從大學在歐洲產生起，如何處理大學與政府關係的問題，就開始成為大學自治的核心問題。在兩者關係模式中，政府很明顯地占據著強勢地位，“是國家（政府）而不是大學在實際上決定著大學自治的本質和邊界”（Burton R.Clark & Guy Neave，The International Encyclopedia of Higher Education，New York：Pergamon Press，1992，p.1384.）。明尼蘇達州最高法院曾指出，在一個極端的情形下，立法者無權以法律形式做任何學術政策或行政上的指示；但在另一個極端的情況下，隻要立法者認為合適，它便有不可置疑的權力，在對大學進行撥款時，附帶各類相關條件。大學擁有的自治權的源頭除了中世紀大學最初建立時是作為一個獨立的法人學術團體之外，還在於大學獨立法人地位的獲得。
6.3.1特許狀賦予殖民地時期學院法人自治地位
確認大學獨立法人地位的一個重要因素是大學特許狀所賦予的特許自治權，殖民地時期創建起來的學院主要是通過這一方式來獲得自治權利。特許狀從本質上來說是一種由國王或政府授予某一個體或組織特定權力的書麵文件，現存最早的一份特許狀是967年的法蘭西城市特許狀，授予居民免受奴役的自由。市民階層通過獲得城市特許狀從而在很大程度上獨立於領主，保持相當大的自治權。大學特許狀與城市特許狀的性質是一樣的，它是對大學獨立法人地位的認可，進而對大學的自治權給予保障的法律契約。
哈佛大學的前身哈佛學院是以其起初的特許狀而連續存在的美國最古老的法人。1650年，哈佛學院校長鄧斯特向馬薩諸塞大議會提出請求希望特許哈佛成為法人，經批準後，哈佛特許狀成為美國高等教育史上最古老的大學特許狀。保存在哈佛大學檔案館內的哈佛特許狀。
在哈佛特許狀中規定了如下內容：第一，哈佛學院的權威是一個法人會（a corporation），由七個人組成，一個校長，五個評議員，一個司庫或會計。這七個人在法律上是一個政治和法人團體，稱為“哈佛學院的校長與評議員”，代表學院處理內部管理事務，接受外部捐贈等。
第二，法人會中的成員如果發生死亡或者離去時，由餘下的全部或多數人在征得監視會出席或同意的情況下，選舉新的成員補入其中。
第三，校長及其評議員或者法人會中的多數有權以學院的名義購買土地或者房舍作為學校資產；有權解決有關土地和貨物處理的利益和收入等事項的爭議和決定；所有事務的目的都應當是為了學院校長、評議員、學生和辦事人員的利益，為了建築、書籍和所有設施的便利，為了用各種優秀的文學、藝術和科學來培養和教育年輕人。
第四，法人會所作出的決策由多數成員同意後做出，校長擁有決定權，最終經監視會同意。
第五，屬於法人會及其學生的所有動產，免除各種捐稅、關稅等；屬於校長或學院管轄範圍內的土地、地產、財產、房屋和收入等，符合一定條件的範圍下，也給予免稅待遇。特許狀賦予了哈佛學院獨立法人的自治地位，但需要注意的是，鄧斯特在提出申請的時候希望能夠建立一個集校外人士於一體的單一董事會（corporation），但馬薩諸塞大議會在批準給哈佛的特許狀中除創造了一個新的董事會之外，還保留了監視會（oversee），監事會在1637年業已存在，是一個代表教會和世俗政府的當然受托人委員會，後期隨著教會力量的逐漸削弱，事實上監視會主要成為政府力量在哈佛的延伸。並且按照特許狀的規定，哈佛的法人會隻被允許在監視會同意的情況下，實現自我永久連任權，雖然監視會沒有學院規章和法規的創製權，但重大爭議和重大決策，隻有在監視會和法人會共同召開的大會上，經監視會認可後才可以執行或決策。1685年，英國大法官法院以哈佛法人地位的獲得不符合常規程序為由取消了哈佛學院的特許狀，後在多方努力下，1707年哈佛特許狀終於獲得英國王室的認可，取得了法人合法性，但哈佛也為之付出代價：允許總督（英國王室的代表）挑選法人會的成員，並同意總督及其議會議員加入監視會（和震：《美國大學自治製度的形成與發展》，北京師範大學出版社2008年版，第50—55頁。）。
在哈佛學院取得特許狀之後，1693年威廉·瑪麗學院獲得了第一個王室特許狀，其中規定由校長和教師團體作為法人會以法人資格代表學院，同時也保留有類似哈佛學院的監視會。1745年耶魯學院獲得特許狀，授權學院組成法人，享有應有的法人權力和特許權，值得一提的是，與哈佛學院和威廉·瑪麗學院相比，耶魯法人會成員是清一色的牧師，沒有接受總督等重要的政府官員，也沒有由殖民地政府和議會官員組成的監視會，相對於政府的獨立性大為增強。在此之後，1748年，新澤西學院獲得以英王名義頒發的特許狀；1754年國王學院獲得英王喬治二世頒發的特許狀；費城學院的特許狀於1755年獲得；布朗學院的特許狀於1765年獲得；女王學院的特許狀於1766年獲得；達特茅斯學院的特許狀於1769年獲得（Herbst，J.，From Crisis to Crisis：American College Government，16361819，Cambridge：Harvard University Press，1982，pp.244246.）。