1月31日，第十一空降師的兩個團在斯溫少將的指揮下，在馬尼拉南麵的納蘇格布空降著陸。2月3日，該師的另一個團又被空降到馬尼拉以南約50千米的塔蓋特突出部。第二天，該師主力到達馬尼拉南部外的帕拉尼亞克，卻被日軍的頑強抵抗所阻。與此同時，美軍第十四軍的戰線也取得了重大突破。1月31日，第四十師經數日激戰終於肅清克拉克機場和斯圖森堡要塞的日軍。2月2日，該軍先頭第三十七師一部已抵達馬尼拉北部的馬洛洛—普洛洛一線，做好了進攻馬尼拉的準備。為了進一步加強第十四軍的力量，麥克阿瑟命令美第一騎兵師在林加延上陸，加入該軍。
2月1日，該師已開進至卡巴納端地域，並隨之迅速南下，執行從另一翼迂回包圍馬尼拉守軍的任務。此間，第一軍仍繼續在第十四軍左翼擔任壓製日軍北部集團並將其封鎖在邦都山區和東北部的卡加延山穀的重任。
在呂宋島戰役中，麥克阿瑟時刻關心著3年前被俘盟軍的命運。鑒於守島日軍的瘋狂性，如果不搶先一步解救這些受盡虐待的戰俘，其生還的可能性極小。為此，麥克阿瑟專門擬製了一個營救靠近前線集中營戰俘的計劃。
1月29日，盟軍進行了第一次營救行動。這次行動的目標是位於聖何塞日軍防線後方約56千米的卡巴納端。入夜，一支由美軍突擊隊員和菲律賓遊擊隊員組成的別動隊迅速突破了日軍防線，進入卡巴納端，順利解救出了集中營內的約500名美軍戰俘。這次行動使盟軍很受鼓舞。
2月3日，第一騎兵師響應麥克阿瑟的號召，組織了一支由坦克和機動車輛組成的別動隊，受命衝進馬尼拉市，並放出被囚於桑托·托馬斯大學校園內的約5000名美國平民俘虜。此舉的成功使麥克阿瑟產生了錯覺，他認為日軍在馬尼拉的防禦十分薄弱，並立即命令美第三十七師向馬尼拉挺進。事實上，馬尼拉仍處於日軍的重兵防守之下。
守衛馬尼拉的日軍由岩淵海軍少將指揮，其屬下有18000名海軍防守部隊和4000餘名陸軍官兵。岩淵拒絕了山下奉文放棄馬尼拉的命令，決定死守該城。因此，當美第三十七師2月4日抵達馬尼拉市區時，立即陷入了一場血戰。與此同時，美第一騎兵師繞過馬尼拉東部向南進攻，很快同美第十一空降師由南至北的進攻會合一處，隨後這兩個師加入了對馬尼拉的圍攻。
至2月20日，岩淵指揮的日軍已被3個師的美軍壓縮到內城，同山下奉文的日軍主力隔斷了所有聯係。比利比德監獄的美軍戰俘也已被救出。盡管如此，岩淵仍拒絕投降。考慮到內城70萬菲律賓居民的安全，麥克阿瑟禁止盟軍使用飛機轟炸日軍據點，這更增加了部隊進攻的難度。因此，美第三十七師不得不用炮火把日軍從一棟棟建築物中轟出來，進行逐街逐巷的戰鬥。
3月4日，當岩淵的防禦中心因特拉穆羅斯城堡裏最後一小股有組織的日軍被消滅時，馬尼拉古老的內城已變成一片廢墟。日軍守城部隊除數百人被俘外，皆喪命於馬尼拉的殘垣斷壁之中。在馬尼拉激戰期間，美第十一軍繼續進行占領巴丹半島和清除馬尼拉灣口處日軍的任務。其下轄的第三十八和第三十四師受命在半島的兩側同時推進。2月18日，第三十八師占領了東部海岸。21日，第三十四師攻占了西海岸的最後兩個據點。
至此，巴丹半島全部解放。此間，第十一軍的另一個重要目標是被稱之為“東方直布羅陀”的科雷希多要塞。2月16日，在猛烈的空襲和炮擊之後，第五零三空降步兵團首先對該島西部的高爾夫球場進行了空降突擊。隨後，第三十八師一部從巴丹向該島發動了一次兩棲攻擊。在粉碎日軍的頑強抵抗後，這座要塞於27日被盟軍攻破。日本守軍大部被埋葬在炸塌的馬林塔山隧道中。此戰日軍亡4400餘人，被俘19人；美軍亡約210人，傷725人。
自3月15日起，美第六集團軍向呂宋島的殘餘日軍發動了最後的清剿。
第一軍受命向呂宋島東北方向的碧瑤和卡加延山穀進軍，第十一軍受命清除馬尼拉東北部的馬德雷山區的日軍，第十四軍受命奪取內湖和塔亞巴斯諸省。盡管盟軍占據兵力優勢和製空權，但由於地形複雜，山下的50000名殘餘日軍一直抵抗至戰爭結束才放下武器。
整個呂宋島戰役，美軍亡7900餘人，傷33000餘人；日軍亡19.2萬人，被俘7700餘人。美軍之所以能以1：24的較低死亡率取得這次重大戰役的勝利，主要應歸功於麥克阿瑟的有效指揮和盟軍的海空優勢。