在維也納，莫紮特發現了巴赫的作品。他對巴赫的複調技法進行了深入的學習和研究。這對他後期的創作有重要影響。
1790年1月，他的歌劇《女人心》上演。1791年，他寫了歌劇《蒂托的仁慈》，未獲成功。同年9月寫了最後一部歌劇《魔笛》。這時他的身體已經極其衰弱，一位不透露姓名的來訪者要求他譜寫一部安魂曲(目的是將來盜用作為匿名者之作)，莫紮特預感到這部作品可能是為自己寫的，在病床上拚命趕寫大型宗教音樂作品《安魂曲》，可惜未能全部完成，便與世長辭了。死後被淒慘地葬在維也納的貧民公墓。
莫紮特在維也納時期寫了將近200部器樂作品和他的歌劇代表作。社會生活和個人生活的變化使他對社會矛盾的感受更加深刻，從而導致他的音樂中出現了許多新的、更深刻的因素。
創作
莫紮特同海頓一樣譜寫了古典時期所有的音樂體裁和大量的作品。他的創作也體現了古典時期音樂的風格特點。例如，他的從容、典雅、自然，以及音樂結構的平衡、節製和完美的比例，形式的樸素無華，織體的清晰等等，都具有典型性，而莫紮特的旋律又大都帶有優美如歌的特點，甚至器樂作品也不例外，它們仿佛也是發自人聲。莫紮特創作的速度非常快，以致達到驚人的程度。但是，這絕非易事，而是通過艱苦努力和勞動取得的。英紮特曾說：“人們錯誤地以為我的藝術是很容易產生的，其實，沒有任何人像我這樣為作曲花了這麼多的時間和思考，沒有任何一個著名大師的作品我沒一遍又一遍地研究過。”
歌劇
莫紮特的主要創作領域是歌劇。在他不到36年的一生中，有25年在從事歌劇創作，共寫了20餘部。他的歌劇既有舞台效果，又旋律性強，而且人物的個性又在音樂中得到了充分的表現。莫紮特的歌劇多數是喜歌劇，采用意大利語和德語。他的喜歌劇既有幽默的，也有嚴肅的角色，歌劇中詠歎調和重唱的音樂情緒變化豐富。其中《費加羅的婚禮》取材於當時在奧地利被禁演的P．A．C．de．博馬舍的話劇，歌劇腳本由意大利詩人L.達·蓬泰改編，1786年首演。改編後的腳本不失原作的批判精神而且揭露和諷刺了以伯爵為代表的封建貴族的虛偽和驕奢淫逸的生活，頌揚了以費加羅、蘇珊娜為代表的“第三等級”人民正直、機智、勇敢的品質，表現了同封建主義鬥爭必勝的樂觀主義精神。這部歌劇基本沿襲了意大利喜歌劇的特點，但其主要貢獻恰恰在於它沒有拘泥於意大利喜歌劇滑稽、誇張的手法，而是著重描繪了人物的性格，進行了心理刻畫，增強了抒情性，並在劇中發揮了重唱的技巧和表現力。其樂隊配器，尤其是木管的運用，對角色和劇情的配合起了重要作用。
《唐璜》的腳本也由達·蓬泰改編，1787年首演，取材於西班牙一個有名的民間傳說。當時，該傳說有各種版本廣泛流傳於歐洲各國，並已有話劇、歌劇、芭蕾舞等藝術形式。莫紮特和達·蓬泰選用了G.貝爾塔蒂的歌劇腳本《石客記》（意大利作曲家G.加紮尼加作曲），在劇情和人物方麵作了較大的改動。通過貴族唐璜這個矛盾的人物及其欺騙、損害婦女的可鄙行為，揭露了封建貴族的腐爛生活，同時第一次使唐璜成為一個反叛權威、蔑視封建禮教的人物。莫紮特的音樂處理對這部歌劇起了很大的作用。他加強了對人物的心理刻畫，運用了戲劇化的重唱，增強了歌劇的矛盾衝突，使人物 (如被唐璜遺棄的少女愛爾維拉、唐璜的男仆等)的形象更為真實、複雜，更有思想性。其樂隊的序曲、唐璜家的舞會音樂等，都富有新意。
《魔笛》是莫紮特1791年逝世前幾個月寫完和演出的。其腳本是由莫紮特的老朋友、熱心於德國民族歌劇的一位小劇院經理E．希卡內德提議並編寫的，歌劇取材於維蘭德的神話《露露》。通過主人公為追求理想而進行艱苦鬥爭，最後取得勝利的故事，歌頌了光明必將戰勝黑暗的主題。這部歌劇所反映的思想，和莫紮特追求啟蒙主義及“共濟會”的理想有密切的關係。其中幾個主要角色可能隱喻了當時社會現實中的人物。例如大祭司薩拉斯特羅使人聯想到不久前去世的共濟會首腦、莫紮特的朋友博恩。莫紮特采用了典型的新教眾讚歌式的音樂，使大祭司的形象具有莊嚴、崇高的性質；反麵角色夜後，則可能是影射瑪麗亞·特萊西亞(她在位期間曾鎮壓共濟會)，這個角色需由技巧較高的花腔女高音扮演，其音樂表演難度較大而沒有內在的感情；劇中的英雄塔米諾王子可能是比喻同情共濟會的約瑟夫二世，他的音樂優美動人，采用的是正歌劇中的抒情詠歎調；帕米娜是人民高尚精神的象征，音樂十分優美；半人半鳥的幻奇性人物帕帕蓋諾及其妻子是勞動人民的化身，他們的音樂帶有鮮明的德奧民間風格。在這部歌劇中，莫紮特采用德語並吸收了德國歌唱劇的傳統、意大利的聲樂傳統、莊嚴的合唱，甚至巴羅克的眾讚前奏曲和對位性的伴奏，還采用了一種適合德語音調的宣敘調配上伴奏等，將它們成功地熔於一爐。
從聲樂演唱的角度看，莫紮特對歌劇演員的要求(尤其對女高音)難度較大，為此，他曾寫過一本聲樂教材。
協奏曲
協奏曲是歌劇以外莫紮特在音樂創作上貢獻最為突出的體裁之一。他一生寫了50餘部各種獨奏樂器與樂隊的協奏曲。這些作品在巴羅克協奏曲的基礎上，確立了18世紀古典主義協奏曲的結構原則：3個樂章對比並置的套曲結構(第一樂章奏鳴曲式，第二樂章是類似詠歎調式的抒情樂章，第三樂章具有舞蹈性或通俗性格)，雙呈示部；獨奏樂器有技巧性的華彩段等。這些協奏曲加強了獨奏樂器的地位，強調了它不同於協奏樂隊的音樂性格。莫紮特的這些成就，使協奏曲不再片麵表現技巧，而具有了與交響樂同樣深刻的意義。莫紮特是近代協奏曲形式的創始人。如果說，海頓的交響曲和四重奏是18世紀下半葉音樂的高峰，那麼莫紮特的協奏曲(尤其鋼琴協奏曲)則是當時無人能與之比擬的。