莊存與是學術界公認的清代今文經學的啟蒙者，由他繼承了東漢何休解釋公羊學的微言大義的傳統。
關於莊存與轉向公羊學的原因，劉桂生和艾爾曼的觀點可謂針鋒相對。劉桂生提出的“講義說”，已經把莊存與公羊學說形成的時間推到其卒前的近三十年，而艾爾曼認可的觀點，卻是莊存與政治鬥爭失敗，休致回家後著書立說，離去世已經沒有幾年了。那麼莊存與在《春秋正辭》裏所論的是什麼呢？它能否支持他們各自的說法？
莊存與《味經齋遺書》裏諸書在19世紀20年代陸續刊行，後合成為一套，董士錫、阮元、魏源分別作序。董士錫寫序在道光八年（1828），而阮元寫定在道光十年（1830）前後。
董士錫在道光八年（1828）年作的緒論說：“不知者以為乾隆間經學之別流，而知者以為乾隆間經學之巨彙也。方乾隆時，學者莫不由《說文》、《爾雅》而入，深於漢經師之言，而無溷以遊雜，其門人為之，莫不以門戶自守，深疾宋以後之空言，因其藝精，抑亦術峻。而又烏知世固有不為空言而實學恣肆如是哉！”阮元序引用其受業師對莊存與的評論，說：“宗伯踐履篤實於六經，皆能闡抉奧旨，不專為漢宋箋注之學，而獨得先聖微言大義於語言文字之外”。稱莊氏“所學與當時講論或枘鑿不相入，故秘不示人”。
兩人的緒論說明：（一）莊存與非膠執於各家學說，而尋求微言大義，譽他可稱無門戶之見，貶他可稱不恪守家法；（二）莊存與學說在當時不被主流采納，與時論“枘鑿不相入”，被視為“經學之別流”。
莊存與自署書齋聯，“玩經文，存大體，理義悅心；若己問，作耳聞，聖賢在坐”。
齋聯前一句出於《漢書·藝文誌》，其意指責學者不求微言，騖為物名，“古之學者耕且養，三年而通一藝，存其大體，玩經文而已，是故用日少而畜德多，三十而五經立也。後世經傳既已乖離，博學者又不思多聞闕疑之義，而務碎義逃難，便辭巧說，破壞形體；說五字之文，至於二三萬言。後進彌以馳逐，故幼童而守一藝，白首而後能言；安其所習，毀所不見，終以自蔽。此學者之大患也”。莊存與采用此意作齋聯，亦反映他的旨趣。
嘉慶二十三年（1818），莊存與孫莊綬甲館於龔自珍家，為龔氏言“其祖事行之美者”，並請墓文，嘉慶二十四年（1819），龔自珍在京師認識宋翔鳳，龔氏稱“翔鳳則為餘推測公誌”，過了三年，嘉慶二十七年（1822）龔自珍“屏棄人事，總群言，而刪舉其大者，撰莊公神道碑銘”。這個時候，已經距莊綬甲請托四年了。龔自珍此文，可謂精心之作。但是後之學者對此文少有注意，或隻是引用龔氏對莊存與的讚語，殊不知此碑文實是了解公羊學在清代起源的一大關鍵。嘉慶二十四年（1819）魏源從劉逢祿處受教公羊學，到他撰寫莊存與神道碑時，應該對莊氏的公羊學說比較了解，他的文章卻隻字未提，而是全力敘述莊存與的《尚書既見》的撰寫經過。曆代以來，《尚書》是諸經糾紛最多的經書，《今文尚書》在西漢時立在學宮，人人誦讀。後魯恭王壞孔壁，據說得《古文尚書》，比原《尚書》多出16篇，但不久此書失傳。至東晉梅賾以偽《古文尚書》向朝廷獻上，已經多出了25篇，在唐初年頒布取士標準的《五經正義》，孔穎達替偽書作疏，風行天下。宋吳棫、朱熹，明梅開始懷疑流行《尚書》的真偽，直至清初閻若璩潛心二十餘年，寫就《古文尚書疏正》，才徹底駁倒《尚書》，影響極其深遠，梁啟超評價：
辨十數篇之偽書，則何關輕重？殊不知此偽書者，千餘年來，舉國學子人人習之，七八歲便都上口，心目中恒視為神聖不可侵犯；曆代帝王，經筵日講，臨軒發策，鹹所依據尊尚。……今不唯成為問題而已，而研究之結果，乃知疇昔所共奉為神聖者，其中一部分實糞土也，則人心之受刺激而起驚愕所供奉為神聖者，宜何如者？
難怪乎江藩《國朝漢學師承記》列閻若璩為清朝開漢學風氣的第一人。
到莊存與時期，閻若璩的結論已經深入人心，龔自珍在神道碑中開篇即說莊存與熟習閻氏之學，並服膺之，“（莊存與）幼誦六經，尤長於書，奉封公教，傳山右閻氏之緒學……既壯成進士，閻氏所廓淸已信於海內，江左束發子弟皆知助閻氏言”。然他卻在有人奏議朝廷剔除偽書，重新編訂《尚書》時，“聞之忽然起，逌然思，鬱然歎，愾然而寤謀……乃計其委曲，思自晦其學。欲以借援古今之事勢，退直上書房，日著書曰《尚書既見》若幹卷”。龔自珍論莊氏用心：
辨古籍真偽為術淺且近者也，且天下學僮盡明之矣，魁碩當弗複言。古籍墜湮什之八，頗藉偽書存者什之二，帝冑天孫不能旁覽雜氏，惟賴幼習五經之簡，長以通於治天下。
而流傳千年偽尚書廢棄的後果，“如《大禹謨》廢，人心道心之旨、殺不辜寧失不經之誡亡矣。如《太甲》廢，儉德永圖之訓墜矣……”。龔自珍在此短文中反複強調，莊氏為了維護世道人心，聖人之言，故“自韜汙受不學之名”，“自晦其學”，“頗為承學者詬病”，簡直把他宣揚成如佛祖入地獄拯救世人之精神。龔自珍讚道：
以學術自任開天下知古今之故，百年一人而已矣，若乃受不學之名，為有所權以求濟天下，其人之難或百年而一有，或千載而不一有，亦或百年數數有。雖有矣，史氏不能推其跡，門生學徒愚子姓不能宣其道，若是謂之史之大隱。以上龔自珍語，均見龔自珍《定庵文集》卷上《資政大夫禮部侍郞武進莊公神道碑銘》。
從龔自珍清楚的論述裏，我們可以很明顯地看出莊氏的用心所在。他已經認識到漢學的發展，將要危及原有統一的思想體係，造成國家意識形態的分裂。艾爾曼也注意到這一點，隻是他沒有注意到龔自珍這篇文章，也未把莊氏對偽《尚書》的態度和他采用公羊學加以聯係。
所謂的由訓詁而求聖人之道，他是不苟為的。也由於此，他的公羊學並不是著重家法，而是今古經文兼采，漢宋之學同收。他本身就是維護舊有的思想和政治秩序，稱呼他為保守者，實不為過。楊向奎、陳其泰都指出莊存與公羊學說中，具有維護舊製度的保守特點。分析其原因時，陳其泰認為：“這種特點，與莊氏本人官運順利有關，更與乾隆時期仍號稱‘盛世’，社會矛盾仍被掩蓋著尤大有關係。以後又擔任過上書房行走、學政和考官，在乾隆五十一年禮部左侍郎任上致休，很明顯他是被乾隆以詞臣處之。始終未被委以重任。