胡塞爾在這裏強調“純粹現象學”不是心理學的原因有二：其一，將現象學理解為心理學，就意味著胡塞爾在《邏輯研究》第一卷中對心理主義、人類主義的批判無效，意味著承認心理主義、相對主義的合理性，這與胡塞爾“哲學是嚴格科學”的理想是不相容的；其二，胡塞爾認為他的現象學所要研究的對象不是人類的心理現象，而是純粹的意識；相對於人類的心理學而言，現象學應當是一門純粹的意識論，而人類意識在胡塞爾看來隻是這種純粹意識的一個實在事例。
但第一階段現象學運動的大多數成員仍然不讚同或不理解胡塞爾的這一立場變化，他們認為胡塞爾這一變化是向先驗唯心主義的回落，是投入到康德的懷抱中。
這一次的意見分歧導致了現象學運動在兩個方向上的分化：作為“本質現象學”的現象學和作為“先驗現象學”的現象學，胡塞爾本人將這兩者的區別稱之為“現象學的心理學”和“現象學的哲學”之間的區別，以此也批評了第一階段現象學運動成員的不徹底性。
直到1935年，胡塞爾在回憶這次分裂時仍然感到痛心：“人們這樣不理解我，我深感遺憾。自從我的哲學發生巨大變化以來，自從我內在的轉折發生以來，沒有人再與我同行。
哥廷根時期的胡塞爾對現象學的另一個貢獻就是他創辦了《哲學和現象學研究年鑒》，直到1930年它停刊時為止，它一直是當時蒸蒸日上的現象學運動的一個強有力的喉舌。
早期現象學的許多作品就是通過它得到發表和傳播的，其中許多文本今天已經成為西方哲學的經典，如第一期上發表的胡塞爾本人的《純粹現象學和現象學哲學的觀念》（第一卷），又如分兩次於1913年和1916年發表的M．舍勒的《倫理學中形式主義和非形式的價值倫理學》，還有1927年刊登的海德格爾的《存在與時間》，它們既是現象學的偉大作品，也是現代西方哲學中的不朽之作。
胡塞爾在哥廷根一共居住了十五年。1916年，新康德主義代表人物李凱爾特轉到海德堡大學哲學係去接替另一位新康德主義代表人物文德爾班的教椅，並推薦胡塞爾繼承因李凱爾特離開弗萊堡大學而空出的哲學教椅。
就這樣，胡塞爾離開了哥廷根大學。
弗萊堡生涯
與在哥廷根時期一樣，胡塞爾到弗萊堡之後，在他周圍很快便聚集了一批學生和助手，並且，從他們中間不久便產生出了現象學運動第二階段的代表人物：海德格爾、貝克爾、羅曼·英加爾登、埃迪·施泰因、格爾達·瓦爾特、漢斯·萊納赫等等。
此外，在弗萊堡隨胡塞爾一同研究現象學的還有從美國、日本等地遠道而來的一批學者。當時的弗萊堡大學已成為公認的歐洲哲學中心，世界哲學界所關注的焦點。
也就是胡塞爾到弗萊堡的同一年，他在德國軍隊中服役的最小的兒子沃爾夫岡戰死沙場。應該說，在第一次世界大戰之前，胡塞爾仍具有相當強烈的愛國主義情感，這在他1917年關於費希特的演講中反映明顯，在這些演講中他高度評價了費希特的愛國主義思想。
然而，第一次世界大戰的空前慘烈和破壞部改變了胡塞爾的態度和倫理思想，特別是戰爭的後果和隨後納粹的興起使胡塞爾如夢初醒，他從這些事件中看到了歐洲文明的根本缺陷，看到了隱藏在這些恐怖事件背後更深層的原因和病症。
因此，在此時，胡塞爾不僅僅指出戰後的德國已深陷於政治、民族、宗教、藝術和哲學的混亂中，在某種意義上這場戰爭在1918年以後仍繼續進行著，它表現為對德國人的精神折磨和他們的道德淪喪。
整個20世紀20年代，胡塞爾都在努力把他此前所做的各種各樣的現象學研究成果整理成更為係統的東西。應該說這一計劃並沒有真正實現過。不過，最為接近這一抱負的是他於1931年以法文發表的《笛卡爾的沉思》。他試圖通過此書，對他自己的現象學研究進行。
1929年，胡塞爾發表了《形式的和先驗的邏輯》一書，在更成熟的現象學的基礎上再一次探討了《邏輯研究》曾提出的許多哲學問題。
這個階段隨胡塞爾年教學活動的結束而告終。
可以說，作為一個哲學家，胡塞爾是成功的，他的著作影響了幾代人，並且可以預言它們的影響仍將繼續下去。而作為一個哲學教授，他更是幸運的，因為在哲學教育史上他是真正做到了“得天下英才而教之”的少數幾個人之一，他的許多學生後來都成為各國著名的哲學家，如考夫曼、舒茨、古爾維施等人。
但胡塞爾生命的最後五年則是在痛苦中度過的。1933年1月納粹開始執政，同年4月6日納粹當局就宣布暫停胡塞爾的榮譽教授資格。然而，厄運還在繼續，隨著1935年紐倫堡種族法的頒布，胡塞爾就完全從學術圈中被排擠了出去，並且他不得不從他在弗萊堡大學居住了20年的家中搬走。
然而，即使是在這樣悲慘的景況下，胡塞爾一天也未停止過哲學研究工作。他不斷地會見慕名來訪的學者，並於1935年先後應邀去維也納和布拉格講學。他後來以這些講稿的內容為基礎寫出了《歐洲科學的危機和先驗現象學》的第一和第二部分，於1936年發表在貝爾格萊德的《哲學》雜誌上。
這部著作常常被胡塞爾的某些追隨者看成是胡塞爾思想發展過程中的一個轉折點，因為他在書中對“曆史”和“生活世界”的強調，使人感覺似乎他正轉向所謂“解釋學的現象學”和“實存的現象學”。而另外一些學者則認為，此書的最終目的仍然是試圖徹底革新哲學，把哲學作為一門“嚴格的科學”，所以與胡塞爾早期的思想並無根本的區別。
胡塞爾終身的信念就是：隻有通過“以現象學的方式”對主體性進行徹底的發掘和驗證，我們才能夠克服哲學研究中一直存在著的客觀主義的片麵性危險，以及相對主義和懷疑主義給我們所有科學和哲學研究活動帶來的正麵威脅。
1938年4月，當死神降臨到他身上的時候，胡塞爾真的無愧於現象學的這一偉大曆史使命。胡塞爾是曆史上罕見的非常純粹的人，他是歐洲理性主義的真正捍衛者，是他時代的精神拯救者和思想鬥士，是西方文化複興運動的先知。他為後人留下了4萬多頁的手稿，以及2817冊個人藏書和1152種論文單行本，還有大量的書信和其他一些與他有關的材料。
胡塞爾雖然去世了，但對他的評論並沒有結束。後人一致認為，胡塞爾是20世紀最有影響的哲學家之一，海德格爾、薩特、梅洛－龐蒂、伽爾瑪和德裏達的出發點都是對胡塞爾哲學的反思。人們按照胡塞爾發表的7部著作，把他的思想分為四個階段：第一階段：對數學和邏輯基礎的研究。胡塞爾是數學博士，1853年隨布倫坦諾學哲學，受其經驗主義影響。胡塞爾1891年發表《算術哲學：心理和邏輯研究》，探討數學、邏輯與心理學的關係，弗雷格對之嚴加批判，認為胡塞爾的觀點受流行的心理主義思潮影響。胡塞爾本人也自覺有不妥之處，遂重新研究邏輯基礎問題。
第二階段：創立現象學。以《邏輯研究》（1900－1901）為標誌，第一卷是對心理主義的批判，第二卷建立了“描述心理學方法”，實際上是現象學方法。
第三階段：把現象學發展為先驗唯心論。《作為嚴格的哲學》（1910）已包含了方法論向本體論的過渡，《關於純粹現象學和現象學哲學的觀念》（第一卷於1913年出版，後兩卷死後出版）、《形式的與先驗的邏輯》（1929）、《笛卡爾的沉思》（1931）等書提出“現象學還願”和“先驗自我”對世界的構造。
第四階段：向生活世界的轉變。在《歐洲科學的危機與先驗現象學》（前兩部分於1936年出版）一書中，對自己的唯理智主義傾向做了自我批評，把現象歸結為“生活世界”，而不是自我的創造物。
胡塞爾生前發表7部著作，但遺留的手稿比這些著作的份量大得多。胡塞爾是猶太人，晚年遭納粹迫害。死後他的妻子把他的全部手稿轉移至比利時的盧汶大學保存，戰後成立“胡塞爾檔案館”，對胡塞爾用速記法寫下的手稿加以整理編輯，出版《胡塞爾文集》，目前該文集已經出版了30多卷。