他又說：
“性”從心，即血氣心知也。有血氣，無心知，非性也。有心知，無血氣，非性也。血氣心知皆天所命，人所受也。人即有血氣心知之性，即有九德五典五禮七情十義。故聖人作禮樂以節之，修道以教之，因其動作以禮義為威儀。③
阮元以一篇《節性齋銘》，清楚論述了佛道與儒家“性”之差異：
周初《召誥》，肇言節性，周末《孟子》，互言性命。性善之說，秉彝可證，命哲命吉，初生即定，終命彌性，求至各正。邁勉其德，品節其行，複性說興，流為主靜。由莊而釋，見性如鏡，考之姬孟，實相徑庭。若合古訓，尚曰居敬。阮元：《研經室集》續四集卷四《節性齋銘》。
既力辯“敬”與“靜”之別，澄清“性”在佛道與儒家概念的差異，阮元也力挽程朱宋學之流弊，梳理“理”與“禮”兩者的關係。他直指朱熹理學體係本源--太極，朱熹認為太極是天地萬物之理的總體，故說太極隻是一個理字，世上萬物皆從太極派生而來。如此一個重要的哲學名詞，卻在阮元筆下，轉換成地理方位所在。阮元說：
天地所共之極，舍北極別無所謂極也。《爾雅》曰：“北極謂之北辰”，《易係辭》曰：“易有太極”，虞翻注曰：太極，太一也。鄭康成注《乾鑿度》曰：太一者，北辰之神名。鄭說雖為太一行九宮之法，然太極即太一，太一即北辰，北辰即北極，則固古說也。《易係辭》曰：易有太極，是生兩儀，兩儀生四象，四象生八卦，然則八卦本於四時，四時本於天地，天地本於太極。孔子之言節節明顯，而後儒舍其實以求其虛。阮元：《研經室集》一集卷二《太極乾坤說》。
此處的後儒，自是指朱熹等人，空談“理”，易紛爭。阮元吸取同時期主流學術思想，提倡以“禮”節“理”，“理”依附“禮”而行。故阮元道：
古今所以治天下者，禮也。五倫皆禮，故宜忠宜孝即理也。然三代文質損益甚多，且如殷尚白，周尚赤，禮也。使居周而有尚白者，若以非禮折之，則人不能爭，以非理折之，則不能無爭矣。故理必附乎禮以行，空言理則可彼可此之邪說起矣。阮元：《研經室集》續三集卷三《書東莞陳氏學蔀通辯後》。
反對佛道空談心性，宋學隻談理學，阮元的宗旨就是恢複宣揚儒家躬身實踐的特性。他在經典文獻的文字闡釋中，按照自己的理解把儒家此特性發揮得淋漓盡致。如阮元稱讚陸贄經世之能：“於戲宣公，既文且忠，未嚐講學，實踐在躬，以仁輔世，以義立功，學孟子學，異乎禪宗。”（《研經室集》續四集卷四《陸宣公從祀廟廡頌》）
《論語》關於孔子師徒“一以貫之”的對答，在論語中出現三次。其中的一處如此描述：
子曰：“賜也，女以予為多學而識之者與？”對曰：“然，非與？”曰：“非也，予一以貫之。”
魏何晏注“一以貫之”，言：善有元，事有會，天下殊途而同歸，百慮而一致。知其元則眾善舉矣，故不待多學而一知之。
受到理學影響的刑昺所作《正義》解道：“孔子答言，己之善道，非多學而識之也，我但用一理以通貫之。以其善有元，事有會，知其元則眾善舉矣，故不待多學，一以知之。”刑昺在另一處解釋“一以貫之”亦說：“貫，統也。……唯用一理以統天下萬事之理也。
對何晏、刑昺此等解釋，阮元深為不滿。他認為：
貫，行也，事也。三者皆當訓為行事也。孔子呼曾子告之曰：吾道一以貫之。此言孔子之道皆於行事見之，非徒以文學為敎也。一以貫之，猶言壹是皆以行事為敎也。……若雲賢者因聖人一呼之下，即一且豁然貫通焉，此似禪家頓宗冬寒見桶底脫大悟之旨，而非聖賢行事之道也。……故以行事訓貫則聖賢之道歸於儒，以通徹訓貫則聖賢之道近於禪矣。阮元：《研經室集》一集卷二《論語一貫說》。
阮元反對後儒把聖人之道，僅僅立於語言文字，而流為心性、太極、良知之論，故他把孔孟之說與行動實踐一一對應。他解釋論語“學而時習之”，把“習”與“一貫”之“貫”等同。他說：
貫主行事，習亦行事。故時習者，時誦之，時行之也。……聖人之道未有不於行事見，而但於言語見者也。阮元：《研經室集》一集卷二《論語解》。
他又解釋格物致知之說，亦與“一以貫之”相聯係：
《禮記·大學》曰：“致知在格物，物格而後知至。”此二句雖從身心意知而來，實為天下國家之事，天下國家以立政行事為主。《大學》從身心說到意知，已極心思之用矣，恐學者終求之於心學而不驗之行事也。故終顯之曰“致知在格物”，物者，事也。格者，至也。事者，家國天下之事，……格有至義，即有止意，履而至，止於其地，聖賢實踐之道也。……聖賢之道，無非實踐，孔子曰：“吾道一以貫之”。貫者，行事也，即與格物同道也。阮元：《研經室集》一集卷二《大學格物說》。
格物致知之說，被朱熹等人反複強調，清代之際可謂婦孺皆知，阮元卻認為“先儒論格物者多矣，乃多以虛義參之，似非聖人立言之本意，元之論格物非敢異也，亦實事求是而已”。
阮元認為朱熹所作的《大學集注》，“格”雖也訓“至”，“物”也訓“事”，不與聖人違，但是“至”外增“窮”字，“事”外增“理”字，結果就變成“窮至事物之理”，以至於著重點落在“窮理”二字，遂與孔孟倡導實踐迥然不同。
聖人之道，已經都在經典之中，後世之人需要的是如何實踐，而不是靜坐複性，麵壁見性。阮元既不滿朱熹窮理，更斥王陽明致良知之論。王陽明自言良知出於孟子，阮元把《孟子》諸篇章中與此相關言論一一摘錄，加以分析。說：
孟子論良能、良知，良知即心端也，良能實事也。舍事實而專言心，非孟子本指也。孟子論仁至顯明至誠實，亦未嚐舉心性而空之迷惑後人也。
孟子講實學，而王陽明卻改為心學，是以阮元反問王陽明：
良能、良知，……良，實也，無奧旨也。此“良知”二字不過孟子偶然及之，與良貴相同。……不解王文成何所取，而以為聖賢傳心之秘也？陽明謂學不資於外求，但當反觀內省。聖人致知之功，至誠無息，其良知之體，皦如明鏡，妍媸之來，隨物見形，而明鏡曾無留染，所謂情順萬事而無情也，無所住以生其心。佛氏曾有是言，未為非也。明鏡之應，一照皆真，是生其心處，妍者妍，媸者媸，一過而不留，即無所住處，陽明之言如此。學者試舉以求之《孟子》七篇中，有此境否，此境可以論孩提愛親之仁否？阮元：《研經室集》一集卷九《孟子論仁論》。
“心即仁”之說，宋元以後，影響也是極大，而阮元談仁，卻是采取他一貫的實踐之說，他指出孔子所說的“仁”本意是“以此一人與彼一人相人偶爾盡其敬禮忠恕等事之謂也”。所以談仁就有兩個前提，一個是“必於身所行者驗之而始見”，另一個就是“必有二人而仁乃見”。在阮元看來，如果一人閉戶齋居，瞑目靜坐，雖有德理在心，終不得指為聖門所謂之仁。至於當世上所流傳的仁即是“博愛”一說，就更是歧中之歧了。阮元反複強調，孔子之道，當於實者，近者，庸者論之，如此才不至於被佛道所迷惑。他又說：
《孟子》：“仁，人心也。義，人路也。”此謂仁猶人之所以為心，義猶人之所以為路，非謂即心即仁也。若雲此仁即真是心，斷不可雲此義即真是路也。總之，聖賢之仁，必偶於人而始可見，故孔子之仁，必待老少始見，安懷若心無所著便可言仁，是老僧麵壁多年但有一片慈悲心，便可畢仁之事，有是道乎？阮元：《研經室集》一集卷八《論語論仁論》。
古人反複強調的言語，往往被後人忽略，而前人不太提及之詞，卻經常被後人奉為圭臬。前文講到的“良知”之論，阮元已經揭櫫孟子僅僅偶然提到，卻被後人視為傳心之秘。他竭力恢複儒家實踐行事入世之麵貌，也希望能恢複古人重視而後人不提之字。他有兩篇文章，分別以《釋順》、《釋達》名之，就是這種努力的體現。他談“順”：
“順”之時義大矣哉，何後人置之不講也……孔子生春秋時，誌在《春秋》，行在《孝經》，其稱至德要道之於天下也。……順與逆相反，《孝經》之所以推孝弟以治天下者，順而已矣。……是以卿大夫士本孝弟忠敬以立身處世，故能保其祿位，守其宗廟，反是則犯上作亂，身亡祀絕。春秋之權所以製天下者，順逆間耳。……聖人治天下萬世，不別立法術，但以天下人情順逆敘而行之而已。……“順”字為聖經最要之字，曷可不標而論之也。阮元：《研經室集》一集卷一《釋順》。
他談“達”：
“達”之為義，聖賢道德之始，古人最重之，且恒言之，而後人略之。元按：達也者，士大夫智類通明，所行事功及於家國之謂也。……達即聖之次，聖是已成之達，達是未成之聖。……所謂達者，乃士大夫學問明通，思慮不爭，言色質直接，循行於家國之間無險阻之處也。阮元：《研經室集》一集卷一《釋達》。
很清楚，阮元解釋的“順”、“達”兩字的意義差別不大。他想通過對此兩字意義的重現，告訴世人，聖人之道甚為平實，不在心性之窮盡，不在太極之有無，不在良知之是非。儒者當應本孝弟忠敬以立身處世，所行事功及於家國之間，所以聖人不別立法術，躬身實踐循行而已。
不蹈於虛，就要運之於實。對於世人來說，“孝”無疑是對聖人教誨最好的也是最可行的實踐。阮元重孝有其深意，說：
孔子之道在於《孝經》，《孝經》取天子諸侯卿大夫士庶人最重之一事。順其道而布之天下，封建以固，君臣以嚴，守其發膚，保其祭祀，永無奔亡弑奪之禍。……惟其不孝不弟，不能如《孝經》之順道而逆行之，是以子弑父，臣弑君，亡絕奔走，不保宗廟社稷，是以孔子作《春秋》，明王道，製叛亂，明褒貶。《春秋》論之於已事之後，《孝經》明之於未事之先。阮元：《研經室集》一集卷二《論語解》。
他又說：
《春秋》以帝王大法治之於已事之後，《孝經》以帝王大道順之於未事之前，皆所以維持君臣，安輯家邦者也。君臣之道立，上下之分定，於是乎聚天下之士庶人而屬之君卿大夫，聚天下之君卿大夫而屬之天子，上下相安，君臣不亂，則世無禍患民無傷危矣。……孝為仁之本，不孝則不仁，不仁則犯上作亂，無父無君，天下亂，兆民危矣。阮元：《研經室集》一集卷二《孝經解》。
他對於“孝”的看重，使得他寫的墓誌銘和傳記中，關於孝的記載比比皆是，這大概也是他的揄揚之道吧。我們試看幾例：
甘泉林廷嶽，其父年六十有四病，“公籲於天以身代，刲臂肉，秘以入藥，病遂愈，後二十年得齋公再病，再刲之，病亟不能食藥而卒”阮元：《研經室集》二集卷二《林淸泉公傳》。
江都胡廷森，阮元啟蒙師，“事父孝，年逾三十，猶引過受杖，侍母疾，雪夜長跽呼天，疾為痊”阮元：《研經室集》二集卷二《胡西棽先生墓誌銘》。
著名學者劉台拱，“六歲，母朱安人歿哀毀如成人，既而事繼母鍾安人，亦盡孝”。其父疾後，“辭官歸，日侍湯藥，晝夜不倦”，父母相繼去世後，劉台拱水漿不入口，出就外寢，蔬食五年之久。阮元：《研經室集》二集卷二《劉端臨先生墓表》。
德清名儒許宗彥，“性孝友，偶以禮部試，離親左右，即泣不忍別，隨父任，先意承誌，曲盡孝力。
大學士朱珪，“丁父憂，戴星奔，至京口阻風，哀號祭江，風驟轉，抵京，治葬於二老莊阡。……以孝弟為仁之本，事父愛敬，本於天性，父杖兄，跪而以身蔽，受之。慟母氏早歿，事庶母謝幾如母。語子輩曰‘古人祭必有屍仿之以申，吾慕，非過禮也’”阮元：《研經室集》二集卷三《太傅體仁閣大學士大興朱文正公神道碑》。
侍郎謝墉，“至性孝弟，居親喪，哀毀骨立，及通顯，每遇晉階，輒以悲繼喜，逢諱日，未嚐不涕泗交頤”阮元：《研經室集》二集卷三《吏部左侍郞謝公墓誌銘》。。
經師焦循，“丁父及嫡母謝艱，自殮及葬，八閱月未櫛沐食，臥不離喪，次甚哀毀。……有勸君應禮部試且資之者，君以書辭之，曰：生母殷病，雖愈而神未健，此不北行之苦心，非樂安佚，輕仕進也。殷竟以夏病冬卒，君毀如初，克盡其孝。除喪後小有足疾，遂托疾居黃玨橋村舍閉戶著書”阮元：《研經室集》二集卷四《通儒揚州焦君傳》。
瑞州府學教授阮湖，“性孝弟，母丁宜人疾，侍藥衣不解帶。父卒於官，致哀毀扶柩歸伴宿三年。卜葬地，北極西山，南至瑞河，足跡遍百裏，跋涉寒暑，蓋其慎也”阮元：《研經室集》二集卷二《瑞州府學教授浦亭阮公墓表》。。
焦循、阮元拓展了經學研究領域，昭示著實事求是的治學宗旨，也引導著後輩人物在經學領域的繼續發展，而劉文淇和劉寶楠無疑是其中的佼佼者。