不久，摩根爭強好勝的性格再次表現出來，他喜歡在當地酒館中圍繞著鋼琴唱歌，表現他洪亮的嗓音。
當然，摩根在學業上仍然非常刻苦用功，摩根每天都花上好幾個小時待在擁有近500萬冊藏書的圖書館裏。除了哲學課等主課外，他又選修了三角學和化學課，他在語言和數學方麵也投入了很多的精力。
當然摩根也知道，他父親把他送到歐洲大陸上學，目的之一就是為了使他學會流利的法語和德語。盡管他學習過一些德語，但他的德語還不過關。剛開始要想聽懂用德文講的課程非常難，所以他請了一名教德語的家庭教師，並利用一切機會進行練習。
摩根到哥廷根不久，學生們為漢諾威王的壽辰舉行了一個歡慶儀式。他們在聚會上唱歌跳舞，還喝了許多啤酒。聚會持續了4個小時，摩根感到哥廷根的姑娘們對美國人講德語時生硬而奇妙的口音很感興趣。
後來他在給吉姆的信中寫道：
下周又要有舞會了，我又有機會去和年輕的女士們練習德語，我有一個格言是要麼沉下水，要麼遊上來，不活則死。或更確切地說，用半年時間學會德語，否則就一點也不學了，我下決心盡自己最大的努力。
春天就要過去了，摩根開始考慮假期怎麼過的問題，他向父親提出要回家去度過漫長的暑假，但父親卻極力主張他留在德國以鞏固德語。因這對他未來的職業是必不可少的，吉諾斯給他的兒子寫信如此說。
顯然，吉諾斯打算讓摩根在商業銀行業務上成為他的助手，而此時的摩根卻在考慮加入一家歐洲商行的問題，可能在荷蘭，那裏似乎既安定又有機可乘。
後來，摩根做了讓步，他考慮在柏林或德累斯頓過完夏天甚至冬天，而他父親建議他到聖彼得堡去度過暑假，這樣可以使他再次擴大歐洲事務方麵的知識，他希望兒子充分利用這一受教育的機會。
摩根卻決定改在假期回倫敦，他後來真的這樣做了。那年秋天，他還去了倫敦一家會計師事務所。
在那個假期，摩根和他父親進一步討論了自己前途問題，他父親希望他加入一家歐洲商會，但他不很願意。他想回到美國自己的家鄉。最後他們還是決定：摩根先回到德國繼續學習。
也在那個暑假，在瑞士，很讓摩根心儀的霍夫曼小姐也從維維伊來到了倫敦。再次見到她，摩根很興奮，他甚至有些愛上她了，隻是由於她是瑞士人，而他從來沒有認真地考慮過要娶一個不是美國人的女子為妻。
他已認真考慮過婚姻這個問題，並且為自己的一生訂出了計劃，他在給表兄吉姆的信中說：“雖然我們的專業差別大，但我們都會在商界，出於這一原因，我們有責任選擇這樣的女人做我們的妻子，也就是說當我們下班回到家時，她們必須做好一切準備使我們開心，而且對我們的家庭感到滿意。”
談到未來的妻子時，他說：“重要的是她必須是內向的，她的心必須在家裏係在丈夫和孩子身上，而不是在外麵世界。”
盡管霍夫曼小姐不是他理想的選擇，但摩根還是很熱情地陪她去戲院，而且同她多次共進晚餐，後來霍夫曼小姐去了美國。摩根向他的表兄吐露內心的想法時說，他從來沒有認識過像她這樣的年輕女子。“她現在走了，我可能再也見不著她了。但假如我在那裏生活許多年的話，我相信我會對她另眼相看的。”
在這次漫長的假期結束後，他回到了哥廷根，而且是帶著一口流利的德語回來的。他開始學習擊劍，他曾為自己不是那些德國人的對手而感到有點尷尬，雖然他們都是專業選手。到了冬天，讓他非常痛苦的氣管炎又犯了，他不得不放棄這項課程。
至11月，他對自己在德語方麵的進步感到異常高興，並說他能很流利地與同學對話了。學生聯合會為一部分教授辦了一次聚會，表演了幾場喜劇，通過這些劇目他知道自己達到了能觀看和欣賞節目的德語水平。
幸好摩根的德語進步得非常快，否則他就無法為自己伸張正義了。在哥廷根大學學習期間，摩根遇到了一件令他十分憤怒的事情。他的滿滿一箱子的信件和照片被偷，包括一張他母親的很珍貴的照片和他十分珍視的簽名紀念冊。後來摩根告訴他的表兄吉姆說：“這最起碼得值100美元。”
警察逮捕了兩個青年，並找到了那隻箱子，可是裏麵的東西不知去向。
在法庭上，摩根不僅條理清晰，並且用很純正的德語向法庭提供了證詞，結果盜竊者被判了9年徒刑。
摩根其他各科的成績也都十分優異，尤其在數學方麵更表現出非同一般的才華。他的數學教授曾建議他留下，說再過一年他就會被聘為助教和輔導員了。
教授說，摩根完全有可能在類似這所大學的研究所的某一數學領域取得一席之地。這是哥廷根的教授對一位學生，特別是一名入學時間不長的美國學生的高度讚揚。
這位教授甚至認為，如果摩根回到美國去經商的話，他就是在浪費自己的生命，所以他鼓勵摩根把這門科學作為自己的終身事業。
當然，摩根除了經商外，他沒有別的野心，要他放棄祖業而從事學術生涯是不可能的。假如他真如教授期望的去搞數學，那麼美國金融史上就會少一位傑出的人物了。但摩根還是非常感激教授給予他的這一榮耀，而且在後來的日子裏經常提起。
這一年，他除了數學和化學，還選修了歐洲曆史，還有法國戲劇學和文學。
他對歐洲的興趣更廣泛了，因為他已決定要回美國經商了。他說這是他自己的主意，因為他父親抱怨過在這期間自己也搞不清該怎樣對付他，在他父親看來，摩根堅持要回去是沒有道理的。
1857年4月，他同他的朋友們一同慶祝了他的20歲生日。
投機咖啡獲暴利
1857年的夏天，摩根在結束了哥廷根大學的學業後，和他的表兄吉姆·古特溫做了一次暑期旅行，使他傷感的心情得到了些許安慰。
他們去了科隆、布魯塞爾、安特衛普、巴黎和維也納，一路上他們玩得非常愉快。摩根流暢的法語和為人處世的老練與瀟灑給吉姆留下了深刻的印象。
然而，他們愉快的假期馬上便被打斷了。就在他們到達維也納時，吉諾斯的一封信早已等在那裏。信上告訴摩根，讓他去倫敦與父親的一個名叫亞曆山大·鄧肯的朋友見麵，他是鄧肯—謝爾曼商行的老板，假如摩根想回美國經商的話，他要先到鄧肯的商行去實習，這是他接受必要的訓練的一個機會。
摩根馬上經由巴黎去了倫敦，與亞曆山大·鄧肯見了麵。鄧肯實際上是皮鮑狄公司在美國的代理人，因此，對摩根的安排很快就確定了，鄧肯同意讓他到紐約的鄧肯—謝爾曼商行工作兩年。
摩根準備去紐約開始他的商業生涯的時候，紐約已是一個擁有50萬人口的大城市了，而美國人口已達到約3000萬人。整個國家和這個最大的城市人口都在迅速地增長，以至於吉諾斯不再極力主張讓摩根到歐洲謀職，而同意他回到美國從事商務。
9月，摩根乘船到達紐約，他比原計劃提前了幾天，他想利用等待工作的日子去了解一下紐約的概況。
不幾天，摩根已了解到此時紐約市的繁華地區在華盛頓廣場附近。曼哈頓區最漂亮的餐館是位於鬧市比弗街的德爾蒙尼科飯館。北曼哈頓區是小農場主集中和滿是鄉村房屋的地區，在城市與鄉村分界線以北8000米的地方有個郊區叫哈萊姆。
在正式工作之前，摩根受到鄧肯的邀請，到他在康涅狄格州的別墅去度假。在那裏，他結識了喬納森·斯塔傑一家，包括他們的兩個女兒弗吉尼亞、亞美莉亞及兒子亨利和弗雷德裏克。一心想成為歌唱家的亞美莉亞·斯塔傑，大家都稱呼她的昵稱“咪咪”。
咪咪溫文爾雅，嫵媚端莊，走起路來像山間的百合一樣婀娜多姿，楚楚動人；她和鄧肯夫婦聊起音樂或美術來，更是神采飛揚，摩根一下子就被她迷住了。
一個星期後，摩根搬進位於西區第七大街45號的公寓裏，與喬治·皮鮑狄先生的親侄子約瑟夫·皮鮑狄同住。
從此，摩根在紐約安定下來，開始了他的學徒生涯。他每天坐馬車或徒步到位於曼哈頓商業金融區的皮納街11號的鄧肯—謝爾曼商行去上班，他們在辦公室為他準備了一張辦公桌。
摩根首先在查爾斯·達布尼的指導下從事會計和記賬工作。查爾斯是上次帶摩根去亞速爾群島進行療養的達布尼先生的一位堂兄弟。因為摩根非常感激達布尼先生，所以兩人一見如故，像是見到了親人，查爾斯也很喜歡這位年輕人，倆人很快成了好朋友。
查爾斯教他賬務處理工作，包括填製憑證、登記賬目、結算賬目、編製報表以及成本核算等，這對摩根來說簡直是小菜一碟兒。
大學剛畢業的摩根身材頎長，神采奕奕，深邃的雙眼閃耀著藍色的光芒，盡管他很年輕，但仍給人一種老謀深算的印象。他的眉毛很濃很密，眉骨處又彎成鉤狀，銳利的目光好像能洞穿人心。摩根天生一副好骨骼，看上去線條優美，瘦長高挑，但肌肉卻很結實。
摩根在查爾斯手下工作自然會很受關照。當然，摩根也不願辜負老父親的重托和老板的器重，決心努力學好金融業務。他工作很努力，進步神速，連查爾斯對他能如此之快地掌握會計工作都感到十分驚訝。
然而不久，摩根對單調的工作開始感到厭倦。他開始向父親抱怨，希望盡早結束在鄧肯—謝爾曼商行裏的工作。吉諾斯也感到或許應該讓他早日熟悉棉花生意，但是後來的金融大危機使得吉諾斯無暇顧及摩根的要求了。
就在摩根在紐約工作了半年後，一場金融大危機在美國爆發了，這就是1857年的那場金融危機。
這場衝擊在美國形成的嚴重後果是：俄亥俄人壽保險公司倒閉了，柯林斯輪船運輸公司和許多銀行遭到同樣厄運，摩根所在的鄧肯—謝爾曼商行也受到影響。更為嚴重的是這場危機使美國人在倫敦的利益受到比在國內更為嚴重的衝擊，與他父親合夥的皮鮑狄公司也被卷了進去。
摩根對他父親信中的悲觀語氣非常重視。摩根為了體諒他的父親，保證一定非常節約自己的開支，甚至表示要搬出和約瑟夫合住的公寓。他說他不願再享受約瑟夫·皮鮑狄的免費招待了，應該搬出去自己過，並說他之所以要搬出去是因為鄧肯—謝爾曼商行也該給他開工資了。
1858年春天，倫敦銀行的貸款才使那場危機過去。吉諾斯向他的老朋友鄧肯提出是否應該讓摩根早日參與一些棉花方麵的業務。當紐約許多家公司破產時，曾經得到皮鮑狄公司幫助的鄧肯—謝爾曼商行根本無法拒絕這種請求。
那年冬天，摩根就被派往古巴的哈瓦那采購棉花，正好可免受紐約的寒冷。
摩根在古巴住了數日，他對這個國家的亞熱帶溫暖的氣候感到特別滿意。他拜訪了許多代理人。許多種植園主對於摩根良好的風度和流利的法語都留下了很好的印象，所以棉花生意進行得很順利。