諾瓦拉研究的主要是月球理論。月亮高高掛在天空，時而像圓盤，時而又像一把鐮刀，為什麼月亮會有這種變化呢？
托勒密對於這個現象作了一個很複雜的解釋。根據地球是宇宙中心的理論，他運用了一套很複雜的公式，給月球套上了一條古怪的規律，說是上下弦月的月亮離地球的距離，比滿月短一半。
可是這個理論根本就說不通，因為如果上下弦月離地球近，滿月離地球遠的話，那麼，上下弦月就應該比滿月還要顯得大才對！
於是，後來有人維護地心說，又提出了另外一個解釋，那就是月亮時而膨脹，時而收縮，滿月是膨脹的結果，新月是收縮的結果。
這個結論自然也是荒謬的，可在當時卻為人們普遍接受。
“哈哈，你從托勒密的說法推論出多麼荒謬的結論。了不起啊，年輕人！”諾瓦拉推著哥白尼挺拔的身體，哈哈大笑了起來。他的眼眸裏閃動著興奮的光芒。
“我們能不能找出證據來，證明托勒密的月球理論是不正確的呢？”哥白尼發出了動議。
“德國的天文學家約翰·馬勒曾在他的《天文集評述》一書中提出托勒密的月球理論是不可靠的，但他說得不夠詳盡。”
“我在克拉科夫大學的老師沃伊切赫教授也認為托勒密關於月亮運行軌道的描寫是不對的。但是他同樣沒有用真憑實據去駁倒托勒密。”
“那麼，我們一起來做吧，哥白尼！”
諾瓦拉抓住哥白尼的手激動地握了握。
1497年3月9日，機會來了。哥白尼和諾瓦拉經過反複運算，預測這天晚上月亮將要和金牛星座的一顆很亮的星畢宿五會合。
按照理論，今天晚上的月亮會用它殘缺的陰影部分，將畢宿五遮蓋起來。如果這件事情真的發生，那麼就可以證明月亮的大小並沒有改變。
這可是觀察月亮的好機會。他們準備好各種天文儀器，等待著這個激動人心的時刻。
“要是遇上一個陰天，那就壞了。”哥白尼瘦削的麵龐上流露出擔心的神色。
“我從曆年的氣象記錄和近幾天的觀察看，這一天大概是晴天。”諾瓦拉的眼睛裏閃動著樂觀的神采說道。
這一天終於等來了。
吃過晚飯諾瓦拉就興致勃勃地約了哥白尼一起來到聖約翰教堂的塔樓上。這裏居高臨下，眼界開闊，是觀測天上地下的好地方。
夜幕漸漸地降臨了，滿天星鬥也展現在藍燦燦的天幕上，有的閃爍眨眼，有的微笑晃動，花草樹木淡淡的芳香從四周飄來，似乎在向關心它們的兩位崇高的學者致意。
“那稍帶紅暈的星就是‘畢宿五’，上弦月在它的左邊。你看，月亮在向著它慢慢地靠攏，是不是？”
諾瓦拉從天文觀測儀前讓開，哥白尼急不可耐地蹲下來，仰著頭，眯著眼，注視著無垠的太空。他熟練地找到了“畢宿五”星，他感到自己的心在怦怦跳動，連移動儀器的手也在略微地抖動。他鎮定了一下自己，舒出口氣來。
哥白尼和諾瓦拉俯瞰著腳下的博洛尼亞城，大地沉睡了，隻有幾棟建築物上透出稀稀拉拉的燈光。
人們都已經進入了夢鄉，隻有他們兩個，一點兒睡意也沒有，正懷著熱切的希望，觀望著夜晚那似乎比大地輝煌的長空，等待那星月相渡的美妙的一瞬。
時間飛快地過去，哥白尼緊張地觀看著月亮與畢宿五的接近。突然，奇跡發生了，當月亮與畢宿五並未碰到，它們之間還有一條縫隙時，畢宿五突然從太空中消失了。
哥白尼使勁地揉揉自己的眼睛，再一次仔細地觀察，但是在天空中再也找不到那顆明亮的星星了。
畢宿五真的消失了！
畢宿五消失的地方，不是半邊月亮的後麵，而是在它另一邊的後麵。
什麼東西遮住了畢宿五，結論是很清楚的，遮住畢宿五的隻能是月亮。
月亮雖然有陰晴圓缺，但是它的大小還是一樣的。新月時，月亮的體積並未變小，隻不過有一部分人們在地球的某處無法看到。
觀測結束了，但是哥白尼和諾瓦拉教授的工作卻才剛剛開始。他們連夜計算，將觀測到的數據進行演算，精確地測定了畢宿五隱沒的時間，用計算證實了他們的推測。
天空露出了魚肚白，一縷曙光從地平線上升起，晨曦像往日一樣透過教堂的彩色玻璃照射到他們一遝遝的計算草稿上，他們終於算完了最後的一個數字。
月球距離地球的遠近，在盈虧或者滿月的時候都是一樣的，月亮的大小並沒有發生實質性的變化。
也就是說，托勒密的學說是錯誤的！
“孩子，我們成功了！我們成功了！”
諾瓦拉教授的臉上滿是皺紋，連夜的推算讓這位上了年紀的老人看上去十分疲倦，但是在精神上他卻是十分的興奮。
諾瓦拉與哥白尼緊緊地擁抱在了一起，為見證這個曆史性的時刻而歡呼。雖然這個時候沒有第三個人知道他們的驚人發現，但是這已經足夠證明托勒密的學說是不正確的。
這次對畢宿五的觀察，是哥白尼一生中最早的天文實測記錄，後來他把這次觀察寫進了他的著作《天體運行論》。
這是一千三百多年以來托勒密的教條遇到的第一次真正的挑戰，也是年輕的哥白尼第一次打敗了統治歐洲13個世紀之久的托勒密。
哥白尼從托勒密的月球理論的錯誤打開了“缺口”，他今後將要做的是進一步推翻托勒密的整個“地球中心說”的宇宙體係了。
通過這一次觀察，哥白尼同諾瓦拉的關係由師生很快變成了朋友和助手，他們多次談論過太陽中心的問題。
1497年，哥哥安傑伊也來到了博洛尼亞大學留學，兄弟倆在博洛尼亞度過了3年，時間一晃，就到了第四個年頭。
而這個時候，舅舅似乎對兄弟倆的前途又有了新的安排。他給哥白尼兄弟送去了一筆相當可觀的錢款。
然而，當哥白尼兄弟得知這筆錢不是他們繼續學習的費用，而是他們返回弗龍堡神甫會的路費時，他們的驚訝和失望可想而知。他們忐忑不安地踏上了返回祖國的旅途。前往帕多瓦學醫
1501年7月，弗龍堡神甫會突然間召回了哥白尼兄弟倆，很有可能是教會為了檢查他們兩兄弟的學習情況。28日，兄弟倆抵達波蘭，回到了久違的舅舅家中。
平日裏神色嚴峻的主教舅舅，見到兩個疼愛的外甥從遠方歸來，也不禁綻開了笑臉，張開寬宏的臂膀擁抱他們。他們似乎又回到了童年。
“孩子們，歡迎回家！”
“舅舅，我們好想念您。”
分別4年，兩個外甥看到舅舅額頭眼尾的皺紋深了，心頭不由得有些酸楚。
哥白尼兄弟回到了家裏，先是去拜祭了一下父母，然後在家裏休整了幾天。
幾天後，在客廳裏，舅舅和哥白尼進行了一次嚴肅的談話。
“哥白尼，你怎麼回事，你去意大利幾年了，怎麼連宗教法典的博士學位都沒有得到？”舅舅的語氣中明顯帶有責怪的意味。
要知道，對哥白尼，舅舅是格外看重的。但是這個聰明的孩子在意大利留學4年竟然連個法律的博士學位都沒有拿到，這讓一心培養他的瓦茲羅德十分生氣。
“這……”哥白尼有些局促，不知如何回答。
舅舅依然鄭重其事地教誨道：“哥白尼，我很了解你，你的興趣在天文學方麵，多用一些工夫鑽研它是可以的。但是，你知道，是教會給了你假期和津貼，希望你研究宗教法典。你是要為國家去學習法律的，你這樣的成績，如何對得起教會對你的栽培？”
“舅舅，我知道。可是，人類也需要進步，需要科學。我是為報效祖國和造福人類而學習的。如果教會方麵因此對我不滿，我也不會後悔。”哥白尼抬起頭來，看著舅舅，同樣嚴肅地一板一眼回答。
“那麼，你決定在什麼時候接任教職？”
“假如您允許的話，我希望再給我幾年時間。”哥白尼婉轉的話語中，流露出執拗的決心。
“唉，你這個倔強的孩子，同我年輕時的脾氣幾乎一模一樣。來，現在我雖然是主教，可多少年來我常常感到自己對祖國和人類的貢獻太微不足道了。也許你將來比我做得好一些。人各有誌，不能強勉。就按你的意願行事吧！”
舅舅搖了搖外甥堅實的肩膀，無奈中又透出幾分讚許。
“我將一輩子感謝您，親愛的舅舅！”哥白尼像小時候那樣動情地，撲到舅舅的懷裏，眼裏閃動著淚花說道。
經神甫會研究，認為安傑伊適於繼續學習，於是為他延長了用於學習的休假時間。
而哥白尼，似乎又一次得到了舅舅的幫忙，也得到神甫會許可，再去學習兩年醫學。但有一個條件，那就是學完後要擔任主教和弗龍堡神甫會神甫的專職醫生。
“行！為舅舅和教會服務，是我天經地義的職責。”哥白尼點頭應允。
安傑伊更是喜出望外。
哥白尼在國內短暫逗留以後，又踏上了他熟悉的通向意大利的道路。他必須趕在大學開學之前到達意大利。
要學醫，本來在國內到克拉科夫去也行，但哥白尼十分熱愛充滿陽光的意大利和意大利的文化，他喜歡從人文主義的發源地獲取知識。
哥白尼選擇了當時歐洲最有名的帕多瓦大學就讀，許多著名醫學專家在這所大學任教。
法國蒙彼埃大學從13世紀在歐洲也享有類似的聲望，但當時學醫學的學生大多還是向往人文主義的故鄉，到意大利去。
哥白尼兄弟倆相互做伴幾年之後，此次到意大利開始分手，哥白尼前往帕多瓦，而安傑伊則直奔羅馬。
帕多瓦大學創建於13世紀，比博洛尼亞大學稍晚一些。
帕多瓦屬意大利的威尼斯共和國，當時的威尼斯共和國經濟繁榮、政治穩定，連生意人也有獻身藝術的可能。
帕多瓦大學相對自由的學術空氣與其所在的威尼斯的環境有關。有人曾這樣描述當時的威尼斯：
16世紀的意大利，威尼斯走上了與意大利其他地方完全不同的道路，它作為一個共和國生存了下來。
無論從哪一方麵看，它都與眾不同。
當各地淹沒在纖巧浮華的巴洛克式建築中的時候，威尼斯的建築顯得莊嚴大方，優美而樸實。
威尼斯的畫家追求具有一體的肉體美和生命的活力，這使他們長久地把文藝複興時期羅馬抽象的高雅風格拒之門外。
在整個15世紀，威尼斯如同那些到17世紀才被統一起來的省份一樣，是各種各樣流亡者的避難所。
從這裏，我們可以明顯地看到15世紀初，佛羅倫薩所遺留下來的文化同政治上的自由相互融合在一起的痕跡。
意大利在中世紀處於分裂狀態，外國入侵威尼斯，威尼斯也同佛羅倫薩一樣，奮起反抗，保衛意大利的自由，這也是威尼斯同佛羅倫薩的一個相似之處。
與當時的許多世界著名大學一樣，帕多瓦大學也十分重視對亞裏士多德著作的解讀。
而從當時的情形來看，進入歐洲國家的不止是一個亞裏士多德，相反，至少有兩個亞裏士多德，或者更多的亞裏士多德。
而這當中，有一個是原始的亞裏士多德，而一個則是被修飾後的亞裏士多德。
曾經有人說過，1000個人的心中，就有1000個哈姆雷特。同樣的，每個人，或者說是每個評注者的心中都有一個自己的亞裏士多德。
在大量的分析亞裏士多德的作品中，顯示出了兩種文化傾向，一種致力於把亞裏士多德同《聖經》互相統一起來。另一種發現並承認了兩者之間存在的某些矛盾，他們準備同時遵奉亞裏士多德學說和《聖經》。
大概正是如此細致的解讀、大膽的質疑，才有了後來哥白尼對亞裏士多德物理學的顛覆以及“日心學”。
帕多瓦大學的醫學和法學在當時的歐洲是最有名的，但是奇怪的是，它雖然以醫學聞名於世，卻沒有單獨的醫學係。
因為醫學關係到人的生命和健康，所以在人文係中設立了這個專業。
人文學係的係主任龐波尼烏斯是一個思想很解放的人文主義者。他寫了一本很有名的書，書名為《論靈魂的不朽性》。
在書中龐波尼烏斯大膽地提出，應該允許學者研究宗教教義，他們應該有這個權利。
當時在思想上，教會占據著至高無上的地位，教會采取的是順之者昌、逆之者亡的專製政策。
1496年，早在博洛尼亞大學學習期間，哥白尼就聽人詳細說過教會把薩沃納羅拉吊死又把他的屍體焚毀的情景，因為教會說他宣傳異端邪說。
可是思想解放是大勢所趨，是一種不可逆轉的時代潮流，任憑教會怎麼阻止也是無法阻擋這股新興勢力引發的曆史潮流的。
龐波尼烏斯便是一個大膽的學者，他否定宗教教義的權威性，在他看來宗教教義和其他事物一樣也是可以懷疑、判斷甚至否定的。
由於係主任的提倡，整個人文學係彌漫著一種自由、大膽、富有探索性的學術氣氛。置身於這種環境之中，哥白尼得以更大膽地創立和發展自己的學術理論。
開出的可笑藥方
帕多瓦大學，隻是在人文學係中有一個醫學專業，因此，哥白尼必須在人文學係注冊登記。
天文學和醫學在當時人們的眼中是姐妹學科，一則因為那時的學問劃分沒有現在這麼細致；再則中世紀有一種神秘的論調，將人體的器官和宇宙的天體對照來看待。
和中國古代一樣，他們也有“人身是一小天地”的說法。從當時流傳下來的書中還可以看見人體各器官與黃道十二宮對照的圖畫。例如，以雄羊宮配頭、以雙魚宮配足之類。
哥白尼把學習天文學同醫學結合了起來。他不光學診斷內科病，還學習解剖，做外科手術。
本來教會法規規定，神職人員都不搞外科，但哥白尼是低級神職人員，所以，教會法規對他的要求比較寬鬆。
在中世紀經院哲學和宗教神學非常霸道，人們把生病看做是上帝的懲罰。一旦生了病，不去找醫生，而是向神祈禱，請求神的寬恕。
中世紀的醫學包含有許多神秘的魔法和巫術，而它依靠的首先是宗教的威望。同人文科學相比，當時的醫學是落後的，這在很大程度上是輕視塵世生活造成的。
古代醫師蓋倫和希波克拉底是醫學界所尊崇的最高權威。許多世紀以來，以教會權威為支柱的醫學教學一直是以蓋倫和希波克拉底的著作為基礎的。
因此，在中世紀的大學裏常常可以看到這樣的一幕：教師拿著蓋倫的著作朗讀，而助手則進行著示範。
對於中世紀的醫學教師們而言，重要的不是人體本身情形如何，而是它要符合並支持蓋倫的醫學。
盡管如此，一些非正式的科學研究工作像一股暗流一樣，一直在悄悄湧動。這種與實踐相結合的科學研究，豐富了人們的醫學知識，糾正了許多錯誤的觀點。
帕多瓦大學每年進行一次人體解剖示範，借以講解蓋倫的理論。解剖課在專門的解剖樓進行。
解剖樓由幾名貧窮的學生管理，他們通過這種辦法掙錢維持自己的生活和學習。
醫學專業的學生都要出錢，用作維護這座解剖樓的費用。
大學校長有義務在每年的2月份以前，按時向解剖樓提供男屍和女屍。
荷蘭著名大畫家倫勃朗的畫出色地展示了學生上解剖課的情景。大學生在入學以後的第三學期，也就是獲得足夠的理論知識以後，才能上解剖課。
屍體解剖由專門的外科醫生進行，一名普通教授在旁邊朗讀解剖教科書上的課文，而另一名高級教授負責講解課文。
該時期雕塑和繪畫藝術的飛躍發展也明顯提高了人們對醫學的興趣。對人體的興趣促使人們著手研究人體構造。
搞屍體解剖的除醫生外，還有畫家。譬如萊奧納爾多·達·芬奇就畫了人體各個部分的解剖圖形和許多動物的解剖圖形。
看著人體的血管、肌肉、器官，哥白尼看到了人體構造的實物，也引起了他對醫學的濃厚興趣，但是比起天文學的興趣，那可就差之萬裏了。
哥白尼從1501年進入帕多瓦大學就讀。在這裏，他廣泛地閱讀幾個世紀以前的和當代的醫學著作，並且把書本上學到的知識同自己在醫院的觀察進行了認真的比較。
按照當時學校的規定，醫學生必須在醫院裏實習一段時間，實踐課考試才能及格。
哥白尼學醫學同他研究天文學采取的是同一方法，即把書本知識與他從實際觀察中得來的知識加以對照。這樣，哥白尼不但能夠把書本知識學得非常紮實，而且還可以使自己不為錯誤觀點所束縛，在學習的過程中可以批判舊觀點。
從保存下來的哥白尼用過的課本來看，讀書時代的哥白尼是一個頗為認真的好學生。
哥白尼在天文學上有創建性的見地，在醫學上卻沒有超過時代的局限，盡管有些人說他在醫學領域也有很大的成就。
在保存下來的哥白尼的課本中，還留有哥白尼寫下的不少批注，記錄了他當時的一些意見和看法，其中不乏笑料。
例如那上麵記錄著這樣一些處方：“用果樹樹脂在啤酒中燒開三次，然後在吃飯時喝下，有助於治療痛風。”
哥白尼開始也不會篩選藥方，隻是一味地接受，通過實踐才對一些藥方進行比較鑒別，進而得出了自己的結論。
哥白尼在醫學書的白邊上記下的話，不光有各種有趣的醫學知識和其他各方麵情況，也有他本人的批評和看法。
哥白尼曾這樣寫道：“這要麼是假的，要麼是從未有過的事，所以不能相信它是對的。”
研讀古典天文著作
在哥白尼生活的時代，醫學與占星術、天文學的關係都很密切，很多藥物的使用是要按天空中行星的位置來確定的。因此在帕多瓦大學哥白尼雖然學的是醫學，但他從未放棄過天文學。
帕多瓦大學有一位著名的天文學教授，叫弗拉卡斯多羅。他不僅精通哲學，還精通醫學和天文學。
哥白尼對他仰慕已久，便決定去拜訪他。
有了前麵幾次拜訪教授的經驗，這一次哥白尼準備比較充分。他是自告奮勇上門拜訪的。
哥白尼先是簡單地說明了自己的來意，以及他在天文學上的研究成果和研究方向。
像哥白尼這樣優秀的學生又有哪一位教授不喜歡呢？
“哥白尼，你可真是一位勇敢學生，敢於向傳統神學發起挑戰。這樣的精神實在讓人欽佩。我雖然不敢如此，但是也願意盡自己全部的力量來幫助你。”