1621年4月29日，培根的信在上院宣讀後，會場上長時間地寂靜無聲。後來查理王子和白金漢公爵表示接受這一懺悔。
但是，從前埃塞克斯案的同謀舒桑頓則提出：“培根是以受賄罪被指控的，但他在認罪書中卻沒有提到受賄和對腐化行為的懺悔。這怎麼可以接受？”
1621年4月30日，當培根知道上院對自己“懺悔信”的反映後，心裏實在是難過極了。他整天茶飯不思，經過一番思想鬥爭後，晚上他又給議會寫信，承認了受賄的罪行。
當培根寫到“曾從未從訴訟的當事人手中接受過金錢”這句話時，握筆的手哆哆嗦嗦得幾乎不能下筆，好不容易寫成字句，又用筆塗抹掉了。就這樣，刪改了幾次才寫完這封“認罪書”。寫完後，他頓感筋疲力盡，長歎了一聲，便癱倒在床上。
5月1日上午，培根迷迷糊糊地從床上爬起來，他兩眼布滿了血絲，眼袋下沉，背駝腰彎，一夜之間，他居然變成了一位老態龍鍾的老人。他臉也沒顧得洗，就用嘶啞的聲音喚來仆人，讓他們把信送到議會。
1621年5月3日，除了白金漢公爵持反對意見外，上院終於通過了對培根的宣判，並正式公報如下：
1聖奧爾本斯子爵、英國大法官須付罰金及贖金40000英鎊。
2聖奧爾本斯子爵必須監禁於倫敦塔以候王命。
3在國家或聯邦中永不被雇用，不得擔任任何官職。
4不得任國會議員，不得進入宮廷範圍以內地區。
這最後一條意味著弗朗西斯·聖奧爾本斯子爵將永遠被隔絕在皇室外麵。也就是說，他將永遠不許再走近倫敦一步。這是相當殘酷的判決。作為受賄罪，這一判決簡直是太離譜了。
對此，英國哲學家羅素後來在評論培根的這段經曆時這樣寫道：
在那個年代，法律界的道德有些廢弛墮落。幾乎每個法官都接受饋贈，而且通常雙方都收。
培根獲罪本是一場黨派爭鬥中的風波，並不是因為他格外有罪。
這個案件對培根的打擊實在是太大了。當培根拿到判決書之後，沒有讀完，他就癱倒在床上，兩天水米未進。家裏人都十分焦急，請來醫生為他診治。
3天後，培根有氣無力地坐起來。他臉色蠟黃，顫顫巍巍地移步到桌前，右手哆嗦著握住筆，斷斷續續地寫了一份遺囑。
培根並沒有馬上被收押進塔樓，直至南安普敦伯爵向上院抱怨，為什麼還不將弗朗西斯關押囚禁到塔樓去？南安普敦伯爵曾一直是培根的朋友，但他一直對埃塞克斯案件中培根所扮演的角色耿耿於懷。
白金漢公爵解釋道，是國王允許延後收押的，因為培根已經有重病在身。其實，白金漢公爵與國王都明白，培根不該受到如此的審判，但政敵們一再堅持立即收押囚禁他。
對於這個判決，培根在給白金漢公爵的信裏說：“我承認這是近200年來國會所做的一次最公正的裁決。為了改革，這是合適的。”同時，培根指出：“我可以說是自尼古拉·培根以來，已更迭5任的最公正的法官。”培根的這番話是含有極大的諷刺意味的，他用這種矛盾的陳述，暗示了當時英國宮廷中賄賂風行的腐敗政治情況。
通過貶黜培根大法官，國會還在一定程度上達到了打擊王權的目的。培根案後，英王室在政府中的特權受到了衝擊，國會全麵展開了對專利權問題的討論，而在過去詹姆士一世是決不允許這樣做的。同時也樹起了國會對法庭的最高權威，審判無須與國王商議，也不容國王幹涉。
培根被關進了可怕的塔樓囚牢之中。在曆史上，培根的很多親戚都曾被關押於此。但是，4天後，培根出獄了，並被安排到威爾士王儲的一處住所歇息。王室也廢除了對他的罰款判決。法官的頭銜並沒有被剝奪，盡管他不再擔任公職，但是這一頭銜他可以使用一輩子。
後來，聽很多人說，國王經常哀歎，再也聽不到法官的進言了。“唉，要是我那位老法官在身邊就好了，什麼事情很快就能解決了。”國王陛下一有什麼解決不了的難題，就想起培根。
但是，培根仍然不能進入王宮。判決書上規定他必須保持離王宮12000米以外，還規定他不能走近倫敦最豪華的地方。沒辦法，培根隻能再次搬回鄉下的古漢堡家裏。
當培根踏上回家之路時，很多朋友和祝福者們都陪著他一路走去，這些人想以此表示相信培根的清白。當威爾士王儲看到這一場麵時，不禁說道：“這人這樣走了，他是在蔑視我們。”此言不假。
約翰·張伯倫在與卡靈頓從未間斷的通信中寫道：
今天，他走了。我聽說，他回鄉下古漢堡老家去了。但他一點兒也沒有表現出自己是灰溜溜走的，他本應該表現得很沮喪才是。他還是那個樣子，一副閑暇、幽默的樣子，一如他在位時一樣。
1621年6月4日，培根致函國王，感謝國王給了他自由；而且提出，國王在他的麻煩產生之初，曾為他的際遇掉過淚，他希望今後國王仍繼續給予他恩寵之露。他表示，活著就要為國王服務，否則就沒意義了。
同一天，培根也致函白金漢公爵，感激公爵使他獲釋。同時又提出，除非他能繼續為國王、為公爵服務，否則他的身軀雖出獄了，但精神卻仍在牢獄之中。
此時的培根，仍未放棄對政治生涯的追求，他努力謀求著政治職位。
其實，培根不僅是偉大的學者和科學家，在政治、法律活動方麵，他也有傑出的才能。他擔任大法官後，曾迅速解決了大量積存了幾十年的陳案。在西方法學界，作為法律思想家的培根至今仍受到很高的評價。在英國培養律師的葛萊公會裏，至今仍有培根的銅像。
但是，無論培根有多麼傑出的才幹，受賄一案還是終結了他的仕途，培根被逐出了官場。之後，他與妻子愛麗斯的感情也破裂了，這對培根來說是雪上加霜。
還是在受審關押期間，培根對自己一生做過深沉的自省和懺悔。其間他一度身染重病，在死亡線上掙紮。因此他寫過一篇著名的懺悔禱詞，其中有這麼一段自我評價：
仁慈的主，麵對我的無數罪孽，
我在你麵前深沉自省。
我感謝恩賜我以才能。
對這一才能，我既沒有埋沒，
也沒將它們用在可能給我帶來最大利益的場所。
遺憾的是，我經常誤用它們於不適宜的事物上。
我是人的旅途中一個迷途者，
我的靈魂對於我的肉體是陌生的！
在這一懺悔中，培根懊悔不該久久迷戀仕途。同時，他又有一種信念，上帝賦予他的作為一個學者和科學家的才能，他不曾也不會埋沒。