女王的臣民們雖然喜歡勇敢的埃塞克斯伯爵，但大多數人還是對女王陛下保持著忠心。伯爵在城裏的街道上走著，臉因激動而變得通紅，渾身流著汗。他邊走邊大聲地呼喊著：“女王陷害了我！女王陷害了我！有人陰謀想殺我！”人們都躲到自己的房子裏，無聲地看著他從街上走過。
埃塞克斯滿心期望得到眾人的支持，他把賭注押在了人們對女王是否忠誠上麵。結果他輸了。沒有民眾的支持，整個叛亂行動一下子就垮掉了！他絕望地往回走，但這時他卻發現，所有的街道都給堵死了。於是，埃塞克斯沿著河邊走，找到一艘船，由水路進了自己的家。
此時，被關押的4個高官已經被放了。埃塞克斯快速走進房間，來到火爐前，把自己的日記和兩箱子東西都給燒了。然後，等著有人來捉拿他。
埃塞克斯這次親自率領數百名武裝人員攻打王宮，早已超出了“私人爭吵”的範圍，而成了名副其實的、有組織、有計劃的謀反行動。任何人也無法再為他開脫了。
1601年1月18日，在威斯敏斯特教堂的大廳裏，開始審判埃塞克斯伯爵及其同黨南安普敦伯爵。伊麗莎白強迫培根以檢察官的身份，與首席檢察官愛德華·庫克一起作為起訴人，代表王室在審判席上對好友埃塞克斯進行指控。而培根根本沒有辦法拒絕這一命令。這對根本沒有參與密謀的培根來說，無疑是一種痛苦的懲罰。
培根說，他無力應付這尷尬的場麵。他甚至想要結束自己的性命，以避免出現在審判席上。
培根曾提醒埃塞克斯，要他“承認自己有過不正當的行為”。他知道，如果伯爵表現出謙卑與懊悔，女王會讓步的。但埃塞克斯伯爵堅持認為自己的行為是正確的。因此，這一切就都完了。
埃塞克斯兩次受審，培根都出席了。當培根知道埃塞克斯的上述活動後，即認為埃塞克斯是有目的、有組織的謀反，他決定不再給埃塞克斯任何形式的幫助。相反，在第二次審判埃塞克斯時，培根還積極為王室辯護。
在法庭辯論過程中，埃塞克斯舉出了許多理由，把自己的謀反說成是私人爭吵和以請願方式哀求女王，是可以原諒的行為。
培根當即站起來予以駁斥說：“我還沒有在任何案件中看見過把這樣的恩惠給予任何犯人：這麼多的題外話，這樣支離破碎地提出證據，以及對這樣重大的罪惡昭彰的案件用這樣空洞的話來辯護。”
培根還反問道：“有武裝的請願者嗎？有以君王失去自由為前提的請願嗎？秘密地商議，用武力加以貫徹，這做何解釋？掌璽大臣作為使者的告誡都無效，仍然堅持到底，任何頭腦簡單的人都會把這看作叛逆的！”
審判結束，最後宣布：埃塞克斯伯爵和南安普敦伯爵有罪，並處以極刑，於謀反後的第17天，即1601年2月25日被處決。
在最後的日子裏，埃塞克斯伯爵請求給自己找個牧師來。艾伯迪·阿斯頓牧師是埃塞克斯的傳教士，另外還有3個由樞密院選派的人過來聽他懺悔。這時，那幾個人被埃塞克斯罵了個狗血淋頭，說他們成了政府的工具。據說，阿斯頓牧師當時的表情很難看，充滿了恐懼。不過，他是個唯利是圖的小人。
埃塞克斯的結局很悲慘，他被剝奪了請牧師為他的靈魂做最後安慰的權利。那些嫉妒他的敵人想方設法剝奪伯爵的名譽權和貴族權利。他們希望他不是作為烈士和民眾心目中的英雄而死，而是希望人們認為埃塞克斯背叛了他的朋友、背叛了他的國家，他是個偽君子，在死亡麵前，他怯懦了。
在塔樓前的綠地上，埃塞克斯將被處決。臨刑時，他穿著一件深紅色的內衣，外麵套一件黑色的衣服。埃塞克斯站到斷頭台前，頭高昂著。行刑者在埃塞克斯一遍遍地誦讀《聖經·詩篇》第51篇時，手起刀落！此時，埃塞克斯年僅34歲。
行刑者執行任務後，高聲喊了一句：“天佑女王！”在回家的路上，行刑者不得不躲避開暴徒的襲擊，那些人因為自己心目中的英雄被斬首而憤怒不已。
在埃塞克斯伏法後，培根又奉命起草了埃塞克斯的罪狀。從此，培根在埃塞克斯問題上的行為受到人們嚴厲的非難。不少人譴責培根“忘恩負義”，指責他缺乏“倫理感情”、缺乏“道義感”、缺乏“榮譽感”。
麥考萊說培根是“人世間最聰明而又最卑鄙的人”。黑格爾認為培根這樣做是犯了忘恩負義的極大罪惡，玷汙了自己的名譽。但也有人持不同的看法，以司佩丁為代表的不少人就對培根的這一做法給予了肯定。
羅素在他的《西方哲學史》中寫道：“把培根描寫成一個忘恩負義的大惡棍，這十分不公正。他在埃塞克斯忠君期間與他共事，但是在繼續對他忠誠就構成叛逆的時候拋棄了他。在這點上，他並沒有絲毫，甚至讓當時最嚴厲的道德家可指責的地方。”
羅素對培根的評價是科學的、公允的。針對埃塞克斯對培根的深情厚誼和培根在法庭上對待埃塞克斯的態度，人們應該從時代、社會複雜的關係中看待培根的行為。
培根是一位極重友情的人，這從他寫的《論友誼》一文中就可看出。
培根說：
人生是有限的。有多少事情人來不及做完就死去了。但一位知心的摯友，卻能承擔你所未做完的事。因此一個好朋友實際上使你獲得了又一次生命。
人生中又有多少事，是一個人由自己出麵所不便去辦的。比如人為了避免自誇之嫌，因此很難由自己講述自己的功績。
人的自尊心使人在許多情況下無法低首下心地去懇求別人。但是如果有一個可靠而忠實的朋友，這些事就都可以很妥當地辦到。
又比如，在兒子麵前，你要保持父親的身份；在妻子麵前，你要考慮丈夫的臉麵；在仇敵麵前，你要維護自己的尊嚴。但一個作為第三者的朋友，就可以全然不計較這一切而就事論事，實事求是地替你出麵主持公道。
由此可見，友誼對人生是何等重要。它的好處簡直是無窮無盡的。總而言之，當一個人麵臨危難的時候，如果他平生沒有任何可信托的朋友，那麼我隻能告訴他一句話——那就自認倒黴好了！
培根也是一個崇尚道德的人，在《論善》一文中，培根說：
善的天性有很多特征。對於一個善人，我們可以由此去認識他。如果一個人對外邦人也能溫和有禮，那麼他就可以被稱作一個“世界的公民”——他的心與五洲四海是相通的。
如果他對其他人的痛苦不幸有同情之心，那他的心必定十分美好，猶如那能流出汁液為人治傷痛的珍貴樹木——寧可自己受傷害也要幫助別人。
如果他能原諒和寬容別人的冒犯，就證明他的心靈乃是超越於一切傷害之上的。如果他並不輕視別人對他的微小幫助，那就證明他更重視的乃是人心而不是錢財。
最後，如果一個人能像《聖經》中的聖保羅那樣，肯為了兄弟們的得救甚至敢於忍受神的詛咒——甚至不怕被逐出天國；那麼他就必定超越了凡世，而具有主耶穌的品格了。
過度的求權力的欲望使天使們墮落，過度的求知的欲望使人類墮落；但是為善的欲望是不會過度的。
事實上，要找到培根對朋友不忠、恩將仇報的事是很難的。培根對人總是非常寬厚。培根經常住在葛萊公會的寓所裏，由於他平常待人寬厚禮讓，所以深受公會中的教師和紳士們的敬重。凡是與培根共過事的人，無論是他的同僚還是他的下屬，很少有對他不滿意的。培根即使是對待罪犯，態度也是很好的。
埃塞克斯伯爵死後不久，在詹姆士一世臨朝的初年，培根曾經發表過一篇《自白》，解釋他在該案中的行為。
培根說：“我的辯護不需要冗長和繁複，就是關於那件案子和審訊過程中我所做的一切，都是出於我對女王和國家的職責和義務的。在這樣的事情上，我是決不為世界上的任何人而表現出虛偽和膽怯的。因為任何誠實而居心端正的人，都會寧願舍棄他的國王而不願舍棄他的上帝，寧願舍棄他的朋友而不願舍棄他的國王；寧願舍棄任何塵世的利益，還有在某些情形上，寧願舍棄自己的生命而不願舍棄他的朋友。”
培根在1600年致埃塞克斯的信中，就曾談過他愛伯爵勝於任何人，然而這種愛是置於女王與國家利益之下的。事實上，培根早在1580年給博萊伯爵的信中，就曾明確表示過：“若我的服役對象排成一個橫隊，那就是上帝，陛下和閣下。”即首先是忠實於上帝，然後是忠實於女王，其次才是國家大臣和朋友。
當時，培根自己的處境也相當危險。雖然無人告他同謀叛逆，但他不能不表示忠誠，因而不得不認真地參加對埃塞克斯的審訊。而後來的案情審理中培根的積極表現，可以說是為了保護國家利益，使私人友情與感恩之情服從於國家利益是他的職責，他的行為無可非議。
培根能夠高度熱情地獻身於觀念與事業，這股熱情成就了他的哲學。而他關於公眾事務的著作，則顯示了一種獻身於公益的精神和政治智慧。
加丁納教授曾對此事做出論斷：
培根的行為表現出他缺乏道義感，這是不能否認的。然而我們現在認為個人友誼的關係應該重於政治上的關係，這種看法是基於一種日漸增強的政情安定之感的。這種看法對於培根當時的政局不能適用。
在當時，如果可以用武力來推翻女王任命大臣之權的話，那麼英國將陷於無政府狀態，以及這種狀態所產生的種種禍亂之中了。
在處決埃塞克斯的同年5月，培根的哥哥安東尼·培根去世了，培根陷入巨大的悲痛之中。
伊麗莎白女王處決了埃塞克斯伯爵，她比任何人都感到痛苦。她不斷地撤換大臣，因為這些人一個個都讓她失望。她感到任何人都不可信賴，沒有一個人會從一而終地忠於她和她的王權。
1601年10月27日，培根以伊布斯維奇、聖·亞爾賓郡選出的議員身份，參加伊麗莎白王朝最後的議會。這個可紀念的朝代也到了盡頭。
1603年3月初，伊麗莎白女王在慶祝她70歲誕辰的宴會上，發表了一篇演說，其中說道：“感謝上帝對我的恩惠。我已經70歲了，沒有任何理由貪生怕死。”
聽她的話，好像她不希望更加長壽似的。眾位大臣都感到奇怪，但也不便說什麼，隻是一味地對她“歌功頌德”，祝她“健康長壽”。
約一周後，伊麗莎白女王的表妹、諾丁漢伯爵夫人去世。女王從此陷入了哀傷之中，而且不能自拔。她拒絕醫生的治療，也不打算康複，她似乎已經意識到死亡即將降臨。伊麗莎白躺在病床上，不時地擺弄手指上的一枚小戒指，凝神冥想，長籲短歎。這枚戒指是埃塞克斯送給她的，一直伴著她閉上雙眼，停止了呼吸。
1603年4月24日，伊麗莎白女王去世，在悲涼寂寞中結束了都鐸王朝。繼承王位的是埃塞克斯的朋友、蘇格蘭國王詹姆士六世，登上英國王位後成為詹姆士一世，從此開始了斯圖亞特王朝對英國的統治。
詹姆士是伊麗莎白女王的侄子，但她生前從未正式任命他為繼承人。此時，英格蘭和蘇格蘭同歸一個君主，在一個王朝的統治下，開始了不列顛統一進程的第一步，即王室聯合，但英格蘭和蘇格蘭依然被國際承認為兩個國家，而兩個國家依然保持著自己獨立運作的政府。在伊麗莎白逝去的50年後，英國內戰爆發，英國成為了一個短暫的共和國。
培根的表兄羅伯特·塞西爾，在斯圖亞特王朝中仍然受到重用，成為主要的輔佐大臣。別看羅伯特矮小駝背，寡言少語，但他工於心計。早在伊麗莎白女王去世前兩年，羅伯特就暗地裏與詹姆士聯絡，著手安排女王“百年之後”詹姆士繼位的問題。
由於羅伯特的精心策劃，詹姆士順利地登上了英格蘭王位，他本人也自然被留任重用。在新王朝被起用的人中，還有一批埃塞克斯叛國案中幸存下來的人。
培根的哥哥安東尼·培根，要不是在1601年，埃塞克斯被處死後不久便病逝了，他也會受到新王朝的重用。因為詹姆士深知安東尼忠於埃塞克斯伯爵，並始終擁護自己繼承英格蘭的王位。
過去，培根為求高官之位想盡了一切辦法，但結果卻一次又一次地令他失望。在埃塞克斯被處決之後，培根不僅失去了一位給他謀取高位的朋友，而且也遭到了社會的廣泛譴責。當時，培根對從政已經心灰意冷了。
培根在寫給朋友托比·馬修的一封信中，談到自己在詹姆士被選為國王之後，暫時放鬆的心境。培根在信中寫道：
一個遊離不定的世界已經宣告結束，新的值得期待的世界已經來臨。在我內心深處，我發現自己像一個剛從睡夢中醒來的人，睜眼一看，居然有這麼久的時間沒有現實地活在這個世界上。
再次經受仕途的打擊
在女王伊麗莎白尚未去世之時，培根就已經把自己的未來寄希望於新的王朝了。
新王朝開始後，培根看到詹姆士一世是一位有學問的人，而且素有敬重學者的好聲譽。這又給培根點燃了謀求高官的之位希望之火。
但是，培根不是那種急於衝到新國王的麵前，要求得到覲見的人。當時，培根就待在家裏。不過，他還是通過一個叫約翰·戴維斯的朋友給新來的國王捎去了一封信。
另外，他還給這位戴維斯寫了一封信，信中說：
戴維斯先生，雖然您突然之間……我還是把自己托付到您的愛和您使用我的名字時的良好用意上麵。倘若有什麼人攻擊和指責我的名字，也拜托您予以回擊並為我辯解為盼……一直期盼您對我這個隱藏起來的詩人給予良好的祝福。
您非常忠誠的弗·培根
戴維斯是培根詩人小圈子中的一員，也是他的“一支筆”。培根非常希望戴維斯能在新國王麵前，不失時機地提到自己的名字。
以培根在埃塞克斯案中的表現，按常理說，詹姆士是不會喜歡他的，因為詹姆士是既不會忘記朋友，也不會忘記仇人。不過，詹姆士一向以自己的學問自傲，標榜自己是一個有學問的國王，敬重一切有學識的人。因而，培根對詹姆士滿懷希望。
培根仔細考察了新來的君王以及自己的處境，擺在他麵前的有兩條路。一條是隱退回老家，將後半生花在寫作上，一心研究文學與神秘主義；另一條則是再拚一次，作為無冕的國王，幫助自己的國家向前邁進。
對培根來說，這一點應該沒有任何問題，因為他從來都視國家進步為己任。國家永遠是第一位的。他應該留在公眾當中，並盡全力服務於新國王。培根平時謹言慎行，低調做人。他感覺自己像其他人一樣，很想對國家效忠並希望得到一定的回報。但是，他從來不願意卑躬屈膝地活著。
由於自己的目標遠大，所以培根認為，如果能取悅詹姆士國王，從而使啟蒙運動繼續深入下去，做出多大犧牲都是值得的。主動放棄學者平靜如水的生活，培根會有太多的遺憾，但他還是強迫自己重新回到政治舞台。培根立即給新國王寫了封信，表達了自己的良好意願。
當培根得知新國王詹姆士自詡為古典學者時，便給其呈上一封賀信。這封信以拉丁文《聖經》的一句話開頭，以奧維德《古羅馬帝國時代的詩》的一行詩結束。培根在信中宣稱：“在陛下的臣民中，我比任何人都更熱切地渴望為陛下效力，不惜犧牲自己。”
與此同時，培根給那些接近國王、能影響國王的人大量發信聯絡，請求幫助，以求在新王朝中獲得他在女王時代未曾得到的官職。培根給他的表兄弟羅伯特·塞西爾的代理人邁克爾·希克斯寫信，要求希克斯方便時，讓“塞西爾知道，塞西爾是他在顯貴中所最愛的人”。
培根給諾芬伯蘭伯爵寫信，回顧他的哥哥安東尼與之交往的日子。他給湯姆斯·查洛納寫信，查洛納是經安東尼介紹而到埃塞克斯手下工作的。培根估計查洛納會成為詹姆士宮廷的官員，於是他請求查洛納促使詹姆士對他“有個良好的了解”。
培根甚至還寫信給在埃塞克斯案的起訴中作為同謀犯被審判關押，詹姆士繼位後得以釋放並被任用的人，如舒桑頓和約翰·戴維斯等。
經過大量的活動，培根對自己的前途十分樂觀。1603年，在詹姆士上台後的兩個月，他給托比·馬修寫信時說，他認為遊說活動的時代已經過去，現在是接受的時代了。
不過，這一切活動好像都是徒勞的，詹姆士一世並沒有理睬培根的效忠表示。詹姆士公布了一個名單，其中有些是女王逝世時在任的人。在希望這些人繼續留任時，擔任學者顧問一職的培根的名字被排除在外。
此時，培根希望得到爵士爵位的“榮譽”，但他必須向這位新來的國王提出申請，而且要通過新的首相大臣羅伯特·塞西爾。爵士爵位是培根申請的第一個頭銜。伊麗莎白女王在世時，她給培根的朋友、親戚和其他比他次要的人封賜最榮耀的嘉德騎士勳章時，他都默默地站在一邊。
培根感到非常失望，他不得不寫信給顯貴的塞西爾，保證說他已經永遠地告別了政治，對做官的渴望已經完全熄滅。他打算全力以赴尋找一名“有錢的新娘”，以便安定下來過舒適的生活。
培根還附帶提出，如果塞西爾肯替他說情，他願意接受“幾乎用濫了的”爵士封號，借以減輕自己仕途失意的苦惱。他又說，他討厭那種同時給一大批人授予爵位的陳俗慣例，他願意單獨接受封號，這樣更符合他的尊嚴。但是這一請求遭到了塞西爾的拒絕。
1603年7月23日，在詹姆士一世國王加冕儀式即將舉行的前夕，弗朗西斯·培根才與其他300個同時得到各種頭銜的人一起，站在皇宮前的花園中，渾身被傾盆大雨淋得透濕，接過了被授予的“騎士勳章”。
不久，培根又得到年金60英鎊的賞賜。這筆錢是詹姆士一世因為培根的哥哥安東尼始終擁護他繼承王位有功而發放的。