清代揚州的文化發展同徽商息息相關，陳去病談到：
徽人在揚州最早，考其時代，當在明中葉。故揚州之盛，實徽商開之。揚，蓋徽商殖民地也。故徽郡大姓，如汪、程、江、潘、鄭、黃、許諸氏，揚州莫不有之，大略皆因流寓而著籍者也。而徽揚學派亦因以大通。
其中馬曰琯、馬曰璐兄弟的小玲瓏山館最為著名，馬曰琯（康熙二十六年-乾隆二十年，1687-1755），字秋玉，號嶰穀。祁門縣城人。附貢生，援例候選主事，授道台銜。乾隆元年（1736）被推舉參加博學鴻詞試，堅辭不赴。其弟馬曰璐（康熙三十四年-？），字佩兮，號南齋、半查，兄弟齊名，人稱“揚州二馬”。
收留了大批的四方遊士。厲鶚、全祖望、金農、陳章、鄭燮、高翔等都做客其中。馬氏兄弟喜愛考校典籍，家中專設刻印坊，如刻朱彝尊《經義考》、《說文解字》、《廣韻》等書，且藏書極豐。全祖望稱：
百年以來海內聚書之名者，昆山徐氏、新城王氏、秀水朱氏其尤也，今以馬氏昆弟所有，幾幾過之。
為了方便文士查閱，兄弟兩人編成《叢書樓目錄》，使書盡其用。厲鶚就充分利用馬氏藏書，編成《宋詩紀事》一百卷及《南宋畫院錄》、《遼史拾遺》、《東城雜記》諸書。
著名的詩人和畫家有金農、鄭燮、高鳳翰、沈廷芳、嚴長明、錢載等。乾隆二十二年（1757），盧見曾舉行虹橋修禊，作七字律詩四首以倡，其和韻者竟達七千餘人，當時著名的詩人幾乎都參與，可見其影響之大。盧見曾幕府並有漢學家惠棟、戴震、沈大成、王昶等人，尤以惠棟、戴震在揚州的活動，對於揚州考據學派的形成影響最大。惠棟在乾隆十九年（1754）至二十二年（1757）入幕，而戴震也在乾隆二十二年（1757）至乾隆二十五年（1760）做客盧見曾處。李詳指出盧見曾幕府對於揚州文化的影響，說：
蓋吾揚自盧雅雨（見曾）先生為運使，延惠定宇（棟）修訂《感舊集》及《山左詩抄》，華亭沈學子（大成）、青浦王述庵（昶）與惠同館盧署，休寧戴東原（震）往來其間，揚州是時已開小學校讎一派。而吾鄉顧文子（九苞）、任子田（大椿）相繼而起；高郵則賈田祖、王石臞（念孫）、李孝臣（李惇），寶應有劉端臨（台拱），江都則汪容甫（中），儀征為江秋史（德量），並精研漢學，各樹一幟。李詳（1858-1931），近代散文家、學者。他力辟文章宗派之說，又善駢文，私淑鄉先輩清著名駢文家汪中，屢摹其體，亦能詩，《中國大百科全書》有傳。
盧見曾幕府樸學家來自江南各地，惠棟和戴震分別是吳派和徽派的代表者，為揚州地區樸學形成開了風氣。如任大椿曾向戴震問禮，戴震就寫信加以指導，信的最後對他諄諄教誨:
震向病同學者多株守古人，今於幼植反是。凡學未至貫本末，徹精粗，徒以意衡量，就令載籍極博，猶所謂思而不學則殆也。遠如鄭漁仲（樵），近如毛大可（奇齡），隻賊經害道而已矣。今幼植具異質而年富，成就當不可量，是以不敢不盡言。戴震：《戴東原集》卷九《與任孝廉幼植書》，四庫叢刊初編本。
揚州學派的形成，秉承了徽派實事求是的學術精神，與戴震有密切的關係，這也是長期以來章太炎、梁啟超等人把揚州考證士人劃歸徽派的重要原因。作為揚州學派殿軍的劉師培，就曾明確指出揚州同戴震的關係：
戴氏弟子舍金壇段氏外，以揚州為最盛。高郵王氏（王念孫、王引之父子）傳其形聲訓詁之學；興化任氏（任大椿）傳其典章製度之學……皆博綜群書，衷以己意，鹹與戴氏學派相符。儀征阮氏（阮元）友於王氏及任氏，複從淩氏廷堪，程氏瑤田問故，得其師說。甘泉焦氏（焦循）與阮氏切磋，……時出新說，秩然可觀，亦戴學之嫡派也。
實際上，劉師培的此番言論基本上來源於其伯父劉壽曾對於揚州經學發展的回顧。劉壽曾說：“戴氏弟子，以揚州為盛：高郵王氏，傳其形聲訓詁之學；興化任氏，傳其典章製度之學；儀征阮文達公，友於王氏、任氏，得其師說，風聲所樹，專門並興，揚州以經學鳴者，凡七八家。”（劉壽曾：《傳雅堂文集》卷一《漚宧夜集記》，民國26年鉛印本）
儀征劉氏以經學聞名於世，從劉文淇開始，三代傳經至劉師培，是揚州學派的重要組成部分，他們對於揚州學派發展脈絡的把握應是比較準確的。