味，沒有聽信他們的意見，迅速批準了左宗棠的建議，著其試行辦理。
阻力也來自外國。英公使威妥瑪和稅務司赫德聽說中國要自造輪船，而且請的是法國顧問，就急忙橫加幹預，向清政府提出建議說： “中國要圖自強，應當向外國學習新事物，這固然不錯。至於輪船機器等還是以買和租雇最為方便。”
威妥瑪表麵說得很漂亮，似乎是幫助中國圖自強，實則他是一個臭名昭著的帝國主義分子。從鴉片戰爭以來，直到後來收複新疆之役，他一貫使壞主意，企圖侵占中國利益，不是欺騙就是恫嚇。他反對中國自造輪船，而讚成購雇，有他自己的打算。中國如能自己造船，鞏固了海防，對帝國主義不利，以後就不能肆意欺侮中國了，這是主要的一點。造船請的是法國顧問，他們也眼紅，如果購雇，則英國還可以得利。清政府不相信威妥瑪，寄了一道密件征詢左宗棠的意見。左宗棠揭露了威妥瑪的意圖，清廷就據理駁複了他。