消息傳到國內，全國人民無不氣忿萬分，街談巷議，都認為俄國欺人太甚，隻有與之決一死戰。朝廷中許多大臣也紛紛上章彈劾崇厚，主張修改條約。消息傳到西北前線，將士們氣忿填膺。前敵指揮劉錦棠認為：“非決之戰陣，別無善策。”
朝廷也覺得割地太多，通商口岸也過多，一連下了二道密諭給左宗棠，八月二十三日上諭說：“左宗棠於新疆情形了如指掌，而籌辦軍務，事權歸一，尤當通籌全局，權衡利害輕重，密速具奏。”八月廿四日第二道密諭又說：“特崇厚現已定議畫押，事機已誤，唯有亟籌補救，設法挽回，著左宗棠懍遵昨日諭旨，詳細籌度，妥議具奏。”
左宗棠確是朝廷大員中對新疆情況最了解、最有發言權的人，也是對收回伊犁態度最堅決、最具有實力的人。在複奏中他指明了俄國的狡猾和不守信用的諸端事實，提出中國應持的態度。他首先駁斥了俄國索要500萬盧布的無理要求，說：
“俄人乘中國內戰方殷，未遑遠顧，乘機占據伊犁，借稱代我收複，在地方上按戶收稅，已掠奪不少，仍未饜足，現又要求賠償。光緒三年西方報紙消息，俄人願得二百五十萬盧布，即交還伊犁，此次償款忽議增五百萬元，可見其訛詐！俄人原說，待我收複烏、瑪二城，即當交還伊犁，而俄不踐前言，反而庇匿叛徒，縱其黨羽四出擾邊。去冬今春為我軍捉獲俘虜，搜有俄政府路票，並供認係由俄官員驅遣。官軍追賊從未越俄界一步，我之守約如此，彼之違約如此，尚何信義可言！”
他堅決反對割讓伊犁西南地區與俄，說：
“按崇厚所議第七款，陬爾果斯河及伊犁山南之特克斯河歸俄屬，我得伊犁隻剩一片荒郊，北境一二百裏間皆屬俄部，何以圖存？……自此伊犁四麵，俄部環居，官軍接收，墮其度內，固不能一朝居耳。”
他沉痛地說：“武事不竟之秋，有割地求和者矣。茲一矢未聞加遺，乃遽捐棄要地，饜其所欲，譬猶投犬以骨，骨盡而噬仍不止，目前之患既然，異日之憂何極！此可為歎息痛恨者矣。” 在奏末他提出與俄國交涉應持的態度，即： “先之以議論，委婉而用機，次決之以戰陣，堅忍而求勝，臣雖衰庸無似，敢不勉旃！” 這是他一貫的主張，即是釁不輕開，先進行耐心的外交交涉，但必須以武力作為後盾，如果憑交涉不能收回失土，就不惜一戰。他雖年老體衰，但決不避艱險，赴湯蹈火，在所不辭。他奏陳等明春解凍後，將親率馬步各軍，進駐哈密，在南北兩路適中之地，指揮各軍應變。
朝廷中的投降派過去反對收複新疆，現在又深恐得罪俄國，寧願放棄伊犁。投降派首領李鴻章首先出來維護崇厚簽訂的賣國條約。他上奏說： “此次崇厚出使，奉旨給與全權便宜行事字樣，不可謂無立約定議之權，若先允後翻，其曲在我。”
他為製造輿論，又寫信給曾紀澤說：“其實伊犁久借不還，於大局亦無甚關礙，如今畫蛇添足，進退兩難。”他還攻擊左宗棠主戰是“不明彼己”，必有後患，“左相但欲進駐哈密，恫嚇俄人，使其酌議減改，此萬做不到之事……軍心不固，外強中幹，設與俄議決襲，深為可慮。”
郭嵩燾也和李鴻章一樣，對俄人萬分害怕，他攻擊主戰派說：“廷臣主戰，隻是一隅之見……俄人環中國萬裏，水陸均須設防，力實有所不及。”他和李鴻章真是一唱一和。
朝廷看到李鴻章的奏折，又遊移不定。如果采取強硬態度，所能依靠的，隻有左宗棠西征軍的實力和決心，於是將李鴻章意見轉知左宗棠，命他“妥議具奏”。
左宗棠在複奏中請求朝廷於崇厚返京複命時，召集軍機大臣、總理衙門、六部、九卿及將軍、督撫臣會議，各抒己見，共商對策，宣示於國人，這是關係全國人民的大事，何庸秘密！他又致書總理衙門，駁斥了李鴻章的意見，說：
“崇厚雖以全權出使，但所議約章，隻是草簽，尚須經禦筆批準，是無所謂‘先允後翻’。但宜於崇厚返京複命後，將不可允各條明旨宣示，使中外鹹知，則正氣常伸，人心自奮。”接著他提出對當時形勢的分析和對策：“目前邊事糾紛，道理在我方，論勢力我亦不弱；隻須內外堅持定議，萬眾一心。則先之以談判，談判不成，則繼之以武力，事無不濟。”
由於左宗棠和前線將士的決心，也由於中國人民堅決反對投降割地，清廷摒棄了投降派的意見。當是年十二月崇厚回到京師時，立即交刑部治罪，定為“斬監候”，等刑期一到，就處以斬刑。
朝廷隨即將崇厚所議條約發給閣部、九卿、翰詹科道集議，決定廢棄前約，改命駐英法大臣曾紀澤赴俄國重行訂約，同時詔命左宗棠統籌新疆南北戰守事宜。