此外，數學的客觀性以及所有科學的客觀性如何去俯就心理學對邏輯的論證，這個原則性的懷疑就更使我感到不安了。這樣，我建立在流行的心理學信念——用心理學分析來邏輯地闡明現有的科學——之上的全部方法便發生了動搖，這種情況愈來愈迫使我對邏輯學的本質，尤其是對認識的主觀性和認識內容的客觀性之間的關係做出普遍批判的反思。每當我對邏輯學提出一定的問題並期望從它那裏得到解答時，它給我的總是失望，以至於最後我不得不決定：完全中斷我的哲學－數學研究，直到我在認識論的基本問題上以及在對作為科學的邏輯學的批判理解中獲得更可靠的明晰性為止。
因此，胡塞爾在九十年代將其主要精力放在探討邏輯學和認識論的基本問題上。他在此期間發表的一係列文章為以後的《邏輯研究》奠定了基礎。
幾年後，即1900年，胡塞爾的巨著《邏輯研究》第一卷發表，題為《純粹邏輯學導引》。在這一卷中，胡塞爾反駁了當時在哲學界占統治地位的心理主義觀點，即認為邏輯概念和邏輯規律是心理的構成物的觀點；這實際上是胡塞爾本人原來所持的觀點。所以胡塞爾在《邏輯研究》的前言中曾引用歌德的話來形容他對心理主義的批判：“沒有什麼能比對已犯過的錯誤的批評更嚴厲了。”
這些批判在當時結束了心理主義的統治，而且在今天，無論人們把邏輯定理看作是分析的還是綜合的，這些批判仍然還保持著它們的有效性。可以說，隨著這一卷的發表，心理主義這種形式的懷疑論連同有關心理主義的討論在哲學史上最終被歸入了檔案。
在一年之後，胡塞爾又出版了《邏輯研究》的第二卷：《現象學與認識論研究》，它們由六項研究組成。在這六項研究中，胡塞爾通過對意識的現象學本質分析揭示了邏輯對象的觀念性，由此而試圖從認識論上為邏輯學奠定基礎；分析的結果表明，在一種特殊的範疇直觀中可以把握到所有觀念的、範疇的對象。這種範疇直觀便是後來被稱之為“本質直觀”、“觀念直觀”或“本質還原”的方法。
《邏輯研究》一書在西方哲學史上的重要地位是確定無疑的。隻要看一眼與它有關的哲學史資料和人們今天對它的評價和定論，我們便可以知道，無論是在當時，還是在九十多年後的今天，它的作用和影響在二十世紀都隻有少數幾部哲學著作能夠與之比擬。
也正是在《邏輯研究》所獲得的廣泛而深入的影響的基礎上，一個由當時最出色的思想家所組成的現象學運動之勢才有可能形成。
這本書在主觀性與客觀性關係問題上的研究有兩點意義。首先，對心理主義進行了徹底的駁斥。所謂的“心理主義”簡單表述就是這樣一種在當時邏輯哲學研究中有影響的觀點：即把邏輯規律與心理規律或心理行為相混淆。其次，對作為意識根本特征的意向性仔細分析。
哥廷根大學教授生涯
隨著《邏輯研究》的發表，現象學第一次出現在公眾麵前，由此而揭開了在二十世紀歐洲大陸影響最廣泛的哲學運動——現象學運動的序幕。
正是《邏輯研究》使胡塞爾在哲學界名顯天下，他於1901年被哥廷根大學聘為正教授。當時，教育部建議任命胡塞爾為哥廷根大學哲學正教授。但教育部的這一建議遭到哥廷根大學哲學教授們的抵製，最後教育部不得不為胡塞爾設立一個特別教椅。
哥廷根大學的抵製，給胡塞爾對自己能成為一名真正的哲學家的信念造成內在的危機。按比梅爾的說法，“看來，這種‘同行相輕’對他的觸動遠比他承認的更大。”
但無論如何，胡塞爾於1901年來到了哥廷根，並且在他周圍很快聚籠了一批有誌於現象學的青年學者。到了1904年，現象學作為一個哲學運動已正式形成。現象學運動史上第一個圓周的第一階段可以說是從這時才真正開始。
這一年，胡塞爾在慕尼黑與那裏的現象學家們相會。1905年慕尼黑現象學派和哥廷根現象學派開始進行相互交流。
從1910年至1912年期間，年青的現象學經曆了第一個繁榮期。一大批著名的現象學文論在此期間得以發表。由胡塞爾主編並在1913年出版的《哲學和現象學研究年刊》第一卷上，第一批現象學的代表人物得以展露頭腳。在這批現象學家中包括有馬克斯·舍勒、亞力山大·普凡德爾、莫裏茨·蓋格、阿道夫·萊納赫(AdolfReinach)、約翰·道伯特等等。
胡塞爾本人在《年刊》第一期（1913年）上發表的《純粹現象學和現象學哲學的觀念》第一卷則公開表明他的思想已經進入到一個新的階段。
從《邏輯研究》到他的另一本重要哲學著作——《純粹現象學和現象學哲學的觀念）（第一卷）——的出版，其間又經過了13年的時間，因此我們可以說胡塞爾活著的時候遠非一位多產的哲學家。這可能與他時時處處都追求“嚴格性”不無關係，也可能與他的方法有關，因為他不是那種試圖“一勞永逸”地解決所有哲學問題、建立哲學體係的哲學家。
直到臨終前，胡塞爾也不認為自己已經完成了現象學的全部工作，他實際上總是堅持認為現象學是一項不可能在一代人身上完成的事業，並且不同哲學家走向現象學的路也可以是不同的。這種試探性的、無固定路線和方式的研究之路正是現象學的根本特征。
但這決不意味著胡塞爾沒有“寫出”現象學的東西。實際上，在他的全部文字作品中，胡塞爾生前所發表的作品與他寫下的生前未能發表的手稿比較起來相對數量上是很小的。
麵對如此大量的手稿，有人認為他是“通過筆來思考”的。一方麵，胡塞爾對自己要求非常嚴格，不成熟的思想決不拿出去發表。另一方麵，他總是在對“現象”作出最細微的描述，而這些“現象”往往是突然躍現在腦際的，需要馬上記錄下來，否則就會永遠消失，再也不會出現了。所以，胡塞爾的絕大部分手稿是以伽氏速記法寫下來的，從中我們能感覺到胡塞爾當時的那種稍縱即逝的精神創作過程。
盡管這期間胡塞爾沒有發表重要的現象學著作，但他還是通過教學和其他學術活動對德國哲學界施加著影響。例如，1902年新康德主義者T．李普斯的一個學生J．道伯特去哥廷根拜訪了胡塞爾，然後把《邏輯研究）介紹給了李普斯在慕尼黑大學的許多學生，其中包括A．普凡德爾、M．蓋格爾和A．雷納赫等人，從而使這些康德哲學的崇拜者轉向了現象學，這樣就改變了德國的哲學版圖。
在發表《純粹現象學和現象學哲學的觀念》第一卷的同一年，胡塞爾在為《邏輯研究》第二版所寫的“引論”中有意識地強調從《邏輯研究》向《純粹現象學和現象學哲學的觀念》過渡的必然性：“《邏輯研究》是一部突破性著作，因而它不是一個結尾，而是一個開端。”
但是，一方麵，由於胡塞爾在《邏輯研究》第二卷用大量的篇幅來討論意識活動的因素和結構並且自己也把現象學稱之為描述心理學；另一方麵，由於胡塞爾在這些分析中大段地重複了他在《算術哲學》中所做的研究，所以許多人認為胡塞爾仍然沒有擺脫心理主義，認為他所說的“現象學”仍然是一門心理學。
因此，在《純粹現象學和現象學哲學的觀念》中，胡塞爾在書名中便用純粹現象學來區分他以前所說的“描述現象學”。他在“前言”中明確地指出：純粹現象學“是一門本質上新型的、由於它原則上的獨立性而為自然思維不易理解，從而至今才得以發展的學科”，它“不是心理學，並且它之所以不能被看作是心理學，其原因不在於偶然的劃界和術語，而在於其根本的原則。”