但抱怨和不滿的聲音仍然時有所聞，一些人總覺得從埃及到這荒野中來是上了摩西等人的當，這令摩西心裏總有些不愉快。
一次，摩西到西奈山頂去了40天。開始，山下的猶太人還比較平靜，但過了一段時間後，一些人就動搖起來了。他們不見摩西下山，以為他在山上遇到了不測，思想開始出現混亂。
此時，群龍無首的猶太人開始對耶和華是惟一神的信仰懷疑起來了，重新崇拜起他們過去在埃及時所崇拜的多神。在12個猶太人部落中，隻有利未部落的人沒有加人偶像崇拜。他們站在一旁，恐懼地看著那些背叛摩西，恢複了偶像崇拜的人們。
就在這時，摩西從西奈山上回來了。摩西聽見百姓如此放肆，就站在營門中說：“凡屬耶和華的，都到我這邊來。”
於是，利未的子孫都到他跟前聚集，摩西就命令他們：“以色列的神——上帝耶和華這樣說：‘你們各人把刀挎在腰間，在營中往來，從這門到那門，各人殺他們的兄弟、同伴與鄰居。”
就這樣，利未的子孫遵命而行，用劍殺死了3000名背教者。
當營地的秩序恢複正常以後，摩西采取的下一步行動是，聲稱上帝耶和華在西奈山上授予了他十條戒律。他把這十條戒律刻在兩塊大石板上。這十條戒律，就是《聖經》中著名的“摩西十戒”，它們是：
崇拜唯一上帝耶和華而不可祭拜別神；
不可雕刻和敬拜偶像；
不可妄稱上帝的名字；
須守安息日為聖日；
要孝敬父母；
不可殺人；
不可奸淫；
不可偷盜；
不可作假見證誣陷他人；
不可貪戀別人的妻子及財物。
摩西還命令猶太人的12個部落都設立祭壇，宰殺羔羊，把羊血灑在人們身上，以示向上帝立下誓約。另外，他還下令建造一座聖幕，四周用木頭，頂蓋用帳幕，裏麵放置一些器皿；中央是最神聖的約櫃，兩塊刻著“十戒”的石板就放在約櫃裏。
摩西把製造帳幕和其中器皿的任務交給了兩個能工巧匠——比撒列和亞何利亞伯。比撒列屬猶大支派，是戶珥的孫子，亞何利亞伯屬但支派。
在經過這一係列的措施後，猶太教在西奈半島誕生了。通過猶太教，猶太人的思想統一了起來；由於有了教規、教律和禮儀，猶太民族保持了行動上的一致。摩西不僅是猶太人的民族領袖，同時也是猶太教的創立者。
摩西之死
以色列人在西奈山下安營紮寨，住了整整一年工夫。出埃及後的第二年的猶太曆2月初1，摩西按照上帝的旨意，對全部以色列人進行整編，包括清點人數、規定安營紮寨的營例、分派利未人的曲工作、規定聖潔的條例、規定號角的意義等等。
這次清點人數，沒有把利未人算在其中，因為他們屬祭司和管理階層。結果是，以色列人其他11個支派20歲以上能夠出去打仗的共有603550人。
摩西將這支大軍分為東南西北四個縱隊。摩西看到整編已經勝利完成，他就積極地籌備向迦南進發的事情。
但有一件事令他非常犯愁：以色列人中誰也不知道去迦南的道路。在荒野的山地，在遼闊無垠的沙漠中是很容易迷路的，還有隨時受到外族人的襲擊的危險。
但再大的苦難也阻擋不了摩西的決心。一天清晨，以色列人的營中響起僚亮的銀號聲。12支派一齊動員，卷起帳篷，開始千裏征程。長長的隊伍按營例的次序行進。
以色列人在炎炎烈日下的荒漠中走了三天，他們中間出現了不滿和怨言。因為禁止宰羊，人們光是吃嗎哪，都吃膩了，除此而外，有一天營地裏中間還發生了火災，直燒到營地的邊界。
被困難、饑餓和損失弄得垂頭喪氣的以色列人，悲傷地坐在自家的帳篷前，對摩西大發怨言，指責他不該把他們領出埃及。他們忘卻了曾經遭受的奴役和迫害，卻親切地回憶起在埃及的好時光。他們哀歎道：“我們記得在埃及的時候，不花錢就能吃到魚，那時我們有黃瓜、甜瓜吃，有韭萊、蔥頭和大蒜吃。可是現在我們的心靈痛苦極了，除了嗎哪之外，我們眼前什麼也沒有。”
在這種條件下，摩西也感到很無助。為此，摩西一方麵以上帝耶和華的名義進行駁斥，另一方麵又動用強力實行彈壓，終於把這種不滿的情緒壓製了下去。
隊伍到達哈洗錄後，以色列人中發生了更可怕的事情：摩西的兩個近親鬧事謀反了。
事情的起因是這樣的：摩西的前妻西坡拉死了，他娶了個古實的女子填房。古實的女子是個異族人，亞倫和米利暗就因此低毀摩西背叛了希伯來人的古老傳統。據說，這隻不過是亞倫和米利安的借口而已，他們嫉妒摩西在猶太人中的崇高地位，認為他們也有這種資格。
於是，亞倫和米利安向摩西發起挑戰，企圖同他爭權奪位。摩西決心把這種爭權活動扼殺於萌芽狀態。他把兩個反對者領到聖幕中來，以上帝的名義對他們進行了嚴厲斥責，然後將他們關押在營地外。
7天後，亞倫和米利安開始求饒，並表示認錯，摩西才寬恕了他們。摩西聽了這話才饒了她，讓人把她領到營中來住。這事以後，以色列入離開哈洗錄，在巴蘭的曠野安營。
巴蘭曠野接近迦南樂土的南疆。以色列入興高彩烈地跑上高山，站在山頂鳥瞰未來的家園。從以色列之父雅各離開迦甫以後，那裏已經發生了很大的變化。平原上綠草如茵，百花爭豔，橄欖樹、石榴樹、椰棗樹長滿山坡，土壤肥沃、水源充足的地方還有葡萄園。
對於久處單調的沙漠中的人來說，這番景象簡直難以形容地迷人。他們高興得雀躍起來，互相擁抱，眾口一同，都說應該立即行動，盡快去攻占這個美好的地方。
然而，派出去的探子帶回的信息卻令他們萬分失望，這裏兵強馬壯，城池固若金湯。看到如此好的地方，卻得不到，一時間抱怨聲再次起來。
此時，一些人甚至乘機煽風點火，聚眾鬧事，他們提出要求撤掉摩西，另選首領。麵對危機，摩西一方麵，他讓約書亞和邊勒等人向民眾說明偵察到的詳細情況，以平息大家的怒氣；另一方麵，他看到對方強大，而己方人心不齊，便決定暫不進攻速南，返回沙漠。
摩西繼續行使領導權力，但是民心不齊，他不能帶領以色列人去攻打迦南了。他帶領以色列人直奔東方，在沙漠中開始了更為漫長的漂泊歲月。
摩西帶領以色列人在阿卡巴灣附近暫時安頓下來，同時派人出去，尋找適於長期生存的地方。自從以色列人從迦南邊境折回沙漠以來，由於失去了進入迦南樂土的希望，民心開始渙散，連一向最忠誠的利未人也不安分守己了。他們對整個祭司階層享受特權又高做自大日益不滿。
有一天，有250個利未人由可拉帶頭，聚集在摩西和亞倫的帳篷前，喧嘩起來。他們大聲地質問：“我們同是上帝的子民，為什麼你們擅自專權？為什麼你們要自認為比其他會眾高明呢？”
摩西聽見這話就俯伏在地，對可拉他們一黨的人說：“利未的子孫哪，你們聽我說。耶和華從以色列人中把你們分別出來，使你們親近他，辦耶和華帳幕的事情，你們還不滿足嗎？你們今天發怨言，攻擊亞倫，是什麼意思，你們難道還想當祭司嗎？”
後來，這250個利未人被燒死了。
於是，摩西又開始了漂泊，他領著猶太人在沙漠中漂泊，轉眼間快到第40個年頭了。他們從埃及人的枷鎖中掙脫出來，是為了返回故土迦南。然而，他們曆經內憂外患，天災人禍，千回百折，已經消耗了兩代人的時光。那些過慣了埃及的生活，養成了奴性的人漸漸死去。現在新的一代猶太人成長起來了。他們從未過過城市生活，自幼便在艱苦的荒漠中生活成長。在同其他部族的多次交鋒中，他們經受了鍛煉，學會了戰鬥的技巧。從他們身上，摩西看到了攻占迪南的希望。
然而，經過多年的漂泊和辛勞，摩西已經很衰老了。此時，他身心更感疲憊。他預感自己的生命即將結束。但他覺得欣慰的是，猶太人已來到迦南的旁邊，返回故土已指日可待，自己的使命已經完成。
於是，摩西做了第二次人口統計，得到以色列入男丁有601730人的數字。摩西把已經占領的約但河以東的土地分給流便、迦得兩個支派和拿瑪迦的半個支派。
接著，他又指定了忠實、驍勇的部下約書亞為自己的接班人，繼續統帥猶太人前進。根據40年來的經驗對現行法典補充了新的條文和教規，對新一代重申獻祭和許願之例。
為了防止內訌，摩西把迦南的土地預分給各支派。隻有利未人和祭司們沒有分到單獨的領地，因為他們要在整個迦南供神職。不過摩西讓他們管轄40個城市和地區，以保證他們過體麵的生活。
摩西還編了一首頌揚上帝的歌，告訴以色列人，無論是盛世還是亂年，唱這首歌都可以得到鼓舞。
最後，摩西與自己的人民決別，給他們祝福，獨自一人登上尼波山巔，久久地眺望著他嘔心瀝血、鞠躬盡瘁地為之奮鬥了一生的聖地迦南，孤獨死去了。
據說，那一年摩西120歲，他眼睛沒有昏花，精神沒有衰敗，無疾而終，以色列全族人在摩押平原為他愉哭30日。