他取公羊學，無疑也是沿著他的一貫思路。分析他對偽《尚書》的態度，我們就會明白他並不是如後人康有為等一樣，取公羊學變易性的一麵，而是用公羊學大一統之思想，鞏固皇權的完整性，反對挑戰已有的聖人言論。
他也是經世致用者，隻是並不是我們一般意義上認同的經世者，是出於對原有秩序的調整，而是甘願“自汙”其學，保存先聖之微言大義。李兆洛從經世角度讚譽莊氏治經：
實能探製作之本，明天道以和人事，然後輟學之徒鉤稽文詞、吹索細碎、沿傳訛謬之說，一切可以盡廢。有誌於治者，由其說，通其變，舉而措之，如視諸掌，非徒經生講解之資而已也。治經者知讀書所以致用，必有觀其會通而不泥於跡者，庶幾六經在天壤，不為占畢記誦之所荒，不為迂僻膠固之所竄也夫！李兆洛：《養一齋文集》卷四《周官記序》，光緒八年湯成烈重刻本。
張舜徽也認為莊存與治經特點，“不拘漢宋門戶之見，不為繁瑣箋注之學，重在剖析疑義，講求經世致用”。田漢雲分析莊存與的《春秋正辭》，亦說莊存與具有經世致用之意，“是一位初步具有近代意識的思想家”。
莊存與的《春秋正辭》不主闡述張三世通三統，他對後人康有為大講特講的公羊三世說，不太關注，雖也提到“據哀錄隱，……撥亂啟治，漸於升平，十二有象，太平已成”莊存與：《春秋正辭》卷一《奉天辭第一》，《味經齋遺書》，光緒八年-光緒十二年刻本。
但是未作多少闡發，他主要講的就是大一統。
眾所周知，《春秋》開篇隱公第一條“元年春王正月”，公羊學就解為“元年者何？君之始年也。春者何？歲之始也。王者孰謂？謂文王也。曷為先言王而後言正月？王正月也。何言乎王正月？大一統也。”而《穀梁》卻解道：“雖無事，必舉正月，謹始也。公何以不言即位？成公誌也。焉成之？言君之不取為公也。君之不取為公，何也？將以讓桓也。讓桓正乎？曰：不正。”公羊學首講大一統，而穀梁則側重名分。東漢末年何休進一步闡述公羊學的“大一統”思想，說：
統者，始也。夫王者始受命改製，布政施教於天下。自公侯至於庶人，自山川至於草木昆蟲，莫不一一係於正月，故雲政教之始。何休：《春秋公羊經傳解詁》卷一“隱公元年”，四庫叢刊初編本。
到了莊存與，他引用漢王吉“《春秋》所以大一統者，六合同風，九州同貫”的話語，莊存與：《春秋正辭》卷一《奉天辭第一》。
更明確地發揮道：“天無二日，民無二王，郊社宗廟，尊無二上，治非王則革，學非聖則黜。”大一統的含義是多方麵的，可以表現為思想的統一，亦可見政權的統一。莊存與竭力宣揚皇權受命於天，“大哉受命，釗我至聖，弗庸踐於位，皇威饗德，乃配天地。”莊存與:《春秋正辭》敘目。
政權之不可分裂,“周公欲天下之一乎周也，二之以晉製則不可，其不可於是始。君子謹而致之，欲天下之一乎”莊存與：《春秋正辭》卷二《天子辭》。
莊存與不分兩漢，所以今文經學者一般認為是偽書的《周禮》，他卻加以重視，寫成《周官記》、《周官說》，而且把《周禮》引入《公羊》，“王事惟農是務，無有求利於其官。以於農工，穀不可勝，由此道也”莊存與：《春秋正辭》卷三《內辭第三》。楊向奎說：“莊存與以經師而談政治，由公羊出發，以《周禮》為鑒，與法家正殊途而同歸。《周禮》也尚法重農，和法家不二，公羊學而講《周禮》，重農尊法，更接近法家。”（楊向奎：《清代的今文經學》）
《周禮》多講立國之典章製度，莊存與的用意就是把《周禮》和《公羊》相結合，以前者之製度來充實後者之大義，以資經世。莊存與亦取宋學，在《春秋正辭·奉天辭》中就應用二程的話：“人理滅矣，天運乖矣，陰陽失序，歲功不成矣，故不具四時。”難怪時人評他：“不專為漢宋箋注之學，而獨得先聖微言大義於語言文字之外。”語見阮元為《味經齋遺書》所寫的序。
莊存與的公羊學說曾給孔廣森以一定的影響。孔廣森（乾隆十七年-乾隆五十一年，1752-1786），字眾仲，曲阜人，孔子六十八代孫，少受經於戴震，治學致力於《公羊》，不遵何休對《公羊》的解詁，而自創“三科九旨”，旁通諸家，兼采《左傳》、《穀梁》，著《春秋公羊通義》。
孔氏在乾隆三十六年（1771）中進士後，成庶吉士，時莊存與是會試副總裁。第二年，莊存與入院教習庶吉士。莊存與於孔廣森不僅有座師之誼，兩人也有師生關係。孔廣森在《春秋公羊正義》卷五文公十年“楚子、蔡侯次於屈貉”條，就采用莊存與經說，指出：“座主莊侍郎為廣森說此經曰：屈貉之役，左氏以為陳侯、鄭伯在焉，而又有宋公後至，麇子逃歸。《春秋》一切不書主，書蔡侯者，甚惡蔡也。蔡同姓之長，而世役於楚，自掘諸夏，……若蔡莊侯者，所謂用夷變夏者也。”孔氏認同師說，讚成莊存與的觀點：“三複斯言，誠《春秋》之微旨。
可見莊存與在當時就已熟習公羊學說，此時距他休致還有十幾年。這也進一步說明艾爾曼所斷定的莊存與政治鬥爭失敗而習公羊之說，是不可信的。但是我們也不可否認，艾爾曼學說也有可取之處，他就敏銳地察覺到莊存與同和珅之間的矛盾。需要明確的是，莊存與仕途不順與和珅關係不大，前注已經提及莊氏在乾隆二十四年後一直在禮部侍郎一職上起浮，而和珅掌握朝政應是乾隆四十五年後。至於莊氏在乾隆五十一年休致（是年68歲），是否與和珅有關，未有材料證實。
該文作為《味經齋遺書》序時，此句被刪去，艾爾曼據此認為“即使在道光初年，魏源也不敢公開提到和珅事件，或者是莊家成員要求在序言裏不要提這件敏感的事情”。艾氏以兩個版本的不同，作為研究莊存與轉向公羊學的重要線索。
我們認為，莊存與的研究公羊學說是出於考據學的發展，危及流傳千餘年聖人之道的考慮。在乾隆中葉時候，也就是和珅當政前，他就已經熟習公羊學說，但是與他回家寫成《春秋正辭》，當有一段時間。