除了“七條”，諸葛亮還嚴格地考查官員身上是否存在著“五害”。這“五害”分別是：“因公為私，乘權作權”；“內侵於官，外采於民”；“過重罰輕，法令不均，無罪被辜，以致滅身”；“縱罪惡之吏，害告訴（上告申訴）之人”；“阿私所親，枉克所恨”，“不承法製，更因賦斂”，“詐偽儲備，以成家產”；“民失其職”（即加重人民負擔，使人民無法生存）。對犯有“五害”的官員，一定要嚴懲不貸；沒有“五害”的官員，一定受到獎賞。
諸葛亮舉賢授能的用人之道，從上所敘可以見其梗（ɡěｎɡ）概。在蜀漢複雜的人事環境中，諸葛亮憑自己的政治文化素養和聰明才幹，舉賢用人，形成了有特色的舉才用人之道，保證了蜀國在相當長的一段時間裏的安定和團結，這在當時的曆史條件下，是具有一定積極意義的。他重視人才，“取人不限其方”，用人能“盡其器能”，能比較公正地對待各種人才等等做法，是難能可貴的，也是我們今天所應該借鑒的。
治軍·木牛流馬·八陣圖
以身兼將相而自許的諸葛亮，在治國理政的同時，未嚐一日不在思謀治軍、用兵之道。陳壽呈獻給晉武帝司馬炎的《諸葛氏集目錄》中，就有《兵要》、《軍令》等篇章。至今留存在《諸葛亮集》中就有“兵要十則”、“軍令十五條”，以及有關談兵治軍的論述。
治軍是為了治國，這是作為政治家又是軍事家的諸葛亮治軍的一貫指導思想。國家的安危在於軍隊的強弱，這是諸葛亮高度重視武裝力量建設的思想根源。
既然國家的安危係於軍隊的強弱上，而軍隊的強弱在很大的程度上又取決於將帥的素質和才能，那麼選擇將帥之重要就可想而知了。所謂“千軍易得，一將難求”，說的就是對將帥選擇的重要與要求之嚴格。諸葛亮對將帥的選擇，與他治國舉賢授能一樣，注重德才並重。德，就是良好的道德，這裏麵包括對國家的忠誠，處事以公的原則，同時也包括愛民的思想。眼裏如果沒有老百姓，處事不考慮民眾利益的將帥，他就不是國家的良輔，就沒有資格當軍中的主帥。才，就是要求作為將帥要精通軍事，懂得謀略，善於打仗。
在蜀國，能夠稱得上合格的將帥，在諸葛亮的心目中並不多。從《三國誌·諸葛亮傳》中所敘，以及《出師表》中所涉及的，隻有將軍向寵和後來擔任蜀漢主帥的薑維，諸葛亮才認為他們夠稱得上是德才並重的將帥，可見他對將領的選擇要求之嚴。
對軍事將領全麵軍事素質的要求，集中體現在下麵的一段話中：
一個將領要審知天時與地利，更要注意人和，要關心和愛護部屬；既要熟悉各種攻防兵器，擅長運用掌握，又要注重賞罰公正嚴明對士卒作戰勇敢與否所起的作用；要洞察敵人的陰謀，善於掌握敵人的動向，要了解進軍路上的險阻，何處安全，何處危險，要變被動為主動；進軍和退卻，要掌時機；防守要充分部署、提高警惕，進攻要加強力量，擴大聲勢；攻與防，都一定要積極發揮士兵的作用；對成功和失敗都要充分估計到，要爭取盡量減少傷亡。（原文見《諸葛亮集·文集》卷3）
總而言之，諸葛亮強調：一個優秀的將領，一定要深謀遠慮，要集思廣益集思廣益：集中大家的智慧，廣泛采納有益的意見。，切不可獨斷專行。
在具體治軍的方法上，諸葛亮采用禮治和法治相結合的辦法。
所謂禮治，就是用儒家思想進行教育。諸葛亮在治國治軍方麵，最反對“不教而誅”。平時要重視教化，對軍隊要在思想上用禮義忠信的封建倫理觀念武裝將士們的頭腦。為什麼要這樣做？諸葛亮解釋說，從軍事觀點上講，一個將帥能夠“善養士卒”就可稱得上是“仁”；將士如果能“以身殉國”，就是“忠”；不為利祿富貴所動搖，就是“義”；勝利了不驕傲，不居功，是“禮”；能夠“奇變莫測，動應多端”，就是“智”；“賞不逾時，刑不擇貴”，就是“信”。能夠做到忠、義、禮、智、信的軍隊，就是一支戰無不勝的軍隊（以上見《諸葛亮集·文集》卷4）。
以法治軍，就是強調要以典型、賞刑來警戒官兵。如果說禮治是務虛的話，那法治就是務實的了。在諸葛亮看來，厲行法治是軍隊的法寶，他說：“一個作將帥的，統率著百萬的軍隊，要使這麼多人束肩斂息，躬身並足，集中注意力，連大氣也不敢出，連頭也不敢抬起來服從命令，靠的是什麼呢？靠的是法製。”（原文見《諸葛亮集·文集》卷4）如果“賞罰不明，法令不信”，即使有“百萬之師”，也是“無益於用”的。諸葛亮非常推崇先秦軍事家孫武、孫臏等人，讚賞他們在治軍之中執法嚴明的作風。他認為，將士作戰立了功，就要按功勞的大小給予獎賞，如果違犯了軍法，那就不管他地位有多高，平時對他多親近，也要依法處罰。著名的例子，就是忍痛揮淚斬馬謖。馬謖違犯軍令，失了街亭，被處以死刑。當時蔣琬到漢中對諸葛亮說：“天下未定，殺掉智能之士，豈不是很可惜嗎？”諸葛亮回答：“孫武之所以能夠製勝天下，就是靠他嚴明的軍法。現在剛剛和敵人交戰，就因人而使軍法受到破壞，怎麼能夠去討賊呢？”（原文見《三國誌·蜀書·馬良傳》裴注）可見諸葛亮對以法治軍的態度是相當堅決的。法治對於諸葛亮本人也不例外，當第一次北伐失敗時，他上疏承擔責任，自貶三級。
在用“禮”與“法”治軍的同時，諸葛亮還十分注意對軍隊進行技術訓練，即重習練。他說：“一支經過高度習練的軍隊，如果由一個才能不高的將帥來指揮，不見得就會失敗；如果一個很有才幹的將帥，統率的是一支沒有訓練的軍隊，也很難取勝。”
對軍隊具體的的技術訓練中，諸葛亮要求將士要掌握行軍、作戰、屯駐的要領，懂得進退攻守的次序，發揮各種兵器的效用。他還在軍隊中提倡互教互學的訓練風氣。他說：“一人可教十人，十人可教百人，百人可教千人，千人可教萬人，萬人可教三軍，然後教練而敵可勝矣。”
正因為諸葛亮以“禮”、“法”治軍，軍隊訓練有素，陣容嚴整，因而蜀軍的戰鬥力是比較高的。縱觀蜀軍在曆次北伐戰鬥中，勝多敗少的情況來看，諸葛亮治軍的成效應該是很卓著的。
諸葛亮在治軍方麵，還有值得一提的方麵，這就是史傳上所稱的“長於巧思”。這是指諸葛亮在改進兵器和運輸工具方麵有所創新，創造性地發展和豐富了古代的兵法陣圖，在軍事科學方麵有一定的貢獻。
弩（ｎǔ），是一種用機械力量射箭的兵器。諸葛亮改進人連駑，稱之為“元戎（ｒóｎɡ）”，這是一種殺傷力很大的勁弩。1964的年，在成都附近出土的蜀漢銅弩機，證實了是經過諸葛亮改進的人連弩的一種。
木牛、流馬都是木製運載工具（主要用來運載糧食）。木牛是一種木製獨輪車，在漢代以前就有了，漢代稱之為鹿車。諸葛亮據此把它改進成“一腳四足”的木牛。木牛大體上可載一人一年的吃糧（約600多斤），每天可走20裏地。在木牛的基礎上，諸葛亮又加以改進，製成了流馬。流馬是木製四輪小車，行走的速度比木牛快，也較平穩，適合蜀國山地的運輸。木牛、流馬都是用人力推拉，不用鍘（ｚｈá）草喂牲口，對解決蜀國向前線運輸糧食起了不小的作用。
八陣圖就是八種陣形變化之法。早在春秋戰國時期就有“八陣”的名稱，如《孫臏兵法》中就有“八陣”、“十陣”等篇目。諸葛亮很講究陣法，他的八陣圖就是在學習繼承古代兵家的布陣之法的基礎上創新出來的，在實踐中，確實使魏軍吃了不少苦頭。
諸葛亮八陣法之詳細內容，沒有留傳下來，後來有的書上繪製了八陣圖，大多是後人的偽作。相傳諸葛亮曾經聚石為八陣圖，以此來訓練軍隊。石壘八陣圖的遺跡現存有三處，一在今陝西省勉縣南，一在今四川省奉節縣南江邊，一在今四川省新都縣的牟（ｍù）彌鎮。哪一處是真的，哪一處是假，尚無確論。其實不管是真是假，由於年代久遠，現從遺址中也無法探究出諸葛亮八陣圖的具體麵貌。
諸葛亮創製的八陣圖對後代影響很大。唐代的軍事家李靖，在精研八陣圖的基礎上，又創製出六花陣法。唐代杜甫在觀看奉節江邊的八陣圖遺址之後，寫下“功蓋三分國，名成八陣圖。江流石不轉，遺恨失吞吳”的詩句，來抒發對諸葛亮的懷念之情。