然而，邱新榮不怕這樣的誤解和攻擊。他依然我行我素，勇往直前。他喜歡立定腳跟往回看，喜歡反顧和反思曆史。在他看來，今天與昨天之間，現代與古代之間，並非不相聯屬的兩截，而是前後承接的整體。沒有無曆史的現實，也不存在無現實的曆史。曆史即現實的前世，現實即曆史的今生。誰若想看清現實，誰就必須好好研究曆史。基於這樣的認識，邱新榮試圖通過詩人之眼，洞察曆史的被層層遮蔽的秘密，試圖通過詩人之眼，看清現實的詭異而迷離的麵影。他直麵那些讓人不忍逼視的苦難和不幸。隔著幾千年的間隔，他聽到了那遠古的哭泣聲。他從阿房宮的角度，為那些縱火的複仇者辯護，——阿房宮哭泣，不是因為“那把火”，而是“因為被我耗盡的民力”（《阿房宮的哭泣》）。他聽到了那些“陪葬者”絕望的哭聲：“聽聽那些陪葬的哭聲／這些哭聲／想把自己哭給遠方的父母聽／想最後一次哭給自己的家門”（《聽聽那些陪葬的哭聲》）。大規模的殺戮，是中國古代戰爭中較為常見的現象，也是人類戰爭史上極為罕見的暴行。對此，邱新榮持毫不寬假的批評態度。在殺戮者的眼中，“百姓的命／賤如塵土”，而殺戮的恐怖會轉化成無邊的仇恨，會最終轉化為新的殺戮：“仇恨衍生出仇恨／他年 又將在某地／爆發報複的屠城。”（《想起了那些屠城》）
他冷靜地反思集權，尖銳地批判暴政。他批評“焚書”，認為這“讓目光空洞／讓心靈空虛”（《焚書紀事》）；他批評“坑儒”，認為這種暴行“將會使一批血液奸猾／使眼神委靡／使諂媚悄悄浮起／以柔順的方式／保護自己”（《坑儒紀事》）。他諷刺參與“焚書坑儒”密謀的李斯，嘲笑他的“聰明和才智”，“回頭會把自己咬傷”（《李斯之死》）他對中國千百年來的“獨裁者”之父秦始皇深惡痛絕。在《第一個皇帝的出現》中，他批判了做為專製者的“這種動物”，批評了他的殘忍、傲慢、冷漠，——他是“一切災難的總和與總和了的災難”，但是，他的焦點不在這裏，而在對做為被壓迫和被奴役者的“我們”的批判：
我們使他膨脹了起來
他思想的腦袋
給我們帶來了專製的災難
我們慫恿了這種動物
他的目光被放任成了嗜血的刀劍
他放大了自己每一個愚蠢的動作
放大了自己的無知
放大了自己的陰險
……
他是時間中殘忍的碎片
鮮血 瓦礫 宮觀
以及許多夢魘
都構成了他的片斷
……
我們用偉大土地上的土
塑造了自己的災難
他迫使我們跪下去
包括靈魂
包括我們古老的雙眼
我們無奈地期待著他說平身
謝主隆恩後
我們的自尊
依然久久地趴在地麵
為了充分地表達自己對帝製和獨裁的批判態度，邱新榮寫了多首關於秦始皇的詩，來清算這位“千古一帝”的罪惡。他望著秋風中的秦始皇陵，思緒萬千；他不想看“一具屍體的愚蠢”，“不被所謂的偉大所愚弄”，而是想看“那些陪葬的冤魂／是否超生／看侍衛俑是否長出了智慧和靈魂／看警惕的弓弩是否瞌睡／看銅馬車／是否還保留著皇家的雍容”；在秦始皇陵，他發現，“這裏殺戮太重／這裏陰氣太沉／這裏的白骨跳起舞來／會讓人看不到有彩霞的黎明”（《在秋風中 看秦始皇陵》）。在這首詩裏，他表達的，依然是尋求光明的啟蒙主義的理想和激情。