在治校方麵，梅貽琦倡導“吾從眾”的民主作風。他以京劇中的“王帽”自喻，把主戲讓別人唱，並說“那是自己運氣好，搭在一個好班子裏，……‘與有榮焉’而已。”大家都說他是個隻知有事，不知有“我”的人。他博采眾議，無為而治。但又擇善固執。他在主張學術獨立、自由教育的同時，審時度勢，極力推行通才教育。他認為在抗戰的特殊背景下，大學重心“應在通而不在專”，以滿足社會、國家的需要為宗旨。顯然，他的這一辦學方針是與國民政府頒布的《抗戰建國綱領》相悖的，但他一意堅持唯實，不唯上。他還強調對學生的操行的培養，要求教授在指導學生讀書、做學問時，“必須指導學生如何做人。”
八年的西南聯大主要校務工作是由梅貽琦負責的(另有南開的張伯苓和北大的蔣夢麟)。從《梅貽琦日記》中，可以看到在國難當頭、校務繁重、生活艱苦的環境下，梅貽琦嘔心瀝血，才創造出聯大“篳路藍縷，弦歌不輟”的局麵。
1940年9月，梅貽琦的美國母校邀請他參加校慶，並頒他榮譽博士學位，他丟不下艱難竭蹶中的聯大，沒有前往。他的胸懷是寬廣的。為渡危艱，當時清華的教師組織“清華服務社”，通過為社會服務取得一些報酬，以改善教職員生活。梅貽琦將該社所獲的利潤，讓西南聯大全體同仁分享，每人多發一個月的酬薪，深得大家的擁戴。
1948年時局發生變化，是年底梅貽琦與一些名教授被當局接到南京。12月22日國民政府要梅貽琦出任教育部長，梅堅辭。據當時一起同行的張起鈞教授回憶，梅貽琦在清華同學會上沉痛地表示：他身為清華校長，把清華棄置“危城”，隻身南來，深感慚愧，怎好跑出來做官？這“表現了學人的風格，樹立了師德的典範。”“不愧是個‘人物’。”
身為校長的梅貽琦，對清華的一草一木寄有深情。對“清華基金”，他更視為命根子。1949年後他在美負責管理這筆基金。葉公超每到紐約都去看他，勸他回台，把清華的這筆錢用到台灣。他每次都說：“我一定來，不過我對清華的錢，總要想出更好的用法來我才回去。”因他不願用這筆錢拿到台灣蓋大樓、裝潢門麵，他想用在科學研究上。因此，台灣有人罵他“守財奴”，他也不在乎。1955年他終於找到“更好的用法”，他到台後，把這筆款子用在籌建清華原子科學研究所和新竹清華大學上。
晚年的梅貽琦患病住院，無力支付醫藥費。而在他病桌旁始終有隻從不離身的手提包。在梅貽琦去世後，夫人韓詠華打開包一看，竟是清華基金的曆年賬目，一筆一筆，清清楚楚，在場者無不動容。
梅貽琦愛廬，亦愛廬內的同仁、朋友。
聞一多被害，令他悲憤欲絕。“日間披閱兩校公事頗忙。夕五點餘潘太太跑入告一多被槍殺，其子重傷消息，驚愕不知所謂。蓋日來情形極不佳，此類事可能繼李後再出現，而一多近來之行動又最有招致之可能，但一旦可竟實現；而察其當時情形，以多人圍擊，必欲致之於死，此何其仇恨，何等陰謀，殊使人痛惜而更為來日懼爾。急尋世昌使往聞家照料，請勉仲往警備司令部，要其注意其他同仁安全……”
梅貽琦為防止類似慘案發生，旋將潘光旦夫婦、費孝通一家和張奚若安排到美駐昆明領事館避險。他一麵妥善安排聞一多的善後，一麵向當局交涉追查凶手，向報界發表談話，揭露特務的罪行。
潘光旦是清華的教務長，梅貽琦的老同事、老朋友。1936年2月29日，警察局到清華大搜捕，逮捕數十位無辜的同學。學生們誤認為是潘光旦向當局提供的名單，圍攻潘。潘是殘疾人，一隻腿，雙拐被丟在地，隻能用一隻腿保持身體平衡。梅貽琦覺得他是一校之長，不能讓朋友代己受過。他挺身說：“你們要打人，來打我好啦。你們如果認為學校把名單交給外麵的人，那是由我負責。”他對情緒激動的同學們說：“晚上，來勢太大，你們領頭的人出了事可以規避，我做校長的是不能退避的。人家逼著要學生住宿的名單，我能不給嗎？我隻好抱歉地給了他們一份去年的名單，我告訴他們可能名字和住處是不大準確的。……你們還要逞強逞英雄的話，我很難了。不過今後如果你們信任學校的措施與領導，我當然負責保釋所有被捕的同學，維護學術上的獨立。”
吳晗教授思想活躍，當局曾令清華解聘吳晗。梅貽琦一麵拒絕，一麵悄悄地通知吳晗離去。
梅貽琦愛生如子。他說：“學生沒有壞的，壞學生都是教壞的。”
國難當頭，學生運動迭起。梅貽琦完全理解、同情學生的愛國熱忱。他以超人的冷靜維持穩定局麵。學生進城遊行後，梅貽琦派卡車把同學接回。對當局逮捕、開除學生，他總想方設法予以保護。或通知可能要遭逮捕的學生立即離校。一次為掩護郭德遠同學脫險，甚至同意把他藏在自己的汽車裏偷運出去(未實施)。有學生被逮捕，他總費盡周折去保釋。學生們也很體諒梅貽琦，每要鬧學潮時，又怕影響梅校長的地位，總要先貼出擁戴梅校長的大標語。對梅貽琦與警察局周旋嗬護學生的行跡，學生們模仿梅校長的口吻，編了一首順口溜：
大概或者也許是，不過我們不敢說。
傳聞可能有什麼，恐怕仿佛不見得。
盡管他自己很節儉，但對窮困、病難的學生，梅貽琦總是慷慨解囊，予以濟助。學生林公俠在香港中風，貧病交加，梅貽琦聞訊，從美國彙一筆“數目巨大”的款子，幫他渡過了難關，並勉勵他：“好好養病，保留此身，將來為國家出力。”
梅貽琦在1941年曾說：“在這風雨飄搖之秋，清華正好像是一條船，漂流在驚濤駭浪之中，有人正趕上負駕駛它的責任。此人必不應退卻，必不應畏縮，隻有鼓起勇氣，堅忍前進。雖然此時使人有長夜漫漫之感，但吾們相信，不久就要天明風定，到那時我們把這條船好好開回清華園，到那時他才能向清華的同仁校友敢說一句‘幸告無罪’。”梅貽琦以他的智慧、務實精神和果斷的態度，在那非常的歲月，保存了清華的元氣，實現了他的理想。
梅貽琦在學術界享有崇高的聲譽，除了他的“勤政”之外，“廉政”也是一個重要因素。其儉德的口碑極隆。
他在《就職演說》中第一個便談經濟問題。“力圖撙節與經濟”是他用公家錢奉行的原則。他長清華後“刪繁就簡”，盡量減少辦事機構，裁減冗雜人員，多次表示：“當此國難嚴重時期，各事更應力求節省，期以最廉之代價，求得最高之效率。”
最可貴的是身教。梅貽琦一到任，住進清華園甲所(校長宅)，便放棄傳統的校長特權：家裏用工的薪金、電話費，以及學校免費提供的兩噸煤，全部自付。他認為：“雖是款項有限，但這是個觀念和製度的問題。”
西南聯大歲月，他與普通教授一樣租用的是民房，窄小，兩把硬椅子放在階台上算是客廳。學校配給他一部小車，當物價飛漲時，他毅然封存了汽車，辭退了司機，安步當車。外出應酬，則以人力車代步。那時，他是知名大學校長，官場應酬多，對某些奢華的宴請之感慨，在日記中多有流露：“座中有何本初縣長及呂專員、黃參謀主任。菜頗好，但饢肉餡者太多，未免太靡費爾。”(1941.6.11)
“晚，×請客，在其辦公處，菜味有烤乳豬、海參、魚翅……飲食之餘，不覺內愧。”(1941.10.13)
在現存的清華檔案中，還存有梅貽琦當年用廢紙頭起草的公函、報告提綱等原稿。
某年，他與羅常培、鄭天挺到成都辦事，準備由昆明回重慶。學校本為他買好機票，後他見有郵政汽車可乘，立即退了機票，改乘郵車。雖在途中多遭了一天的罪，但為公家節省了二百多元。
1943年當他獲知老母去世後十分悲痛。原定當天下午由他主持聯大常委會，同人建議暫不開，他仍堅持照常：“不敢以吾之戚戚，影響眾人問題也。”(1943.3.4)並在當天的日記中寫道：“蓋當茲亂離之世，人多救生之不暇，何暇哀死者，故近親至友之外，皆不必通知。……故吾於校事亦不擬請假，惟冀以工作之努力邀吾親之靈鑒，而以告慰耳。”
西南聯大有時為職工謀一點福利，由他主持製定的校規卻明令“沒有三位常委的份”(其時，蔣夢麟、張伯苓另有兼職)。“還有一次，教育部給了些補助金，補助聯大的學生，我們當時有四個子女在聯大讀書，月涵都不讓領取補助金。”他們家的生活極為艱苦，“經常吃的是白飯拌辣椒，沒有青菜，有時吃點菠菜豆腐湯，大家就很高興了。”為了補貼家用，夫人韓詠華與教授夫人們一道繡圍巾、做帽子上街去賣。後來與潘光旦、袁複禮夫人組成“互助組”，自製一種上海點心，取名“定勝糕”(抗戰一定勝利)，由韓詠華跑到很遠的冠生園食品店寄售，來回要一個半小時。夫人又舍不得穿襪子，光著腳穿皮鞋，把腳都磨破了。
夫人韓詠華參加昆明女青年會活動，與名流龍雲夫人、繆雲台夫人在一起。活動時大家輪流備飯。一次輪到梅家，家裏沒有錢，夫人就上街擺個小地攤，出賣子女們小時候的衣服、毛線編結物，賣了10元錢待客……校長夫人擺地攤賣糕被人認了出來，一時成為美談。
固窮守節。1951年，梅貽琦主持清華紐約辦事處，隻有一間辦公室，隻聘一位半時助理，自己給自己定薪每月300元。後台灣當局有令，要他把薪水改為1500元。梅貽琦不肯，“以前的薪水是我自己定的，我不情願改。”他原住一通常公寓，為了給公家省錢“搬進一個很不像樣的住處”，“小得連一間單獨的臥室都沒有。”
1955年，梅貽琦到台，卻把夫人留在美國。他在台掙的台幣，根本無法照顧夫人生活，夫人不得不自謀生計，在衣帽廠做工，到首飾店站櫃台，去醫院做護理照料盲童，從62歲一直幹到66歲。生活拮據，有時靠在洛杉磯的大女兒梅祖彬業餘幫研究生打論文稿賺五塊十塊貼補家用。而某年，梅貽琦回台參加一次國民黨的“國民大會”，會議給他一筆津貼，他卻將錢全部為“清華駐美辦事處”買了書。真是君子憂道不憂貧。梅貽琦做人外圓內方。
圓，對人謙衝、誠篤、公正。他有濃厚的民主作風，有對事不對人的雅量。葉公超評價他：“慢、穩、剛”。該剛的時候，他則剛。他與秘書有約定，凡是求情的信件，不必呈閱，不必答複，“專檔收藏了事”。抗戰前的清華總務長，是梅貽琦的好友。他是位有聲望而幹練的“回國學人”。一次，那位總務長要求梅貽琦聘他為教授，以“重”視聽。梅認為行政人員與教授職司不同，不可混為一談。他不同意，結果那位總務長拂袖而去。梅終不為友情所動，顯示他擇善固執，“剛”的一麵。
有一則趣事。據清華畢業生孔令仁回憶：西南聯大辦了一個附中，由於教學質量高，昆明市民都想把自己的子弟送到這所學校去讀書。雲南省主席龍雲的女兒龍國璧，梅貽琦的小女兒梅祖芬都想轉到附中，同時報考了這所學校。龍國璧沒有考上。聯大創立時，龍雲曾給予許多支持，這次他的女兒沒被錄取，十分生氣，認為梅貽琦太不給麵子，就派他的秘書長到梅貽琦處疏通。但秘書長躊躇不動，龍雲生氣地問他：“你還站著幹什麼？”秘書長說：“我打聽過了，梅校長的女兒梅祖芬也未被錄取。”龍雲這才不氣了，對梅更加敬佩。
梅貽琦生病住院，台灣當局不予開支各項費用。“其間醫藥喪葬，都承若幹若幹知不詳說不盡的先生們、朋友們關懷維護。”人們之所以如此厚愛他，不止是他瀟灑的“兩袖清風”，還有那錚錚的“一身正氣”。
清華校史研究專家黃延複說：“他長母校幾十年，雖然清華基金雄厚，竟不苟取分文。在貪汙成風的社會，竟能高潔、清廉到這樣地步，真是聖人的行為。隻這一點，已足可為萬世師表。”
梅貽琦曾親自為清華校刊題寫校訓：“自強不息，厚德載物”。
他以畢生的實踐，躬行了清華的校訓，弘揚了清華精神。
——梅貽琦，清華的名片。