此外，培根還表示：自己從父親那裏繼承下的，就是一個天生的愛國者。
培根在給白金漢的信中，進一步辯白說：“我曉得我有兩隻幹淨的手和一顆純潔的心。同時我敢說，我有一所可供朋友或仆人居住的幹淨的住室。不過約伯本人或任何人作為最公平的法官，如果遇到有人對他們搜求罪狀，如人們對我的時候，那他們也會暫時顯得很醜惡的，特別是在一個矛頭指向高位，控訴成為時髦的時代尤甚。”
庫克及其同黨，成功地使事情朝著有利於自己的方向發展。下議院由開始討論負擔沉重的特許權問題，轉而成了一場對培根的攻擊。上院接受了對法官培根的賄賂指控。
當培根聽到這些對自己的指控時，他感到十分的震驚。他一下子就病倒了。他把秘書叫到病床前，讓他替自己起草一份遺囑，希望把“自己的靈魂最後交給上帝”，遺體“找個沒有人知道的地方掩埋”，名字“留給後代和全世界”。
雖然培根已經感到萬分氣餒，但最終結果卻遲遲不來。有人指控培根裝病，以避免麵對對他的全部指控。於是培根給上院寫了一封信，表示自己真的不是裝病。他希望議員們別帶著偏見想他，並期望得到為自己辯護的機會，有與證人們公開麵對麵對質的機會，並希望自己也能提供證人為自己正名。
另外，培根還請求議員們能仔細看一下他審查過的好幾千宗案子，看自己到底有沒有錯。一旦所有的事情都拿到光天化日之下，毫無疑問，培根就會變得清白。“我的手很幹淨，我的頭腦很平靜。”他再次告訴議員們：“我問心無愧。”
當然，把一切都光明正大地說清楚，這不是培根的敵人想要的結果。他們知道，如果給培根為自己辯護的機會，那他一定會全身而退。指控他的人深深地知道這一點。他們也不能容忍培根與他們的證人進行相互的質問，最好還是使一切都模糊不清。
如果聽憑光明正大的法官將自己所知道的一切都暴露在陽光之下，王室裏所有的弊端與腐敗就會全部呈現：浪費國庫，中飽私囊，賣官鬻爵，寵臣當道，任人唯親。
民眾都想改革，但必須有人為此付出代價。詹姆士國王和白金漢公爵開始緊張起來。因為這樣的日子一旦來到，所有人都不會有好日子過。
其實，培根明白這件事的背景和意義，所以他上奏詹姆士一世時，力求詹姆士對議會采取壓製態度。他還告誡詹姆士：“現在打擊你的大法官的人，恐怕將來也會打擊你的王冠。”不過，培根當時說這話的目的，是為了請求國王對議會的做法采取抵製的態度，幫助他渡過難關。然而，在28年之後，詹姆士一世的兒子查理一世，果然被議會送上了斷頭台。培根可謂是有先見之明了。
此時，詹姆士一世心裏也十分明白：這場鬥爭表麵是整治培根，實質是為了削弱王權。因此，詹姆士在接到培根的上奏後也曾為之奔走。他曾親自到議會去，要求議會停止對培根正在進行的處理，或者建立一個經過他挑選的包括下院12人、上院6人的委員會來處理培根的案件。不過，這些都被拒絕了。上院強調他們對罪犯審判的權威性。白金漢公爵則建議詹姆士索性解散議會，但是詹姆士未予采納。
當這一切仍然不能奏效時，詹姆士一世竟下令囚禁了此事的幕後策劃者愛德華·庫克。但即便這樣，也沒能平息彈劾培根案。
培根其實是議會與王權鬥爭中的犧牲品，是詹姆士一世的替罪羊。就接受饋贈而言，培根承認確有其事。無論是接受饋贈，還是收受賄賂，這終究是事實，尤其是對一個大法官來說，更是不能容許的。
對此，培根從三個方麵向國王、議會為自己做了辯解。他說：第一，他認為這些在英王朝算不了什麼，是當時人們習以為常、司空見慣的事。培根認為僅僅隻是這些並不能成為給他定罪的理由。第二，有些饋贈不是培根本人接受的，而是家人、仆役代他接受的。這是由於他終日既忙公務，又忙學術研究，疏於管束家人所造成的。這是他的失職之處。第三，培根認為自己沒有因為接受饋贈而“貪贓枉法”，以顛倒是非黑白的判決作為回報。
培根在《論司法》一文中曾說：
律法的神聖性，不僅體現於司法身上，而且也體現於執法者的身上。《聖經》上所說的，“從荊棘之中是采不到葡萄的”，從那些貪婪的吏役荊棘叢中也是不能結出美果來的。
每一名法官首先應當牢記羅馬十二銅表法結尾的那個警句：“使人民幸福就是最高的法律。”應當知道，一切法律如果不以這一目標為準繩，則所謂公正就不過是一句夢囈。因此就這一點而論，法官與君主和執法者負有共同的使命，他們應當攜起手來，以避免司法與政治發生矛盾。
法律與政策絕不是對立的，而是密切相關的，所羅門王的寶座前站著兩隻獅子。法官正是王座前的獅子。法官的最高職責，就是賢明地依據法律作出裁判。對於這一點，聖保羅說：“我們知道法律是好的，隻要人正確地運用它。”
培根的自我辯護是有一定道理的，因為當時行賄受賄索賄這種事，上自國王、下至一般的小官吏，十分風行。詹姆士一世自己就是一個賣官鬻爵以中飽私囊者。他曾對西班牙大使說：“如果把我這裏受過賄賂的官員都解除職務，那就沒有一個人為我的王國服務了。”
對培根來說，他的確沒有因接受饋贈而貪贓枉法，在他審理、判決的案件中，沒有發現因為接受饋贈而偏袒某個人的。所以，培根案發下台後，他所審理的案件沒有一個要求平反。
1621年4月底，培根被指控犯有28項受賄罪。所有的指控者都宣稱，他們給他送過禮。現在該是站到法庭上，對這些指控進行反擊的時候了。但是，令人難以置信的是，培根沒有這麼做。
4月21日，培根給國王寫了一封信，信中表示要將印璽交還給國王，以此來換取免於對他的起訴和判決。培根認為，在懺悔的基礎上交出國璽，這是400年來最嚴厲的懲處了。
培根將不對所有指控進行辯解，這無異於承認自己有罪。上下兩院對此驚愕不已，仿佛投下了一枚重磅炸彈。身為法官卻不為自己辯解開脫？那隻能說明一件事情：弗朗西斯·培根真的有罪。
4月22日，培根又通過查理王子，呈交給議會一封“悔過與懇求”的信。他在信中說：“現在我隻有毫無掩飾地承認，我在得悉對我的控訴的詳情後，我發現有足夠的材料使我放棄辯護，並請求各位貴族對我加以譴責和申斥。”
但是，培根同時也提醒議會：“各位貴族不要忘記，這不僅有我個人的過錯，也有時代的過錯。”為此，培根提出：“我謙恭地懇求各位貴族，以我的懺悔作為對我的判決，交出國璽作為對我的懲處，而你們則不要做任何進一步的宣判了。”
培根是在病榻上寫就這封信的，人們認為他可能活不了幾天了。