“隴中局勢，自宜先規河、湟，杜其紛竄；然後一意西指，分扼玉關，斷其去路，乃策全功。此時興師遠舉，尚非穩著。然當強鄰覬覦、狡然思逞之時，固未可拘執。”
他又寫信給總理衙門，提出與俄國交涉的策略，說：“俄人既稱代為收複，一時似不至遽起釁端。榮全此去交涉收回伊犁，彼自將以索兵費為要挾之計。如所欲無多，彼此明定地界，永不相犯，自可權宜允許。若誌在久踞，多索兵費，故意與我為難，此時曲意允許，後難踐諾，彼反得有所借口，以啟兵端。縱此時收複伊犁，仍慮非複我有也。俄國與我國大小相當，人口不及我多，戰陣、火器與泰西各國大略相同。而我國當多難之餘，如大病乍蘇，不禁客感。暫時不宜與其爭論動兵，靜以圖之，反弱為強，詘以求伸。古人雲：‘聖人將動，必有愚色。’圖自強者，必不輕試其鋒。”
他既反對屈服投降。放棄領土，但也不主張魯莽從事，暫時應以低姿態麻痹敵人，暗中卻要積極準備。
他在給兒子的信中，也表達了對當前西北局勢的憂慮，再次聲明將負責到底的決心： “俄羅斯乘我內患未平，代複伊犁。朝廷所遣帶兵大員均無實心辦事之意，早被俄人識破，此事又須從新布置。我以衰朽之軀，不能生出玉門。惟不能將關內肅清，籌布出關大略，遽抽身引退，此心何以自處？”
在這幾封信中，他表明了幾點認識和決心：一、俄羅斯是當前大敵，阿古柏不過是一傀儡，還是容易對付的。二、朝廷領兵大員即那些滿人將領成祿、榮全之輩均不可靠。三、收複新疆，必先肅清關內。四、他年老體弱，衰病侵尋，恐不能生出玉門，難以擔負西征重任。但即使引退，也必將出關戰略籌劃定妥，否則“此心何以自處”？他收複新疆的決心和信心很大，但又擔心70衰朽之軀，難以勝任。然而非常幸運的是，他終於完成了這項重任，而且也終於生出了玉門關。
同治十二年，俄羅斯仍然占據伊犁。榮全到了伊犁東北的塔爾巴哈台，向俄人交涉收回伊犁，但俄人不予理會。清廷著急了，著總理衙門幾次寫信詢問左宗棠對付的辦法。他在回信中提出了對付俄國人的策略和對當前形勢的分析，說：
“俄人久踞伊犁之意，已很明白，情見乎詞。尊處據理駁斥，實足關其口而奪其氣。惟自古盛衰強弱之分，固然要講理，還要靠實力。中國兵威對國內回亂尚未能平定，更何能禁俄人之不乘機竊踞？恐非筆舌所能爭也。榮全深入無繼，景廉兵力單薄，軍隊多見冗雜、缺額，兵無鬥誌。甘、涼、肅及敦煌、玉門一帶本廣產糧食，軍興以來，土地荒蕪，人民貧困，已不足勝任大軍後方基地，需要從新布置軍隊和籌款、籌餉各事。”
繼之，提出進軍新疆、收複伊犁的用兵次第： “欲杜俄人狡謀，必先定回部，欲收伊犁，必先克烏魯木齊。如果烏城克複，我武維揚，然後大興屯政，安撫人民，即不遽索伊犁，而已隱然不可犯矣。烏城形勢既固，然後明示以伊犁我之疆土，尺寸不可讓人。對其派兵‘代管’，可以酬資犒勞，令彼有詞可轉。如彼知難而退，固然很好。如奸謀不戢，先肇兵端，主客勞逸之勢不同，我固立於不敗之地。俄雖國大兵強，但如不得已而用兵，我整齊隊伍，嚴明紀律，精求槍炮，統以能將，豈必不能轉弱為強，打敗勞師遠征的敵人嗎？”
他對敵我作了充分的估計，表示不惜一戰的決心，而且認為俄軍勞師遠襲，補給線長，兵力不繼，隻要我國整軍精武，敵人是完全可以戰勝的。
那年九月，肅州克複，白彥虎率回軍餘部逃到哈密，已進駐古城的景廉告急。清廷嚴旨促金順出關增援，並命左宗棠在玉門設轉運糧台。左宗棠因全軍久戰疲勞，決定先派張曜一軍出關，金順軍和涼州副都統額爾慶額馬隊以次繼進。又命出關各軍設局采運甘、涼州當地糧料，先集中在肅州，然後遞運到玉門、安西。同治十三年三月，金順和額爾慶額的部隊相繼出關，七月，出關各軍先後進抵安西。不久金順軍到達古城，增援景廉的部隊。張曜軍也已屯兵哈密，清軍在新疆已作好作戰的準備。
肅州克複後，清廷授予左宗棠協辦大學士。次年（同治十三年）七月，又晉東閣大學士，仍兼陝甘總督。這是給他的最高榮譽。按清代慣例，未入翰林者不能授大學士（即宰相），這是對左宗棠的殊榮。不過這時是“遙領”，還無實權。清廷對人事方麵又作了一些布置，詔授景廉為欽差大臣，督辦新疆軍務；金順為幫辦大臣，眼看收複新疆的聖戰即將開始了。
這年十二月，6歲即位的同治皇帝載淳，在位13年，正當開始“親政”的時候，突然去世。由醇親王奕的兒子、4歲的載？繼帝位，改元光緒。奕是鹹豐帝的弟弟。由於新皇帝年幼，又與同治帝是同輩，所以兩宮皇太後仍然垂簾聽政。這樣選擇新帝顯然是有意的。