1904年年初，摩根當選大都會博物館董事會副主席。在秋天當上主席後，摩根改變了博物館的定位。從那時起，博物館不再接受那些達不到專業水準的捐贈品。這不僅是為了利用有限的空間收藏並展出那些珍貴的藏品，尤其是按照藝術品的曆史把不同國家、不同時期的傑出作品集中起來展出。
在摩根擔任主席後不久，博物館的館長去世。1905年年初，董事會聘請英國倫敦一個博物館的館長擔任大都會博物館的館長。
大都會博物館的工作並沒有減慢老摩根私人收藏的步伐。
他又收購了一些畫作和瓷器，還不慎買了一件意大利被盜的文物，後來他還給了意大利。為了展示逐漸增多的收藏品，摩根在1904年買下了與倫敦王子門13號住宅相鄰的房子，他讓人將兩幢房子的內牆打通，把下邊兩層改成畫廊。
1905年夏天，麥基姆因為圖書館的建設勞累過度患上了神經衰弱，醫生要求他必須休息。但考慮到圖書館馬上就要竣工，所以麥基姆並沒有按醫生的要求休息很長時間，這也為他兩年後的不幸去世埋下了禍根。
1906年年初，圖書館終於建成了。麥基姆欣慰地告訴朋友：“摩根先生對圖書館的建設非常滿意。”
落成後的圖書館是一座意大利式的建築，既華麗又莊嚴，本身就是一件了不起的藝術品。第三十六街的入口處是一條寬敞的大理石階梯道路，兩邊各有一隻獅子雕塑。圖書館的外觀采用簡潔的古典設計，以取材自田納西州的粉紅色大理石來構建外牆，正門是圓拱式及雙廊柱的16世紀的羅馬風格。
室內的圓形大廳和圖書館圓拱頂天花板，配合著這種風格，以雜色大理石的鑲嵌來強調其肌理；又以青金石的廊柱和斑岩的地板作對比，顯得輝煌壯麗。此外還請名師仿做了不少拉斐爾式的壁畫，以及古典的宗教聖像浮雕，使圖書館成了集古代至文藝複興藝術與思想於一處的博物館。
圖書館最初預算是85萬美元，但是至1906年落成的時候，總共花了120萬美元。
圖書館落成之後，摩根每天都要在他的私人書房裏待上半天。在這裏，老摩根可以從現實的商業紛爭中解脫出來，大門一關，似乎把所有家庭和社會的凡人瑣事擋在了外麵。“他舒舒服服地待在自己的圖書館裏。”有人給圖書館起了個綽號叫“摩根分行”。
摩根圖書館實質上是一家收藏豐富的博物館，由於該建築的非凡特色和價值，後來這所圖書館被譽為紐約市中心的一塊文藝複興的瑰寶。
身體每況愈下的摩根，自感大限將至，為完成為祖國淘回藝術瑰寶的夙願，他開始將散放在倫敦等地的“外籍”藏品陸續運回美國。這出於兩個考慮：一是摩根希望將所有藏品集中捐給國家；二是如果收藏品在他死後仍留在倫敦，那麼繼承人將承受高昂遺產稅負擔。
1909年以前美國關稅高得令人咋舌，但美國畢竟是摩根的“老巢”，通過對政客的遊說，百年以上藝術品免征關稅的法令一路綠燈，順利獲得通過。
就這樣，成千上萬的藝術珍品被打包運回美國，一分稅錢沒上繳不說，海關還選派業務骨幹親赴倫敦，協助摩根辦理通關事宜。可是，問題又來了。
捐贈給國家這話好說，操作起來就不那麼容易了。
這麼多無價之寶，全部捐給國家可以，但摩根希望得到國家和社會的認可，因為他更看中的是麵子和尊嚴。
於是，摩根提出了三點要求：一是所有藏品全部集中在一起；二是藏品全部饋贈給大都會藝術博物館；三是紐約市專門為摩根的藏品修個展廳。
這三點雖然沒有什麼出格之處，可時機不好。當時樹大招風的摩根財團正在接受反壟斷方麵的調查，處於腹背受敵的情勢之中。
結果，三點要求一出，一些報紙和政府官員便指出摩根有樹碑立傳之嫌。
唯我獨尊的摩根感到本意“為國收藏”的他，此時被國家和國民拋棄了。他非常憤怒，於是表示：“政府再也得不到這些收藏品了。藏品怎麼處置我不管了，留給傑克來作決定。”
率眾拯救華爾街
1907年，紐約一半左右的銀行貸款都被高利息回報的信托投資公司作為抵押投在高風險的股市和債券上，整個金融市場陷入極度投機狀態。而美國的大型國家銀行缺乏協調管理和共同儲備，美國落後的銀行體係就像旱季叢林中的一堆幹柴，一旦發生擠兌，就會引發“火災”。
在華爾街，兩個投機者操縱一家銅礦公司股價失敗，一家信托公司因此倒閉。正是這件不起眼的小事，卻成了引發華爾街風暴的蝴蝶效應的翅膀。
當時全世界處在經濟崩潰邊緣，風暴中心是紐約金融區。
1907年3月25日，紐約證券交易所一片混亂，人們爭相拋售手中的股票。盡管當時美國企業盈利創紀錄，整體經濟持續增長，但美國股市卻一瀉千裏，股價大幅跳水，券商紛紛倒閉，紐約市政府無法發行債券。
一切現象表明，一場金融危機馬上就要開始了。
1907年10月紐約人信托公司投機失敗的消息終於引發了擠兌恐慌，驚慌失措的紐約人紛紛開始從信托公司提出存款，銀行擠兌風潮四處蔓延，席卷全美。
那段時間，華爾街到處是排隊取款的儲戶。人們帶著食物，披著毯子，在銀行門外熬過整晚，以便第二天搶先取錢。一個叫悉尼·溫伯格的人突發奇想，替人排隊賺取傭金，每天能掙10美元；另一方麵，為了減少提款額度，避免關門大吉，信托公司和銀行要求櫃台出納員在數錢時故意拖慢節奏。
而吸收了6000萬美元存款的紐約人信托公司可以籌措到的現金隻有1000萬美元，麵對擠兌不得不關門。
其他信托公司也麵臨了同樣的困境，而且恐慌蔓延到了股票交易所，金融機構回收貸款使股票市場的現金回流受阻，利率一飛衝天，活期貸款利率達到了100％，紐約證券交易所麵臨關門的險境。
1907年的危機同今天的危機有一個顯著差異，當時美國沒有中央銀行，政府在危機麵前束手無策，隻得求助於銀行家摩根，公眾也意識到，要應對金融危機，摩根式的領導力必不可少。
當時，摩根正在弗吉尼亞州參加新教聖公會大會，加急電報像雪片一樣飛來，他對主教說：“他們在紐約遇到了麻煩，不知該怎麼辦，我也不知怎麼辦，但我就是要回去。”
此時的摩根已年屆古稀，疾患纏身，將公司的日常經營交給了其子傑克。摩根意識到，關閉交易所會徹底打垮公眾的信心。在這危急關頭，摩根當仁不讓，憑借其德望、實力與影響，率領紐約的銀行家和工業家們，開始了拯救華爾街的行動。
10月24日上午，摩根登上一輛四輪馬車前往自己位於華爾街23 號的辦公室，與他坐在一起的是他的女婿沙特利。當時全紐約的人都已經在各大報紙的頭版見過摩根的照片，這些報紙稱摩根為紐約市的大救星。
在去往下城的路上，有人瞥見摩根坐在馬車中就會提醒路人。認識他的警察和馬車夫們一看到他就高喊，“老頭子來了”、“大酋長來了”，聽到的人知道他們說的是誰，於是跟著馬車一路跑，隻想看一眼摩根。
在三一教堂附近，當人群知道車裏坐的是誰時，立刻讓開道路，越來越多的人跟隨他們走著。他讓人們如此興奮，仿佛走在隊列前麵的將軍，正揮師去解救一座被敵人圍困的城市。摩根一直正襟危坐，目不斜視，似乎根本不曾留意興奮的人群，但顯而易見，他頗為欣喜。
曼哈頓下城，華爾街與百老彙交會處人頭攢動。當摩根走下馬車，登上摩根公司門前的台階時，人群先安靜下來，默默地為老摩根讓出路，然後蜂擁向前。
走進大樓，摩根的辦公室裏已經擠滿了人，他們絕望地想借錢。摩根徑直走入自己的私人辦公室，開始同等候在那裏的紐約第一國民銀行行長貝克、國民城市銀行行長斯蒂爾曼以及其他幾位銀行和信托公司的官員召開緊急會議。
正當摩根和他的副手們開會之際，在距華爾街不遠處，聯邦財政部紐約分部大樓的門外停著幾十輛車。在同摩根的合夥人喬治深夜會晤後，財政部長科爾特發表聲明正式支持摩根，並提供2500萬美元以增強流動性。
科爾特表示：“令本人印象深刻的不僅是商業機構的穩定，本城商界巨子們無上的勇氣與急公好義的獻身精神尤令本人感動。”
星期四上午，人們大包小包地從聯邦財政部分部大樓的金庫裏提取黃金和美元，存到科爾特指定的各家銀行。與此同時，老洛克菲勒也拜訪了摩根，提出自己樂於伸出援手。洛克菲勒將1000萬美元存入聯盟信托公司，並承諾，摩根如有需要，可再追加存款4000萬美元。
然而恐慌已經擴散得更遠了。紐約證交所發生了嚴重的資金短缺，券商們焦慮不已。上午10 時，短期拆借利率還相當正常，大約在6％左右，但上午晚些時候，有人願出60％的利息借錢卻無人接盤。到下午13時，短期拆借利率達到100％的極端水平。
“顯而易見，諸多信托公司見到已有3家同行發生擠提，不禁杯弓蛇影，紛紛討還借款，以期強化自己的現金頭寸，導致市場流動性困難。”摩根的合夥人喬治觀察到，貨幣市場已經相當吃緊，而信托公司將資金撤出市場更是雪上加霜。資金如此短缺，交易所裏證券價格自然一落千丈。
下午13時30分左右，紐約證交所總裁托馬斯帶著一名助手火急火燎地來到摩根的辦公室。當時室內已經擠滿了同樣憂心忡忡的人們，但托馬斯顧不得那麼許多，徑直擠上前來，說道：“摩根先生，我們將不得不關閉交易所。”
“什麼？”摩根轉過頭來，不解地問道。
“我們將不得不關閉交易所。” 托馬斯又重複了一遍。
“正常的關市時間是幾點？”摩根問道。
“下午15時。”
“在下午15時之前絕不許關市，提前1分鍾也不行！”摩根聲若洪鍾，一字一頓，手指指向托馬斯。
托馬斯解釋道，除非在極短時間內向交易所注入資金，否則會發生大量破產。摩根表示自己將立即采取行動安排貸款，將托馬斯打發回交易所。
時間一分一秒地過去，而每一個瞬間的流逝都會令時局越發無望。
“一個又一個券商來到我們的辦公室，懇求我們做些什麼，很多人聲淚俱下，而另一些人麵對突然降臨的厄運幾乎休克了。”喬治回憶道，“他們手上有證券可以用來籌款，但市場上無錢可借。”
最後，下午13時45分，摩根讓人立即將所有銀行的總裁叫到他的辦公室來。下午14時，城裏的銀行家們紛紛到來。此刻距券商們最恐懼的時刻隻有20分鍾。20分鍾後，按慣例，交易所將當日成交比對，並調整券商賬戶。換句話說，算總賬的時刻即將來臨。
銀行行長們終於到齊了，摩根向他們解釋了當前的事態，直截了當地說，除非銀行家們在接下來的10分鍾至12分鍾內籌措2500萬美元，否則至少 50家券商將破產。
國民城市銀行行長斯蒂爾曼立即拿出500萬美元，其他銀行家紛紛解囊相助。到14時16分，摩根已從14家銀行確認了總額 2360萬美元的貸款。幾分鍾內，關於新的“資金池”的消息即傳遍了華爾街。
喬治後來回憶道：
此時我們辦公室的外間擠滿了焦急等待會議結果的券商。銀行行長們正匆匆地從摩根的私人辦公室走出來，走到外間。
一定有什麼人公布了已經籌集2500萬美元的消息，因為正當我離開辦公室去啟動貸款程序的時候，我看到有人把帽子拋向天花板，大喊：“我們得救了！我們得救了！”
14時30分，資金注入市場，人們擁擠著擁到交易所的“資金點”尋求貸款，混亂中，摩根的一名員工的外套和馬甲都被撕破了。
《紐約時報》報道稱，貨幣經紀商們忙作一團，放款的速度也就是僅夠將借款人的名字寫下來。10天來，交易所第一次呈現出歡快的氣氛。
15時整，交易所關市時，交易大廳內爆發出一陣“狂野的咆哮”，會員們大叫著：“摩根怎麼樣？他很好！”接著歡呼3聲。
摩根在星期四下午籌措的 2500萬美元中，30分鍾內就借出了1900萬美元，利率從10％至60％不等。關市後，很多人聚集在摩根公司門前，帶著抵押品確認自己的貸款。
晚上19時多，摩根終於走出了辦公室。離開大樓時，一向在公眾麵前很少說話的摩根卻主動走到大隊記者麵前，挺直腰杆，緩慢而懇切地說道：“如果人們將錢存在銀行，那麼一切都會沒事。”
說完後，他快步走出大門，坐上馬車疾駛而去。
在短短幾天內，許多瀕臨破產的信托公司得到了數千萬美元援助。為加強現金流通，以摩根為首的紐約銀行三巨頭還下令發行1億美元的票據。
11月6日，在摩根多方努力下，華爾街股市終於一開盤就輕鬆上揚，出現了好的趨勢，第一批價值700萬美元的黃金也已經運抵紐約，使資金短缺的局麵得以緩解。
人們在事後評論：“摩根拯救岌岌可危的金融市場的行動，可以和齊奧托畫的聖弗朗西斯用肩膀撐住倒塌下來的教堂的情景相媲美。”
在幾十年後，還有人對此進行過評論：
在這次事件中，摩根表現得猶如美國中央銀行行長，雖然當時這個職位並不存在。但是熱心公益並不是他的原始動力。那次危機過後，摩根和其他投資家都大發橫財。
有位美國記者采訪晚年的摩根，問: “決定您成功的條件是什麼？”
老摩根毫不掩飾地說: “性格。”
記者又問: “資本和資金哪個更重要？”
老摩根答道: “資本比資金重要，但最重要的是性格。”
的確，翻開摩根的奮鬥史，無論他成功地在歐洲發行美國公債，慧眼看中無名小卒的建議大搞鋼鐵托拉斯計劃，還是力排眾議，甚至冒著生命危險推行全國鐵路聯合，都由於他倔強和敢於創新的性格。