在撚軍中像苗沛霖、李昭壽這一類的領袖還有不少，太平軍吃過更多的虧。撚軍中的遊民習氣和其它壞作風也很嚴重，這些都影響它和廣大人民的合作。
撚軍並不像太平軍一樣有一個農民革命的綱領，盡管太平軍的綱領有缺點，但它至少明確提出了推翻清王朝的目標，因此在初期得到廣大人民的擁護。而撚軍連這樣一個目標也沒有。這和它的領袖們的反複無常，缺乏堅定的革命方向，它的部隊的飄忽不定，不重視基地建設，是互相關聯、互為因果的。它的興起和發展，對清朝封建統治產生了巨大的破壞力，但對民族、國家和社會，卻缺乏建設性。在當時強鄰環伺瓜分中國極端危急的形勢下，像撚軍這樣一支組織鬆散、缺乏一定目標、領導人反複動搖的力量，隻能起到一些破壞作用，是不可能擔當統一中國、抗禦外侮的重任的。廣大人民不曾這樣企望他們，他們自己也從來沒有這樣想過。因此，他們最後也隻能以失敗告終。
最後興起的一支力量是回軍。回民聚居在西北陝西、甘肅（包括今寧夏回族自治區）一帶，已有千年以上的曆史。由於長期和漢族共處，語言文字已基本互相溶合。但因宗教信仰和生活習慣不同，又不易通婚，因此不免存在隔閡。曆史上，漢民與回民之間，伊期蘭老教和新教之間，時常發生紛爭和械鬥，但性質還不嚴重。由於清政府腐敗的統治，政治黑暗，派駐在陝甘等地的滿人官吏貪汙腐化，壓榨欺淩少數民族，誣良為盜，虜掠回民婦女，草菅人命等，激起了當地回民的極端不滿。清政府又執行反動的民族政策，“以漢製回，“護漢抑回”，遇有漢回爭執，地方官往往偏袒漢民，壓抑回民。漢民也恃眾欺淩，因此漢回之間積怨很深，互相仇殺；後來仇殺範圍越來越大。同治元年陝甘回民紛紛起義，起義的主旨是反對民族歧視和民族壓迫，而近因則是受太平軍和雲南回民起義的影響。
首先起義的是陝西回民，同治元年太平軍陳得才率部攻入漢中，進逼西安。在渭南、大荔等地的回民迅即響應，爆發回民暴動。起義領袖是伊斯蘭教阿訇（經師）赫明堂、洪興、任武等。暴動迅速由東向西蔓延到華州（華縣）、三原、鳳翔、長安等地。元年八月，甘肅回民首先在固原州暴動，響應陝西回民，然後擴展到秦安、寧夏、河州（臨夏）、狄道（臨洮）、西寧、肅州（酒泉）等地。回軍很快就控製了甘肅省大部地區。清政府驚惶失措，這時中原戰事正緊，原想調荊州將軍多隆阿入陝剿回，因為受太平軍和撚軍的牽製未果。後來調直隸總督成明，帶領素稱精銳的“京兵”入陝，不想才過黃河，就被回軍殺得大敗而歸，使“京兵”英名掃地。不久，再派勝保來剿回，此公以前在江南征討太平軍時，是常敗軍，曾國藩等戲稱之為“敗保”。“敗保”公到了陝西，把軍事不放在心上，還胡作非為，人民怨聲載道，告到上麵，於是清廷賜令自盡。這時的清政府還算能維持一些政紀、軍紀。它下決心將多隆阿調來陝西。同治二年，多隆阿部隊攻占了回軍多處據點，殘酷野蠻地血洗、屠殺回民，老弱婦女都不免。在攻占最後一個據點L稨縣城時，多隆阿自己也中彈身亡。但是陝西回軍和入陝的太平軍餘部在陝不能存身，紛紛逃入了甘肅，使甘肅回軍勢力更盛。
回軍在甘肅有四大據點：南有馬占鼇，據河州和狄道州：北有馬化鴇，據寧夏、金積堡；西有馬尕三、馬桂源，據西寧；西北有馬文祿，據肅州。進入甘肅的陝回領袖馬正和、白彥虎等以寧州（寧縣）境內的董誌原為基地，擁有30萬回軍，勢力及於慶陽、鳳翔等甘陝邊界一帶。當時甘肅有三個地帶是在回軍控製之下：一個是以平涼為中心，北至寧夏，南至秦安。另一個是以河州為中心，西至西寧，東至狄道。再一個是肅州以東的河西走廊。河西走廊是陝、甘、新的交通要道，寧、靈一帶是左翼，河湟一帶是右翼。肅州是通往新疆的門戶。清政府如要收複新疆，必須首先打通河西走廊，收複肅州。要收複肅州，必須先肅清寧靈、河湟左右兩翼。
陝甘漢回仇殺，使回漢兩族人民都遭受重大犧牲。這是反動封建政府長期壓迫和挑撥民族間仇恨的結果。回族人民起義具有反抗壓迫的革命性質，但是起義回軍的領導權迅即掌握在回族封建主和宗教首領手中，他們沒有也不可能提出明確的反封建的政治綱領，因為他們本身就是封建主。各地的回軍領袖各自為政，他們還煽動民族仇恨。有些封建主的領導人物，掠奪了當地人民的大量財富，如馬化鴇“富甲一鄉”，這些人並沒有堅定的、進步的政治信仰，對清政府的態度反複無常，叛亂了又歸順，歸順了又叛亂。更為嚴重的是，在外敵入侵、國家危急之際，回軍領袖中的人竟接受他們的槍支彈藥、王爵封號。馬文祿接受烏魯木齊“清真王”妥得瞞的封號，又於同治十一年向新疆敵人求援。
白彥虎於肅州攻破前逃往新疆，投靠阿古柏傀儡政權，最後又投入俄國懷抱，成為國家叛徒。回軍這支力量也和撚軍一樣，聲勢很大。但是在外敵壓境、國內四分五裂之下，期望回軍能統一中國，驅逐阿古柏，收複新疆，顯然是不可能的，也不符合當時的實際情況。回軍自己也從來沒有提出過這樣的願望和綱領。相反，一些回軍領袖與占據新疆的敵人勾結，甚至投靠，其目的是借外敵以自重，與清軍抗衡，從而達到他們在陝甘保持割據的局麵。
以上三支主要的反政府力量既然不能擔負起挽救國家危亡的重任，那麼回過來看看中央政府的情況吧！除了湘、淮軍外，清朝廷在各地有一些直屬部隊，但是戰鬥力一般都很差，原因是管理腐敗，軍隊素質差，旗人將領無能。太平軍興時，最先派去進剿的將領如賽尚阿、烏蘭泰、勝保等都不堪一擊，進剿撚、回軍的“京兵”也敗退下來。多隆阿是滿人中的善戰者，又已戰死。在陝甘的滿族大員如熙齡（總督）、恩麟（布政使，曾護理總督）、慶瑞（寧夏將軍）、玉通（辦理青海事務大臣）等，都是所謂“豐鎬世家”，紈子弟，既不懂政，更不懂軍。又如烏魯木齊提督成祿，逗留在甘肅高台縣達7年之久，不敢出玉門關一步，卻在當地壓榨老百姓，貪汙30多萬兩銀子，還殘殺200多良民。這個人後來被左宗棠參辦。在新疆的滿族官員也都是這一類人物。新疆的幾次民變，幾乎都是由於貪官汙吏枉法殃民所引起。清政府內也有開明有識之士，如大學士兼軍機大臣文祥等，他們知道如依靠這幫人去收複大西北，不僅是無望，而且也荒唐。因此，唯一的希望是依靠漢人將領和軍隊：湘軍和淮軍。 湘軍主帥曾國藩在平定太平軍後，就被清廷調到北方剿撚，但不久他告病，仍回南京當兩江總督，由李鴻章接替剿撚任務。曾國藩素來認為高位、大名、重權是一種危險，隻有辭榮避世才是安身良策。他已經封侯拜相，兵權又已交出，從此再無“進取”之想。李鴻章是有名的對外妥協投降派，他們二位都提出過放棄新疆的主張，特別是李鴻章，他是在塞防海防之爭中，堅決反對出兵收複新疆的主將。清朝廷中有識之士沒有將收複大西北的重任交給曾國藩和李鴻章，表明已認識到他們二人不可能有統一中原、收複新疆的膽略和決心，全國人民也不能寄希望於他們二人。
在這種局麵下，太平軍既已失敗，撚軍和回軍又不可能統一中原，他們自己也從來沒有提出過這樣的要求，清軍本身力量單薄，各派力量又不能聯合起來，湘、淮軍兩位領袖曾國藩和李鴻章不願擔當收複新疆的重任，清廷以至全國人民，唯有寄希望於左宗棠這支力量了。
左宗棠是在這種不得已、萬難的情況下，“引邊荒艱巨為己任”，在朝廷命令和人民期望下，毅然出來力挽狂瀾的。他曾多次渴望當時局稍微平靖之後，能脫離戎馬生涯，回到家鄉安享田園之樂。但是他說：“萬方多難，吾不能為一身一家之計。”“此時西事無可恃之人，我斷無推卸之理，不得不一力承擔”。因此，犧牲家庭幸福、田園樂趣，走上那漫長、艱苦、荒涼的沙漠之路。
曆史和人民都肯定左宗棠收複新疆的壯舉。有些漢族人士曾抱有這樣的希望和疑問：何以湘軍在平定撚軍和回軍之後，不一舉推翻孱弱的清朝廷，建立一個開明的漢族政權呢？這樣也許可以避免中法之戰、甲午之戰、八國聯軍之戰等一連串的屈辱。但是湘軍力量最強大的時候，是在太平王朝覆滅之際，那時淮軍也聽命於湘軍。如果曾國藩高舉義旗，推翻清王朝是不難的，但是曾國藩錯過了這段時期。當左宗棠奉命西征時，手下隻有幾千名部隊，後來又招募了一些，也不過一二萬人，進軍新疆時，還利用了金順、張曜等滿人和各地方部隊。如果他在平定中原的前後，向清廷反戈一擊，即使能成功，也必然會延長內戰時間，增加各族人民的痛苦，而在列強環伺、瓜分中國之際，新疆的收複也將更其渺茫了。何況左宗棠又不是有野心的人。
“秦失其鹿，天下共逐之”，究竟鹿死誰手？幾支力量既然都沒有奪取天下的願望和能力，隻能由清政府暫時再維持一段時期，形成所謂“中興”的局麵。從中華民族的長遠利益來看，在那一段危急的時間，應該拋棄狹隘的大漢族主義和狹隘的民族主義，暫時捐棄各階級、階層的利益，由左宗棠率領的湘軍與清軍的聯合部隊，出關收複失地，這應該是最好的策略。