後來，這個青年人成了莫紮特的真傳弟子。7月26日，莫紮特在他的小兒子降生之前及時趕到了巴登。這孩子取名弗蘭茨·克薩韋爾·沃爾夫岡。莫紮特夫婦共生了6個孩子，隻活下來這個兒子和卡爾。
1791年9月30日，《魔笛》在維登劇院首次公演。
在公演前，劇院經理已把海報貼到劇院門前最醒目的地方。席卡奈德爾在海報中有意突出了莫紮特宮廷作曲家的身份，借此來抬高一下自己。
劇院經理的廣告，對於招徠觀眾，收效甚大。《魔笛》首演的那天，維也納人或乘車或步行，絡繹不絕地湧向位於郊區的維登劇院，一些達官貴人也不惜屈尊來到這裏。
劇院大廳裏熙熙攘攘，有穿著華貴的貴族顯宦，有衣冠楚楚的文人雅士，也有渾身珠光寶氣的貴婦名媛，但更多的是粗衣布衫的普通市民。人們對這位年輕作曲家的這部獨具風格的新作，懷著極大的興趣，焦急地等待著歌劇的開演。
帷幕拉開，觀眾為莫紮特抱病前來，親臨現場指揮演出而熱情歡呼，掌聲經久不息。
劇情隨著樂曲而展開。優美的、扣人心弦的、精彩無比的旋律，連同那奇異的、撲朔迷離、夢幻般的劇情，把人們帶入一個絢麗多彩的音樂世界，給人以莫大的美的享受，並激起人們無限美妙的遐想。《魔笛》演出的布景、道具也華麗別致，使觀眾大飽眼福。
終場，台上的布景顯現出星光閃爍的夜空。突然，電閃雷鳴，震得夜女王渾身顫抖，這個要與薩拉斯托羅和全人類為敵的黑暗勢力的代表，終於在雷鳴聲中跌入黑暗的深淵。
雨過天晴，一輪紅日冉冉升起，象征光明的薩拉斯托羅周身祥光萬道，在埃及祭師們的簇擁下走上舞台，他以洪亮的、鏗鏘有力的聲音唱道：“陽光驅散了黑暗，消滅了鬼王的魔力。”
接著是眾祭師合唱：“光榮屬於你們，偉大的神聖！你們驅除了黑暗，你們威力無比，美和光明永存！”
這些富有煽動性的聲音，幾乎成了舞台上的又一次“暴動”。全劇演出產生了極為強烈的戲劇效果。
此時，全場起立，掌聲雷動，觀眾情緒異常亢奮高聲呼喊：“大師萬歲！”“莫紮特萬歲！”歡呼聲響徹大廳。
《魔笛》轟動了全維也納，每天晚上，維登劇院前人來人往，摩肩接踵，車水馬龍，熱鬧非常。場場演出都贏得觀眾長時間的掌聲和歡呼聲。人們談論的中心話題是《魔笛》，嘴裏哼的是《魔笛》中的樂曲。就這樣，到第二年11月3日演滿了100場。
《魔笛》是莫紮特歌劇創作中的重要代表作，也是奧地利民族歌劇發展的重要裏程碑。《魔笛》的成功使席卡奈德爾幹癟的衣袋又鼓得裝不下了，席卡奈德爾咧著嘴笑，而臉色蒼白的莫紮特卻病倒了。人們絕對不會想到，《魔笛》竟是莫紮特去世前上演的最後一部大型歌劇。
在安魂曲中長眠
莫紮特在寫作《魔笛》的過程中，去了一趟 妻子康施坦莎療養的地方巴登。當他從那裏返回來的時候，他又將全身心投入到《魔笛》的創作中。
一天，一個高個子跨進了莫紮特的屋子。這是個素昧平生的陌生人，身材瘦弱，神情莊重，從頭到腳都穿著一身深灰色服裝。他交給莫紮特一封信，然後就走了。莫紮特拆開信，信末尾沒有落款。
這封信開頭以通常的恭維口氣提到了偉大的樂隊指揮莫紮特的成就，表達了寄信人對他的深切仰慕。接著信中要求莫紮特創作一首安魂彌撒曲，時間要快，而且不準打聽是誰要的；酬金由莫紮特提出。
莫紮特和那個高個子、灰衣服的陌生人取得了聯係。他提出的酬金是50個金幣。由於《魔笛》尚未完成，莫紮特無法確定交稿日期。
那個陌生人很快又出現了，付給莫紮特50個金幣，同時告訴他，條件很令人滿意，總譜完成之後將另外付給他一筆報酬；對於音樂的風格和內容沒有任何限製。
然後，他用灰色的眼睛冷冷地盯著莫紮特，重申了不準打聽委托人的禁令。說完，他就消失了。
莫紮特如同做了一場噩夢，從心底裏產生一種無名的恐懼。他全身一陣緊張，目光呆滯，六神無主。自那天以後，他常常一個人坐在家裏，目光盯著一處久久不動，先前那個樂觀、快活、自信的作曲家不見了。他似乎完全變成了另外一個人。
他的心，被恐懼、痛苦吞噬著。他預感到這是為自己寫安魂曲，死神正向自己走來。此時的莫紮特不僅疾病纏身，精神也徹底崩潰了。
莫紮特當然不可能知道，這黑衣人原來是維也納瓦爾澤格伯爵的仆人。這位愛虛榮的伯爵常常隱名埋姓，用優厚的報酬去訂購那些陷於貧困的名作曲家的作品，據為己有。
這次，他打算把這首安魂曲說成是自己所作，獻給新近去世的妻子。那個穿一身灰衣服的高個子是他的管家萊特格布。
不過，即使當場把這一切都告訴莫紮特，他也不會相信的。在他的眼裏，那個人的來訪是一次神秘的經曆，仿佛是虛幻之中發生的一件事情。隻有這種印象才能使他的思想進入那樣超凡脫俗的境界，才能激發出他構思這首安魂曲的靈感。
然而，他剛要動手創作，又被一件惱人的意外事情打斷了。
皇帝利奧波德二世將於9月初被加冕為波希米亞國王，布拉格的全國國民議會來函委托莫紮特創作一部慶典歌劇。
這次，布拉格又表現出對他始終如一的態度，這和維也納的冷漠相待正好形成了對照。莫紮特不忍心拒絕。但當他聽說他們要求他為麥塔斯塔西奧的腳本 《狄托王之仁慈》寫一部新的總譜時，他又後悔自己當時沒有拒絕了。
這個腳本寫得死板、枯燥。劇情是關於羅馬皇帝狄托的仁政。它是一部意大利悲劇，故事發生在莫紮特幼年逗留在那不勒斯的那個時期。但事情已經無可挽回了。
他於8月中旬準備動身去布拉格。莫紮特剛要跨進馬車的時候，忽然停住了腳，渾身一顫。那個穿灰衣服的陌生人站在麵前。
莫紮特吃了一驚，為他解釋說：“我去寫一部歌劇，這是為皇帝寫的，很快就會回來。”
灰衣人鞠了一躬，轉身走了。
莫紮特臉色蒼白地爬進馬車，無力地倒在靠墊上。康施坦莎望著他，心裏一驚，但不完全明白到底是怎麼回事。
莫紮特把居斯邁爾也帶上了，讓他幫著為這部歌劇配一點管弦樂和一些宣敘調。莫紮特對《魔笛》仍然記憶猶新，而這部歌劇和《魔笛》相比差遠了，這使他很惱火。
全劇必須在18天內寫完並搬上舞台，因此他們忙得頭昏腦漲，神經也緊張到了極點。但《狄托王之仁慈》一劇演出失敗了。莫紮特的一些忠實的老朋友們堅持說這是一部好歌劇，一部非常精彩的歌劇。但莫紮特知道得比他們清楚，他是出於無奈而不得不寫的。
首場公演時，他觸景生情，不禁潸然淚下。那座金碧輝煌的歌劇院引起他親切、自豪的回憶的地方實在太多了。
9月中旬，莫紮特從布拉格回到維也納。《魔笛》完成後，莫紮特生活的意義都集中到這幾個細小而可怕的問題上了：那個灰衣人；生活中的痛苦；死亡之歌；死。他在精神與病痛的雙重折磨下，在生命垂危之際，嘔盡了最後一份心血在趕寫著《安魂曲》。
《安魂曲》不像《魔笛》那樣，在人們麵前展示的是一幅奇異的、童話般的世界，而是一曲特殊形式的，在更深層次上的關於心靈的對話；或者說是包含著作者本人極其複雜情感的，對於社會人生的一種追思。《安魂曲》是悲劇性的，這是他坎坷一生的心曲，是他靈感的最後閃光；同時也是一個偉大的人道主義者靈魂的升華。
康施坦莎在《魔笛》首演後又去巴登了。莫紮特嘔盡最後一份心血，天天譜寫《安魂曲》。他生命的最後幾個星期卻是在空無一人的家裏孤零零地度過的。
康施坦莎11月底回到家裏。她一進屋就發現莫紮特那蒼白的臉瘦得不成樣子，大腦袋上的骨頭都明顯地突了出來，尤其是那深陷的眼眶和長鼻子。
看見他瘦成這副樣子，她嚇了一跳，驚叫地說：“親愛的，你這是怎麼啦？”她抱起了丈夫的頭。她忽然發現，那雙眼睛裏有一種她不願看到的神色。
莫紮特自己也不知道從什麼時候起，心裏陷入了迷亂，隻是覺得遠遠地聽到了妻子的驚叫聲。他睜開眼睛，看著神色慌亂的妻子，安慰她說：“哦，我沒什麼，沒什麼。”
康施坦莎好奇地問：“你在想什麼？”
莫紮特的眼神變溫柔了，拿起了她的手，輕聲回答：“康施坦莎，親愛的，我在考慮死。”
妻子渾身一震，突然，她抓起桌上那張五線譜紙，狠命地撕起來，大聲地說道：“不行，不行，我不讓你寫這個，我不讓你寫這個！”她撲過去，抱住丈夫痛哭起來。
“別傷心，親愛的。”莫紮特深情地望著自己的妻子，“死亡並不可怕，它是人類最終的歸宿，也是最高的追求。死是完美的。”
聽了這些近乎瘋語又富於哲理的話，妻子茫然地看著丈夫。而莫紮特始終也沒把灰衣人的事說出來。
11月21日，莫紮特病情嚴重了，手腳腫大，渾身發燒，隻能躺在床上。朋友們開始來看他。席卡奈德爾劇院裏的人們商量了一下，決定每天下午都來人陪莫紮特。他現在隻對音樂還有興趣，別的什麼都不想談。
居斯邁爾在床邊放了一把椅子，說什麼也不願離開。莫紮特心裏十分感激居斯邁爾。他病得不能寫了，但他還能指導居斯邁爾寫總譜，教他管弦樂法。
床上到處都攤著《安魂曲》的樂譜。每天下午陪伴的人來了以後，席卡奈德爾劇院的沙克、霍費爾、格爾和莫紮特就一起演唱已經基本寫完的部分，居斯邁爾在早已搬進了臥室的鋼琴上彈伴奏。
康施坦莎的身體也垮了下來，醫生在給她治療。要不是她妹妹索菲每天都來幫助看護，她真是一籌莫展了。
臥床一個星期以後，莫紮特的病情變得非常嚴重，實際上是部分癱瘓了。晚上他往往痛得非常厲害。白天一整天他都很平靜、安詳，很少說話，最多隻談談他的創作，或者安慰替他擔心的人。他覺得自己很快就要去見他失去的那些朋友了，對此他的心裏十分滿足。
12月4日，星期日。前來看望莫紮特的人們，圍坐在他的床邊。莫紮特把寫好的《安魂曲》的前兩章遞給朋友們，請他們唱。
朋友們唱得很輕，很輕。他們知道莫紮特的身體已經非常虛弱了，不能再讓他受到任何刺激，不管是歡樂的，還是悲傷的。莊嚴的彌撒曲像一首挽歌，飄過人們的心頭，向窗外廣闊的天宇飛去。小調旋律漸漸地上升到了高潮，他那平靜的表情和低垂的眼睛突然一變，換上了明顯的痛苦神色，眼淚奪眶而出。
傍晚時分，索菲來了，莫紮特的臉上浮現出一絲笑容，對索菲說：“死亡的味道已經在我的舌尖了，我在品嚐死亡。如果你不來陪我親愛的康施坦莎，還有誰會來幫助她呢？”
淩晨1點，莫紮特走完了他短暫的一生。這一年他尚不滿36歲。 《安魂曲》成了他未完成的遺作。
莫紮特在他短暫的一生裏所取得的輝煌成就，標誌著18世紀音樂文化的最高水平，具有劃時代的偉大意義，並且為後來的藝術家開辟了一條新的道路。如果不是他的早逝，這個世界上將會有更多一些的音樂藝術珍品。
安息吧，莫紮特！全世界人民永遠懷念你！