這三部交響曲標誌著莫紮特的三個重大飛躍，也為19世紀交響樂大師們氣魄宏大、色彩豐富的音樂語言開創了先河。同時，這三部偉大的作品不容置疑地證明了莫紮特在世界樂壇中的不朽地位。
為了繼續生活下去，也為了歸還他借一些高利貸的錢，在這之後，莫紮特強壓下痛苦的心情，以最快的速度寫出了一批又一批的舞曲。
除此之外，他還完成了幾首別人預訂的鋼琴三重奏曲，其中的G大調是這一年10月份寫成的。
它的行板樂章和變奏曲極其寧靜、澄澈，深受人們喜愛。莫紮特把這首樂曲贈給了戈特弗裏德·雅坎的妹妹巴巴拉。
在辛酸淒楚之中，莫紮特迎來了他一生中精神最煩躁、生活最悲慘的一年，也是作品最少、靈感最為枯竭的一年，即1789年。
在這期間，莫紮特常常去看望馮·斯維登男爵。
男爵因為有個很好的圖書館，莫紮特才得以熟悉巴赫和亨德爾的創作。男爵此時已經聲名大振，一直到後來貝多芬來維也納時他的名望仍然盛極一時。他居於音樂的貴族保護人之首，還是個筆鋒犀利、令人生畏的批評家。
他利用自己擔任宮廷圖書館館長的職務和對顯貴名流的影響力來扶植德國北部的音樂，那種音樂在大眾輕浮的眼光裏自然是過於死板、過於冷漠，也過於深奧了。
他在圖書館寬敞的大廳裏和自己的府宅連續演出了許多次亨德爾的清唱劇，但由於缺乏管風琴，隻好請人把這些清唱劇全都重新譜成管弦樂曲。
他聘請莫紮特改寫其中的一部分，即《阿西士與迦拉提亞》、《彌賽亞》、《聖西西利亞頌》和《亞曆山大的酒宴》。這一純技術性的改觀工作產生的最直接效果，就是它對莫紮特創作《安魂曲》的影響。
正當莫紮特為償還不清債務而情緒低落的時候，康施坦莎告訴他，她又懷孕了。這意味著那可怕的債務又得大大增加了。
莫紮特準備再一次出去尋找出路。1789年4月初，莫紮特和他以前的學生卡爾·利希諾夫斯基一起上路了，到德國中部和柏林去覲見普魯士國王弗萊德裏克·威廉。
窮困潦倒的日子
1789年4月13日，莫紮特和學生卡爾·利希諾夫斯基來到了德國薩克森州的首府德累斯頓。
這是他和妻子康施坦莎結婚7年來的第一次離別。他在外地的每一天都無時無刻不思念著妻子，每到一個地方，他都迫不及待地給妻子寫信。他在信中這樣寫道：
最親愛的寶貝妻子，我多麼盼望你的來信啊！今天是我離開你的第六天。老天爺作證，這簡直像一年！再見，親愛的，我唯一的愛人……
莫紮特愛妻子愛得也真太厲害了，這裏一方麵體現出他對妻子的深情，但另一方麵，也不難發現，莫紮特始終放心不下家裏，他是一個很顧家的人。
在德累斯頓，莫紮特覲見了薩克森的國王，他為國王演奏了自己新創的曲目，國王獎給他一個內裝100金幣的金質鼻煙盒。
幾天後，莫紮特來到了德國首都柏林。弗萊德裏克·威廉極其親切地接見了莫紮特。
他在普魯士王室重鎮波茨坦舉行了幾次演出，但由於他明顯地表示討厭國王手下的法國樂師，特別是討厭樂隊指揮迪波爾，樂隊隊員們都不喜歡他。
但是，普魯士國王弗萊德裏克·威廉是個秉公斷事的聰明人。他對莫紮特很慷慨大度，請他擔任樂隊總指揮，年薪3000泰勒爾。
這對莫紮特來說真是個天大的恩賜了，如果他答應了這個國王的要求，就意味著他欠下的一切債務都將還清，而且他終身可靠的前景也有了著落。
然而，熱愛祖國的莫紮特卻突然想起了自己的家鄉維也納，想起了他在家鄉的朋友們，以及他的嬌妻康施坦莎。他想起了她愛熱鬧、愛玩的性格，想象著如果讓她和自己一起寂寞地待在這個死板、冷清、像個兵營似的宮廷，那會是什麼滋味。
想到這些，莫紮特微微一笑，羞怯地問：“尊敬的陛下，您這是要我離開我仁慈的皇帝嗎？”
弗萊德裏克·威廉國王被深深地感動了，他親切地說：“考慮一下我的建議吧。即使你一年以後再來表示同意工作，我也會信守現在的諾言的。”
莫紮特非常感謝國王對自己的厚愛，但因為他的愛國思想，無論如何也使他難以放棄讓他失望的家鄉。
威廉國王讓莫紮特寫了6首四重奏曲，還要了6首簡單的鋼琴奏鳴曲給他的女兒，他付給莫紮特100金幣。
剛拿來這筆錢，莫紮特就借了100弗羅林給一位他“無法拒絕的朋友”。等回家時，他又和來的時候一樣一點錢也沒有了。
在柏林期間，他到萊比錫去了一趟，在那裏舉行了一次音樂會，但沒有掙到錢。因為他把大部分座位都作為贈券送掉了，沒有賣票。
莫紮特兩手空空地回家一看，妻子康施坦莎病得很厲害。她這次懷孕比前幾次的麻煩要多得多，連腿和腳都受了感染，腫得很高，疼痛難忍。沒有辦法的莫紮特隻好再次向他共濟會的兄弟普赫堡借錢了。
11月16日，莫紮特的又一個女兒出世了，不過因為康施坦莎在懷孕的時候一直生病，使這個孩子一出生便死去了。
這一年，莫紮特感到生活中的一切好像都在跟自己作對，到了嚴冬時候，他們已經窮到了不能再窮的地步了。家裏幾乎沒有了一點錢，他們每天吃飯都隻能靠街道上的一家飯館的施舍。過去，因為他們常去那裏吃飯，所以店老板實在不忍心看他們挨餓。
一天，飯店老板約瑟夫·戴納走進了他們家那間陰冷潮濕得可怕的屋子。他看見莫紮特和康施坦莎臉色煞白，嘴唇青紫，一邊放聲大笑，一邊緊緊地摟在一起，圍著屋子瘋狂地跳舞。
戴納看得目瞪口呆。莫紮特告訴他，他們凍得實在沒辦法了，想用跳舞來暖和暖和。戴納先生實在看不下去了，為他們送來了木柴。
在這種淒涼的處境下，莫紮特總算得到了他和羅倫佐正在合寫的歌劇《人皆如此》的酬金而稍微有所改善。
那是在深秋的時候，莫紮特接到了擔任官職以來第一次皇帝的一項委托，讓他譜寫一部歌劇，準備冬天上演。
這部歌劇的腳本作者仍是羅倫佐。以前羅倫佐都是挑選一個家喻戶曉的傳說，用自己的語言把它改編成文采飛揚的文學劇本，但這一次他沒有這樣做。他試著采用了一個新穎的故事，它雖然情節瑣碎，但充滿了歡快和迷人的氣氛。寫成後的這部喜歌劇妙趣橫生，格調優雅，但內容卻是平淡無奇，情節甚至到了可笑的荒唐地步。
然而，這一點根本不妨礙它作為一部喜歌劇的價值。但與羅倫佐的前幾部傑作相比，這部歌劇一直被認為是無足掛齒的。它也沒有像《唐·璜》和《費加羅的婚禮》那樣激起莫紮特的靈感。雖然脫稿後的總譜曲調十分優美、詼諧，他自己卻一直不太喜歡它。
這部歌劇在1790年1月底時上演，演出獲得了巨大的成功。莫紮特的生活又一次有了轉機。
然而，大家還沒有高興得太久，這部歌劇上演後的2月20日，約瑟夫皇帝去世了。他的去世不光引起了政治上的變動，還使小小的宮廷音樂界陷入了一片混亂狀態。
約瑟夫的繼任者、他的弟弟利奧波德二世，是一個眼光狹窄的庸人和懦夫。他不懂音樂，也絲毫不關心音樂。他整治了每一個曾經受到過約瑟夫青睞的人，甚至包括莫紮特的死對頭薩裏埃利。
許多音樂家紛紛離開維也納，不久，連莫紮特的好朋友羅倫佐也離開了。
莫紮特對這一切都感到迷惑不解，心裏非常不安。現在他該怎麼辦呢？他已經沒有別的路可走了，為了掙一點現錢，他又不得不擱下難寫的四重奏，去寫一首首普通的歌曲和鋼琴奏鳴曲。
康施坦莎又病了，莫紮特不得不再一次搬家。
莫紮特一直在注視著維也納音樂界的情況和皇帝的動向。利奧波德將於9月份到法蘭克福去加冕，就任神聖羅馬帝國的皇帝。
莫紮特靈機一動，決定到那裏去參加慶典。他帶上了小提琴家的妹夫霍費爾同行，把銀餐盤和康施坦莎的幾件小首飾拿去典當了，得來的錢充作旅費。
在法蘭克福，他們舉行了一次音樂會，但掙的錢連支付旅費都不夠。宮廷對他的到來置若罔聞。他演奏了他自己的許多作品，其中有一首D大調鋼琴協奏曲。這首曲子因此而得名為《加冕協奏曲》。
11月10日，他回到家裏，又見到了康施坦莎，心裏不禁湧起了一陣狂喜的感情。他緊緊地依偎在她的身邊，用狂熱的愛情來消除腦子裏的負擔和心上的包袱。這樣一來，不到一個月，她又懷孕了。
12月底，由於生計所迫，莫紮特開始進行一種新的音樂創作，即為掛鍾裏麵的風琴譜寫柔板和快板。後來，又為一架小型的手搖風琴寫了一首行板和一首華爾茲舞曲，為一架奏樂掛鍾寫了一首幻想曲。
這些曲子都是為音樂玩具而寫的，而在許多人眼裏，叮叮咚咚的音樂玩具是18世紀奢華講究的生活趣味的典型反映。然而有誰知道，這是一個音樂大師因為生活所迫而不得不作的曲子呢？
《魔笛》再獲盛譽
1791年，這已經是莫紮特生活中的第三十五個年頭了，在這一年，他的創作能力又奇跡般地得到了恢複。
一天，莫紮特偶然遇到了一個叫席卡奈德爾的人。此人是10年前在薩爾茨堡相識的，他當時是一個巡遊劇團的經理人，正在維也納城邊經營一家私人劇院。
席卡奈德爾提出要莫紮特與他合作一部新歌劇，否則他的維登劇院就要關門了。莫紮特則考慮到席卡奈德爾是共濟會的會員，是自己的兄弟，兄弟有難，理當相助，於是兩人一拍即合。
這部歌劇的腳本由席卡奈德爾來寫，他打算寫一部神話歌劇，後來命名為《魔笛》。這部歌劇主要講述一位埃及王子被巨蛇追趕，逃到了一個叫“夜後”的國度。他在夜後嬪妃送給他的魔笛的幫助下，曆盡艱險，找到了夜後的公主，他們相愛了。經過各種考驗後，這對情人攜手走進了大司祭的廟宇，光明戰勝了黑暗。
席卡奈德爾的這個劇本對當時的莫紮特來說有著不可抗拒的誘惑力，因為它帶來了實現他在音樂上最心愛的願望的機會，即創作一部真正的德國歌劇。
由於席卡奈德爾已經到了破產的邊緣，他連預付款都拿不出來，於是莫紮特和他商定，他支付總譜原稿的報酬再少也沒關係，條件是全部總譜抄本都歸莫紮特所有。如果歌劇獲得成功，他就把這些抄本賣給任何一家前來索取劇本的劇院，以此來補償欠款。
結果似乎是不言自明的：席卡奈德爾最後隻付給莫紮特100個金幣，卻把總譜和所有抄本都扣下了。他靠著《魔笛》的成功連續好幾年大賺其錢，而莫紮特一家卻一直在和債主們打交道。
為了保證莫紮特盡快地創作完歌劇總譜，席卡奈德爾讓莫紮特住到離劇院不遠的一座小涼亭裏去工作。聽起來這是關心莫紮特，實際上是席卡奈德爾控製莫紮特的一種手段。不過，當這部歌劇出名時，這個涼亭也成了人們流連忘返的“魔笛涼亭”。
在這期間，莫紮特的妻子康施坦莎因為生病又到巴登療養去了，她把兒子卡爾也帶走了，莫紮特便可以專心在小涼亭裏創作。
由於席卡奈德爾老追著莫紮特要歌劇，他沒有時間到巴登為康施坦莎辦一些小事。她又要生了，莫紮特感到很焦急。幸虧在這年年初時，他收了一個名叫弗蘭茨·克薩韋爾·居斯邁爾的年輕人跟他學作曲，這位年輕人可以利用業餘時間來為他跑跑腿。