阮元從中考辨出《詩經》中的義同字變的格式，在其他詩篇中，也得到印證。如《抑》：“無競維人，四方其訓之，有覺德行，四國順之。”阮元說：“‘四國順之’，即是‘四國訓之’，與上‘四方其訓之’無異，詩人變其字為順以書之也。”阮元：《研經室集》續一集卷一《釋訓下篇》。
此外，他認為《正月》中的“燎之方揚，寧或滅之？赫赫宗周，褒姒烕之”。也是此例，“烕”即“滅”也。
在《詩經》的討論中，可見阮元所具有的直探經文本意的實事求是精神，敢於提出自己的想法，挑戰漢代學術宗師，在學術上少有思想束縛，也體現揚州經學的特質。由《詩經》至《孝經》、《尚書》，阮元還引發了對於周公地位的討論。
《詩經》中的《文王》一篇，《毛傳》言：文王受命作周也。鄭玄箋雲：受天命而王天下，製立周邦。阮元解道：
“文王在上”，乃宗祀明堂，指文王在天上，故曰“於昭於天”，非言初為西伯在民上時也，《傳》、箋皆非。“周雖舊邦，其命維新”，言周之建邦雖舊，迨宗祀明堂，基命定命之後，天命又新，非言新於文王在時也。《傳》、箋皆非。“文王陟降，在帝左右。”此言文王在明堂，陟則天上，降則庭止也。至於“在帝左右”，更是明言宗配上帝之事，豈有文王生前而謂其陟降在帝左右者乎，《傳》、箋說非。阮元：《研經室集》續一集卷一《大雅文王詩解》。
阮元敢認為《毛傳》、鄭玄為非，因為他有其他經文的考證支撐。他認為《文王》之詩，“必合《孝經》、《尚書》明堂宗禮之義觀之，始大明白也”。
阮元指出，周武王雖伐紂成功，但是回到鎬京後，殷商之人多有不服，武王未能受命於天，成王繼位後局勢動蕩。在這種狀況下，周公與召公合謀，在洛地營建新邑，用陟配天之殷禮祀天與上帝，以後稷、文王配之。後稷、文王向為眾人所心服，如此一來各諸侯及殷商子孫就能夠參與助祭，這樣才可以說是周朝紹上帝受天定命。若使武王、成王在鎬郊祀、宗祀而諸侯殷士不全來臣服助祭，就不能確定為周朝易姓受天命也。定下如此計謀後，周成王擔心局勢不穩定，不敢到洛地完成此儀式，於是隻能讓周公旦行宗禮。阮元如此定論，故采納《尚書》篇章《召誥》、《洛誥》、《多士》闡發之，從而說：“《周頌》及《文王之什》等詩，皆周公祀明堂歸政後在鎬京所作也。”阮元：《研經室集》續一集卷一《鹹秩無文解》。
阮元治經，氣象宏偉，多能連貫。考證周公地位，從《孝經》、《尚書》、《詩經》等多種經典細加爬梳，又相互印證。故他道：
武王殺紂不如湯放桀，未盡善也。故義士、殷民、多方多士不服，未能受命，此不必為武王諱。周公攝政，若不來洛踐阼，親行宗禮以收天下之心，則天下必不保為文、武、成王之天下，此不必為周公諱……（周公）製禮作樂，歸政成王，退就臣位，此所以為孔子所心悅誠服者也。豈新莽所能假托萬一哉。蓋周公乃文王之子，義士、殷民心服後稷又心服文王，服文王即服周公，……周公探其心之所素服者而收其心，多方多士之心既收，然後歸政於成王。然後義士殷民亦不再反複矣。否則周公不踐阼於洛，不敉宗禮，多方多士、義士、殷民曰“殺我天子者武王也”，成王，武王幼子也。能西東南北無思不服哉？迂儒既諱周公之踐阼，複飾武王以受命，進退無據皆非也。阮元：《研經室集》續一集卷一《宗禮餘說》。
阮元治經，秉實事求是之宗旨，不株守漢代經師訓詁。而能夠讓阮元等一批學者敢於挑戰漢代學者的前提條件是清代文字、音韻、訓詁的發達。阮元對“我朝小學訓詁遠邁前代”深感自豪，他說：
古書之最重者，莫逾於經，經自漢晉以及唐宋固全賴古儒解注之力，然其間未發明而沿舊誤者尚多，皆由於聲音文字假借轉注未能通徹之故。阮元：《研經室集》一集卷五《王伯申經義述聞序》。
也由於此，阮元高度重視小學訓詁，寫了大量關於文字訓詁的文章，並貫穿於自身的經學研究之中。在他自己審訂的《研經室集》中，那些小學訓詁文章，多列在一集一卷，顯示出它們在阮元心目中的位置。他所寫的《釋易彖音》、《釋易彖意》、《釋心》、《釋鮮》、《釋磬》、《釋蓋》、《釋且》、《釋黻》、《釋郵表畷》、《釋頌》、《釋矢》、《釋順》等文，無不彰顯出作者紮實的小學訓詁功底和學術的自覺。
我們試以《釋蓋》一文，了解阮元在小學訓詁方麵的撰述方式。關於“蓋”，《爾雅》釋道：蓋，割裂也。郭璞的注未加詳論。後鄭玄在《禮記·緇衣》注中表明“蓋”與“割”為同聲假借。阮元更進一步指出：“害”、“曷”、“盍”、“末”、“未”古音皆相近，每加偏旁互相假借，若以為正字則失之。如此的解釋，阮元引用經文一一說明道：《書·呂刑》曰：“鰥寡無蓋”，“蓋”即“害”字之借，言堯時鰥寡無害也。而偽孔安國傳卻說此意是使鰥寡得所，無有掩蓋，就是失去文章本意了。又如《尚書·堯典》的“洪水方割”，《大誥》中的“天降割”之類的“割”皆“害”字之借也。此外，“盍”與“曷”同音，所以《孟子》中的“時日害喪”，“害”即“曷”也。阮元更引申道：“盍”與“末”、“未”亦最近，故《春秋》襄公二十七年，《公羊傳》提到的“盟曰：昧雉彼視”，何休釋“昧”為“割”也，意思就是說違背盟約者，視此割雉也。
阮元不僅重視小學訓詁在經學研究中的地位，也有意識地擴大研究的領域。他喜歡收藏金石，官宦餘暇到處拓印石刻碑文，這並非僅僅是好古玩賞，而是視之為經文研究中很好的佐證。
他認為商周青銅之物，蘊涵先王之道，說：
器者，先王所以馴天下尊王敬祖之心，敎天下習禮博文之學。商祚六百，周祚八百，道與器皆不墜也。且世祿之家，其富貴精力必有所用，用之於奢僭奇邪者，家國之患也。先王使用其才與力與禮與文於器之中，禮明而文達，位定而王尊。愚慢狂暴好作亂者鮮矣。……欲觀三代以上之道與器，九經之外舍鍾鼎之屬曷由觀之？阮元：《研經室集》三集卷三《商周銅器說上》。
但是可惜的是，阮元雖有金石佐證經文之用意，自身在此方麵卻沒有取得多大的成就，更多地貢獻在於收集和保存了大量古代金石遺物。而同時期的學者如程瑤田對於《考工記》的研究，就充分利用現存的古器物印證。在阮元的自述中，我們能大致清楚他在金石學方麵所作出的貢獻：
數指而計之有十事焉。餘裒山左金石數千種，勒為《山左金石誌》，事之一也。餘裒兩浙金石千餘種勒為《兩浙金石誌》，事之二也。餘積吉金拓本五百餘種勒為《積古齋鍾鼎款識》，事之三也。揚州周散氏南宮大盤，東南重寶也，歲丁卯，鹽使者獻於朝，餘模鑄二盤極肖之，一藏府學，一藏文選樓，事之四也。天一閣北宋石鼓拓本，凡四百七十二字，餘摹刻為二，一置杭州府學明倫堂，一置揚州府學明倫堂，事之五也。餘步至揚州甘泉山，得西漢“中殿第廿八”二石於厲王塚，天下西漢石止此與曲阜五鳳石共二石耳，事之六也。餘遣書佐至諸城琅邪台，剔秦篆於榛莽中拓之，多得一行，事之七也。漢府門之倅大石人二，仆於野，為樵牧所殘，餘連車運致曲阜矍相圃中並立之，事之八也。餘得四明本全拓延熹《華山廟碑》摹刻之，置之北湖祠塾，事之九也。餘又摹刻秦泰山殘篆、吳《天發神讖》二碑，同置北湖祠墪，事之十也。阮元：《研經室集》三集卷三《金石十事記》。
在金石之學與經史之文相互印證上，阮元自身收獲不大，但是畢竟與同道一起，擴大了清代治經的思路，為以後經學的發展提供了很好的研究方式。阮元走出書齋，不僅有意識地尋找金石碑拓，甚而親自實踐古書提及的物品，他的一篇《葵考》，就是他種植葵菜的產物。
葵是上古主要的蔬菜之一，《詩·豳風》、《周禮·醢人》以及《儀禮》、《春秋左氏傳》及秦漢書中經常提及，這正說明此物品是當時人人習見之物，《爾雅》卻沒有解釋它。唐宋後，已經很少有人吃它了，到清代，就更沒有人以此為食物，以至於古書常常提到的葵是何物，大家均不知所詳。阮元認為古代的葵，就是現今的金錢紫花之葵，他把存世的四種葵花品種與古代史料記載的葵一一對比，並親自品嚐，“嚐鋤地半畝，種金錢紫花之葵，翦其葉，以油烹食之，滑而肥，味甚美。南中地暖，春夏秋冬皆可采食，大略須地肥，而葉嫩大如錢乃甘滑。《儀禮·士虞禮》稱之曰‘滑者’以此。”阮元：《研經室集》三集卷五《葵考》。
由於古人常常把葵藿並舉，阮元於是對藿也加以種植，成熟後采藿葉苗食之，覺得味道亦美，且與葵葉味道相似，故此也領悟到古人將葵藿並舉的用意所在。
阮元不在書齋之中苦思冥想，很好地繼承了儒家傳統的入世實踐思想。作為嘉道之際學術界最有聲望和權勢的阮元，充當了學術捍衛者的角色，周圍聚集了大批學術精英。引導學術風向，他身體力行，努力保護和恢複被佛、道所侵擾的儒家思想，力辟心性空疏之論。前麵已經提到，阮元推崇漢學的一個重要原因就在於漢代學術尚未受到佛道之學的羼入。麵對宋元以後理學興盛對於原始儒學的影響，阮元也反複辯明，以圖恢複原始儒學的真實麵貌。阮元也談及其母力辟佛道，說：“先妣操持閫內，禮無不舉，獨不令釋道治懺醮。或曰：‘太夫人不受一卷經耶?’先妣曰：‘吾阮氏，林氏皆儒家，無庸此。’”《研經室集》二集卷一《誥封光祿大夫戶部左侍郞顯考湘圃府君顯妣一品夫人林夫人行狀》。
他首先在文字訓詁上展開討論，分析“敬”與“靜”、“禮”與“理”幾組概念上的差異。說：
古聖人造一字必有一字之本義，本義最精確無弊。……《釋名》曰：“敬，警也，恒自肅警也。”此訓最先，最確。蓋敬者言終日常自肅警，不敢怠逸放縱也。……至於孟子論性有曰“四肢之於安佚也，性也”。年老之人，久勞於事，養神之人不勤於學，皆樂於安佚。或知安佚不可為訓也，於是有立“靜”之一字，以為宗旨者，非也。惟聞孔子閑居，未聞孔子靜坐，惟聞孔子曲肱而枕，孟子隱幾而臥，未聞孔、孟瞑目而坐。惟聞《禮》君子欠伸，侍坐者出，未聞君子瞑坐，侍者久立。蓋靜者，敬之反也。年衰養神者毎便於靜，乃諱其所私便，而反借“靜”字以立高名，則計之兩得者也。雖然年老之人必不能如強壯者終日肅勞矣，或推古人養老之義少安之可乎？阮元：《研經室集》續一集卷一《釋敬》。
而後世學者提倡“靜”，在阮元看來有著理論的基礎，與佛道之人對於“性”的認識密切相關，而此認識，又影響後世儒生背離儒家的聖人之道。阮元認為儒家之“性”與佛家之“性”毫不相同。
佛家之“性”，阮元認為應該是：
浮屠家說，有物焉，具於人未生之初，虛靈圓淨，光明寂照，人受之以生，或為嗜欲所昏，則必靜身養心，而後複見其為父母未生時本來麵目，此何名耶？無得而稱也。阮元：《研經室集》續三集卷三《塔性說》。
當時翻譯佛經者，並沒有另外造一個字來描述此中狀況，發現莊子所說的“性”與此類似，故借此稱呼。《莊子·繕性篇》：繕性於俗，學以求複其初；滑欲於俗，思以求致其明，謂之蒙蔽之民。……附之以文，益之以博，文滅質，博溺心，然後民始惑亂，無以反其性情，而複其初。阮元理解莊子所說的複性，就是複其自然，“性”即所謂的“初”也，與佛教所謂的“性”相近。
而後世學者如唐代李翱作《複性論》，雖也提到“吾儒家自有性道，不可入於二氏”，但他又是儒表佛裏之人，忘卻了“性”在儒家經典中的真實含義，他談的儒家之“性”倒變成了佛教之“性”。用阮元的說法就是：“其下筆之字明是《召誥》、《卷阿》、《論語》、《孟子》內從心從生之‘性’字，其悟於心而著於書者，是浮屠家無得而稱之物。”阮元：《研經室集》續三集卷三《塔性說》。
在佛教“性”說的影響下，後世學者援佛入儒，以靜坐複性、致良知為宗旨，故阮元感歎：
李翱複性之書……外孔顏而內老莊也。內莊已不可矣，況又由莊入禪乎？“文”與“博”正是周、孔、顏、曾之學而莊子以為滅溺，無以複性之初。然則禪家不立語言文字，儒家借“良知”為宗旨，非以莊子此說為祖乎？周、孔、顏、曾之學，首重文博，後人才力淺弱，不能文，不能博，有複初之一說焉，可以不讀書，日安佚而其名愈高，孰不樂趨之，此亦如六朝佛典太繁，釋家別開禪學，可以不說一切經而麵壁見性也。阮元：《複性辨》，《研經室集》續三集卷三。
與佛家複性不同，儒家講究的是節性，何謂儒家之性，阮元自有其說：
哲愚授於天為命，受於人為性，君子祈命而節性，盡性而知命，故《孟子·盡心》亦謂口、目、耳、鼻四肢為性也。性中有味、色、聲、臭安佚之欲，是以必當節之，古人但言節性，不言複性也。③阮元：《性命古訓》，《研經室集》一集卷一○。