清王朝建立之後，統治者仍積極推行科舉製度，考試的科目和次數都有增加，參加考試的人也越來越多，於是會館也跟著多了起來。據清朝人吳長元《宸垣識略》記載，從清朝入關至乾隆年間，北京的會館就發展到了180多處。到光緒年間，就又發展到了將近400所，幾乎全國各地在北京都建立了自己的會館。有的一個縣就建立了好幾所。
據統計，到民國時期北京尚存有各地會館的情況是這樣的：直隸(今河北省)12所，山東8所，山西35所，河南13所，江蘇26所，安徽24所，江西65所，浙江34所，福建23所，湖北24所，湖南18所；陝甘26所，四川14所，廣東32所，廣西7所，雲南9所，貴州7所，綏遠2所，奉天1所，吉林2所，新疆1所，台灣1所。因清政府有滿人居內城、漢人居外城和內城禁止喧囂等規定，所以原來在內城的會館逐漸廢除，而南城正陽、崇文、宣武三門一帶的商業繁華區則成為會館最集中的地方。
除北京之外，其他的一些城市也都建有多少不等的會館，例如仕商輻輳的大都會之一的蘇州，在明朝萬曆年間就有了會館，後來發展到了90多所。到清末，廣州、重慶、上海、漢口、天津等地都建有會館。
會館的建立主要是出於維護同鄉人利益的，其發起人也不隻是商人，其活動的內容也不隻限於商務，當然因會館性質不同其作用也不一樣。關於會館的建立和發起認有如下幾種情況：
純屬商人發起組建的。這類會館是商人為了保護本地或本行業商貿利益而建立的。就北京地區來說，早期的會館都是為赴京投考的人所建，發起人一般的是在京任職的官僚集資為其家鄉人所建，與商人本身的利益關係不大，後來，特別是到了清朝，有相當一部分會館就是由商人發起並出資興建的了。北京之外的其他城市，由於興建會館的時期都比較晚，一開始就是由商人創辦。
商人創辦會館的動機，在現存的一些會館碑刻中說的是很明確的：
“會館之建，非第春秋伏臘，為旅人聯樽酒之歡，敘敬梓恭桑之誼，相與“會館之設，所以聯鄉情，敦信義。”
“會館之設，所以展成奠價，聯同鄉之宜，以迓神庥也。”
“建設會館，所以便往還而通貿易，或貨存於斯，或客棲於斯，誠為集商經營交易時不可缺之所。”