笛卡爾認為，在上帝給了最初的推動後，天文地理以及所有的非精神進程，都可以用一種最初以分散形式存在的均質實體來解釋；並且，各種生物的運動，都是一種機械運動。整個世界，以及每個軀體都是一部機器。但是，在世界之外還有上帝，軀體裏還有靈魂。
笛卡爾停在了這裏。斯賓諾莎滿懷渴望的向前走去。他開始用神、自然、實體三個概念來表現同一個最高存在，並以此來建立自己的哲學體係。
斯賓諾莎的天才在於能兼容並蓄地接受各種哲學思想，並站在更高的水平上對之加以綜合，從而完成自己哲學體係的創造。他繼承了他能夠繼承的一切，然而他堅持自己原有的觀點。
顯然，斯賓諾莎的異端思想愈來愈和猶太教的教義格格不入。他漠視猶太教的教規儀式，拒不執行猶太教的繁瑣無比的種種規則。他不相信靈魂不滅，認為靈魂的本義即生命，生命斷絕，靈魂消滅。他否認天使存在，認為天使不過是我們想象中的幻影。他否認上帝是超越於世界之外的精神主宰，認為它應是表現在自然中的有廣延的存在。
在斯賓諾莎的異端思想被猶太教會堂的長老們知道後，他們把他叫來“盤問”，對其“危險思想”的懷疑被證實了。長老們無法容忍他的那些簡直是叛經背道的瀆神言論。
開始，長老們企圖用金錢來收買他，答應每年給他500佛羅林年金，條件是要他保證起碼在外表上忠誠於他的教會和宗教。斯賓諾莎憤怒地拒絕了。
1656年7月27日，斯賓諾莎被按照希伯來儀式中的一整套陰森的程序開除了教籍。長老們決定對他采取“小開除”的懲罰手段，即暫時開除他的教籍，禁止他在一個月內與任何人發生來往。
但這種“治病救人，以觀後效”的辦法對哲學家沒有發生任何作用。他並沒有被迫就範，他堅信自己的觀點。教會惱羞成怒，竟指使狂徒暗殺斯賓諾莎。有一次，當他從劇場出來時，一把短刀向他飛去，幸而他命大，躲得快，未被刺中。
1656年7月27日，也就是在斯賓諾莎24歲時，猶太教的長老們采取了最極端的“大開除”懲處手段，斯賓諾莎被永遠開除出教籍，並加以詛咒。詛咒裏這樣說：
讓他白天遭到詛咒，晚上也遭到詛咒；讓他躺下遭到詛咒，站起來也遭到詛咒；出門遭到詛咒，進門也遭到詛咒。願主永遠不再寬恕或承認他；願主的不悅和憤怒把他燒毀，在他身上壓下《律法書》上所有的詛咒，從天底下抹去他的名字；願主切斷他的邪惡同以色列所有家族的關係，把《律法書》中所有的天譴加在他身上。願所有服從我主上帝的人今天都得到拯救。
這一年斯賓諾莎才24歲，從這天起，這個“道德上的麻瘋病人”就“按照天使的審判和聖徒的裁決，受到譴責、詛咒、謾罵，被清除出猶太種族。”處分決定明文規定：“誰都不得以口頭或書麵方式同他交談，不得對他進行任何幫助，不得與他同住一屋，不得同他並肩站著，不得閱讀他編寫的任何東西。”
總之，在長老的心目中，這個人是魔鬼，誰與他交往，就意味著靈魂的墮落。
開除教籍是苛刻的，但猶太長老們堅信是正確的，因為處處遭受迫害的猶太人隻能在宗教信仰中才能找到寧靜的堡壘。誰敢於攻擊這個堡壘，誰就是猶太民族的叛徒。曆史是這樣嘲弄人，主持這次審訊大會的首席長老正是昔日稱讚斯賓諾莎品學兼優的老師莫泰勒拉比。
但是，斯賓諾莎認為真理是高於一切，甚至高於自己的生命的，如果放棄對正統教會教義的批判，就是對真理的背叛。因此，他被同胞從日常生活世界趕進孤寂的哲學王國，是不可避免的事了。對於對自己的處罰，斯賓諾莎的回答是：“很好，這樣我就不必強迫我去做我本意所不願意做的任何事情了”。
就這樣，24歲的斯賓諾莎沒有一個人和他交往，他也就成為了世界上最孤獨的人。同時，他也被驅逐出了阿姆斯特丹，來到了一個叫做奧特德克的小鎮，開始了自己孤獨的生活。
隱居生涯
由於與猶太教會斷絕關係，斯賓諾莎把希伯來文的名字巴魯赫改為拉丁文的名字別涅狄克特，拉丁文的意思即為“祝福”。
斯賓諾莎本性淡泊，不求於人，在奧特得克的小鎮，靠打磨鏡片為生。因此，斯賓諾莎不是靠學問吃飯，而是靠手藝，因為那樣會辱沒了學問。斯賓諾莎視金錢如糞土，錢僅夠吃飯、房租就成。
以磨製光學鏡片為謀生手段，而以哲學為畢生和事業。在這一點上，他是完全繼承了祖先的傳統，“用你的雙手謀取世俗的物品，用你的頭腦獲得神聖的思想”。
此時的斯賓諾莎精神苦悶，在追求真理的信念下，他積極思考著上帝的神秘和人生的意義問題。塵世的欲念和理性的召喚的劇烈衝突，使斯賓諾莎深深認識到唯有堅決放棄財富、榮譽和感官快樂這些虛幻的東西，而全力追求人人都可分享的真善美，才是他的新生活目標。
幸喜在暴風惡浪的時期中，斯賓諾莎並沒有缺少真誠的朋友，這給他帶來了勇氣、信心和力量。他的第一部哲學著作《略論神、人和人的幸福》就是在這時期為朋友們撰寫的，目的是供朋友討論，而非公開出版。故直到1860年此書才正式出版。
1661年，在《知性改進論》中斯賓諾莎寫下這一段文字：
當我受到經驗的教訓之後,才深悟得日常生活中習見的一切東西，都是虛幻的、無謂的。……因為那些在生活中最常見，並且由人們的行為所表明，被當作是最高幸福的東西，歸納起來，大約不外三項：財富、榮譽和感官快樂。縈擾著人們的心靈，使人們不能想到別的幸福，就是這三件東西。
……現在我既然見到，所有這些東西實在是尋求別的新生活目標的障礙，而且不僅是障礙，實在是和它正相反對，勢不兩立，二者必去其一，……我徹底下決心，放棄迷亂人心的財富、榮譽、肉體快樂這三種東西，則我所放棄的必定是真正的惡，而我所得到的必定是真正的善。
斯賓諾莎的內心已經寧靜，終於，在這一年，28歲德斯賓諾莎跟隨磨鏡片的老板遷到萊茵斯堡。因為那裏是一個美麗、安靜而又古雅的村莊。他在那裏住到了1663年。
萊因斯堡距離著名的萊頓大學隻有六七公裏，在這裏住著這樣一位哲學家不會不引起萊頓大學那些教授與學生們的注意，因此斯賓諾莎所住的那所小房子（現在已經是斯賓諾莎博物館）成了許多教授們經常光顧的地方。
同時，又有一些社會名流開始與斯賓諾莎接觸並且保持了良好的關係，其中特別值得一提的是不來梅人享利·奧爾登堡，他是一位經常往返於歐洲大陸與英國之間的外交官。
而且經常與當時一些知名學者保持著聯係，也為斯賓諾莎帶來當時歐洲最新的科學信息，也為世界帶來斯賓諾莎的哲學思想。奧爾登堡與斯賓諾莎之間的通信是現在研究斯賓諾莎思想的重要文獻。
雖然此時的斯賓諾莎有一些交往，但大部分時間裏，他更像“繭裏的蠶”一樣禁閉自己，把大部分時間花在研究和著作上。除了散步，購買牛奶、麵包，間或有些葡萄幹等簡單食品，常常是好幾天閉門苦研。
此時，他追求真理的熱情是如此強烈，以至於他用於娛樂的時間很少很少。當他偶爾由於太專心於哲學沉思而勞累時，他就下樓清新一下。他與同房的人談論一些瑣事，也以抽煙鬥來取樂，但主要的消遣是觀看蜘蛛結網的滑稽動作，就像天使觀看人類的滑稽動作一樣。他向蜘蛛網上投幾個蠅子，看它們之間搏鬥，這種事情使他非常高興，以至笑得眼淚都流了出來。所以老板娘從屋裏掃除了蜘蛛網後，他發了一頓脾氣。
當斯賓諾莎在那裏觀看蜘蛛網的同時。也編結著自己的哲學之網。在這個時期，他完成了兩部重要的哲學著作，即《笛卡兒哲學原理（附形而上學思想）》和《知性改進論》。
前者是斯賓諾莎生前用自己的真名發表的唯一著作，這是用歐幾裏德的幾何方法論述哲學問題的最初嚐試。他認為，數學不研究目的，隻研究形相的本質和特征，可提供給我們一種真理的典型。後者是關於認識論和方法論的著作，是其代表作《倫理學》的導言性著作。