印加王是最高統治者，被認為是太陽神在人間的化身。他集立法、行政大權於一身，為軍隊的最高統帥和首都庫斯科太陽神的首席祭司長，短發和象牙權杖為其特權和高貴的標誌。王後被稱作“科利亞”，王室貴族實行一夫多妻製，國王死去，其妻妾、奴仆要獻祭或者殉葬。王位繼承人，隻能在正妻諸子中選任，還要聽取貴族議事會的意見。除了王後妃子和國王的姐妹外，他人不能正視國王。臣民們在參見時，必須赤腳行走，身背著木柴，眼睛隻能看著地麵。每當國王到全國巡視，都要坐轎，每當掀開轎子的簾幕被臣民們看到的時候，人們便唬得發出震天的呼叫，喊聲連空中飛翔的鳥兒都被驚落。
印加人必須服從王的意誌，沒有王和官吏的允許，人們不得擁有私人財物，連穿兩件衣服，殺一隻羊，或隨意地吃東西也不行。如果臣民保護不了自己的妻子兒女，王公們便殺死他們的孩子作祭品，也可以奪走他們的妻子，去轉送給另外的人。
貴族組成的理事院，可以確定王位繼承人人選；貴族可以出任廷臣、四大行政區長官和地方官，還可以任祭司。祭司享有各種特權，享受著太陽神土地的收入，卻不受地方官的管轄，而直接歸屬首都庫斯科最高祭司統管。
被征服者的地位低下，他們除了要交納賦稅外，還要為國家服徭役。男人被征去架橋築路、修建水利、寺廟、碉堡等，這種人，被稱為“米達”。被征服者的女人要交納紡織品，漂亮的被選去做國王或廷臣的妻妾。有的成為“白麵中選者”，被送進寺廟中做“太陽貞女”。他們中的氏族貴族還有一定的特權，他們的份地由社員耕種，有一份額外的牧畜，有女奴為其紡紗織布，還監督著社員為太陽神、印加王和孤寡及服役士兵的土地耕種。但他們仍然屬於統治者的奴隸。被征服者中還有一部分“雅納庫納”，他們是被挑選出來的，有男有女，屬於一個確定的主人，他們中大都是雜工、仆役、紡紗工、織布工、刺繡工和手工業者。
印加人的基層社會組織是農村氏族公社(ayllu)。耕地歸公社所有，分三部分，分別屬太陽神、國王和公社成員，產品用於供應祭祀和祭司生活需要、政府和軍隊開支以及維持公社成員生活，所有土地均由公社成員耕種，但耕作時需先種太陽神和國王的土地，然後耕種村社成員的份地和歸村社所有之田。每征服一地後，均實行米蒂馬耶製度，強迫被征服部落遷移到新地方，並移入忠於印加的居民進行監視。強迫被征服各族使用官方語言奇楚亞語，同時把各地區統治者的子弟召來庫斯科作為人質，以鞏固帝國的安全。帝國內實行勞役製,25～50歲的男子均需服勞役。公共工程的興建通過輪流抽調壯勞力的米塔製勞役形式來完成。被征服地區居民中的年輕力壯者則被選出從事某些特殊勞役，處於奴隸或半奴隸地位，因此有人認為盡管印加帝國還保留有許多氏族製殘餘，但已進入早期奴隸製社會。
印加國實行中央集權製。都城庫斯科號稱“世界中心”。國王是政治、軍事和宗教的最高首腦,被尊為太陽神在人間的化身。印加國君依靠軍隊和行政機構對全國進行有效的統治。整個社會經濟生活也被納入國家強化管製之中。國王常到各地巡行，地方長官則每隔一定時期被召到首都報告政務。
1531年，瓦伊納·卡帕克死後，長子瓦斯卡爾與異母弟阿塔瓦爾帕為爭奪王位而發生內戰，阿塔瓦爾帕與軍隊領袖結盟，擊敗瓦斯卡爾，但戰亂使雙方傷亡極大,加之此時瘟疫流行,國家元氣大傷。1532年,西班牙殖民主義者F·皮薩羅侵入印加帝國,誘捕並處死國王阿塔瓦爾帕，立曼科·卡帕克二世為印加王。1533年，西班牙殖民軍圍攻印加首都庫斯科。次年11月，占領首都庫斯科。1536年，曼科·卡帕克二世發動反對西班牙人的起義，1537年被鎮壓，曼科·卡帕克二世被迫逃亡，但其他起義者的反侵略鬥爭一直延續到1572年，才被西班牙殖民軍完全鎮壓下去。