瑪雅人認為，有四位天神“霍布尼爾”、“坎齊克那”、“薩克基米”和“霍桑埃克”，他們每年一輪(後來變成20年一輪)地統治著世界。整個宇宙有十三重天和九重地，在東、西、南、北四個方位，各有一棵“宇宙樹”，圍繞著宇宙世界中央的一棵綠樹。每棵“宇宙樹”上，都住著一位恰克神，每位恰克神都有一個大水罐，當他們傾斜水罐倒水的時候，便形成雨。宇宙中央大樹的綠蔭下，有一座美輪美奐的天堂，天堂裏住著一位天堂之神“伊什塔布”。和天堂遙遙相對的地方，有一座地獄，人死以後上升進天堂，還是墜下地獄，取決於他一生中所做所為，也取決於他生前的社會地位和死亡的方式。他們認為，整個世界要經曆幾個時代，當人們的道德標準低下、人靈魂變壞的時候，這個時代就要結束。
瑪雅人有一個專職的宗教祭司集團，他們主要負責節日禮儀，施行聖禮、占卜和預言。他們日常裏誦讀經書，對貴族們進行勸告，並回答解釋一些貴族們提出的問題。他們還培訓一些小祭司，教他們領悟各種學問和禮儀，規定他們的職責，並教育他們如何去做人的楷模，然後送他們去一些小城鎮去主持祭祀。他們還把自己的兒子和貴族的次子，從小便加以培養，教他們曆法推算、醫學、閱讀經書，使他們成為祭司集團的繼承人。高級祭司稱“阿金邁”或“奧坎邁”，他們極為富有(接受貴族和城鎮居民的貢納和祭品)，受人尊敬(隻有他們才能與神靈溝通，並為人向神靈祈禱)。
“契蘭”是專門負責把神對人的答複告訴人的祭司，他們備受尊敬，人們常把他們抬在肩上。“恰克”有四位，他們專門負責協助祭司完成祭祀儀式。“科納姆”是官員，有兩名，一名專門作剖開用來祭奠的活人胸膛的；另一名要從軍事首領或立有戰功的人中選出。他們任期三年，享有很高的榮譽。瑪雅人還有醫師和巫師，他們主要給病人疼痛的地方放血治病。瑪雅時期的宗教很興盛，頂端建有廟宇的金字塔，星羅棋布。這些金字塔，都是瑪雅人舉行宗教活動的儀禮中心。瑪雅的許多大城市，都是當時的宗教城市，如危地馬拉的基禮瓜城，尤卡坦半島南端的科潘。當時有很多與宗教相關的工匠藝人，如雕刻各種石像、木像和焙製陶器的，為廟宇描繪壁畫、天頂的，以及縫製祭服的裁縫等。
瑪雅人建有公共的廟宇，是人們進行宗教活動的場所。貴族和富人們都在家裏設有禱告室，供有神像，常供著祭品，並進行祈禱。被崇拜的偶像，有石頭的、木頭做的，也有泥製的，以木雕的最為珍貴，往往都被作為傳家之寶。瑪雅人也崇拜契琴伊察的泉水，他們去那裏奉獻祭品，進行朝拜。在朝拜的路上，要是遇到了被廢棄的廟宇，也要進去燃燒樹脂，祭祀禱告。
在奴隸社會的瑪雅人祭祀中，最悲壯的，是“人祭”節。被祭獻的活人，有的是奴隸，也有的是他們的孩子。這種祭祀，是祭司要根據災禍的大小來決定。待“人祭”節到來的時候，廟宇人員、祭司們都要先進行齋戒，被做為“人祭”的，要在節日之前，被祭司帶著，邊走邊舞地走街串巷。
到了“人祭”的這天，作為“人祭”的人，便要被全身剝得精光，然後要被塗抹一種藍色的顏料，塗遍全身，還要再給他戴上一頂紙帽子。前來參加儀式的人們，也都要身上佩帶著弓箭，圍繞著做“人祭”的人和木樁一起舞蹈，一邊舞著，一邊把“人祭”高高地捆到木樁上，人們繼續注視著他並圍繞著他跳舞。這時，身穿祭服的祭司，攀上柱子，用箭一下刺進他的陰部，便迅速地下到樹底，接著淌下來的血，不住地往自己的臉上塗。接著，他向跳舞的人發出了信號，人們便一邊舞著，一邊在走到犧牲者的麵前，拉弓搭箭，朝預先已作了記號的“人祭”心髒處射箭，犧牲者痛不堪言，直到被亂箭射死，算是祭了神靈；有的時候，要把作“人祭”的人帶上一個圓形的祭壇，由恰克抓住他的腿、胳膊和手，劊子手的“納科姆”，手拿尖刀，一下猛刺進他的左肋裏，接著把手插進他的胸膛，掏出一顆血淋淋還在跳動的心髒，放到一個盤子裏，端給祭司。祭司便用鮮血，塗抹著偶像的臉。然後，祭司們把犧牲者拋下台階，神職人員便剝掉他全身的皮膚，除去手腳，把人皮披到祭司的身上。人們便圍繞著祭司開始跳舞，犧牲者的屍體便被埋到院內，也有的被人吃掉。若犧牲者是戰俘，主人就要拿著他的骨頭揮舞著歡呼，以示勝利。“人祭”是一種極為殘酷的祭祀，從這種殘酷的儀式中，能夠看出這種宗教的變形，和瑪雅文明走向毀滅的必然，也能夠體會到後來瑪雅文化神秘毀滅的必然。