光緒三十二年（1906）秋，蔡元培跑到北京，一心想申請去德國，但因政府絀於經費，無法派出。後在譯學館任教，等待出國時機。譯學館後來歸並京師大學堂，而1912年京師大學堂改為北京大學，所以蔡元培這次在譯學館的任教，實在是服務於北大的第一次。他的《中國孫寶琦像倫理學史》一書就是在這段時期寫成的。
1907年4月，清政府派孫寶琦為出使德國大使，孫寶琦允每月資助元培學費30兩，而商務印書館又與蔡元培訂定每月送編譯費百元。基本生活費用問題既已解決，元培遂隨孫寶琦赴德留學。這一年蔡元培已四十一歲，作為一個留學生，年紀似乎大了一點；可是，他時常想爭取進修機會以充實自己的學問，這種好學的精神，實在令人敬佩。
蔡元培在德留學，直至辛亥年（1911）革命成功，始回中國，前後有四年。他進入萊比錫大學專攻哲學，在校期間翻譯德國哲學家包爾生所著的《倫理學原理》，由上海商務印書館出版。在他初到柏林時，即聞徐錫麟起義於安慶，被執就義；不久，秋瑾又密謀在紹興起義，也被捕遇害，光複會的力量大受摧殘。
當時，吳敬恒、李石曾、張靜江等在法國巴黎出版《新世紀》周報，宣傳無政府主義，並反對君主立憲，提倡革命。蔡元培受無政府主義思想的影響，在德國也作精神上的呼應。辛亥年4月27日，黃興所領導的廣州起義雖然失敗，卻轟動全國，革命情緒自此更趨高漲。10月10日武昌起義.武昌光複後，鄂軍政府旋告成立。
蔡元培得吳敬恒在倫敦寄出的信，始知武漢的消息。他在致吳敬恒的信中，有“弟恐不能久留此間”之語，暗示打算回國赴難、共同奮鬥的意向。其後，接陳英士電報，催他回國。於是結束四年的留學生涯，取道西伯利亞東歸。抵達上海之日，正是黃興由武昌抵滬之時，即12月1日前後，孫中山尚未返國。他一時沒有住處，蔣維喬留他住在愛國女學校內。
12月4日，各省代表議決以南京為臨時政府所在地，黃興當選為大元帥，黎元洪當選為副元帥。孫中山亦於年底返國，旋即當選為臨時大總統，以1912年1月1日為中華民國元年元旦，此後改用陽曆。是日孫中山就職於南京，著手組織內閣。各省代表會正式開會，通過國務員名單，各部門總長依次為：陸軍黃興、海軍黃鍾瑛、外交王寵惠、財政陳錦濤、司法伍廷芳、內務程德全、教育蔡元培、實業張謇、交通湯壽潛，中華民國第一次臨時政府至此完全成立。
各部人選決定後，教育總長蔡元培因久居歐洲，對國內教育情形異常隔膜，特請蔣維喬幫助。二人並偕另一會計兼庶務職員，於1月4日晚上到達南京，住在一小旅館中。5日，蔡元培正式就職，出席臨時政府首次國務會議。會後，蔡元培往謁孫中山，請示教育部辦公地點，孫回答說：“辦公房屋要你自己去找。”連日奔走，一無辦法。適遇江蘇都督府內務司長馬相伯，就商借碑亭巷內務司樓上空房三間作為辦公處，隨即遷入。其簡陋情形，可想而知。
1月19日，教育部正式成立，當時全國各地仍然十分混亂，南北議和正在進行，清帝仍未退位，臨時政府的政令未能有效推行。在這種情形下，蔡元培踏出了民國教育的第一步。
蔡元培自從四十五歲起，回國擔任教育總長，後在北洋政府時代，又以國民黨員的身份留在北京，擔任北京大學校長。他一生最主要的貢獻就是在北大校長的任內，其所樹立的北大民主校風，源遠流長，影響巨大。
北大作為五四運動的震源地，作為新中國的發祥地，對近代中國的影響是不言可喻的。“北大精神”就是“蔡元培精神”，這位北大之父，逝世於1940年，享壽七十二。他在辛亥革命前的生涯，簡直是中國黎明前的奮鬥紀錄。他是從新舊過渡時期走過來的典型人物，他的言行典範和偉大的人格，感人至深，於今沒有任何人會發生疑問。吳敬恒曾說：
蔡先生平時待人，對好人沒有不尊敬，對壞人，也沒有不寬恕。這個人隻要有一點可取之處，總是待他很好。他惟一的誌願，一定要盼望中國出些了不得的大學問家。因為他抱了這種誌願，以前有了許多當仁不讓的事。
對於蔡元培的人格，吳敬恒也說：
蔡先生之為人，真是所謂“君子和而不同”，他和哪一個人都很和氣，然而他有一個“自己”。絕不是因為做人和氣，就會人雲亦雲。蔡先生所到之地，誰和他相處，都像從前人交了程明道一樣，如坐春風之中。不過雖坐春風之中，很感到有一種嚴肅之氣。如果我們以之比古人，蔡先生很像周公，“不驕不吝”、“一沐三握發，一飯三吐哺”。什麼事情，也是“仰而思之，夜以繼日，幸而得之，坐以待旦”。儼如周公風度。
吳敬恒說蔡元培，在做人的態度上，對自己是“不驕不吝”，對人是“和而不同”，隻要這個人有一技之長，沒有不取其長，絕不問其短處如何。然而他無時或忘的，就是他自己的主張：鼓勵造就大學問家出來。這有一個實例可以拿來佐證。
五四時期，新舊文學的論爭，白話文言的抗拒，兩派人士都服務於北大。胡適、陳獨秀的提倡白話文派，和提倡文言文的林琴南、嚴複，都在北大教書。當時的校長就是蔡元培，他雖然傾向於革新的、進取的事物，但認為這幾位老古董的確有一技之長，也就延聘他們在北大任教。所以說，蔡元培在北京大學擔任校長時期，不問這個人有辮子沒有辮子，隻看他有沒有學問，隻要有一點長處的人，他沒有不器重他的。這種態度，就是所謂“尊賢而容眾，嘉善而矜不能”。
元培先生的偉大誌願，就在於他一生想為中國造就人才，他一生走的路就是教育愛國大道。無怪乎他所創辦的第一所女校，取名為“愛國女學校”，他所設立的第一個學會，取名為“中國教育會”。他教育不忘愛國，愛國不忘教育。馬君武
馬君武（1881～1940）博士，原名道凝，改名和，號君武，原名馬道凝,又名馬和,字貴公、厚山,號君武,祖籍湖北省蒲圻縣人,出生於廣西省(今壯族自治區)桂林市。我國民主革命時期著名的教育家、科學家、政治活動家。馬君武先生為廣西大學的創建和發展做出了傑出的貢獻，中國近代教育史上有“北蔡（元培）南馬（君武）”之稱。
1900年赴新加坡見康有為，銜命回廣西策應唐才常起義。1901年自費赴日本讀書，為廣西第一個留學生。初與梁啟超辦《新民從報》，旋追隨孫中山革命。1902年與章太炎等在東京發起“支那亡國二百十二周年紀念會”。1903年入日本就都大學學應用化學。1905年中國同盟會成立，為首批盟員，參加起草同盟會章程，被選為執行部書記長。1906年回上海創辦中國公學。1907年赴德國入柏林工業大學，獲工學博士學位。
馬君武辛亥革命前夕回國，值上海起義，出任《民立報》主筆，呼號革命。旋被推為江蘇省代表，出席獨立各省都督府代表聯合會，創建中華民國，推選孫中山任臨時大總統，參與起草《中華民國臨時政府組織大綱》。民國始元，任南京臨時政府實業部次長和臨時參議院參議員，參與起草《中華民國臨時約法》。二次革命失敗後再赴德國入柏林農科大學。
1916年，馬君武回國，次年隨孫中山南下護法，任軍政府交通部部長及廣州石井兵工廠部工程師，1921年任非常大總統府秘書長，隨軍入桂討陸，7月任廣西省長。次年被迫撤退，從此轉入學界。
1924年任上海大夏大學校長。1925年任北京工業大學校長。1926年1月任北京政府司法總長。1928年回廣西創辦廣西大學，任校長。1932年兼任兩廣硫酸廠廠長。1937年抗戰爆發，任最高國防會議參議及第一屆國民參政會參政員。1939年複任廣西大學校長，次年病逝於任上。生平譯著甚豐，主要有：《物種起源》、《達爾文》、《民約論》、《彌勒約翰之說》、《賦稅論》、《唯心派钜子黑智兒之學說》、《代數學》、《礦物學》等書。
馬君武是南社詩人，也是達爾文主義在中國最早的傳播者之一。他的詩，以鼓吹新學思潮和愛國主義為特色。《華族祖國歌》宣揚物競天擇思想，號召中華民族“肩槍腰劍”，奮起救亡。《從軍行》塑造了一個深明大義的母親形象，她殷勤教子，鼓勵他從軍殺敵，保衛祖國。《京都》抒發“欲以一身撼天下”的雄圖壯誌。《去國辭》寫流亡異國前夕的怨憤。在艱難的條件下，馬君武不消沉：“祖國前途正遼遠，少年發想要雄奇“(《贈虞君》)；誓使華嚴從地起，莫臨滄海患途窮”。他的詩總是洋溢著樂觀、光明的基調。
馬君武反對擬古，強調獨創。《寄南社同人》詩說："唐宋元明都不管，自成模範鑄詩才。須從舊錦翻新樣，勿以今魂托古胎。"他的詩多描寫國外風光，又好以西方故實、科學知識和資產階級哲理入詩，代表了黃遵憲以來作家們吸收新詩料、開拓新詩境的努力。留學日本期間，馬君武曾編印《新文學》一冊，譯載歌德、胡德、拜倫詩若幹首。柳亞子曾譽之為：“抗手無時輩，椎輪異昔賢。歐花兼米錦，哀怨雜鮮妍。”
“種樹如培佳弟子，卜居恰對好湖山。”這是廣西大學首任校長馬君武先生在廣西大學任內撰寫的一幅對聯。正是懷著這種為壯鄉培育佳弟子、為八桂輸送棟梁才的雄心壯誌，馬君武先生與他的一批同道者於1928年10月創辦了廣西大學。從此，廣西這片古代的蠻荒之地終於點燃了現代文明的火種。夏丏尊