成為英國哲學的創始人
1603~1609年，培根雖然寫了不少東西，留下了大量的手稿，但大多數沒有寫完，而且都未公開發表。究其原因，很可能是他為了整理自己的思想，為寫一部更全麵、更係統的著作做準備。那麼，這部新的著作應該是《論學術的進展》。
1605年，培根的《論學術的進展》一書出版了。
《論學術的進展》是一部關於知識論的著作，全書分為兩大部分。第一部分的第1~5節指出發展學術的種種障礙，破除了阻礙學術發展的錯誤觀點；第6~8節指出研究基督教和古代希臘、羅馬作家對學術的益處。
第二部分總結了人類迄今為止的知識，其第1~3節是曆史部分，包括自然史、政治史、教會史、文學史；第4節是詩歌，這節最短，培根對此沒有進行發揮，後人認為這是一大憾事；第5節至最後是哲學部分，其中包括自然哲學、醫學、心理學、邏輯、語言、修辭、倫理和治國術等。
在這部著作裏，培根批判了貶損知識的蒙昧主義，從宗教的信仰、國家的文治武功、社會的發展、個人的道德品性等方麵論證了知識的巨大功用和價值。
在中世紀，知識隻是信仰的奴仆。文藝複興運動雖然批判了鄙視知識、摧殘科學文化的蒙昧主義，但是在培根時代，這種蒙昧主義還存在各種表現，殘留的勢力依然很大。如宗教神學還堅持“知識即罪惡”的謬論。
當時，培根就認識到，要倡導科學，讓人充分認識到知識的功能與價值，就必須批判這種蒙昧主義。所以，培根在《論學術的進展》一書中，差不多以整整一卷的篇幅專門論述科學的功勞，給科學和知識以前所未有的尊崇。
培根在《論學術的進展》中說，在古代，人們曆來就把有利於人類的發明家尊奉為神，這是對人所能給予的最高榮譽。而對於那些建邦立國、推翻暴君、立法興邦者，則不過給予英雄或半神的稱號。
培根認為古人的做法是非常正確的。因為後一種人的功績有時空的限製，如同甘雨似的，雖能解除幹旱、滋潤大地，但隻能在一時一地發生效力。而前一種人的功績、效益則是永久的，遍布整個世界。
培根把科學技術的發明看作高於一切的事情，他對知識的價值和功能有這樣高的評價，是前所未有的。在當時能對知識有這樣的評價和認識，有這樣的遠見卓識，實屬可貴。這是科學觀上的一次偉大的革命。
在《論學術的進展》中，培根還提出知識對於文治武功、安邦定國具有重要意義。因為君王無論怎樣耽於情欲、乖於常規，他本人隻要有學問，就可“免於無大惡大錯，而不至敗亡國家；縱然顧問仆役默不作聲，而所學所聞就能時時耳語，加以警告”。“學問使人心和雅仁厚，易於治理；而愚昧則隻能使人粗野蠻橫，易於叛亂。”
培根認為，如果國王是哲學家，或者哲學家是國王，那麼這個國家的人民就幸福了。這裏雖然有“知識萬能論”的味道，但在權力就是一切、統治者恣意妄為的時代，提出知識對於治理國家的意義，是有其進步意義的。
培根的《論學術的進展》的另一大貢獻是提出了科學分類的原則和知識體係的新結構。培根強調，科學是一個統一的知識體係，“知識的各個部分，隻可當作全體的線索與脈絡，不可當作各不相謀的片段與個體”。因此，“要把知識的連續性與整體性永久保存起來”。
培根認為，把各種學科各自獨立起來、割裂開來，脫離其公共源泉、公共始祖，是各種學科之所以膚淺、貧瘠，出現謬誤的原因所在。
在《論學術的進展》一書中，培根還提出了新的科學分類原則。他把知識分為兩類：神所啟示的知識和人類靠自己的官能所獲得的知識。這兩類知識又可按獲得它們的不同官能分成三種，即憑記憶而產生的曆史知識、憑想象力而產生的詩歌、憑理智而產生的哲學。
神所啟示的知識指宗教史、先知的預言、寓言、教義等。這樣一來，培根就巧妙地把宗教和科學分開了。他有一句名言：“屬於信仰的東西，還給信仰。”但是，當宗教教義與科學理性發生衝突時，培根認為必須接受宗教教義，以免遭受宗教界的攻擊。
培根按照這樣的分類原則，對全部人類知識進行總結並做了一個係統的劃分，其中還提出了他認為尚欠缺的學科，從而勾畫了科學百科全書的提綱。
培根在《論學術的進展》第二卷中專門研究了曆代帝王在對待學術方麵的經驗教訓，並在此基礎上提出了自己認為最好的科學的組織管理方法。培根雖然接受“國家機構的權威至高無上說”，但是對國家權力機構壓製輿論卻十分憎惡。
在學術上，培根強調學術自由，主張應該用學術的方法而不是用行政的方法管理學術；其次，培根主張國家要對學術研究在物質上予以保證，特別是要尊重學者，提高學者的待遇。他認為學者是灌溉科學的人，要想促進科學的發展，就必須使學者“有安適的生活狀況、豐厚的生活費用”，這樣才能使學者“竭其精力，盡其一生，專心從事學術的探討和學子的培植”。