南明王朝成立以後，阮大鉞爬到兵部侍郎高位，憑借權力打擊迫害當年署名的複社文人。馬士英親戚田仰要聘李香君為妾。李香君誓死相拒，以頭撞地，血濺侯方域所贈定情宮扇。後來楊龍友借血跡畫成幾枝桃花。香君以扇代書，托師傅—昆曲藝人蘇昆生去尋找侯方域。侯方域曾在史可法帥府參謀軍事，調停四鎮內爭，還輔助高傑移防黃河。可惜國家局勢江河日下，清兵南下，南明閹黨重新把持朝政。侯方域在黃河渡口巧遇蘇昆生，得知香君遭遇，不禁捧扇痛哭。侯方域回到南京，李香君已被弘光皇帝強征入宮為歌妓。她因當麵痛罵馬士英、阮大鉞，被踢打，倒在雪中。而侯在南京被阮以“逆黨”罪名拘捕入獄。直至清兵殺過江來，侯、李才分別隨眾四散逃走。國破家亡，曆經生死劫難，一日兩人終於久別重逢，麵對“鮮血滿扇開紅桃”的那把“桃花扇”，訴不盡相思之苦。二人都被張薇道人當頭棒喝：“兩個癡蟲，你看國在哪裏?家在哪裏?君在哪裏?父在哪裏?偏是這點花月情根，割他不斷麼?”侯、李如夢忽醒，分別隱遁入道修行而去。
《桃花扇》不是以大團圓結局，意味深長。侯、李選擇隱遁學道，並非對道教的虔誠，而是憤慨現實社會的黑暗，深感國破家亡的沉痛，醒悟到天翻地覆的時代，不可能有兒女私情的美滿，用隱遁山林表達了一種不與清廷合作的態度。這就使侯、李的風流韻事帶上了國家興亡的色彩。
《桃花扇》中的人物，從皇帝到歌妓，有姓名可考的達39人之多，包括了南明社會各階層的代表人物，大都在曆史上實有其人。孔尚任既恪守真實，又放手虛構，成功塑造了一批鮮明的形象。其中刻畫得最光彩動人的是李香君。她雖是歌妓，卻深明大義。她對侯方域一見傾心，不單單是兒女私情，更主要的還出於對複社文人的傾慕。侯、李的感情是以他們對當時社會政治的共同認識為基礎的。而李香君的氣節、勇敢堅定竟然連侯方域都自愧弗如。是她聰明機警，盤問楊龍友“楊老爺，雖是馬督撫至親，卻也拮據作客，為何輕擲金錢，來填煙花之窟?在奴受之有愧，在老爺施之無名；今日問個明白，以便圖報”。逼得楊龍友說出了實情。侯方域念阮大鉞處境狼狽，倒心有不忍。李香君立即態度鮮明，毅然退回妝奩，並正言規諫侯方域。關鍵時刻使侯方域免於失節辱名。愛之深，責之嚴，李香君不僅是侯方域的紅粉知己，還是畏友，也贏得了複社文人的尊敬。他們親切地稱她為“老社嫂”。之後她經受了更嚴酷的考驗。逼嫁時的以死相拚，麵敵時的凜然正氣，無不令人肅然起敬。當馬士英、阮大鉞一次飲酒賞雪，命香君歌唱侑酒時，她不顧生死地痛罵：
［五供養］堂堂列公，半邊南朝，望你崢嶸。出身希貴寵，創業選聲容，《後庭花》又添幾種。把俺胡撮弄，對寒風雪海冰山，苦陪觴詠。
［玉交枝］東林伯仲，俺青樓皆知敬重。幹兒義子從新用，絕不了魏家種。(《罵筵》)
罵得痛快淋漓，罵得理直氣壯!一位青樓女子有如此胸襟見識，以如此氣魄、膽識大罵“丞相之尊”的奸臣，實屬罕見。其冰霜俠骨在中國戲曲舞台上永遠放射著獨特的光彩。
孔尚任筆下的侯方域，與真實的原型有所不同。藝術形象熔鑄、概括了明末清初許多進步知識分子的氣質、思想和遭遇。他議論朝政，參與活動，憂慮國事，精神痛苦找不到出路。同時也有那個時代風流文人尋朋訪友、尋花問柳的習性。幸遇“妙齡絕色”的李香君一往情深，不禁喜出望外，所以對解囊成全姻緣的阮大鉞甚至都打算原諒。危急時他也難舍新婚的愛侶。這是他多情脆弱的一麵。但是他仍然不失正直書生本色，真誠敬重香君的品格情操，而且在殘酷的現實麵前，他的思想性格越來越堅定。到《逮社》一出，錦衣衛拘拿他和複社好友時，他能夠挺身受捕，坦然入獄。獄中慘烈的見聞，反而使他得到了更多的磨煉。最後他超越了兒女私情，直麵山河易主的嚴酷現實，出家入道而去，完成了一個特定時代有民族正義感的文人性格的塑造過程。
劇中值得注意的另一個形象是史可法。他是民族英雄，明王朝主戰派的代表。他參與過反對權奸的鬥爭，在民族危亡的緊急關頭，英勇抗清，以至最後壯烈“沉江”，慷慨殉國。《誓師》一出極為動人。清兵已入淮，各鎮兵馬聽從馬士英、阮大鉞調度去堵截左良玉，丟下黃河一帶千裏空營。史可法手中隻有三千士兵，外無救兵，內無糧草，眼看國家傾覆在即，他悲痛欲絕!他的忠義、熱血終於激發了將士的愛國熱情，“要替元帥守住這座揚州城”：
［外(史可法)吩咐介］你們三千人馬，一千迎敵，一千內守，一千外巡。
［眾］是!
［外］上陣不利，守城。
［眾］是!
［外］守城不利，巷戰。
［眾］是!
［外］巷戰不利，短接。
［眾］是!
［外］短接不利，自盡。
［眾］是!
［外］你們知道，從來降將無伸膝之日，逃兵無回頸之時。［指介］那不良之念，再莫橫胸：無恥之言，再休掛口，才是俺史閣部結識的好漢哩。
［眾］是!
這段戲聲情並茂，充滿陽剛血氣，相信觀眾會看得熱血沸騰!為英雄寫照，為英雄留名，孔尚任史筆可讚。
劇中還有一個形象複雜的人物楊龍友。他是侯方域的書友，李貞麗的相好，又是馬士英的妹夫，阮大鉞的盟弟。他既是個結交清流的才子名人，又是個依附權貴的官僚政客。他既自私圓滑，又天良未泯。複雜的身份、複雜的性格，被塑造得很準確。靠著這種特殊的身份性格，他周旋於衝突的雙方，時而引起新的矛盾，時而調和尖銳的衝突，成為推動情節發展的動力。靠這個形象穿針引線，把生旦的離合情節跟當時的政治鬥爭、軍事鬥爭勾連了起來。作為戲曲而言，這個形象無論是性格塑造還是行當角色設置都非常成功，成為戲曲史上一個獨特的豐滿的形象。
孔尚任在創作過程中，不但善於運用春秋史筆寄寓褒貶之意，而且對人物有精細的刻畫。馬士英和阮大鉞都是南明統治集團中的代表人物，而馬驕橫，阮奸詐，性格截然不同。柳敬亭、蘇昆生同是慷慨仗義的江湖藝人，但柳幽默機智，蘇憨厚正直，兩人個性也有差別。次要角色如張薇道士的描寫也都體現作者深意。張道士最後現身說法，把清朝說成無國、無家、無君、無父，正如有一眉批所言：“悟道語非悟道也，亡國之恨也。”孔尚任那種深沉的“興亡之感”躍然紙上。
《桃花扇》全劇共四十四出，戲劇結構布局嚴謹。雖然全劇情節錯綜複雜，反映社會生活麵非常廣闊，活動地點有南京、揚州、武漢、黃河地區等地，人物有幾十個，但作者安排得主次分明、井然有序、脈絡清晰、錯落有致。特別是巧妙地通過一把桃花扇，把各種情節和各式矛盾串聯起來，完成了“南朝興亡，遂係之桃花扇底”的創作意圖。
《桃花扇》的詞曲、說白具有獨特的風格，對人物性格的刻畫與情節的開展起到了很好的作用。《桃花扇》的詞曲抒情性很強，語言風格與人物情緒以及劇情氣氛和諧一致。例如《眠香》一出的香豔、《卻奩》一出的剛烈、《沉江》一出的悲壯、《罵筵》一出的激昂、《會獄》一出的憤鬱、《餘韻》一出的沉痛……都成功渲染了藝術氣氛。音律方麵，作者謹守曲律，一字不苟。《桃花扇》的成就使昆山腔再次獲得世人的關注和讚譽。
《桃花扇》一直以深刻的思想性和公認的藝術成就在舞台上大放光芒。近代更是一再被改編為話劇、戲曲、電影和電視劇。影響大的有王丹鳳主演的電影《桃花扇》和安徽著名女導演胡連翠執導的黃梅戲電視劇《桃花扇》。