東麵的龍虎殿雄踞千仞峭壁之巔，險峻威嚴；西麵的飛仙岩峙立幽穀深淵之上，氣勢浩然；北麵的天門、丹崖，在雲霧繚繞中仙風縹緲；南麵的玉京峰，高聳雲天，氣勢巍峨，挺拔壯觀。
王祜將這些沉靜的古建築以日月之運行、山巒之起伏和雲海日出之變幻為背景，藏身於山川草木之中，反而把它們襯托得更加靈氣。
王祜所建的三清宮與宋代王霖所建的三清宮相比，規模了大許多，而且在總體布局上也建設的更加和諧，形成了多樣而統一的道教宮觀布局。
三清宮前麵的天門峰像一麵展開的巨扇，成為一個天然屏障。三清宮後方的方鬆林蒼翠濃密，簇擁著三清宮的鐵瓦朱牆。溢彩流丹的三清宮就這樣被前呼後擁著。它四周虎鋸龍蟠很像一顆彤紅的丹珠，鑲嵌於三清山之巔的萬綠叢中。
三清宮外牆是花崗岩石質構成。殿前是一個400多平方米的院子。在院子裏有一個巨大的花崗岩石香爐，在香爐的基座四腳上有石雕的螭頭。石香爐前方是一個方形石香亭，亭的上蓋由一塊整石雕琢而成。
三清宮開三門，正中大門外設台階五級，階下殿簷滴水處建了長方形的水池一方，阻擋在大門之前，古代名為“龍泉池”，後改名為“階下囚龍池”。
在階下囚龍池的池底西南角有石雕潛龍頭一尊，泉水從龍口吐出。龍頭東前方石香盆基座上刻著“火龍珠”圖紋一幅，緊靠龍頭南邊池底是陰溝排水口，雨天有水從中溢出將龍頭浸漫。
在階下囚龍池北麵正中為三清宮的石牌坊。牌坊為三開間花崗岩構成。牌坊上有前後兩幅對聯刻在牌坊的石柱上。前麵一副對聯：
雲路迢遙入門致鞠躬之敬，
天顏咫尺登壇皆俯首之恭。
後麵一副對聯：
登殿步虛升太虛上之無上，
入門求道悟真道玄之又玄。
牌坊橫額上書“三清宮”三個大字。
在牌坊前左右各有石雕神龕—座，內供魁神和靈宮的石像，造型威武。站在石坊處仰觀三清宮，可見有一巨形龜狀石，昂頭駝著三清宮。
龜石下有清泉流出，長年不斷。再往後看去，可見宮殿巍峨，古鬆參天，香霧飄飄，清幽雅靜，大有鍾聲隱隱出玄關，眾妙門中非等閑的仙山氣概。
三清宮是整個三清山道教建築群的中心，它分為前殿後閣。三清宮的前殿是三清殿，在三清殿內的大柱上有著一副石刻楹聯：
三天無極存道氣於玉清上清太清，
一統大明祝皇祚於百世千世萬世。
相傳，這副楹聯是明代第二代皇帝建文帝藏隱於三清山，任三清宮住持時親筆題撰。從看似矛盾的聯語中可以看出，建文帝雖遁入清靜空虛之門，但仍然難以完全斷絕紅塵世俗之念，寄希望於三清尊神保佑大明皇位傳承千秋萬世。
三清殿殿正門的楹聯則是：
殿開白晝風來掃，
門到黃昏雲自封。
這副楹聯與朱元璋在鳳陽龍興寺內的留下的一副對聯：“廟內無僧風掃地，寺中少燈月照明”有異曲同工、相承繼襲之妙。
這兩幅楹聯不僅是朱元璋和朱允炆祖孫兩人同入空靈清靜之門這無奈經曆留下的意味深長的注解和佐證，也同時道出了三清山仙境福地風拂雲繞、虛幻縹緲的景象。
三清殿正中間大門上懸“三清福地”直匾一方，殿內供奉元始天尊、靈寶道君和太上老君三位教祖神像。
元始天尊在中間，手執混元珠。混元珠象征著天地還沒有形成、萬物還未曾滋生的混沌狀態，道教稱之為無極。靈寶道君在元始天尊左邊，手捧如意之象，象征著剛從無極狀態中衍生出來的“太極”。太上老君則在元始天尊右邊，手執羽扇，象征由太極分化出的“陰陽兩儀”。
三清宮後閣是觀音堂，觀音堂供奉著佛教十八羅漢等神像，這種佛道合一的布置屬於全真派的特色。前殿和後閣之間以十三級台階相連接，象征腳踏十三行省。俗語有“腳踏十三階，吉吉福壽連”的說法。
像三清宮這種道、佛和諧相處，共為同一殿堂的情況，有別於其他道教名山佛道不相容的格局，也體現了三清山海納百川包容萬象的博大胸懷。
在三清宮周圍按八卦五行分布的附屬的小建築也都非常別致，如九天應元府、風雷塔、龍虎殿和糾察府等，它們的建築規模都不是很大，但在造型上卻有很高的造詣。
它們的選址和造型都體現了道家對道法自然這一教理的運用和對天人合一境界的追求，人文景觀與自然景觀渾然交融，不分彼此。
三清宮的東邊就是龍虎殿，龍虎殿規模雖不大，卻有吐納日月之勢。它高踞於險峻的天門峰峰頂，前臨絕壁，後倚長空。站在龍虎殿，遠可以縱覽山川雲水，近可以觀奇峰怪石。
在龍虎殿內中間有神龕三個，分別供著三尊神像。兩側各有神龕七個，各供神像一尊。在殿前有石虎和石龍一對，它們都是天然山石略加斧鑿而成。
石虎半蹲，虎首凝視殿門。石龍伏地而臥，龍首高昂，龍須翹然，栩栩如生。它們神態生動卻又似是而非，與三清山的建築風格渾然一體。
九天應元府在三清宮的南邊，是一個亭閣式的石構小觀，屬三清宮的附屬觀宇。它的整體呈橫長方形，台基壘成須彌座狀。柱枋的材料粗碩，額枋下的雀替作成卷雲狀，兩兩相連，形似騎馬式。它的前麵是一塊空闊的窪地，上麵分布著有流泉、水草和密林，充滿了肅穆和寂靜的感覺。
糾察府位於三清宮前東側不遠處。它跟九天應元府一樣，也是單開間歇山式的亭閣狀小觀，但它的結構遠比九天應元府簡單，梁、柱、枋和牆連為一體，正中辟寬敞的拱門，裏麵供奉著神像六尊，是一座石砌微縮府殿。並且，糾察府的布局和設置是我國其他的道教名山所沒有的。
除了此之外，整個三清宮建築群內還有古丹井、詹碧雲墓地和天門等道教古跡，都具有豐厚的道教文化內涵。
三清山的全山道教建築群主次分明，相互映襯，聚散有序，遙相呼應，形成了一幅完整而統一的三清山道教福地洞天圖。這些宮宇建築以山上花崗岩雕琢拚砌而成，石梁石柱，四周配以石牆，內供玉清，上清、太清三尊石雕石刻神像。