少年之時，阮元就與焦循齊名，後兩人仕途不同，焦循取得舉人資格後，便隱居著書，而阮元仕途順達，官至大學士，推動經學發展不遺餘力，兩者都為清代經學發展作出各自的貢獻。
為什麼清代學術以漢學為宗，學者多有解釋。阮元從時間遠近的角度論說：
聖賢之道存於經，經非詁不明，漢人之詁去聖賢為尤近，譬之越人之語言，吳人能辨之，楚人則否。高、曾之容體，祖、父及見之，子、孫則否。蓋遠者見聞終不若近者之實也。元少為學，自宋人始，由宋而求唐、求晉魏、求漢乃愈得其實。……有誌於聖賢之經，惟漢人之詁多得其實者，去古近也。阮元：《研經室集》二集卷七《西湖詁經精舍記》。
取法漢代學術，還與此時道教、佛教未興有關。阮元續說：
兩漢經學所以當尊行者，為其去聖賢最近，而二氏之說，尚未起也。老莊之說，盛於兩晉，然《道德》、《莊》、《列》本書具在，其義止於此而已，後人不能以己之文字飾而改之，是以晉以後鮮樂言之者。浮屠之書，語言文字非譯不明，北朝淵博高明之學士，宋、齊聰穎特達之文人，以己之說傅會其意，以致後之學者繹之彌悅，改而必從，非釋之亂儒，乃儒之亂釋。……吾固曰兩漢之學，純粹以精者，在二氏未起之前也。阮元：《研經室集》一集卷一一《國朝漢學師承記序》。
這些都可謂清代漢學興盛的前提原因，漢學在時間上如此接近聖人之道，那麼，是否就以漢人之是非為是非呢？在清代的不同研究流派，有著不同的態度。而以焦循、阮元等為代表的揚州士人則持否定的態度。他們的態度如阮元所言：“餘之說經，推明古訓，實事求是而已，非敢立異也。”阮元：《研經室集·自序》。
如果說此語略嫌簡單，那麼下文阮元就充分地表達了揚州士人的研經立場，他說：
餘以為儒者之於經，但求其是而已矣，是之所在，從注可，違注亦可，不必定如孔、賈義疏之例也。歙程易田孝廉，近之善說經者也，其說《考工》戈、戟、鍾、磬等篇率皆與鄭注相違，而證之於古器之僅存者，無有不合。通儒碩學鹹以為不刊之論，未聞以違注見譏。蓋株守傳注，曲為附會，其弊與不從傳注憑臆空談者等。夫不從傳注憑臆空談之弊，近人類能言之，而株守傳注曲為附會之弊，非心知其意者未必能言之也。元向有《考工記車製圖解》，其說亦頗異於鄭君。阮元：《研經室集》一集卷一一《焦裏堂（循）群經宮室圖序》。
我們以阮元為孔廣森《春秋公羊通義》所寫的序為例，看他的經學研究態度。公羊之學在漢代列於學宮，漢末何休根據胡毋生條例，寫成《春秋公羊解詁》，被後代學者視為公羊研究的集大成之作。然魏晉後《左傳》大行，公羊學遂成絕學。清代的經學極大昌盛，學者對於湮沒千餘年的今文經學產生了濃厚的興趣。孔廣森研究公羊學，以何休著作為學術起點，然兼采《穀梁》、《左傳》，旁通諸家，雖也認為何休著作體大思精，但仍覺不無乘訛率臆之處，同為研究公羊，其研究門徑就與常州莊氏學風大為不同。莊存與、劉逢祿以恢複何休之學為己任，並隨著時間的推移，體例愈加嚴密，嚴格區分與《左傳》等古文經的不同之處，不使得古文經羼入。而孔廣森為代表的一批學者，並不以經今古文之爭為然，孔氏研究公羊，敢於與何休相爭，他不同意何休的“三科九旨”的體例，提出自己一套體係。
相比較常州莊、劉之獨守何休家學，阮元當更為讚賞孔廣森的學術門徑。他說孔氏著作：
可謂好學深思，心知其意者矣。故能醇會貫通，使是非之旨不謬於聖人，豈非至聖在天之靈，懼春秋之失恉篤，生文孫使明絕學哉！阮元：《研經室集》一集卷一一《春秋公羊通義序》。
推明古訓，實事求是，博采眾長，不為漢人之箋注所束縛，是阮元一貫的研究思路。他有鑒於《周禮》賈公彥義疏的簡陋，曾想撰寫《周禮義疏》，但是官宦生涯，少有餘暇，便在惠土奇《禮說》序言中，勉勵有誌於此學者，並說出自己的研究方式：
如有好學深思之士，據賈氏為本，去其謬誤及偽緯書，擇唐宋人說禮之可從者，加以惠氏此說，兼引近時惠定宇、江慎修、程易田、金輔之、段若膺、任子田諸君子之說，勿拘疏不破注之例，博考而詳辨之，則此書之成，似可勝於賈氏。是所望於起而任之者。阮元：《研經室集》一集卷一一《惠半農先生禮說序》。
在《江西校刻宋本十三經注疏書後》一文，阮元又表達了研經思路：
竊謂士人讀書當從經學始，經學當從注疏始，空疏之士高明之徒讀注疏不終卷而思臥者，是不能潛心研索，終身不知有聖賢諸儒經傳之學矣。至於注疏諸義，亦有是有非，我朝經學最盛，諸儒論之甚詳，是又在好學深思，實事求是之士由注疏而推求尋覽之也。阮元：《研經室集》三集卷二《江西校刻宋本十三經注疏書後》。
毫無疑問，阮元重視漢代家法，但是又不自限於傳疏，他不僅是這樣說的，也是這樣做的，其《詩經》研究很好地體現了他的研經門徑。
《詩經》中的《十月之交》、《節南山》、《雨無正》、《小閔》等幾篇詩章寫作年代，曆史上有兩種觀點，一種認為是周厲王時期所作，持此觀點的則是申培公《魯詩》、《中候擿雒貳》、鄭玄的箋注；另一種認為是幽王時期所作，《詩序》和大毛公的《詩傳》持此觀點。由於毛詩晚出，所以多數學者讚同前一種看法，然阮元卻讚同後一種觀點。在論證過程中，阮元充分吸收已有的天文算學成就，令人信服地指出《十月之交》提到的“十月之交，朔月辛卯，日有食之”，就是周幽王六年十月辛卯。此外，他還從詩經文本提到的“百川沸騰，山塚崒崩，高岸為穀，深穀為陵”著手，認為此揭示大災異的發生，而《國語》和《史記·周本紀》就有明確記載幽王時期確有大災異的發生。另外，阮元還從《詩經》提及的褒姒以及皇父等正臣人物加以考證，指出與幽王時代的不符。阮元說：
綜而論之，子夏之《序》，親受經於孔子，其說宜從。日食推步既得十月辛卯朔，其說宜從，至於鄭箋從《魯詩》，非從魯也。東漢《中候》襲用《魯詩》，石渠說經往往稱製臨決鄭君尊時製也。至於傳箋訓詁間有未合詩人本恉者，而皇父七人以正臣蒙權黨之名，所關為尤巨，元於所箸詩補箋中各隨章句辨之，恐元此說不足以振積非而學者株守鄭義，反執彼一二端為言，致被以異說也，乃自《節南山》至《小旻》錄《補箋》之可發斯義者釋之以證鄙意焉。阮元：《研經室集》一集卷四《詩十月之交四篇屬幽王說》。
站在清代學術的巔峰，雖也崇漢，但是阮元並不盲目信從，自有絕大的魄力糾正鄭玄的錯漏之處。他認為鄭玄采用《中候擿雒貳》此類緯說者，有其時代的背景所在：
後漢世祖尊用圖讖，朝廷引以定禮說經，明帝用禮讖，初祀五方帝，光武帝配，鄭司農知禮尊王，故解經多從緯說，尊時製也。後人用是毀鄭，未免誦詩而不論其世。
阮元對鄭玄可謂知人論世，論斷平實。不過他在《十月之交》等詩的創見之處，並不在於論定此等詩歌作於幽王之時，此點前人已有提及，他隻是找出更多的證據加以論證罷了。他頗為得意之處在於他認為給周幽王時期的幾位大臣翻了案，幫他們洗去千年的冤屈。正如他所言的“傳箋訓詁間有未合詩人本恉者，而皇父七人以正臣蒙權黨之名，所關為尤巨”。皇父等七人的名字，出現在《十月之交》：“皇父卿士，番維司徒，家伯維宰，仲允膳夫，棸子內史，蹶維趣馬，禹維師氏，豔妻煽方處。”
鄭玄的箋注指出皇父是厲王時期的大臣，所以認定皇父等七子皆是厲王妻黨女謁，權寵相連。鄭玄箋雲：皇父、家伯、仲允皆字。番、棸、蹶、楀皆氏。厲王淫於色，七子皆用。後嬖寵方熾之時，並處位。言妻黨盛，女謁行之甚也。敵夫曰妻。司徒之職，掌天下土地之圖、人民之數，塚宰掌建邦之六典，皆卿也。膳夫，上士也，掌王之飲食膳羞。內史，中大夫也，掌爵祿廢置、殺生予奪之法。趣馬，中士也，掌王馬之政。師氏，亦中大夫也，掌司朝得失之事。六人之中，雖官有尊卑，權寵相連，朋黨於朝，是以疾焉。皇父則為之端首，兼擅群職，故但目以卿士雲。（《毛詩正義》卷一二）
阮元不讚同此說。即使認為皇父是幽王時代之人的學者，如王肅、皇甫謐等人，也以為此詩把皇父等與豔妻同視為佞嬖，阮元亦認為不合。
他認為此處皇父就是《詩經·常武》“王命卿士，南仲大祖，大師皇父。整我六師，以修我戎。既敬既戒，惠此南國”中提到的皇父。皇父在周宣王時為大師卿士，命征南方淮徐，應與召虎、尹吉甫為同時人物。幽王為宣王子，但是皇父雖為先朝老臣，卻被幽王摒棄。幽王寵幸褒姒，任尹氏為大師卿大夫，虢石父為卿。阮元說：
皇父明是賢臣，而自漢以來皆視為奸佞之首徒，以此詩與豔妻同舉故耳。其實此章不過臚舉朝臣，末言“豔妻煽方處”，自是貶詞。其曰“皇父卿士，番維司徒，家伯維宰、仲允膳夫、棸子內史、蹶維走馬、楀維師氏”，但舉其官爵名字，未嚐少有褒貶，詩人不言在位之尹氏、石父，而言居向之皇父卿士，則番、家伯等類相從，是皆賢臣民所屬望、王所屏棄者可知。詩若曰：雖此老臣賢臣之多，其如褒姒煽方處何也？但諸臣退居私邑，保有室家，坐視王室之毀，無箕子比幹之節，不能免詩人怨刺耳。此事端賴《常武》之詩可以表正，並藉《節南山》以下諸篇互相發明，自《魯詩》誤以七人為女謁權黨，漢儒靡然從之，《漢書》人物表至列入下下，沈冤經史中數千載矣，不可不力辨之。
阮氏對於皇父等人是否賢臣的考證，從《詩經》本意出發，並從其他詩中相互闡發，以詩證詩，頗有見地。如他闡釋《十月之交》詩中的“抑此皇父，豈曰不時，胡為我作，不即我謀”句，就認為是詩人告訴皇父時機並非不行，他應該出來參與政事，“皇父孔聖，作都於向”句，是詩人認為皇父雖是聖哲之人，卻安於退居采邑之處，不以國家為憂，故加以怨責。阮元反問，如果皇父等人與褒姒結成朋黨，何至於不在王都卻退居私邑，使得詩人埋怨“不憖遺一老，俾守我王”呢？阮元對這幾篇詩經有顛覆性的解釋，我們試舉一例，如詩句“抑此皇父，豈曰不時，胡為我作，不即我謀，徹我牆屋，田卒汙萊，曰予不戕，禮則然矣”。曆史上一般的解釋都認為是詩人指責皇父恣意妄為，如前句鄭玄箋雲：抑之言噫。“噫是皇父”，疾而呼之。女豈曰我所為不是乎？言其不自知惡也。女何為役作我，不先就與我謀，使我得遷徙，乃反徹毀我牆屋，令我不得趨農田，卒為汙萊乎？此皇父所築邑人之怨辭。戕，殘也。言皇父既不自知不是，反雲：我不殘敗女田業，禮，下供上役，其道當然。言文過也。朱熹也沿襲此解釋，在他的《詩經集傳》中說：皇父不自以為不時，欲動我以徙，而不與我謀，乃遽徹我牆屋，使我田不獲治，卑者汙而高者萊。又曰非我戕汝，乃下供上役之常禮耳。阮元卻說：國事猶可為之時也，何為我作而謀，王彼不來就我同謀，己獨居勤王，牆屋皆徹，田亦不治，友朋謂予自謀不善，不知事王之禮。
由於阮元考證出皇父為正臣，在同時期的一些詩歌解釋上，他自覺得許多問題可迎刃而解。如在《正月》一詩中“民之訛言，寧莫之懲，召彼故老，訊之占夢，具曰予聖，誰知烏之雌雄”句，關於此段“具曰予聖”的討論，《毛傳》說：君臣俱自謂聖也。鄭玄箋雲：時君臣賢愚適同，如烏雌雄相似，誰能別異之乎？《毛詩正義》卷一二。
阮元就認為此處乃實指，指的就是皇父，他說：
聖人宜多所知也，幽王時皇父稱聖人，故《十月之交》曰“皇父孔聖”，今退居後訛言亂興，皇父不之懲，即召之占夢，亦謝曰：“人俱謂予聖，予實不知烏之雌雄。”衰廢而自藏其智也，《傳》謂幽王君臣俱自謂聖，非是。
於是在《雨無正》中，“正大夫離居,莫知我勩，三事大夫，莫有夙夜”。此處的正大夫，阮元亦認定非是泛指的天子六卿，而就是皇父。而詩中“謂爾遷於王都，曰予未有室家”的狀況，阮元就把皇父等人不肯居王都的事情加以等同。
《小旻》“國雖靡止，或聖或否，民雖靡膴，或哲或謀，或肅或艾”句,關於其中“或聖或否”的意思，曆代的學者都認為是泛指，阮元又認為此處“聖”就是皇父諸人，“否”則謂虢石父諸人。
《正月》、《十月之交》、《雨無正》、《小旻》等篇，內容發生在周代末世之際，作者抒發憤懣之情，後人懷疑為同一作者所為，阮元就是其中一員。如果說阮元在《十月之交》中，為皇父等人翻案，也能自圓其說，但是在其他篇章泛稱的稱謂上，阮元卻一一指向於明確的人物，把他們對號入座，卻又沒有證據加以論證，類似於經史中人物的考證中的孤證不立，我們認為其解釋不能令人信服。
以上的《詩經》篇章研究，阮元自認洗去人物冤屈數千載，頗是得意；在文字訓詁，文句結構方麵，阮元也較有心得。
《桑柔》“朋友已譖，不胥以榖，人亦有言，進退維穀”句，《毛傳》，鄭玄箋注，都訓“穀”為窮，阮元認為他們都是望文生義。他說：
“穀”乃“榖”之假借字，本字為“榖”，進退維榖，“榖”，善也。此乃古語，詩人用之，近在“不胥以榖”之下，嫌其二榖相並，為韻即改一假借之穀字當之，此詩人義同字變之例也。此例三百篇中往往有之。元始稱之，前人無言之者。阮元：《研經室集》一集卷四《進退維穀解》。