陝甘戰事結束後，左宗棠就集中精力來禁種罌粟，他命令各級政府從道、府縣，直到基層，四出檢查，見到種罌粟的整片地畝，一律翻犁灌水，全部鏟除。如果是罌粟和豆麥等雜種的地，隻將罌粟拔除。每月都要彙報，違禁者處以杖責枷號，不論貧富貴賤，一律依法處分。雖然禁種比禁吸好辦些，但也遇到了各種阻撓。貪官汙吏借此向農民敲詐勒索，軍營中本來吸毒成風，也暗中包庇煙農，煙農則公然說：“不許種鴉片，哪來的銀子交錢糧？”各地方官表示：“民間種罌粟，時間已久，早已成為習慣、風氣。西北地方遼闊，要想一時查禁，也是很困難的。”但是左宗棠不為這些阻力所動搖，仍然堅決執行禁種。
寧夏在馬化鴇統治時期，因為穆斯林教規嚴禁鴉片，沒有人敢公開種罌粟，馬化鴇失敗後，因為有厚利可圖，人民就紛紛種起來了。禁煙令在寧夏的阻力也最大。左宗棠毅然將寧夏府大小官員（除個別外）分別革職、撤任、查辦；對違抗禁毒的士紳也一律拿辦。經過如此整頓，寧夏大種罌粟的局麵平息下來了。自從林則徐大禁鴉片以來，三四十年中，在清政府大員中，最痛恨鴉片、禁鴉片決心最大、最嚴格的，當推左宗棠了。
禁種罌粟是為了斷絕鴉片煙的來源，除了禁種還必須禁運。左宗棠對外地煙的政策是：四川、雲南等地土煙入境，一律沒收焚毀；對於洋煙，因為受中英不平等條約限製，不沒收銷毀，但一律不準入境，勒令煙販連同煙土折回。如偷運入境，查出則仍要焚毀。從禁種、禁運開始，後來對開設煙館公開售煙也加以禁絕。
禁種、禁運的政策不久就收到了效果，到光緒六年左宗棠離開西北時，陝甘境內煙苗已基本根絕，隻在深山荒穀可能還有少量種植。新疆境內，南路煙苗已消滅大半，北路則差些。總之，煙土來源大量減少，煙價自然騰貴，每百兩價格由六七十兩銀漲到三四百兩，煙民自然減少了。
禁煙的最後一步是針對煙民。既然禁吸在當時難於實行，對於汪洋大海的煙民隻有勸戒。左宗棠發動各方力量收集戒煙藥方，配製成藥，分送給煙民。同時鼓勵官紳士民捐資合藥，救治煙民較多的，還要上報朝廷請獎。這是積極的方麵，消極的一麵呢，對於廣大煙民無法一一懲治，但對於官吏，則絕不許吸煙。部下有吸煙者，一經發現，就扣上一頂很合適的帽子：“嗜好甚深”，或“頗有嗜好”，這樣就具備了參劾革職的資格。
左宗棠痛恨鴉片煙，厭惡抽煙的人，是始終如一的。有一次他聽說孝威托兩個同年好友，為母親代購藥材，他知道這兩個人煙癮很大，寫信去狠狠批評了兒子一頓，並且命兒子與這兩人斷絕往來。還有一次，不知從哪兒聽到的消息，說他的長孫抽鴉片煙，他勃然大怒，立命家人將孫子拿來，予以處死。家中人都知道他的脾氣，說到真做到，誰都捏一把汗。大家趕緊將孫子藏起來。隻有幾位姑奶奶是在左宗棠前唯一可以說話的人，她們拉住父親苦苦相勸，告知他大孫子並沒有抽煙的嗜好，不過偶爾抽一兩口玩玩的。宗棠才息怒，命將他禁錮在書房內，如果再犯抽煙的毛病，那就非處死不可了。一個月之後，他沒有再抽煙，這才放了他出來。
陝甘的農民不能種罌粟了，怎樣維持生計呢？左宗棠又替他們籌劃，種罌粟獲利很大，因此要找一種同樣獲利大的作物，他認為可用種棉代替。棉花是一種經濟作物，他經過一番核算，認為種棉收利可高於罌粟，在通知下屬推廣試種稻穀桑棉的文中說：
“甘省素來不產絲棉布匹，全靠外省運來，既無舟船運載，因此價格昂貴異常。農民本來很窮，每到隆冬，還隻穿件短布單衣；而我們在上位當官的人都輕裘重茵，實在於心不忍。”“西北人民苦無衣甚於無食，許多老弱婦女衣不蔽體。”他引述唐人韋應物的詩：“自慚居處崇，未睹斯民康”，表達自己的心情，感到身為最高地方官，竟未能使老百姓人人有溫暖的衣服穿上禦冬，深為慚疚。
種棉織布，不僅能解決農民生計，也能解決老百姓缺衣問題。他一方麵廣泛宣傳種棉的好處，一方麵又向民間傳授種棉方法。同治十三年，他下令刊行了《棉書》和《種棉十要》等書籍，同時還命各地設立紡織局，教給婦女紡織技術。由於他的積極倡民，甘省東自隴東正寧、寧州，西至河西走廊涼州、甘州、山丹、東樂等地普遍植棉。同治十二年他西征時經過山丹等地，正值田間棉熟，他停車和父老攀談，農民告知他：“一畝棉田收獲較好的，可得二十餘斤，每斤一千文，又省工力。種罌粟還要剝果刮漿，種棉比種罌粟更合算。”當然，種棉代罌粟，主要目的是斷絕毒害人民的煙土來源，同時又解決了人民的衣食問題，是一舉兩得。現在甘肅敦煌、安西一帶已成為盛產棉區。棉區人民的生活也都較為富裕。
左宗棠初到隴東，看到農民所種莊稼品種隻有大麥、小麥、糜子、小米、玉米等，每畝一年隻能收一百餘斤。他於是想到推廣南方的稻穀，在平涼曾教勇丁試種一次，沒有成功。後為平涼知縣王啟春教農民試種，每畝收了四五百斤。宗棠十分高興，於是勸導農民種稻，這是甘肅種稻之始。至今平涼川地仍在種稻穀，寧夏一帶已盛產大米，品質優良，在國內馳名。 除了棉糧以外，左宗棠還鼓勵植桑、養蠶，發展畜牧；在荒山、原野、道旁廣植樹木。除家蠶外，還提倡養山蠶。他考查了有五種樹葉可以飼養山蠶：槲、橡、青杠、柞和椿樹。他將5種樹的形態寫明，公之於眾，叫大家去尋找。他說這是“為甘肅萬年之利”。他還從浙江湖州運來桑秧移植，在蘭州總督衙門後麵，蓮花池小西湖側，種了一千多株桑樹；在東校場、河鉌和總督衙署內後花園，也植了桑樹；還運了幾百株桑秧到肅州栽植。另外，設立了蠶桑專局，教人民養蠶繅絲。
他同時很重視畜牧業，認為：“西北之利，畜牧為大，而牧利又以羊為長，其毛可織，其皮可裘，肉可為糧，是老百姓日常生活所需要的。人民不必耕地、種桑，也可以致富。耕田用人力多而收獲少，放牧則需人少而所獲多。”他認為水澆地可耕種，水草豐盛的地可放牧，湖泊草原地帶則可漁可牧，不應耕種，以免破壞草原植被，引起沙漠蔓延。這些看法具有保護生態的遠見。
為發展畜牧業，他提出了一些措施：在有水草的地方，查明戶口，散發羊種，成本分3年歸還，不計利息。他對這項優惠辦法向人解釋說：“這些辦法是以利民為主，地方富裕了，民物蕃盛了，國家也受益了。”有一次在行軍途中，看到安西一帶百姓貧困，就從自己養廉銀中取出兩千兩，分給貧民和兵丁購買羊種。光緒二年，他又撥銀六千八百餘兩，借給皋蘭貧民買羊放牧。
甘省蔬菜品種十分缺乏，左宗棠命人陸續從湖南、江、浙等省帶來各種南方小菜種籽，教人種植。現在甘肅的南方蔬菜幾乎已應有盡有了。