天王殿後的玉佛殿麵闊3間，外加圍欄，黃琉璃頂，是一座小巧玲瓏的重簷歇山式建築。大殿東西有鍾樓和鼓樓各一，月台上有古柏一棵，蒼老勁健，西側植羅漢鬆一棵，圍粗1米多，頗為罕見。
玉佛殿原供有清朝光緒年間從緬甸請回的釋迦牟尼玉佛像一尊，像高2米，玉色皎潔，雕琢極精。被毀之後，供奉的是從北京永樂宮移來的玉佛。
九龍殿又稱“圓通殿”，是法雨寺的主殿。殿前有古樹10餘棵，其中兩棵大樹——古銀杏和古檜柏高入雲天。西側的銀杏粗約3米，樹齡約有500多年。
東側的龍鳳柏蒼遒老勁、盤曲如虯螭，形狀獨特，是寶陀山上最有名的兩棵古柏。
大殿台前三麵石欄板上分刻著“二十四行孝圖”，取自元代郭居敬編撰的古今24個孝子的故事。這些浮雕構圖完整，線條流暢，是明代石刻浮雕中的精品，有很高的藝術價值。
大殿是後來的康熙皇帝增建的。
1699年，康熙皇帝賜“法雨禪寺”匾額時，下發“拆金陵舊殿以賜”令，拆金陵城內琉璃瓦12萬張，仿金陵明故宮的九龍殿蓋成。殿分7間，高22米，麵闊35米，進深20米，麵積達1000多平方米。
大殿內無一梁、一釘，堪稱一絕，是我國寺院建築中規格最大和建築藝術水平最高的佛殿。
九龍殿內最有名的當數“九龍藻井”，藻井按古樸典雅的九龍戲珠圖案雕刻而成。
一條龍盤頂，8條龍環，8根垂柱昂首飛舞而下，8根金柱的柱基是精致的雕龍磚，正中懸吊一盞琉璃燈，宛若一顆明珠，組成九龍戲珠的立體圖案，造型優美，刀法粗獷，成於明代初，九龍殿之名便因此而得。
大殿正中供奉6.6米高毗盧觀音坐像，後壁為大型海島觀音群塑及善財童子群像，兩旁列十八羅漢。
禦碑殿殿宇5間，黃瓦蓋頂，西側樓屋內有門可通上佛頂山的香雲路。大殿麵寬5間，進深4間，前有外廊，鬥拱承擔，殿中供三世佛。
殿東耳殿3間，為三聖殿，供三聖立像。西耳殿3間為關帝殿，供關公金坐像，兩側配房各5間。
1605年，明朝萬曆皇帝賜寶陀觀音寺為“護國永壽普陀禪寺”，寶陀山自此更名為“普陀山”。
之後，明代僧人圓慧在海拔300米的佛頂山右上方建造了一石屋，取名“慧濟庵”，俗稱“佛頂山寺”。
至清朝時期，禪宗臨濟派能積禪師擴庵為寺，首創圓通、玉皇兩殿，又建鍾樓、大悲樓和齋樓，慧濟寺從此聲名遠揚。
後來，德化禪師請得禦賜《大藏經》鎮寺，德化禪師圓寂之後，其徒文質主掌法席，對慧濟寺大加修建，一切規製皆與普濟寺、法雨寺相同，成為普陀山的第三大寺院。
慧濟寺占地麵積為18000多平方米，有殿堂燈閣共145間。布局因山製宜，山門、天王殿、大雄寶殿、大悲殿、藏經樓、方丈室等列同一平行線，與左右廂房互為表裏，頗具浙東園林的特色。
明末張蒼水有詩雲：
絕磴淩雲嵌佛龕，捫天拄笏恣豪探。
寫出了佛頂山寺的奇妙景趣。
由法雨寺到慧濟寺需經一段石級小道，人稱“香雲路”，全路共有1088級石階，此路細如羊腸。
後來在住持文正的帶領下，募資砌石而成，路旁又設鐵欄杆，一路上可見青山綠水，可聞鳥語花香；路西的青玉澗，自山巔至山麓，涓涓細流，淙淙汩汩之聲時隱時現。中途的香雲亭呈長方形，建於路中，下有溪澗穿行而過。
過香雲亭向前，在一個陡坡的轉彎處，一呈方形的巨岩矗立在路側，岩石的垂麵上刻有數尺見方的“海天佛國”4個大字，為明朝參將侯繼高所書。
相傳當年侯繼高在普陀山抗倭之際，佯裝上佛頂山禮佛，吸引倭寇入山，並一舉殲之，這4個字就是當時所書寫的。“海天佛國”石上又疊一石，其形如即將傾倒之鍾，高插雲天，石上題款“雲扶石”3個字，非常奇特。
慧濟寺的山門極為簡樸，上書“慧濟禪寺”，與普陀山其他的寺院不同，慧濟寺的主殿大雄寶殿供奉的是釋迦牟尼佛像，兩邊侍立佛弟子阿難與迦葉。
大殿兩廂各塑有10尊塑像，是佛教傳說中的“二十諸天”，後兩側則供奉觀音及千手觀音木雕像。大雄寶殿屋頂以天藍、淡綠、鵝黃、紫紅等各色琉璃瓦鋪成，陽光映照，往往能映出萬道彩虹，形成“佛光普照”的綺麗景觀。
慧濟寺後門左側有一棵樹，是普陀鵝耳櫪。該樹從地表處分兩杈並列長出，在3米多高處又分兩杈，往上再有規律地一分為二，故又稱為“夫妻樹”。這棵樹是200多年前由緬甸僧人來普陀山朝拜時攜來，是我國沒有的稀有植物，僅存一棵，十分珍貴。
還有一棵被譽為“佛光樹”的新薑子木，也是稀有樹種，它如同一名使者，每當農曆二月十九觀音大士聖誕之日，它的嫩梢枝葉就會披上金黃色的絨毛，在陽光裏熠熠閃光，仿佛佛光臨世，又為這個佛度增添了幾分神秘的色彩。
佛頂山是普陀山的最高處，在這裏舉目四望，大海山礁，仿佛向眼前奔來。每遇山雨將來，霧靄圍繞山腰，漸至朦朧，此時，山腰的“雲扶石”如青帆一片，出沒於雲濤，仿佛置身於雲海之中，充滿詩意，形成“華頂雲濤”的壯麗景觀。
在普陀山上還有許多天門，如東天門、西天門、南天門等。
東天門有兩處，一在光熙峰右；一在虎岩側，兩岩突起如門，仰看不高，俯瞰則岩壑深杳。
西天門對峙的兩石間僅容一人傴僂而過，危石橫亙其上，額曰“西天法界”，左右石上分別題刻“振衣濯足”和“同圓種智”。
南天門是在清代康熙年間由普濟寺住持通旭正式題名的。南天門孤懸入海，正南有小石橋與本島相通，因橋似龍，故稱環龍橋。島上有梵刹，又有觀音大士墳。入門有巨石矗立，清總兵藍理題名“海山大觀”4個字於其上，體勢蒼勁。
這些門並無繩墨規矩、彩拱飛簷，不過是巨石突兀，相對聳峙而類似於“門”而已，但三天門名立，普陀山便儼然一海天淨國了。
在南天門旁，是普陀山南海觀音立佛之地，麵朝大海，與洛迦山隔海相望。南海觀音銅立像氣魄宏大，雕製精巧，世所罕見，是普陀山標誌性的建築物和海天佛國的象征。
南海觀音立像雙目垂視，眉如新月，左手托起法輪，右手施無畏印，顯現大慈大悲相。總高33米，其中像身高18米，是由96塊厚0.001米的亞金銅壁板組成，總重70噸，其中麵部重1.5噸，高2.6米，寬2.4米，含純金6500克。
南海觀音立佛下麵是禮佛廣場，寬51米，長111米，花崗石布地，石板涇渭分明，板縫銜接細密。廣場南側東西置“四大天王”花崗岩石雕像，像高3.9米，雕塑像近看如巧奪天工，遠觀威武如真神。
南海觀音立像基座分兩層，第一層為功德廳。廳內正中直徑5.6米的銅柱上鑄有20幅觀音說法圖和妙善大和尚像，兩壁懸掛著“觀音送飯”、“二龜聽法”、“飛沙連海”和“藍公護法”的大型木刻壁畫，雕刻極為精細。
基座的第二層為觀音堂。堂內供奉著500尊各具妙相的紫銅觀音像，中間銅柱鑄刻著“觀音三十二應身像”。
普陀山南海觀音銅像造型盡現了觀音菩薩的慈、悲與柔美，形象端莊，線條流暢，金光閃閃，是海天佛國宗教藝術的一大瑰寶。
拓展閱讀
普陀山在東海，為什麼要稱為“南海普陀山”呢？主要有兩個原因：一是因為在《史記·秦始皇本紀》中有“上會稽，祭大禹，望於南海”的記載，以為古代稱普陀山為南海。二是因為在唐朝以前，我國的政治文化中心在陝西西安，普陀山在其南邊，因此，唐朝之前的普陀山一帶海麵被稱為南海。