之後，上海龍華寺的僧人清福曾3次從越南、泰國、新加坡、印度、錫蘭取回佛骨舍利、《貝葉經》和玉佛，並將舍利3枚、《貝葉經》兩卷留贈在仙峰寺內，並建造舍利殿進行存放。
寺前有九蓮池，四周石欄上有許多文字題刻。
仙峰寺周圍生長著許多珙桐樹，花呈白色，形如鴿翼，微風吹拂，翩翩起舞，是極為稀少的一種植物，被人們稱為“鴿子樹”。
至明代峨眉山的道教日趨衰敗，而佛教卻繼續興盛發展。明太祖朱元璋曾為皇覺寺的僧人，對佛教本身就有好感，曾敕封寶曇和尚為國師，並於洪武年間派遣國師來峨眉山重建鐵瓦殿。國師留蜀10年，道化大行，其圓寂後，太祖賜詩二首，以昭其德。
1466年，普光殿毀於火災，住持了鑒和尚募化，蜀王朱懷園捐資重修，曆經3年修建完成。
1534年的嘉靖甲午年，慧宗別傳禪師來峨眉山，在峰頂飾新鐵瓦殿，創建了新殿，並鑄普賢銅像一尊、銅佛65尊於金頂。
鑄普賢三身銅像供奉在白水寺的毗盧殿內，在白龍洞外按《法華經》，以字計棵，廣植楠柏，名為“功德林”，並鑄銅鍾3口，分置白水寺、永延寺、聖積寺。聖積寺銅鍾最大，計1250千克，神宗朱翊鈞特賜號為“洪濟禪師”。
1568年，通天明徹大師來普賢寺禮佛後在千佛頂結茅駐錫。
1573年在天門石下建一海會禪林，安住眾僧，持戒10年，道望益隆，聲聞朝廷。他的弟子無窮大師，秉承師誌，於萬曆年間雲遊楚蜀，募鑄高3.6丈千手千眼觀世音銅像一尊，迎回峨眉。
後來赴京奏請慈宮，太後賜金敕建大佛寺，安奉大士銅像，並於萬年寺側建慈聖庵，供太後像及珍藏朝廷賞賜的經卷、袈裟、法器等物。
1601年，慈聖太後賜金，敕令在白水普賢寺修建宮殿，覆罩普賢願王銅像。神宗朱翊鈞禦題“聖壽萬年寺”額，為太後祝禧之意，白水普賢寺由此更名為“聖壽萬年寺”。
華藏寺全稱為“永明華藏寺”，位於峨眉山金頂主峰。金殿是華藏寺的其中一殿，所處位置最高，與華藏寺合二為一，統稱“華藏寺”，俗稱“金頂”。
明洪武年間，國師寶曇奉旨來山重修寺院，因山高風大，雲南總兵祁三升捐資，將殿頂覆為鐵瓦，俗稱鐵瓦殿，按察趙良壁增修。
1601年，山西五台山的妙峰和尚和唯密禪師來峨禮行普賢，發願鑄三大士滲金像以銅殿放在幾大名山，即募西蜀藩王潞安沈王朱模攜得黃金數千兩，送往湖北荊州監製。曆經數載，先後鑄造銅殿3處：一在峨眉山；二在五台山；三在普陀山。後又奉慈聖太後旨意“賜尚方金錢，置葺焚修常住若幹，命方僧端潔者主之。”
四方檀越也慷慨捐助，共襄勝舉，後來神宗朱翊鈞還敕賜峨眉山永延寺藏經一部。
1615年秋天，在大峨山鐵瓦殿後的最高處做成了普賢願王銅殿，銅殿通高8米多，寬4米多。
銅殿上部為重簷雕甍，環以繡欞瑣窗，殿中祀大士銅像，傍繞萬佛，門枋空處雕畫，雲棧劍閣之險，頂部通體敷金，巍峨浩漾，迢耀天地，故稱“金殿”或“金頂”，明神宗朱翊鈞禦題橫額稱“永明華藏寺”。
1890年正月，銅殿毀於一炬，寺裏的僧人心啟、月照和尚新建約180平方米的磚木構造的殿堂，銅碑、銅門等法器放置其中，殿脊之上置以滲金的寶頂，仍不失金頂的莊嚴華貴。
金頂華藏寺依山勢而建，中軸線上由低到高分布著三重殿堂。
第一殿是彌勒殿。殿門上懸掛著“華藏寺”金匾，寺內供奉銅鑄彌勒佛像，背後是韋馱銅像。殿內還有三足銅鼎和明萬曆年間的銅碑等文物。
第二殿是大雄寶殿。殿中供奉著銅質金身的三身佛，坐高3米。殿內還有銅磐、銅鍾等法器，以及銅鑄像、銅普賢像等佛教文物。
第三殿是普賢殿，即金殿，也稱金頂，是峨眉山最高的殿堂。殿門的匾額有金頂“行願無盡”、“普賢願海”、“華藏莊嚴”等。
殿內供奉普賢騎象銅像，普賢端坐在蓮花台上，手執如意，蓮台置象背上，白象腳踏4朵蓮花。整個造像通體銅鑄，通高4.5米，殿內還有銅鼎等物。
洗象池位於峨眉山海拔2070米的鑽天坡上，明代時僅為一亭，稱“初喜亭”，意為到此以為快到頂了，心裏歡喜。後改建為庵，名“初喜庵”。
1699年，由行能禪師改建為寺。乾隆年間由月正和尚整修寺前的鑽天坡和寺後的羅漢坡道路，並將寺前小池改建為六方，池畔放一石象，以應普賢菩薩洗象之說。
相傳普賢菩薩騎象經過時，白象曾在水池中沐浴，故改名為洗象池，又稱天花禪院，建有彌勒殿、大雄寶殿、觀音殿和藏經樓等。
寺門外不遠處豎有兩碑，一刻“鶴跡餘古雪，猿聲出綠蘿”字樣；一刻“菩薩曾來池湧玉泉堪洗象，眾生向上坡連雲路好鑽天”。
洗象池的第一殿為彌勒殿，殿內供奉彌勒佛像高2米，殿後為金身護法韋馱菩薩像。
第二殿是大雄寶殿，殿額是遍能大和尚所書寫的。殿內供奉普賢菩薩騎象金身，兩旁為十八羅漢。殿後供奉西方三聖，金身站立蓮台之上，高約3米。殿內有一口銅鍾，高1米，直徑1米。
第三殿為觀音殿。供奉觀世音菩薩，兩壁懸掛20幅觀世音菩薩像，每幅高1.2米，寬0.8米。
洗象池的寺藏文物比較豐富，藏經樓上供有一瓷製觀世音菩薩像，帶座高約尺餘，製作精良。同時，還有其他珍貴的文物。
洗象池離金頂有15千米。此處屬高寒地帶，雨雪多，故而其殿矮小，並用鐵皮蓋房。
其風景優美，寺周冷杉枝繁葉茂，每當雲收霧斂時，碧空萬裏，月朗中天，月光透過冷杉林，映入池中，水天一色，宛若置身雲霄，令人氣爽神怡。這一帶常有猴群出沒，僧人以慈悲之心待之，人與動物和諧相處，其樂無窮。
在佛教興盛發展的同時，峨眉山的武術也在集百家之大成，迅速地發展著。明末清初的武術家吳殳所著的《手臂錄》一書，對峨眉的槍法進行了較為詳盡地論述。吳殳又名喬，號侖塵子，江蘇人，少年時酷愛武術，曾從朱熊占學習峨嵋槍法，從漁陽老人學習劍法，從鄭華子學習馬家槍法，對各種兵器都有研究。
至清代，吳殳不求仕途，專攻武術，並著書立傳。他的《手臂錄》一書，是以精確解釋各種槍法而著名的。他在此書中論述峨眉槍法說：“西蜀峨眉山普恩禪師，祖家白眉，遇異人授以槍法，立機空室，練習兩載，一旦悟徹，遂造神化，遍遊四方，莫與駕並，槍法一十八紮，十二倒手，攻守兼施，破諸武藝。”
在峨嵋槍法中，有治心、治身、動靜、攻守、審勢、形勢、戒謹、紮手、倒手、破諸器、身手法等技法，大大豐富了峨眉武術的理論。
明代中晚期和清初，由於朝廷和地方官吏支持佛教，峨眉山修建寺廟很多，全山無峰不寺。
從報國寺至峨眉縣城，沿途也有山上各寺院修建的腳廟，如圓通寺、保寧寺、菩提庵、圓覺寺等，這些雖是附屬小廟，但也有屬於自己的廟名，並各為一寺。
而在此時，道教卻在峨眉山趨於衰落，許多道觀改為佛寺，出現了與佛教合流的趨勢。
明萬曆年間修建的純陽殿，是當時最大的道觀，觀內供奉呂祖、 三霄之像。但是至清代的乾隆年間，觀內已無道士居住，被僧人所占，峨眉山開始成為清一色的佛教天下，是佛教在峨眉山的鼎盛時期。
清代順治時期，貫之和尚率弟子可聞等在伏虎寺舊址重建“虎溪精舍”。後來，川省大僚捐資重建伏虎寺，曆時20多年完成，殿宇十三重，寬敞輝煌，冠於全山。
康熙帝愛新覺羅·玄燁曾親筆禦題“離垢園”3個字懸於寺內，寓意佛門聖地遠離塵垢。
1702年，康熙欽派一等侍衛海青等到峨眉山降香。康熙帝賜給峨眉山大批經卷及匾額、楹聯、詩文。賜降龍院“普賢願王法寶”玉印一枚和“善覺寺”額，並賜住持元亨詩一首，以示褒獎。元亨即改降龍院為“善覺寺”，並在院內建亭供奉玄燁像，以報國主恩。
1745年，乾隆皇帝為千佛禪院洪椿坪禦書“性海總涵功德水，福林長湧吉祥雲”的聯語。清代中晚期以後，峨眉山佛教逐漸衰落，許多僧人赴外緣佛事，為施主轉咒、拜懺、放焰口等，從事應教活動。
從以上事實可以看到，宋代以前，峨眉山佛、道共存。但至明代，佛教在峨眉山呈蓬勃發展勢頭，幾乎無峰不寺，信徒日眾。相比之下，道教則受到冷落，道士隻好下山。在峨眉山釋道關係中，曾出現兩次將二教融為一體的嚐試，具有典型意義。
然而出現二教融合的嚐試並不是偶然的。因為佛教自東漢傳入我國以後，釋、道、儒三教經長期交流，早已是你中有我，我中有你。盡管如此，各教所據經典畢竟大有不同，所以“融為一體”的願望最終未能實現。
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遇仙寺始建於清代同治年間。關於遇仙寺的得名，還有一個美麗的民間傳說呢。
據說古時候有一個人去峨眉山求仙，走到這裏，遇一砍柴的農民對他說：“清閑無為便是仙，為何走上峨嵋山？”說罷便隱身不見。
此人知道遇上神仙了，心滿意足地返下山去。後來和尚便在這裏修建了一座寺廟，取名叫“遇仙寺”。大家可以在這裏歇歇腳，體會一下“清閑無為便是仙”的哲理。