晚上20時12分，哈爾西才收到消息：“珍珠港遭空襲，這不是演習。”
在以後的24小時裏，哈爾西的艦隊不斷地在日本艦隊可能的撤退方向上搜索，意欲報仇，但一無所獲。直至燃料快要用完時，哈爾西才不得不返回珍珠港。
哈爾西進入珍珠港時，映入眼簾的是一片劫後慘象。當他的艦隊經過已被擊沉的艦隻時，他暗自發誓，一定要親手把日本聯合艦隊司令山本五十六送入地獄。
此時，他的老同學金梅爾備受煎熬。珍珠港被襲擊、美國艦隊損兵折將的責任完全落在金梅爾的身上。哈爾西忍受不住大家對金梅爾的指責，他不惜犧牲自己的前程，毅然挺身而出為金梅爾辯護。
他認為珍珠港之所以遭到空襲，主要是因為缺乏遠程偵察機。哈爾西自己也承認，過去太低估日本人了。
哈爾西在回憶錄中是這樣說的：“在12月7日以後我才改變了我的看法，日本海軍航空兵這一次的攻擊，的確非常高明。”
接替金梅爾任太平洋艦隊總司令的是切斯特·威廉·尼米茲。剛到夏威夷時，尼米茲就看到日本轟炸後的慘景，發現島上到處都充滿著悲觀和失敗主義情緒。經過一番深思熟慮，尼米茲製訂了積極防禦、主動出擊的作戰方針。
1942年1月8日，尼米茲召見哈爾西。兩人經過一番長談，在許多重大問題上達成了一致，尤其是尼米茲的作戰方針得到哈爾西的支持，更使尼米茲感到欣慰。因為當時太平洋艦隊的許多高級將領都過高地估計了日本海軍的力量，而主張消極避戰，保存實力。
尼米茲告訴哈爾西：“日本人已經攻占英屬吉爾伯特群島，可能由那裏攻向薩摩亞，切斷美國對西南太平洋的補給線。情況十分危急，因為美國人沒有可用的兩棲部隊采取對抗措施。”“現在隻有依賴快速航空母艦特遣隊。”
尼米茲要哈爾西以“企業號”和“約克敦號”兩艘航空母艦為核心組成一支聯合艦隊，向吉爾伯特和日本人據守的馬紹爾群島發動一次閃電式的攻擊。
哈爾西深知這項任務的危險性極大，但英勇善戰的他仍接受了，並立即率領部隊駛往目的地。
由於日軍沒有料到美軍會遠離珍珠港數千海裏進行遠程奔襲，哈爾西的這次空襲在出其不意間獲得了意想不到的成功。為此，哈爾西贏得了他的第一枚“優異服務勳章”。
當哈爾西勝利返回珍珠港後不久，即應召前往尼米茲的辦公室。尼米茲告訴他，一個秘密的軍事行動——“轟炸日本首都東京”已獲批準，並已進入最後的準備階段。
根據尼米茲的意見，這一行動由哈爾西直接指揮。
哈爾西欣然從命。為使這次行動萬無一失，他製訂了周密的計劃，組織部隊做了大量準備工作，還采取了嚴格的保密措施，甚至直至起航，部隊仍不知道進攻的目標。
4月13日，滿載遠程轟炸機的“大黃蜂號”航空母艦，在預定海域與擔負支援任務的“企業號”航空母艦為核心的第十六特混艦隊會合。
哈爾西召集全體人員，鄭重地向他們宣布：“我們正前往日本，去轟炸東京。”全體將士歡呼起來。
4月18日清晨，在離東京700海裏處，他們被日本船隻發現了，行動不得不提前。
8時15分，16架遠程轟炸機離艦騰空而起，向東京飛去。哈爾西的特遣艦隊則迅速離開危險海區，安全返回珍珠港。
3小時後，由杜立特中校率領的轟炸機群飛抵日本，他們以超低空飛行，順利地突破了日軍防線。
當機群出現在東京、橫須賀等城市的上空時，日本人還沒來得及發出空襲警報，就被炸得亂作一團。
這些襲擊的戰果雖然不大，卻打擊了法西斯的囂張氣焰，遏製了日本帝國主義肆無忌憚的侵略步伐。