惲敬也說“當事事為第一流”張惠言：《茗柯文》初編《送惲子居序》。
表白自己：“人以惲子居為宋學者固非，漢唐之學者亦非，要之，男兒必有自立之處，不隨人作計，如蚊之同聲，蠅之同嗜。”惲敬：《大雲山房文稿言事》卷二《答方九江》。
惲敬和其他常州友人一樣，具有強烈的用世之心。中年後，他多讀史書，希望從中尋找人世盛衰之道。他討論聖人之法，提倡通權達變，沿襲著他一貫的思維方式。他的變法主張具體表現在討論上古三代變革的一係列文章《三代變革論》。惲敬共寫過《三代變革論》八章，前四章寫於1800年，後四章寫於1809年。賀長齡、魏源編的《皇朝經世文編》，收入後四章，並把篇目順序依次往前推排，做了改動後，已不能反映惲敬的思想全貌。
談道：“夫法之將行也，聖人不能使之不行，法之將廢也，聖人不能使之不廢。”在議論變法需要時，他以井田製度為例，說明時代的變化。即使是聖人也需適應時代，來滿足民眾的願望，“井田者，黃帝之法也。所以井田者，天下之民之欲也，此井田之所以行也，而其所以廢者”。在他看來，井田製度是黃帝所創立的，但是即使是聖人所創，也要滿足民眾的需求，如果民眾需要井田的時候，這項製度就能實施，但是如果民眾已經不感興趣了，那麼這項製度也應被廢除。這種趨勢，聖人也無法阻擋，從井田製度到其他製度，也都是如此，所以他感慨道：“天道之推移，人事之進退，皆有不得不然者。”惲敬：《大雲山房文稿》初集卷一《三代因革論四》。
在九年後惲敬續寫此論題，仍堅持自己的看法，“先王之道因時適變，為法不同而考之無疵、用之無弊”，因此他反對盲目崇古尊聖，提醒士人們多注意黎民百姓的需求，說：
彼諸儒博士者過於尊聖賢，而疎於察凡庶，敢於從古昔，而怯於赴時勢，篤於信專門而薄於考通方，豈足以知聖人哉？是故其為說也，推之一家而通，推之眾家而不必通，推之一經而通，推之眾經而不必通，且以一家一經亦有不必通者，至不必通而附會穿鑿以求其通，則天下之亂言也已惲敬：《大雲山房文稿》初集卷一《三代因革論八》。
惲敬追循聖人之跡，無門派之陋見，視百家亦“道之一隅”，文學主張和用世之道提倡通權達變，反對偏執，但是在為人方麵，當是“為己一介不可苟”。我們看一下與惲敬有關的一則傳記。“吳縣張吉安，乾隆四十二年舉人，六十年，大挑知縣，發浙江。時清治各縣虧空，責彌補。富陽令惲敬獨不奉上官意旨，檄吉安往摘印署事。至則士民群集，乞留敬。吉安見之，默然徒手返，白台司曰：‘惲敬賢吏，乞保全之。且州縣賦入有常經，前官不謹致虧，責彌補於後來者，恐開掊克之漸。方今楚、豫奸民蜂起，皆以有司貪殘為口實。宜用讀書人加意拊循，乃無形之彌補耳。’聞者迂其言。委攝縣丞及杭州府通判，吉安自以不諧於時，乞改教職，上官留之”《清史稿》卷四七八《張吉安傳》。
此傳雖正麵寫張吉安，卻也讓我們認識到惲敬人格之感召力。惲敬既有人格理念，也有吏治才能，晚惲敬兩年出生的錢泳所寫《履園叢話》裏，就提到這點，說“其為官也，剛方正直，清廉自守，而訟斷如流，雖老吏莫能窺其奧，一時有神君之目”。似惲敬這樣剛直不阿之人，在官場很難被容納，錢泳曾修書與他，感歎道：“昔司馬子長有言：如方枘欲納圓鑿，其能入乎？
離開富陽後，惲敬曾至江西為令。以他之性格，要麼被官場磨平，領悟所謂的為官之道，要麼仍不得誌於官場，仕道坎坷。惲敬與莊有可信中說：“敬匏係江西，智竭於胥吏，力屈於奴客，謗騰於上官，怨起於巨室，所喜籬落畊氓、市墟販豎尚有善言。”惲敬：《大雲山房言事》卷一《與莊大久》。
從乾隆五十九年（1794）到嘉慶十八年（1813）年，近二十年時間，惲敬曆任富陽、瑞金、新喻知縣，嘉慶十九年（1814），他因奸民誣告家人得贓失察，被劾黜官。《清史稿》記載，惲敬被黜之際，忌者聞而喜曰：“惲子居大賢，乃以贓敗耶！”三年後惲敬去世。