光緒元年初，正當西征部隊緊鑼密鼓地準備一場收複新疆失地的戰爭時，在京師卻發出了一片反對進軍新疆的不協調的噪聲。帶頭反對進軍新疆的是李鴻章，他當時是文華殿大學士兼直隸總督和北洋大臣，炙手可熱的人物。這場大急論發生的背景是當時的海防形勢。同治十三年（1874年）四月，日本帝國主義派西鄉從道中將帶兵3000人進攻台灣，清政府派去的援軍原處於優勢，本可擊退日本，但奕、李鴻章等采取投降政策，在英、美、法等國軟硬兼施的調停下，與日本簽訂了《台事條約》（即《中日北京專約》），賠款五十萬兩，還承認原歸中國管轄的琉球由日本“保護”。以一個堂堂大國竟受製於東鄰小小的島國，朝野上下無不感到恥辱，也激起了全國人民要求造船製炮、加強海防的呼聲。
八月，總理衙門為應付當時形勢，提出了加強海防的6條應變措施，即：練兵、簡器、造船、籌餉、用人、持久。諭旨命各處督撫、將軍等詳細籌議，限一個月內複奏。
左宗棠雖遠在西陲，也收到了總理衙門的谘詢信，他實事求是地提出了答複：肯定了加強海防的重要性，對原疏中所提，在北、東、南三洋分設三大製造局，分設三名提督等，提出了不同意見，認為目前經費缺乏，而且畛域攸分，恐會不利於指揮調度。
李鴻章接到總理衙門的海防條例後，卻避開正題，節外生枝。他認為加強海防需要錢，現在錢都為用兵西北花去了，所以他提出撤銷西北邊塞防務，放棄新疆。這次在台灣的失敗和簽訂屈辱條約，原是李鴻章的責任，他卻自以為巧妙，企圖將責任轉嫁給遠征西北的左宗棠。他的論調當然是徹頭徹尾的賣國投降的論調，他在複奏中說：
“新疆各城自乾隆年間始歸版圖。無事時歲需兵費二百餘萬，徒收數千裏之曠地，而增千百年之漏卮，已為不便。”
他首先認定新疆是一塊無用的地方，中國擁有新疆這塊160萬平方公裏肥沃富饒的土地，是得不償失，這是何等的荒謬！而且他的矛頭還直指康熙、乾隆皇帝。其實，新疆隸屬中國版圖並非自清初開始，在約2000年前的西漢，就有隸屬關係了。
李鴻章接著又說：
“且其地北接俄羅斯，西界士耳其、天方、波斯各回國，南近英屬印度。今昔異勢，即勉圖恢複，將來斷不能守！閱外國新聞紙，喀什噶爾回酋新受土耳其之封，並與俄英兩國立約通商，是已與各大邦勾結一氣，不獨伊犁久踞已也。揆度情況，俄先蠶食，英必分其利，皆不願中國得誌於西方。而中國目前力量實不能兼顧西域。師老財匱，尤慮別生他變。曾國藩前有‘暫棄關外，專清關內’之議，殆老成謀國之見。今雖命將出師，兵力餉力萬不能逮。” 這一段話充分暴露了對自己完全喪失信心、在強敵麵前隻有屈膝投降的心態。他認為中國打不過阿古柏侵略者，因為他有俄英二強撐腰。即使收複了新疆，將來斷然守不住的。俄英二國準備蠶食瓜分中國西部，他們不願意中國收回新疆，中國自然就得老老實實照他們的願望辦。中國兵力、財力不夠，也無力量顧及新疆。當然，隻有放棄新疆了。他還抬出了曾國藩的話，這時曾國藩已去世二三年了，他並沒有來得及參與這場爭論。而且，至少他對左宗棠在西北用兵，曾表示讚許和欽佩，和李鴻章的反對和誹謗是有所不同的。曆史已證明李鴻章這些論點無一處正確。
李鴻章接著提出了西北撤軍的建議，這也是複奏的核心所在，他說：
“可否密諭西路各統領，但嚴守現有邊界，不必急圖進取。一麵招撫伊犁、烏魯木齊、喀什噶爾等回酋，準其自為部落，如滇、粵、蜀之苗徭土司，越南、朝鮮之略奉正朔足矣。俄英既各懷兼並，中國亦不致屢煩兵力，自為經久之道。況新疆不複，於肢體之元氣無傷，海疆不防，則腹心之大患愈棘。輕重必有能辨之者。此議果定，則已經出塞及尚未出塞各軍，可撤則撤，可停則停，其停撤之餉即勻作海防之餉。”
在這段話中，他公開提出了放棄新疆這一大片國土，對待新疆應該像對待越南和朝鮮一樣。越、朝本來不是中國領土，而且不久就被法、日帝國主義分別侵吞。至於新疆，李鴻章也明白說，將由俄英二國兼並瓜分。他還提出一個荒謬絕倫的理由：新疆是四肢，喪失了於元氣無傷；海疆是心腹，心腹喪失，人才會死去；既然輕重有別，就應將西征各軍一概從關外撤回。
本來是討論加強海防，李鴻章卻借題發揮，鋒芒轉向西北邊塞防務，要求放棄新疆“無用之地”，這樣就激起一場海防與塞防的大論爭。
李鴻章的議論雖然荒謬，響應他的人倒也不少。有些是負責海防的督撫；有些是不願繼續為西征軍供應軍餉的中央和地方大員；有些是李鴻章的學生和老部下，曲意逢迎他；也有些是和他唱同一個投降媚敵的調子的。各有各的目的，這時卻團結起來，一致對付負責塞防、指揮進軍新疆的領袖左宗棠。
福建巡撫丁日昌是李鴻章的忠實追隨者，他說：“凡外國陸地之與我毗連者，不過得步進步，誌在蠶食，不在鯨吞；其水路之實逼處此者，則動製我要害，誌有鯨吞，而不在蠶食。”照他的說法，中國地方大，隻要不被敵人一口鯨吞，而讓他們得步進步，慢慢蠶食，倒是無妨的。
山西巡撫鮑源深也附和李鴻章，他說撤兵節餉、放棄新疆有六大好處，他認為這才是“百世靖寇綏邊之長策”。他警告清廷說：“如果不改計，一意西征，國庫將日窘一日，近憂孔迫，遠思方深。” 刑部尚書崇實也附和說：新疆“縱級暫時恢複，……萬裏窮荒，何益於事？” 兩江總督沈葆楨原是左宗棠好友，左宗棠曾推薦他督辦福建船政局，他也要求清廷停止進軍新疆。
在地方大員中，也有幾位反對李鴻章的意見，認為抗俄十分重要。如山東巡撫丁寶楨、署山東巡撫文彬、江蘇巡撫吳元炳和湖南巡撫王文韶。王文韶極力主張“以全力注重西征”，他認為沙俄鯨吞西北是迫在眉睫的事，“我師遲一步，則俄人進一步；我師遲一日，則俄人進一日。事機之爭，莫此為甚。”
同治十三年底，清廷收到了各地方督撫的複奏，看到原來籌議的“海防六策”，本是為長遠之計，現在卻轉變成了是否放棄新疆的急迫的重大問題，因此決定召開朝廷大臣會議，由親王、郡王、大學士、六部、九卿參加審議。正當這時，同治帝病逝，由髫齡的光緒帝即位，廷議於是推遲到次年二月。
李鴻章聽到有人反對他的意見，氣急敗壞。當然他知道最重要的反對者，將是遠在西陲的左宗棠，必須全力對付。因此在廷議之前，他四處策動，書來信往，不辭辛勞。光緒元年正月他剛參加同治帝喪禮回到天津，立即寫信給好友河南巡撫錢鼎銘，唆使他“抗疏直陳”，要求將豫軍宋慶部隊撤回河南，以削弱西征軍實力。錢鼎銘立即於二月上疏，請將宋軍調回潼關，並說明是李鴻章的主意。江西巡撫劉秉璋原是李鴻章部下，因為主張抗俄，李鴻章寫信痛斥，說他是“坐屋內說瞎話”，“大肆簧鼓，實出期望之外”。在李鴻章的鼓動之下，頓時全國響起了一片“停兵撤餉”、“退出新疆”的噪聲，似乎放棄新疆才是愛國，主張收複新疆反倒是賣國。 清朝廷原來調左宗棠西征，最終目的就是要收複新疆。甘肅回事尚未平定時，清廷就接二連三命令左宗棠派部分軍隊出關，本沒有放棄新疆的意思。自李鴻章帶頭一鬧，朝廷倒又沒有了主意，連光緒帝生父奕也附和起李鴻章來，說：“李鴻章之請暫罷西征，為最上之策。”
當時朝廷中有一位老成謀國之士，即武英殿大學士、軍機大臣文祥，他雖是滿人，但不歧視漢人，一向支持左宗棠的西征。他從國家利益出發，認為必須保住新疆。但這時最重要的是左宗棠的意見，左宗棠身為西征統帥，擁有重兵，對敵我情況最為了解。他的意見舉足輕重，如果左宗棠也認為西征軍可撤，那麼朝廷沒有可倚靠的人，新疆也隻有丟棄了。
光緒元年二月，左宗棠接到軍機大臣密寄上諭一道。密諭中首先告知左宗棠，有人反對西征，建議撤軍，但是沒有指明是誰反對，隻引述了反對者的理由。同時也告知有人支持西征。上諭的後段申述了朝廷的看法，說：“暫緩西征，節餉以備海防，原於財用不無裨益；惟中國不圖規複烏魯木齊，則西北兩路已屬堪虞，且關外一撤藩籬，關內回軍複起，關外賊氛既熾，雖欲閉關自守，勢有未能。”最後說：“通籌全局，究應如何辦理？著該大臣酌度機宜，妥籌具奏。”密諭中還提出了有關進軍新疆的一些具體問題，如兵力、餉項、糧運、人事等，“差左宗棠體察情形，迅速具奏”。
這道密諭對左宗棠很是突然，但又是意料中事。任何事情總難免有反對者，何況是進軍新疆這樣的大事。如今朝廷躊躇不決，谘詢左宗棠的意見，他的意見對於是收複還是放棄新疆，顯然將起決定性的作用。他經過周密調查，深思熟慮，迅即於一個月後提出了有名的萬言書，即《複陳海防塞防及關外剿撫糧運情形折》，在折中慷慨陳詞，詳細分析了敵我形勢，一一駁斥了賣國投降派的議論。他首先就指出，對於國家的安危，“東則海防，西則塞防，二者並重”。
而當時形勢，塞防比海防更急迫。西征軍的餉糧困難萬分，遠不及海防富裕，所謂“停撤出關之餉勻作海防”，實在毫無道理。西方各國在我東南沿海，誌在通商取利，現在已有通商口岸，定有條約，各國非在不得已的情況下，還不至於對我挑起大戰，這對他們通商求利不利，特別是在當時，不至於有戰爭。至於西北塞防，新疆已淪陷多年，俄羅斯又占踞伊犁，如果“此時即擬停兵撤餉，自撤藩籬，則我退寸而寇進尺”，不獨陝甘危險，北路的科布多、烏裏雅蘇台等處也不會平安。他駁斥了李鴻章所謂新疆是人的肢體，去掉了於元氣無傷的謬論，說：“新疆與西北各省和中國是一個整體，失去四肢，人如何能好好生活下去？收複新疆不僅是新疆這一塊廣袤肥沃的土地，而且是保蒙古、衛京師，關係整個國家生死存亡的問題。”“隻有收複新疆，西北臂指相連，形勢完整，敵人才無隙可乘。若新疆不固，則蒙部不安，匪特陝、甘、山西各邊時虞侵軼，防不勝防，即直北關山，亦永無晏眠之日。” 對於海防與塞防的關係，左宗棠辯證地指出：“敵人如要侵犯東南沿海，不能無因而至，要看西陲的成敗決定動靜。如果俄國不能在西北得誌，各國也必不敢在東南挑釁。保住西北邊塞，正是有利於東南海防。”
左宗棠也駁斥了李鴻章等攻擊乾隆皇帝用兵新疆是“徒收數千裏之曠地，而增千百年之漏卮”的謬論，相反，他認為中國內地百餘年來“無烽燧之警”的原因，應歸功於乾隆削平準部、兼定回部、開新疆、立軍府等一係列措施。新疆大部地區土沃泉甘，物產殷阜，絕非李鴻章所謂“數千裏之曠地”。在中國曆代封建王朝中，每當中央政治力量削弱，就總會有些目光短淺的人提出要放棄新疆。乾隆出兵時，也有人反對，認為是“得不償失。”後來浩罕多次侵入，又有人散布什麼：“取之雖不勞，而守之或太費”。進步思想家龔自珍曾斥責這些人是“淺見愚識”、“下裏鄙生。”李鴻章這次重彈舊調，借題發揮，說新疆是塊廢地，應該放棄，絕大多數中國人都是不會同意這種謬論的。
左宗棠還就海、塞防經費作了研究分析，他說：“海防經費不外基建和經常二項費用。基建包括購造輪船、槍炮、守具，修建炮台等。福建政局已有頭緒，造船漸多，購船費可省下，為養船和經常費。海防急務是水陸練軍。浙江省的辦法很好，餉不外增，兵有實用，各省可以學習。至於西北軍隊的糧餉則供應奇缺，每年支出超過收入三百餘萬兩，各省曆年積欠西征軍餉銀已達三千多萬兩，各軍欠發軍費共有八百二十餘萬兩。所謂“停撤出關之餉勻作海防”，根本行不通，不可能。他的結論是：“停兵節餉，於海防未必有益，於邊塞則大有所妨。”
他駁斥了中國“斷不能久守”新疆的謬論，認為隻要我軍收複新疆，示以軍威，俄羅斯不會輕易挑釁，勞師遠征。最後，他還針對西征的人事、兵事、餉需、糧運等一一提出了具體意見。
清朝廷收到了左宗棠的複奏後，立即召開廷議。雖然也有些大臣心存猶豫，但文祥“立排眾議之不決者”，堅決支持左宗棠的進剿方案。慈安、慈禧兩太後也同意左宗棠的意見。清廷迅速下詔，任命左宗棠為欽差大臣督辦新疆軍務，負責關外剿匪事宜，並將兵、餉、糧、運大權交由左宗棠一人全權負責。 這樣，一場“海防與塞防”的論爭終於以投降派的失敗而告終，而另一場保衛祖國神聖領土的大戰役即將開始，進軍新疆的號角吹響了！
左宗棠得到清廷交付的督辦新疆軍務的大權後，立即著手準備進軍新疆的各項工作。首先，他對各軍將領作了重大調整和部署，朝廷根據他的建議，降旨授金順為烏魯木齊都統，幫辦關外軍事事宜，原都統景廉調回京師供職；宋慶軍調回潼關，這是同意錢鼎銘的請求，左宗棠認為無關大局。另外，西征糧台負責糧運，是一個非常重要的位置，原由袁保恒提任。袁保恒是戶部大臣，進士出身，既圓通，又驕矜。初來的5年中與左宗棠合作還好，後來就狂妄起來，大事也不與左宗棠商量，擅自作主；用了錢又不報帳，還任意揮霍。左宗棠認為與他“同役而不同心，事多牽製”，極為不利，如實上報朝廷。諭旨認可了他的意見，說：“兩人同辦，不如一人獨辦。”撤回了袁保恒。以後糧運全由左宗棠一人酌度辦理。
另一項重要的人事調配是，左宗棠奏請任命劉錦棠總理行營營務處，率老湘軍全軍出征。這個職務相當於前敵總指揮，是左宗棠的主要軍事助手。劉錦棠當時剛30出頭，任三品卿銜西寧兵備道，年齡、資曆、官階都很低，但是左宗棠果敢地使用他。又奏請以劉典幫辦陝甘軍務，留駐蘭州。劉典曾任陝西巡撫，老成持重；少年時與羅澤南為友，曾隨左宗棠轉戰各地，來西北後，因母老告假回湘奉養。這次西北緊急，又被左宗棠請了出來，主持後方重任。
諸事安排後，左宗棠寫信告知友人說：他這次頭白臨邊，又是衰病餘生，肩負如此重任，能否支持到底，克盡全功，是很難說的。不能不預先考慮：劉錦棠和劉典，一個在前方作戰，一個在後方管理民政和後勤工作，是他選擇的兩位最合適的接班人，他感到放心了。
正當左宗棠在調兵遣將之時，遠在雲南發生了一起涉外事件。英國一名翻譯官名馬嘉理，從印度到雲南遊曆，被駐在騰越的清軍殺害。英公使威妥瑪當即揚言，要調印度兵由緬甸攻打雲南，配合俄國人由伊犁進軍，以牽製西征軍。朝野上下聽到威妥瑪的威脅，於是又議論紛紛，他們深怕英俄二國一從西南、一從西北，互相勾結，共同進犯。這時正有俄國軍官索思諾福齊等5人來華“遊曆”，準備取道甘肅回國。於是許多人又懷疑俄使已經受威妥瑪煽誘，來甘肅是為了探虛實，搞情報。一些人紛紛告知左宗棠。千萬不要將我軍弱點暴露給俄國人，要謹慎對付。