左侯倔起中興日，誓掃天驕擴帝仁。萬裏車書通絕域，三湘子弟盡功臣。鳳林魚海春風遠，玉塞金城柳色新（原注：戡定回亂後，分省開科，列樹表道，直接玉門）。今日西陲需保障，九原誰為起斯人！?
光緒七年（1881年）正月二十六日左宗棠抵達京師，次日即陛見皇上、皇太後。兩宮太後對他為國憂勞20餘年，慰勉有加。他上次來京陛見是同治七年（1867年）八月，距今又已14年了。慈安太後看到他已衰老許多，念他多年在塞外戎馬馳驅，不覺掉下淚來。左宗棠也深為感動。太後勉勵他說：今後擔子仍很重，國事全賴諸王公大臣襄讚。左宗棠自顧衰病，何堪當此重任，但回答說不敢不勉。
二十九日太後又召見，命他以大學士入值軍機（即任軍機大臣），並在總理各國事務衙門行走（外交），兼管理兵部事務，從而參與了清政府中央決策機構，對內政、外交、軍事都有發言權，清朝廷對他也真可謂“優禮有加”了。
這次是他第五次來京師，年輕時來京趕考，三次落第，那種灰溜溜的情景，現在想起仍不免心酸。第四次來京時已是方麵大員了，但仍比不上現在拜相封侯、立功回朝的榮耀，又進了軍機，參與國家重大決策，人家看他真是位極人臣，名位權勢在漢人中無以複加了。但他自己對調回京師，則滿腔不情願。他接到詔書後，就深知這是朝廷準備與俄國妥協了，召他回京，明顯是怕他在邊疆“惹禍”，破壞了妥協。雖然詔書說是時事維艱，要召他這位老於兵事之大臣以備朝廷顧問，這明明是一片假話，他到京之前，條約已簽訂，俄事已了結，還有什麼兵事可谘顧問呢？
另外還有一個重要原因，他以一漢人，身擁重兵，在邊疆立下大功，海內外享有崇高的聲望，自然免不了遭到清廷的疑忌。各種敵對勢力也會造謠攻擊，對此他是早有所警惕的。早在一年多前他奏薦劉錦棠幫辦新疆軍務時，就因俄國人忌妒劉錦棠，造謠中傷，特地在奏中說：“古雲：‘盜憎主人’，固無足怪。惟威名日播，疑謗易滋，無以寒遠人之膽。又：‘飛鳥未盡，良弓已藏’，足隳任事之氣。”
他為劉錦棠說話，實則也是對自己處境的擔心。他的威名遠高於劉錦棠，疑謗自然更甚。雖然年事已高，清廷對他仍不能完全放心。廷臣中也有忌妒挑撥、放出冷箭的人，如李鴻章早就攻擊他，在給劉銘傳的信中，說他擁重兵巨餉，“又當新疆人所不爭之地，飾詞欲戰，不顧國家全局，稍通今古者，皆識其奸偽。”是明顯誣陷他要造反了。李鴻章的攻擊當然會傳播開來。不管怎樣，清廷認為是到了“飛鳥盡，良弓藏”的時候了，因此立即將他調回北京，解除了他的兵權，從此作一名顧問罷了。
他對此是有思想準備的。離哈密前他給兒子的信中說明了今後的打算：“陛見後當自陳衰病，請開閣缺，以閑散備顧問，終老京師。”他預料今後不大可能有所作為，準備在京師養老了。
京師是帝王之都，又是一番氣象。朝廷中的禮儀規矩、煩文褥節，卻也遠非外地所可比擬。左宗棠在外地是地方大員，想說什麼，幹什麼，到哪裏去，會見什麼人，都自由自在。在京師呢，上有皇上、皇太後諸位王爺，和他平起平坐的還有各大臣，多是些拉幫結派的人，一言一動都要謹慎小心。他到京師的第二天，在進宮陛見時，就遇到一件出乎意外的、不愉快的事情：太監們向他索取宮門費，否則就不讓進宮。
慈禧太後一向寵信太監，太監頭子如李蓮英、安得海紅極一時，他們貪婪需索，無所不至。外地大員入京陛見，太監們照例要索取宮門費，如果不遂所欲，就會惹出許多麻煩。慈禧是知道這種情況的，她認為太監當差清苦，搞點錢是理所當然，對此不聞不問。曾國藩、彭玉麟都是清官，但是到了宮門前，也隻得低頭，照付宮門費。隻有左宗棠，雖然早已風聞這項陋規，但親臨其境，卻十分不能理解。
他在外任督撫多年，生活清廉，薪俸大部分捐助給人，還親手懲辦過許多貪官汙吏；沒想到頭一天入宮，在皇帝眼皮底下竟發生這類貪汙索賄事件。他不僅不給宮門費，還當著太監們大發脾氣，說：
“我一生出入百萬軍中，從沒有人敢阻攔我。哪裏認識你們這些鼠輩！我幾個廉俸，自己花還不夠，哪來的錢給你們！你們既不讓我見皇上，我隻好回西北去吧。”
他轉身要走，太監們倒慌了，也不知他來頭多大，倒反而請他進宮。他餘怒未息，還口口聲聲說要交內務府懲戒。
太監們害怕了，隻得稟告慈禧，請求包庇，慈禧聽了笑了笑說：“他們也太不自量了，怎麼找上他。這個人功勞大，性情戇直，先帝對他尚且優容，我有什麼法子，你們自己去求求他好了。”
他初到京師，就取得了一項勝利；但是這次小小的勝利，卻注定了他後來在朝廷中的失意，以至終被排斥。
當然，這樣戇直的脾氣不會受官僚們的歡迎，因為功勞大，威望高，所以兩宮太後還是優容他。在王公大臣中，醇親王奕也很尊重他，每次聽到他來，醇王必先在儀門內等候；每當他進內宮門，醇王總讓他先行，待他真是特殊優禮了。
朝中正派的人也很尊重左宗棠，翁同騄就是如此。翁同騄字叔平，常熟人，鹹豐六年（丙辰）狀元，授修撰，後來入軍機。他也是一位著名的書法家。左宗棠抵京後幾天，翁同騄即去拜訪，二人一見如故。翁同騄在日記中記載說：“訪晤左季高相國長談，初次識麵，其豪邁之氣，俯視一世。”以後他們過從甚密，翁同騄對左宗棠的議論和見解都十分傾服。 清政府中的大小官員，大多是見了西方人就低頭哈腰，連氣也不敢出。外國人仗著船堅炮利，一向不把中國官員放在眼裏，即使在王公大臣麵前，也時露驕踞之態。左宗棠在總理衙門行走，經常要接待外國人，他一向是以禮相待，不亢不卑，但也不能容許外國人驕踞無理。有一次醇王、左宗棠和英公使威妥瑪會談，威先到，就高踞上坐，也不知是他不懂禮節，還是有意如此。左宗棠隨後也到了，看到這情狀，就怒氣衝衝地向威使說：“這個上座是醇王爺坐的，就是我也隻能坐下麵的位子。你應該坐到你該坐的位子上。”威妥瑪麵紅耳赤，隻得易位而坐。
還有一次，左宗棠約威妥瑪到總理衙門談些事，並設便宴招待，翁同騄也在座。第二天他在日記中記載說：“左相談次有風棱，差壯中朝之氣。”顯然他平日對那班大臣們在外國人麵前低聲下氣的情景，也是敢怒而不敢言的。
翁同騄是一位正直、愛國的學者，朝中同僚們卻並不都和他一樣，大多是些玩弄權術的官僚政客，既善於窺伺皇太後和王爺們的意圖，也熟諳營私、傾軋等一套伎倆。當初他們對左宗棠的功勞勳望也有些畏忌，及至看到他那耿直的脾氣，簡直近於“傻”，聞名不如見麵，於是敬而遠之。左宗棠對於官場習氣似乎一概不懂，也不和朝中有權勢的官員結納，對朝政又直言不諱，不免得罪了很多人，招來許多怨誹。他多年來一直在外領兵打仗，對朝廷中禮儀、規矩、那一套套繁文褥節，既不熟悉，也不願下功夫學習，不免弄出一些失禮的舉止，這又成為同僚們的笑柄。
兩位親王中，醇王對他不錯，恭王奕待他則不怎樣。奕本來也是重視起用漢人的，但那是在內亂頻仍、外敵壓境的時候，現在他認為已鬆了一口氣。當中俄《伊犁條約》簽訂之前，廷中官員意見，等左宗棠抵京後再作決定，奕卻不以為然，他急於達成和約，並不願聽取左宗棠的意見，匆匆就將和約簽訂了。因為左宗棠功勳和威望高，麵子上仍要敷衍，但對左宗棠入朝後和朝臣格格不入、獨行其是的態度，加之又不懂朝中禮儀，卻很不滿意。因為左宗棠是三朝元老，不便隨意加以斥責，這也使他很傷腦筋。
清朝廷規矩是，軍機大臣上朝時，隻有領班的一人上奏，通常是王爺領頭說話，其餘的人不能隨便發言，隻有皇上或太後問到時，才敢奏對。如果隨便開口，既失了禮儀，領班王爺也會不高興。左宗棠卻不管三七二十一，往往越次發言，也不知是他不懂規矩，還是年老控製不住老脾氣的緣故。有一次他越次請求給部將王德榜差使，太後對他不講規矩，心裏不高興，但念是功勳老臣，給他麵子，同意了。恭王卻已滿肚皮不高興。下朝之後，在軍機處議論，左宗棠仍不識趣，又提出讓王德榜上朝謝恩。恭王實在忍不住了，慢吞吞地滿含著嘲諷說：“且等詔書下來再說吧！”朝廷規矩，皇上麵允隻是初步，要等詔書下來，才能上殿謝恩的。這些規矩，左宗棠也全不懂。 軍機處有一位滿大臣寶軻，很看不上左宗棠，趁此教訓他說：“這裏的規矩，凡事都要跟著王爺走。上頭不問及我們，我們不要開口。”無奈左宗棠的脾氣不容易改，他的性格不是願意事無巨細都得聽命於人的。
還有一次，李鴻章為永定河堤防工程上了一道奏折，廷臣知道左宗棠在外搞過水利，比較內行，特找他來討論。他對水利很有興趣，馬上就要上工地去察看。他這種勇於任事、辦事急如星火的認真態度，應該說是難能可貴的。不料恭王和同僚們都很驚訝，麵露不解之色。恭王又慢吞吞地說：“不等奏準，就匆忙出京，若是太後問起來，我將如何對答呢？”左宗棠卻沒有料到有此一問，他反問道：“然則我們一舉一動都得奏準麼？”恭王說：“在朝廷中，就得這樣辦！”給他碰了一個不大不小的釘子。
在朝廷中一舉一動一言一行都必須十分謹慎。禮儀雖看似小事，有時卻也會成為大問題，至於說錯了話，可以惹出大禍。那年三月出了一件大事，左宗棠也因之闖了一個“大禍”。初十日早朝，慈禧太後因新病初愈，在宮內休息，隻慈安一人臨朝。及到傍晚時分，忽然宮中傳來消息，慈安太後駕崩。大臣們都趕到朝房，聽候傳旨，大家靜靜坐著，誰也不敢多講話。隻有左宗棠又忍不住了，他對這件突如其來的消息實在感到驚異，就和同僚們說：“今早見到安聖還好好的，怎麼突然就晏駕？我就不相信。”大臣們聽了都失色，恭王趕緊叫他不要說下去。他說話聲音素來高，已給太監們聽到了，立即報告慈禧。原來東西太後共同垂簾聽政，表麵上和好，慈安太後是正宮（東宮），名位比慈禧高，為人正派，待人也好，受到臣子們愛戴，慈禧一直嫉妨在心。慈安的暴死是一宗疑案，有人傳說慈禧為了獨掌大權，在慈安食物中下了毒。不管怎樣，左宗棠在朝臣中莽莽撞撞，說出這種大驚小怪的話，必然會遭到慈禧的疑忌，他在京師的日子也不會好過了。
清朝廷中大臣們一個個是精通世故，謹小慎微，看上麵眼色行事說話，對宮廷鬥爭也多少有些了解。其中也有少數正直、愛國、有學問的人，但在封建專製的大氣氛下，隻能唯唯諾諾，隨波逐流，不敢爭先出頭，多說一句話。道光年間有一位曹文正公（振鏞），官運亨通，晚年更受恩遇，死後諡文正，在清朝200餘年中，也沒有幾個“文正公”，這是最高的諡號，論其政績，卻又沒有什麼，他的門生曾向他請教，他說：“無他，但多磕頭，少說話耳。”偏偏左宗棠是心直口快的人，他大半生是在軍營戰陣中度過，想到什麼就說什麼，從來也藏不住話。來京師一個多月，言行莽撞，在廷臣們看來，簡直是不通世故，如今連慈禧太後也得罪上了。朝廷中對他就產生了各種各樣的看法和議論，深諳世故的人鄙夷他，好心的人為他擔憂，小心謹慎的人疏遠他，以免受他株連。背後罵他的人也越來越多。
三月十九日晚間，大臣們齊集宮中，參加慈安太後的晚祭。左宗棠因故未到。大臣們紛紛議論開了，有些人趁此說左宗棠的壞話。寶軻和左宗棠素來不合，也大放厥詞，說左宗棠簡直是“一團茅草”。翁同騄在場，聽了大不以為然，但隻能默不作聲。他回家後在日記上記下了這件事，感歎道：“竊恐左公不免齟齬矣，正人在位之難也。”