1932年，愛森斯坦結束了他的國外之行，重新回到了蘇聯。
教學與創作高峰
1932年，剛剛從國外歸來的愛森斯坦，看到了蘇聯的巨大變化。原來，從1929年夏末他離開蘇聯以來，蘇維埃社會已經發生了很大的變化。此時，通過全社會的努力，第一個五年計劃即將完成。新的工廠、新的房屋、新的學校都建立起來了，人們都感到非常自豪。
在斯大林的領導下，當時的蘇聯“社會主義建設”是壓倒一切的主題，戲劇、小說和電影的主題也必須圍繞這個主題。很明顯，在這個背景下，作為英雄主題的群眾已讓位於在荒原上奮鬥以建立工業的個人角色。
此時的蒙太奇手法也不是攝製電影的主要手法了，愛森斯坦發現，在了解當前潮流方麵，他落後了一步。當電影局的新領導建議愛森斯坦去攝製一部叫做《快活的人們》的音樂喜劇片時，愛森斯坦拒絕了，因為這個題材顯然是不符合他的藝術宗旨的。
在這一時期，愛森斯坦在莫斯科蘇聯國立電影學院導演係任教，他製定的導演實習課方法，這為電影導演的教學打下了基礎。同時，自美國回來以後，愛森斯坦把差不多全部時間都用於理論研究工作，他無視人們對他的“理性電影”理論的批評以及人們要他攝製新片的建議，愛森斯坦使自己處於難以表白的境地。
作為一個曾經轟動全球的大導演，此刻愛森斯坦靜了下來，他開始把在大學裏的教學工作當做自己責無旁貸的義務，把教書看做是一件愉快的事，因為他把他的學生們看做是未來的希望。日複一日，愛森斯坦把自己的心血注入導演課中。
從1935年開始，愛森斯坦的電影創作又開始了。從當年的1月開始，愛森斯坦開始拍攝一部新影片《白靜草原》。該部影片講述的是一個少先隊員與富農父親的破壞活動進行鬥爭，最後被父親殺害的真實故事。
隨著影片攝製計劃的展開，愛森斯坦的創造性藝術被重新激發起來，然而此部電影引起了當局的不滿。上級下令停拍，拍好的片子被銷毀，並批評他把農業集體化中的階級鬥爭寫成父子間善與惡的鬥爭，指責他拍攝了一部有害的“形式主義”影片。愛森斯坦本人也為此而停職反省。
直到1937年，愛森斯坦才獲準恢複工作，他振作精神，重新全身心地投入。他拍攝的曆史巨片《亞曆山大·涅夫斯基》和《伊萬雷帝》在敘事結構、聲音運用上都有創新，成為世界電影的高峰之一。
《亞曆山大·涅夫斯基》中的亞曆山大·涅夫斯基是俄羅斯有名的統帥和政治家。1236年，他被選為諾夫哥羅德公爵。他與瑞典侵略者和德意誌立窩尼亞騎士團的鬥爭，使俄羅斯的西北部地區免於被西方天主教國家征服。作為基輔、弗拉基米爾和諾夫哥羅德的王公，亞曆山大涅夫斯基致力於統一羅斯北部的各個公國。1259年，他鎮壓了諾夫哥羅德人的起義。1942年7月29日，當納粹德國的軍隊深入蘇聯腹地時，斯大林宣布亞曆山大·涅夫斯基為民族英雄。蘇聯軍隊設立了亞曆山大·涅夫斯基勳章。
《亞曆山大·涅夫斯基》是愛森斯坦攝製的第一部有聲影片，他深入研究了聲音和形象刻畫的結合，通過與普羅科菲耶夫的密切合作，愛森斯坦的理論思想有了新的發展。
然而，《亞曆山大·涅夫斯基》在製作完成之時，他在表現的是13世紀俄國擊潰德國侵略者的故事，但因為1939年蘇德同盟形成，影片顯得不合時宜而被當局禁映，直到德軍入侵才被解禁。
解禁之後，《亞曆山大·涅夫斯基》在莫斯科上映。這部影片獲得的榮譽甚至超過了《戰艦波將金號》，因為它正好合乎當時的時代精神。
《亞曆山大·涅夫斯基》的成功，使愛森斯坦在蘇聯的聲望再度達到登峰造極的地步。就連當時被被神化的偉大領袖斯大林也曾拍著愛森斯坦的背說：“謝爾蓋·米哈依洛維奇，你畢竟是一個好布爾什維克！”
此部電影的成功不僅使愛森斯坦獲得了聲譽，而且也獲得了物質方麵的報償，獲得許多殊榮和顯要的職位。他成為莫斯科電影公司的監製人和首席藝術導演。蘇聯科學院電影藝術部授予他文學博士學位。他成了電影科學的教授，並在1939年2月獲得列寧勳章。
就在此時，蘇聯被卷入了二戰。於是，莫斯科有關方麵提出，拍攝一部有關伊凡雷帝的電影。伊凡雷帝是是俄國曆史上的第一位沙皇。在他任上，莫斯科公國改為沙皇俄國，又稱俄羅斯。在伊凡四世之前，莫斯科的大公權力很小，受到領主們很多限製。伊凡四世打破了對沙皇的一切權力限製，領主政體改為沙皇專製政體。伊凡大帝一生取得許多令人驚訝的非凡成就，他使俄羅斯擠入歐洲強國之林。
由於愛森斯坦拍攝《亞曆山大·涅夫斯基》獲得巨大成功，因此，愛森斯坦被莫斯科當局指定為《伊萬雷帝》的編劇。1941年秋，希特勒的軍隊逼近莫斯科的時候，莫斯科電影製片廠把人員疏散到中亞細亞，在阿拉木圖繼續生產影片。在絢麗奇特的東方色彩的布景裏，愛森斯坦使他史詩般的劇本變成了影片。
《伊萬雷帝》上映後，獲得了巨大的成功，並一舉獲得了斯大林獎一等獎。1944年，影片《伊凡雷帝》被搬上銀幕，愛森斯坦接著又拍攝了《伊凡雷帝》續集，但這一部斯大林卻很不喜歡。蘇聯人民領袖認為，伊凡雷帝是俄國疆土的開拓者，是反對外敵入侵的堅強鬥士，而影片把他描寫成優柔寡斷猶豫不決的人，經常與身邊人商量對策，這肯定與曆史真相不符。
因為有了斯大林的反對，《伊凡雷帝》的命運就可想而知了。影片的第二部（1946年）橫遭棒殺，直到愛森斯坦去世10年後（1958年）才獲準麵世。而影片的第三部壓根就沒能完成。
大師與梅蘭芳
作為一代電影大師，愛森斯坦對人類的很多種藝術都有極強的鑒賞力，而他對中國京劇的欣賞，可以從他與梅蘭芳的交往中，體現出來。
1934年，蘇聯對外文化協會邀請梅蘭芳以國賓身份去蘇聯演出，梅蘭芳很是興奮，決定接受邀請。由於交通問題，梅蘭芳的蘇聯之行一直推遲到1935年2月。
到達蘇聯後，梅蘭芳在莫斯科和列寧格勒兩個大城市舉行了為期3周的演出。觀看梅蘭芳表演的除“梅蘭芳招待委員會”全體成員外，還有蘇聯黨和國家領導人、文學泰鬥高爾基、阿．托爾斯泰、著名芭蕾舞演員謝苗諾娃，以及因反對納粹政權而被迫流亡蘇聯的德國大戲劇家布萊希特。
而對於梅蘭芳來說，此次蘇聯之行的另一重大收獲，就是同同大名鼎鼎的電影導演愛森斯坦成了好友。
初到莫斯科，梅蘭芳即在“梅蘭芳招待委員會”的成員裏注意到其中最年輕的一位。那是個相當英俊瀟灑的男子，滿頭卷發，一雙藍色眼睛，身材不高卻很敦實。他的大腦袋、寬前額十分引人注目。
當時，有關人員向梅蘭芳介紹說，這就是愛森斯坦。梅蘭芳早已慕其大名，如今能見到他本人，十分高興，二人熱烈握手。
觀看了梅蘭芳的演出，愛森斯坦對中國京劇那種不拘於形似追求神似、在講究形神兼備的同時側重神韻的藝術特色十分欣賞，對梅蘭芳的精湛演技也推崇備至。
幾天後，愛森斯坦去拜訪梅蘭芳，並邀請他拍攝一段有聲電影。愛森斯坦想要拍攝的劇目是《虹霓關》裏東方氏與王伯黨對槍歌舞的那一場。因為那場戲舞蹈性很強，非常適合外國人觀看。梅蘭芳見愛森斯坦考慮得如此周到，便欣然同意了。到了約定拍片的那天晚上，梅劇團全體成員來到莫斯科電影製片廠，愛森斯坦已在大門口迎候。梅蘭芳和愛森斯坦二人首先商討如何拍攝這場戲。梅蘭芳希望能把劇中兩個人物全拍進去，多用中景、全景、少用特寫與近景。他認為這樣才能充分表現中國戲劇的特點。
愛森斯坦聽畢點頭稱是，不過他又說：“我尊重您的意見，但特寫鏡頭還得穿插進去。要知道廣大的蘇聯觀眾是多麼渴望能清楚地看到您的容貌啊！”
見愛森斯坦的態度如此誠懇，梅蘭芳隻好本著演員服從導演的原則，也就不再提出異議了。於是開始拍攝，這時已是午夜12點。
在送別梅劇團時，愛森斯坦將自己新近出版的一本電影理論專著，簽上名送給梅蘭芳，作為這次愉快合作的紀念。後來，在建國後，梅蘭芳第二次來到蘇聯演出，而他的朋友愛森斯坦卻已經不再了，這令梅蘭芳非常惆悵。
愛森斯坦於1948年2月11日在莫斯科去世，年僅50歲。作為藝術電影最有成就的先驅和獨樹一幟的電影理論家，愛森斯坦的輝煌永存。
令人惋惜的是大師的生前和死後都曾遭到錯誤批判，從他死前的1946年開始，愛森斯坦就被錯誤批判為“形式主義者”，直到1958年，也就是在他逝世10年後才得以恢複名譽。
作為一位偉大的電影藝術家，愛森斯坦的電影理論，在影片的總體結構、蒙太奇、聲畫框架、單鏡頭畫麵的結構、色彩以及電影史等領域，都進行了多方麵的開創性的研究。此外，他關於藝術激情的本質、藝術方法、接受心理學等方麵的著作，也在他的理論遺產中占據特殊重要的地位。
後來，蘇聯出版了《愛森斯坦文集》，6卷，世界各國的電影界對他的藝術理論都給以相當的重視。