長班（官僚的侍從）在爆炸時，棕帽、衫褲、鞋襪一霎那間飛得無影無蹤。
屯院內有個文書（明朝稱書手）手執鍬钁站在倒塌的瓦礫上，大喊：“喂，下麵有人嗎？”忽聽下麵有人細聲：“快救救我！”眾人喊：“你在哪裏？”答道：“在這兒。”眾人又問：“你是誰？”答道：“小二姐。”等到將她挖出來一看，哎呀！她竟然赤身裸體，一絲不掛，連裹腳的長布條也沒有，驚得大家目瞪口呆。此時，文書慌忙脫下自己的長衫，將小二姐裹起來，讓她騎一條驢回娘家養傷。
人們的衣服到哪裏去了呢？震後有人發現，有許多衣服被刮到西山，掛在樹上；而落在昌平州教場的衣服成堆。戶部派長班去昌平查驗，長班回來報告，果然衣服、器皿、首飾、金銀、鞋襪俱有。戶部（管民政的機構）張鳳奎將此事寫入奏折向皇帝彙報。
災變後，原本就處在風雨飄搖中的明王朝舉國上下一片慌亂，人心惶惶，朝野震動，怨聲沸騰。有些人認為，這是由於奸臣賊子、閉黨宦官橫行霸道、倒行逆施、貪汙受賄、腐敗成風所招致的“天譴”，“蒼天有眼懲治朱家王朝”；有些人認為，這是由於“上天示儆（警告）天之子”，上書要求皇上“反躬修省”，“萬歲爺”萬般無奈，下了一道“罪已詔”，將自己罵一通，並表示要親自赴太廟恭敬地行慰問神的三牲大禮。他指示所有的“中外臣工”都要穿樸素的服裝，務必竭力虔誠地“洗心辦事”，“痛加反省”，以便期望王朝“長治久安，萬事消洱”。當然這一套理論和行動，純屬自欺欺人，無稽之談。
對於這次巨大災變，明末清初的誌、史書中多認為，起因是“王恭廠災”，意為皇家部隊的火藥庫引起的；也有認為是地震引起的，究竟是不是呢？
王恭廠明中葉一度製造過火藥。古代製造火藥係為兵卒釋放作為聯絡信號，部隊戰鬥實力全靠大刀、長矛等“十八般”武器，並非靠炸彈。王恭廠名不符實，隻是幾個老北京的“四合院”，駐有士兵，其規模都比不上現代中國鄉、鎮辦的鞭炮廠大。即使是四合院內火藥成堆，但中國古時的黑色炸藥威力很小，就算全部點著，也不過將四合院以及周圍的房屋燒光，焚為平地而已，決不會死傷數千數萬人。特別是當時的司禮大監若愚明確記敘，“王恭廠”是負責管營建的皇家部隊後勤部。有錢、糧草、馬匹是真的，也不排除有儲備火藥的庫房，所以將都城災變一起推給王恭廠爆炸是錯誤的。當然，王恭廠也在爆炸範圍內，居住附近的百姓說王恭廠有鐵砂紛紛飛散，但這是在“蘑菇”雲、“靈芝”雲落地之後，衝擊波摧毀了小火藥儲蓄室必然的結果，絕非王恭廠失火引起的災變。史、誌各書如實記載這次災變“不焚寸木”，“焚燎之跡全無”，也完全證明王恭廠是災變的受害者，根本不是災變的罪魁禍首。
罪魁禍首是誰呢？是地震嗎？如今國家地震局、地震出版社皆可用史料、數據證明，當時沒有發生地震。
又有人認為，這個300多年前發生之事的謎底與不明飛行物有關。而比較接近謎底的論證，要數3位美國科學家提出的，是一個由反物質組成的隕石，意外地闖入太陽係，才導致了這場災難。
那麼什麼是反物質呢？世界由物質組成，物質由分子組成，分子由原子組成。原子皆帶電荷，電子帶負電，質子帶正電。但是，有沒有帶正電的電子，帶負電的質子呢？應該有。這樣就構成了反質子、反分子和反物質。
現代物理學家們已經發現了反物質，也計算出“半克”的“反鐵”與半克正鐵相結合產生的爆炸威力，比1945年在日本廣島爆炸的原子彈還要大數倍。不過，仍有許多科學家持反對意見。由此可見，當年北京大爆炸還沒有定論。