八月初五日左宗棠到達天津，初十日到北京。這是他第四次來京了，前三次都是來參加會試，每次都落第而歸，最後一次來京是道光十八年（1838年），距今也已30年了。前三次來，隻是一個窮書生，這次來，已是赫赫有名的地方大員、欽差大臣，不可同日而語了。八月十五日，覲見了慈安、慈禧兩宮皇太後。他當了7年的巡撫、總督，和朝廷奏折來往頻繁，但見皇太後和皇上還是第一次。太後對他慰勉有加。撚軍平定了，朝廷放了些心，但仍害怕陝甘回軍打過來。太後叮囑宗棠，必須把山西邊境保護好，先鞏固東邊，再向西推進。太後又問：“西北回亂何時可以平定？”這個問題卻是很不好答複的，宗棠考慮了一下，應聲說：“需要五年。”太後覺得時間長了一些，但宗棠預計進兵、運糧、籌餉等許多困難因素，5年能平定陝甘，就算是夠快的了。後來有人認為他估計冒進，是輕敵驕傲。他說：“天威咫尺，何驕也！?”皇上麵前說錯了話，是要殺頭的，他哪裏敢胡說、驕傲？3年後，他與友人信說： “西事艱險，為古今棘手一端。鄙人冒然認之，非敢如壯侯自詡：‘無逾老臣’，亦謂義不敢辭難耳。前年入覲麵陳，非五年不辦，慈聖頗訝其遲。由今觀之，五年蕆事，即大幸耳。”
左宗棠率軍入陝西的那年，已經56歲了，已感到年老多病。他年輕時身體本來很好，很少生病。同治二年在嚴州得了一場瘧疾，一天之中忽冷忽熱，苦惱不堪。他又不信藥，不肯服藥，因為以前患過一次瘧疾，服了藥反而加重，加之小地方又沒有好醫生，當時也沒有特效藥，一連病了50餘天。及至病愈之後，沒有得到休息調理，身體大不及前，患了慢性腸胃炎（長期腹泄），僅靠服點補藥調養，效果也不好。在西北幾年，行軍途中，他通常住在營帳內，與士卒同甘共苦。生活條件差，軍事繁忙，又患上了一些老年病，如腰腿酸疼麻木，筋絡不舒等。以前記憶力非常好，如今時常健忘。他常對人說，今後要生出玉門關，恐怕是不可能了。
宗棠雖有四女四子，行軍時都不在身邊。結婚次年，生了長女孝瑜，隔了一年生下次女孝琪。孝琪半歲時得了急驚風，卻遇上了庸醫，誤服補劑，以致下身癱瘓，一生沒有結婚。3年後張夫人生了三女孝琳，嫁與湘潭黎福昌（爾民）；周夫人生了四女孝，嫁與湘潭周翼標（慶生），周翼標是外祖母王太宜人的第二孫。左宗棠對待子女的態度是一視同仁的，雖然對每人的才具和缺點不免有所偏愛或批評，總之，他對子女，特別是對兒子們，是很嚴格的，孝瑜既是長女，又是前輩和知己陶澍的兒媳婦，自然不免有些偏愛，但對她也有過批評。孝瑜很能幹，又十分孝順。有一次陶桄捐了個道台，左宗棠知道了，很不以為然。他素不讚成子弟作官，以為讀書耕田就好。他寫信告誡孝威說：“你大姊一意慫勇少雲作官，不了解在外作官的苦惱，將來必定會有懊悔的一日。”
二女孝琪受到他的特別愛憐，也許因為她是殘疾人，但左宗棠說她最像母親。周夫人去世後，他告知幾個兒子說：“家中事務一切要稟告二姊決定，更要善待她，決不可讓她煩惱。”
四個女兒都有才華，母親和外祖母都能詩，自幼就教她們讀詩、寫詩。周夫人去世後，宗棠將她們的詩收集成冊刊印，名為《慈雲閣詩抄》。慈雲閣是王太宜人居室的名稱。女兒中以孝琪的詩最多，收了古近體共79首。
左宗棠得子較遲，35歲時，長子孝威才出生，比長女孝瑜小13歲。孝威自幼聰慧，讀書用功，宗棠很鍾愛他。孝威出生的次年，孝寬出生；7年後，孝勳生；又隔4年，幼子孝同生。左宗棠對兒子的要求很嚴格，認為他們天資都不算高，不過都還本分老實。他一再告誡他們，千萬不要作官，作官是自尋煩惱。同治五年他由福州去陝甘之際，為左氏家廟寫了一副對聯，交給孝威和侄兒左贗，命懸掛在祠堂中給全族子弟看，聯文是：
縱讀數千卷奇書，無實行不為識字；
要守六百年家法，有善策還是耕田。）
聯語的意思是：學問與品行相比，品行更重要，學問隻在其次。他又給家塾寫了一副對聯，是：要大門閭，積德累善；是好子弟，讀書耕田。也是同樣的意思。他認為讀書固然重要，但讀書是為“明理”，並不是為作官。他讀過許多書，也作了大官，年輕時讀過的地理、軍事、政治、海事等書籍，對後來的事業有很大的幫助。他讚成子弟讀書，但不讚成他們作官，這也許可算是一種逆反心理，因為他深知仕途十分艱難，而且要遇到各種無聊甚至卑鄙齷齪的事情，正直的人在官場上會遭到各種意外的打擊和挫折。加之他認為兒子們氣質和才具等方麵也不適於作官。他年輕時酷愛農業活動，所以總是把耕田和讀書放在同一位置。
孝威16歲考中秀才，同年參加鄉試，又中了第三十二名舉人。宗棠那時正在浙江龍遊軍營中，他很高興，但又寫信告誡孝威說： “我既為你高興，也為你擔憂。古人認為早慧早達並不是件好事，像晏元獻、楊文和、李文正等自幼聰明早慧、長大後有成就的人，千古也沒有幾人。倒是小時了了、大來不佳者則指不勝屈，我就親眼看到幾個。你的才質不過中等，今年歲試考了高等，原以為學業大有長進，及至看到寄來試稿，也不過平平常常，字句間還有許多不妥適處。古人雲：：‘暴得大名不祥。’今後切不可有半點驕矜之氣，以免我擔憂。” 宗棠自己是20歲中舉人，孝威中舉比他更早四歲。宗棠認為少年僥幸太早，今後一切言語、行動都須慎之又慎，切不可模仿時下流行的名士氣派和公子氣派。他還叫孝威明年不要去京會試。孝威回信說，準備跟二伯父回湘陰東山讀書。左宗植年老了，但仍要靠教書為生。宗棠想要孝威接二伯父來長沙，就在家塾中教他們兄弟四人讀書，既免宗植到外麵坐館，孝威留在家中，又多少能照顧母親。他以前每年隻寄二百兩銀子回家，今後可多寄二百兩，以一百六十兩作為二伯父的束？金。一位總督兼欽差大臣的家庭，每年家用隻有三四百兩銀子，也算夠節儉的了。
孝威沒有留在長沙，還是回到湘陰山中，宗棠知道後也很高興，寫信告訴他：“山居讀書，遠隔塵囂，是一大樂事，千萬不要讓日子悠悠忽忽地過去。”孝威久居城市，乍到鄉下，正如離籠的鳥兒，感到輕鬆愉快。他的書房在屋後一個小山坡上，讀完書後，有時他不循山坡小路回去，就直接從山郌上跳下，一方麵是抄近路，一方麵也是好玩。有一次往下跳時，不慎受了傷，以後又生了病。家中寫信告知宗棠，說病是由跌傷引起的。宗棠心疼不過，寫信責備他說：
“禮記雲：‘孝子不登高，如臨深淵。’因為怕損害了身體，傷了父母的心。你年紀這麼大了，還一味貪玩，不顧性命。我三十五歲才得你，對你加倍憐愛，你母親又是善愁多病的人，她隻生下你一個兒子，你難道一點兒沒有想到過這些嗎？你若再不改正，我也再不顧念你了。”數落了一大頓。其實，孝威這年剛17歲，雖然已是位舉人，還隻是個少年。他在山間野外活動，愛蹦蹦跳跳，也是很自然的。封建社會對子弟要求循規蹈矩，一言一動都要合乎“法度”，跑跑跳跳就算不規矩。這當然是過份些。宗棠自幼也是在農村田間長大的。但他疼愛兒子，因之責備也過切。