1944年9月至10月，東江縱隊對部隊進行整編，建立支隊編製，將部隊整編為第一、第二、第三支隊，獨立第一、第二、第三、第四大隊，以及北上抗日先遣隊，以後又陸續組建了第四、第七支隊、北江支隊和西北支隊。
在東江縱隊獲得大發展的同時，廣東其他地區的抗日遊擊隊也有很大的發展。戰鬥在珠江三角洲的人民抗日武裝，在1943年2月挺進中山縣五桂山區後，積極向日偽軍出擊，在戰鬥中壯大了部隊，鞏固和發展了五桂山抗日根據地。1944年10月1日，根據中共廣東臨委和軍政委員會的決定，宣布成立廣東人民抗日遊擊隊中區縱隊。
10月中旬，中區縱隊主力400餘人在林鏘雲、羅範群率領下，越過日、偽、國民黨統治區，於新會荷塘西渡西江，抵達新會五區，與中共中區地下黨領導的遊擊隊會合，開辟粵中敵後抗日根據地。
11月，在鶴山縣靖村公開宣布成立廣東人民抗日解放軍。珠江三角洲部隊主力隨司令部西進後，中山留下的力量比較薄弱，五桂山周圍隻剩下主力50餘人。後將已挺進粵中的林鏘雲、謝斌調近珠江三角洲，於12月5日，在中山縣五桂山公開宣布成立廣東人民抗日遊擊隊珠江縱隊。
1944年春，中共瓊崖特委根據中共中央的指示，將獨立總隊改編為廣東省瓊崖人民抗日遊擊獨立縱隊，下轄第一、第四支隊，共4000餘人。
這時，第一支隊活動於瓊東北瓊山、文昌、澄邁等縣，第二支隊活動於瓊西南昌江、感恩地區，第三支隊活動於瓊東南樂會、萬寧等縣，第四支隊活動於儋縣、臨高等縣，積極打擊日偽。
第一支隊在澄邁縣的福山至花場、永新至新橋公路和才坡等地伏擊敵人，進擊敵據點。第二支隊進擊了抱板、東號、港門等日偽據點。第三支隊在萬寧的南橋、六弓等地伏擊日偽，並襲入小南據點。第四支隊在信縣東城鄉南眼村一帶擊潰了國民黨頑軍的進犯。除五指山中心區外，瓊崖各地都有瓊崖縱隊的活動。
1943年8月4日，白沙縣黎族人民因不堪忍受國民黨的壓榨和蹂躪，在王國興、王玉錦等領導下，揭竿起義。在近一個月的時間裏，起義風暴席卷整個五指山區。起義遭鎮壓後，黎族人民派人跋山涉水，曆盡艱辛，於1944年春在澄邁縣找到瓊崖縱隊，要求瓊崖縱隊進軍白沙縣，解救黎族、苗族同胞。瓊崖特委確認開辟五指山中心根據地的條件已臻成熟，立即把這項工作提到重要的議事日程上來。
瓊崖縱隊派工作組進入五指山區開展工作，幫助成立白(沙)保(亭)樂(東)人民解放團，並派第四支隊第一、第二大隊進入白沙縣的阜青、龍頭鄉，建立阜龍鄉文頭山根據地；派第二支隊第一大隊等進入那繁村、來苗村一帶，配合地方黨組建了縣政府。
1944年秋，瓊崖特委和瓊崖縱隊領導機關向白沙縣阜龍鄉轉移，進一步推進了建立五指山抗日根據地的進程。