清朝廷派左宗棠以欽差大臣督辦福建軍務後，又對福建軍政官員作了部署和調整，原會辦福建海疆事宜大臣張佩綸及船政大臣何如璋等被撤職查處，任命楊昌？為閩浙總督，穆圖善為福州將軍，充當左宗棠的副手。楊昌？是他的舊部下和老朋友；穆圖善以前在西北也共過事，但關係不融洽。台灣道劉趝是他的老部下，福建巡撫劉銘傳則是淮係將領，李鴻章的親信。 左宗棠一行在通州上船，沿運河南下，準備先到南京作短暫停留。在赴寧途中，台灣再次爆發了法軍的侵略戰爭。法軍孤拔的艦隊在兩個月前進攻基隆失敗後，於八月十三日又向基隆發動新的進攻，搶灘登陸。據守該地的劉銘傳部隊進行還擊。法軍不過四五千人，兵船不過20艘；清軍水師雖已不存在，但陸軍數量仍多，遠遠迢過法軍。在清軍奮力抵抗下，法軍勢已不支，本來可望取得又一次勝利的。這時駐紮在基隆以西滬尾（淡水）的營務處知府李彤恩接連三次飛書告急，說是偵悉法軍將於明日來攻滬尾，該地兵力不足，請速派兵救援。滬尾原有提督孫開華的軍隊，但李彤恩認為該部隊無作戰能力，其實是畛域之見。劉銘傳作出了錯誤的判斷，偏信了李彤恩，卻忘記了基隆大敵當前，匆忙調派大部隊往援滬尾，以致基隆空虛，遂為法軍輕易占領。
基隆失守之後，台北岌岌可危。台北知府陳星聚要求劉銘傳派兵進攻基隆，一些將領和本地土著營兵也自告奮勇，紛紛要求進兵收複基隆。當時法國陸軍兵力並不強，收複基隆本不難辦到，但是劉銘傳卻不許“孟浪進兵”，還以“本人無此膽識，無此兵力”為藉口來推托。劉銘傳過去也是一名南征北戰的勇將，在馬江之戰前後，他也主戰，曾請求李鴻章派南、北洋水師助戰，並說：“法船不難驅逐出境。”遭到李鴻章拒絕。劉銘傳是李鴻章嫡係，不敢違背李鴻章的意旨，隻得唯命是從。以後他始終不肯出戰，基隆一直為法軍占領；直到中法戰爭結束，法軍才撤離基隆。
基隆被占之後的次月，法軍才向滬尾進攻。孫開華部隊是有一定戰鬥力的，給予了堅決抵抗。法軍屢次強行登陸，都被擊退。雙方互相炮轟了幾天，到八月二十二日，法兵艦先用炮轟中國營房作掩護，然後放下數十隻小艇，共有數百名法軍蜂擁上岸。清軍立即三麵包抄，南麵是孫開華部隊，北麵是淮軍，中間是健營士勇，惡戰4小時，直戰到中午，法兵不支紛紛逃竄下海，清軍奮勇尾追，法軍艦開炮掩護營救，但是已有法國數艘小艇沉沒，法軍傷亡百餘名，清軍隻傷亡數十名。這場戰役共經曆了9天，清軍大獲全勝，法軍以失敗告終。
然而法軍占領了基隆，從台灣的整個戰局形勢看，它仍然是勝利者。接著，它又占領了澎湖，並宣布封鎖台灣海峽。福建既喪失了水師，全省海岸處於無防的境地。尤其是守土有責的地方官員庸懦麻痹，一心一意妥協求降，人心惶惶，害怕法國兵隨時都會打進省來。
左宗棠於八月廿六日抵達南京，停留了十餘天，為入閩抗法作了一些布置，調來舊部5000人，隨同去福建前線。由於台灣戰事緊急，清廷又詔令前陝甘總督楊嶽斌幫辦左宗棠軍務。楊嶽斌是以前湘軍水師統領，也是左宗棠老友，當時福建水師覆滅，亟需外地海軍增援；南、北洋艦隊分別掌握在南、北洋大臣曾國荃和李鴻章手中，但都按兵不動。左宗棠到南京後，立即奏請朝廷，命由南、北洋各派兵船5艘，由楊嶽斌率領從海道駛往福建支援。
九月十三日，左宗棠動身離寧，取道江西去福建履任。福州官紳士民聽到他即將到來，都歡欣鼓舞。他於十月中旬進入福建，二十四日由延平起程，福州司、道、州、縣以及文武官員陸續前往離福州約一二百裏閩江岸的水口和竹崎迎接。左宗棠的行轅設在福州北門黃華館（現福州三中校二部），館內布置一新，大廳中掛了一副歡迎的對聯：
數千裏蕩節複臨，水複山重，半壁東南資保障；
億萬姓軺車爭擁，風清霜肅，十閩上下仰聲威。
聯語冠冕堂皇，顯然是出自大手筆。左宗棠於同治四年曾來福建，第二年（1866年）離閩時，福建人爭相挽留。朝廷曾許下願：“不難令左宗棠複來閩也。”十八年之後，他果真再來了，而且又正當福建危急存亡之秋，毋怪乎福建人民抱著極為興奮和期待的心情來迎接他。
十月二十七日左宗棠抵達福州，全城官員聚集在洪山橋接官亭迎接，士紳和老百姓則在浙紹會館迎候。據《申報》記載，當時盛況空前，一路所過之處，街坊店鋪，都擺設香案，放炮燃香；全城人士扶老攜幼，爭先快睹者，以數萬計。甚至幽閨瓊姬，小家碧玉，如雲如水，都以一望豐采為榮。左宗棠於下午2時入城，見到他的人都說他精神矍鑠，不減從前。有一位署名“采樵山人”的目擊者，在《中法馬江戰役之回憶》一書中記載說：“欽差大臣左宗棠進入福州時，威風凜凜，旗幟飄揚，上麵大書‘恪靖侯左’字樣。隊伍兩行，個個肩荷洋槍，步伐整齊，後麵一人乘肥馬，執長鞭，頭戴雙眼花翎，身穿黃綾馬褂，主將左宮保是也。”自馬江戰敗後，福州官民一夕數驚，風聲鶴唳，“一見宮保，無異天神降臨，所以敬禮如此。”《申報》還說：“想帷幄運籌，訁於謨獨裕，蠢爾法人，當不難滅此朝食也。”福建人十分信任左宗棠，自他到達後，福州人心大定。 到福州的第二天，廿八日黎明，左宗棠即去拜會總督、將軍、巡撫，布置地方防務，聽取他們的彙報。廿九日，拜謁林文忠公則徐祠。這位昔日抗英的英雄，逝去倏忽已三十年了；回憶當年湘江舟中夜話，宛如昨日。林則徐諄諄叮囑：“中國之大敵，其俄羅斯乎！?”如今新疆伊犁已收複，俄羅斯的凶焰暫時收斂，法蘭西又來了。中國人如不自強，敵人將會一個接著一個來，有時還會聯合起來侵略中國，左宗棠在林文忠公祠前徘徊悼念，不勝感歎。
到福州後的首要任務，是加強海岸防守。兵船雖已喪失殆盡，還有炮台要塞。閩江入口北岸的長門和眘琦島上的金牌是兩處要隘，左宗棠命迅速將該兩處炮台修複，又在閩江口豎立鐵樁，用鐵索攔江連結，沒入水中，用機器操縱，隻準許本國船隻通過，如敵船來，就將鐵索升起，使其無法進入。又在距省城30裏的林浦、魁歧及閩安右路出海的梅花江，都用壘石填塞大部分江麵，僅容小船通過。以上各處都建設炮台，派兵駐守。又命將海口水道標誌立即取掉，沿港遍布水雷，將沉沒於馬江的兵艦打撈上來，卸下艦上大炮，移裝到陸上炮台。經過這一番布置，沿江沿海防務較前大為鞏固。
十二月廿六日，正當除夕臨近之際，法國軍艦突然聚集在馬祖澳，準備趁中國官員歡度新年之際，發動一場突襲。左宗棠和楊昌？得到消息後，立即同往海防前沿巡視。那天正下著大雨，海邊風又急，他們冒著風雨巡行，經過南台、林浦、馬江、閩安、長門、金牌各要塞，視察了各處炮台和防軍，所到之處，各營將士排隊試槍，炮台試炮，軍容整肅。由於海口已被封塞，馬祖澳的法艦不敢輕舉妄動。廿八日，有幾艘法艦由白犬洋開來試探，左宗棠正在長門要塞，即下令開炮轟擊，法艦見防備森嚴，隻得灰溜溜地掉頭開走了。 為了增強防務和兵力，左宗棠又仿照在江南的辦法，創設漁團。他派出幹員分赴福州、福寧、興化、泉州四府各海口，會同當地官員士紳辦理漁團。選擇勇敢善水的漁民為團長，施以作戰訓練，嚴明賞罰。不僅戰時可以配合正規軍作戰，平時還可負擔偵察港內外敵艦動向的任務。
福州和福建全省的防務大大加強了，人心也更為安定了。可是法軍仍然占據基隆，法艦封鎖了台灣海峽，還四出遊弋，防止中國軍東渡，並劫掠過往商船。雖然它不敢進入閩江，占據基隆的法軍也始終株守一隅，不敢深入台灣內地，但是劉銘傳的部隊雖然不敢進擊基隆，卻不斷呼救請援。左宗棠認為，如基隆在法人手中，台灣不解圍，福建仍然得不到安寧，所以決心要派兵去收複基隆。
增援台灣有很大的困難，閩台隔著一道台灣海峽，法艦在遊弋、封鎖。要增援台灣，首先須有強大的海軍護航，而福建水師又已覆沒。於是左宗棠定下了一條偷渡之計。他事先曾奏請，南、北洋水師各派兵船5艘，由幫辦楊嶽斌統率，自海道赴援。這時他用聲東擊西之計，通知楊嶽斌率南洋兵艦“放洋”，聲言要開赴台北；暗中卻命王詩正率領“恪靖援台軍”3營共千餘人，從泉州府蚶江一帶乘坐漁船，扮作漁人，黑夜偷渡，冒險越過封鎖。光緒十年底、十一年初之交，王詩正率部隊曆經艱險，經澎湖到達台南，投入了保衛台灣的戰鬥。左宗棠又派了營務處道員陳鳴誌潛赴台灣，與劉銘傳等商量收複基隆的策略。