對於“有所權以求濟天下”的他來說，自然有所觸動，或在他的公羊學說裏反映出來，希望君主整肅朝綱，不使朝廷小人得誌，“為人君者，正心以正朝廷，正朝廷以正百官，正百官以正萬民，正萬民以正四方。四方正，遠近莫敢不一於正，而無有邪氣奸其間者”莊存與：《春秋正辭》卷一《奉天辭》。
莊存與發揮公羊學“譏世卿”說，被楊向奎認為是直指滿洲貴族，表示出對舊貴族政權的不滿與批判，劉桂生也同此意，說莊氏對“漢族知識分子得不到重用這種現象也覺不滿。……以‘譏世卿’這條公羊大義委婉地表示抗議”劉桂生：《從莊存與生平看清代公羊學之起因》。
我們認為此處毋寧說是譏諷和珅更為合理。“譏世卿”本來自《公羊傳》對《春秋》的發揮。
《春秋》記載：“（隱公三年）夏四月辛卯，尹氏卒。”《公羊傳》解道：“尹氏者何？天子之大夫也。其稱尹氏何？貶。曷為貶？譏世卿，世卿非禮也。外大夫不卒，此何以卒？天王崩，諸侯之主也。”何休繼而發揮：“世卿者，父死子繼也。貶去名言氏者，起其世也。……禮，公、卿大夫、士皆選賢而用之，卿大夫任重職大不當世為其秉政……小人居之必奪君之威權。”何休：《春秋公羊經傳解詁》第1卷《隱公三年》。
莊存與是這樣說的：
公羊子曰：譏世卿。世卿非禮也。其聖人之誌乎？製《春秋》以俟後聖，後世之變、害家凶國，不皆以世卿故，聖人明於憂患與故，豈不知之？則何以必譏世卿？告為民上者，知天人之本，篤君臣之義也。告哀公曰：義者宜也，尊賢為大。……是故非賢不可以為卿，君不尊賢則失其所以為君，彼世卿者，失賢之路，蔽賢之蠹也。……世卿非文王之典也，無故無新，惟仁之親，尊賢養賢之家法也。莊存與：《春秋正辭》卷二《天子辭》。
很明顯，雖同講世卿，但是著力點已經發生變化，何休說的是“卿大夫任重職大，不當世為其秉政”，比較征實，明確把世卿和父死子繼聯係起來。而莊存與解釋為“後世之變、害家凶國，不皆以世卿故，聖人明於憂患與故，豈不知之？則何以必譏世卿”？聖人譏世卿不是因為他們世代秉政，而是借著“譏世卿”，來“告為民上者，知天人之本，篤君臣之義也”，“是故非賢不可以為卿，君不尊賢則失其所以為君”。他的用意應該很清楚了。
莊存與歸納《春秋》義法，說：
《春秋》之義，不可書則辟之，不忍書則隱之，不足書則去之，不勝書則省之。辭有據正則不當書者，皆書其可書，以見其所不書。……《春秋》非記事之史，不書多於書，以所不書知所書。莊存與：《春秋正辭》附《春秋要指》。
他反複強調《春秋經》有深遠隱晦之旨以求微言大義。莊氏運用此義法，把“譏世卿”指向了朝廷之小人。當時朝政最大的政治鬥爭，主要體現在同是滿人的阿桂與和珅的權力之爭上。莊存與站在阿桂一邊，“與大學士和珅同朝，鬱鬱不合”，鬥爭的結果是牽連到家族成員。我們根據1875所修的莊氏家譜統計進士名錄，在乾隆元年-乾隆四十五年前共有20次進士科中，族人共考中12名，但在乾隆四十五年和珅把握政權後，直至嘉慶四年和珅伏法，期間的7科進士試，莊氏族人無一人中第。此或許算是莊氏家族被和珅壓製的一個旁證。
其侄子莊述祖在乾隆四十五年（1780）時殿試，被和珅置於十卷後，並失去了館選的資格。
乾隆四十九年（1784），其女婿劉召揚（劉逢祿之父）參加乾隆帝南巡招試，和珅亦想摒棄不用，由於董誥的斡旋，名列一等，但劉召揚擔心不測,“乃不補官且不試禮部而歸”。劉逢祿：《劉禮部集》卷一○《記董文恭公遺事》，光緒十八年延暉承慶堂重刻本。
和珅受到乾隆如此恩寵，導致朝綱不振，莊存與在公羊學裏自然借機發揮，吐露心聲，但如把他的“譏世卿”的用意說成來源於滿漢矛盾問題，未免有些牽強。
我們認為莊存與研究公羊學，是出於對考據學思潮的反動。他所處的時代，正是考據學興起的時代。莊存與出生在康熙五十八（1719）年，除了江永、惠棟分別比他大38、22歲外，其他樸學大師的出生年，如江聲為康熙六十年（1721），王鳴盛為康熙六十一年（1722），戴震為雍正元年（1723），錢大昕為雍正六年（1728），段玉裁為雍正十三年（1735），他們都晚於莊氏。18世紀20年代前後出生的一批大師迭出，他們大多致力於古文經學，少闡發義理，考據學在學術界可謂如日中天，以“非常異義可怪之論”公羊學為代表的今文經學自在主流學術視野之外。
乾隆三十八年（1773）設四庫全書館，莊存與參與其中，《清史稿》記載四庫館成員，“其纂修等官則有戴震、邵晉涵、莊存與、任大椿、王念孫、姚鼐、翁方綱、朱筠等，與事者三百餘人”《清史稿》卷一四五《藝文誌一》。據《四庫全書總目》的署名，莊存與為總閱官。王俊義、黃愛平指出《四庫全書總目》“顯示了一代學術精華，它與明末清初以來的學風的變遷相適應，摒空疏遊談，尚征實求真，反映出重漢輕宋代學術傾向”。作為考據學的大本營，清代許多第一流的學者都出自此處，他們的學術交流也十分緊密。身處其中，莊存與當能洞曉學術主流之變化，但是他卻走上與考據學者不同的治學方向。
莊存與另辟蹊徑欲糾樸學之偏，以公羊學為中心談論微言大義，博采群經，本已不合家法，與時論“枘鑿不相入”。但是莊氏非專研經學之人，其說經以論世致用為宗旨，梁啟超關於“時代思潮”中“啟蒙期”的論述，大體適用於他，“其條理未確立，其研究方法正在間錯試驗之中，棄取未定，故此期之著作，恒駁而不純，但在淆亂粗糙之中，自有一種元氣淋漓之象”。
到他的後代莊述祖、劉逢祿、宋翔鳳等人，研究方法愈加精密，恪守公羊家法，嚴格經今古文之分。越到後來，門戶越深，排斥越強，和首倡者莊存與的取向已經不同，這或許是一個學派發展的趨勢。